至此，經過了一年多的進攻，整個荷屬東印度羣島已經基本落入了南海聯邦的控制中。在這場戰爭中，聯邦軍隊共動用3艘重巡、10艘驅逐艦和30多艘潛艇以及幾十艘大型運輸船隻，派遣了近2萬名陸軍。在1年多的戰鬥中，總共的傷亡人數不足100人，卻俘虜了3000多名荷蘭籍官兵和5000多當地附屬軍隊，而東印度羣島上的交通、氣候、雨林甚至動植物給聯邦軍隊造成的麻煩和損失都要比荷蘭軍隊大得多。
在規劃完新佔領土地的行政區劃之後，南海聯邦的下一步工作就是要儘快開發這些地區了，現在的南海聯邦儼然已經成爲了東南亞地區的一個大國了，在吞併了法屬印度支那和荷屬東印度羣島之後，聯邦的國土面積達到了329萬平方公里，而這個面積還不包括爪哇及其周邊的小島。
聯邦的疆域北起原中越、中老邊境，南到澳洲北側的新幾內亞島，東起臺灣島，西至蘇門答臘島；除了加裡曼丹島的北側和馬拉西亞半島之外，幾乎囊括了整個東南亞地區，並且扼守着亞洲東西部的交通要道。
在這次戰爭中，雖然聯邦收穫了大量的土地，但是相對於幾百萬平方公里的土地而言，人口卻相對較少，這主要是因爲絕大部分的東印度人口都聚居在爪哇島上，總數達到了近3000萬人，而蘇門答臘島上只有不到700萬人口，其他像加裡曼丹島、蘇拉威西島和新幾內亞島，總共加起來也不到300萬人。
而要想開發一個地區，人口就必須達到一定的數量，照目前的情況來看，蘇門答臘島上的人口雖然也不算多，但是基本滿足了開發的數量，而加裡曼丹島、蘇拉威西島和新幾內亞島上的人口密度，就差的太遠了，尤其是蘇拉威西島和新幾內亞島，基本就是原始荒島。
想要在一個地區進行開發，首先需要的就是一個安定的環境，如果商人們的投資受不到當地政府的保護，那麼就不會有人來此地投資，開發也就無從談起。
南海聯邦在軍事方面準備的很到位，在最先佔領加裡曼丹島之後，就開始一邊清繳、安撫當地，一邊開始了建設。聯邦政府計劃在加裡曼丹島上建立2個大型軍事港口，分別在西部的山口洋市和東南部的巴釐巴板，並且以這兩個大型軍事基地爲終點，開始建造一條鐵路，作爲加裡曼丹島上的一條主要交通幹線。
這兩座軍事基地將在2年後完成第一期建設，基地的泊位中可以同時停靠3艘5萬噸級的大型艦艇，並且具有初級維護能力。另外，在基地中還有大型油料庫、彈藥庫和各種修理工廠，在其後的幾期建設中，還將計劃添加兵工廠和造船廠。
除了水面艦艇的泊位和碼頭之外，基地中還專門爲潛艇設置了一種非常特殊的碼頭，海軍設計師們充分利用了當地的海邊懸崖，並在懸崖被淹沒在海水中部位，開鑿出幾十個深入崖壁的巖洞。這些巖洞的出入口都淹沒在海水中，內部被修建成了可以停靠2－4艘潛艇的一個小型碼頭，而潛艇部隊的油料庫、彈藥庫和守衛部隊都駐紮在整個崖體內，只由2條鐵路和外界連通。
這兩個大型基地除了駐紮海軍之外，還將修建2座軍用機場，並分別駐紮聯邦空軍的1個空軍聯隊。
在加裡曼丹島上的2座大型軍事基地之外，聯邦政府還計劃在蘇門答臘島北部的班達齊亞建設一座更大型的軍事基地，作爲聯邦海軍監控印度洋和向西發展的橋頭堡。
在這個基地建成之後，聯邦海軍將可以直接巡弋在印度洋上，向北就是英屬印度和孟加拉灣，向西就是非洲大陸和印度洋，可以說進可攻退可守，只要控制了這裡，整個亞洲東部和中亞、西亞的海上通道就被死死的扼住，如果不是歐美各國深陷一戰的泥潭，想要佔領這個重要的戰略位置，聯邦不知道要付出多大的代價。
由於聯邦南部領土裡，島嶼衆多，光靠3座軍事基地也無法涵蓋到全部的海域和島礁，所以聯邦政府還計劃在蘇門答臘島、蘇拉威西島和新幾內亞島上，逐步建造幾十個海軍補給港、簡易機場和小型潛艇基地，作爲聯邦南疆的防禦支撐點。
3座大型軍事基地、蘇門答臘島和加裡曼丹島上2條貫通全島的鐵路、再加上多條輔助公路和十幾個港口的改造、擴大工作，都需要大量的勞動力和資金的注入才能順利完成。
在資金方面，聯邦政府的壓力並不大，通過這些年的不屑努力，聯邦的很多產品的科技含量都走在了世界的前列，一部分產品還成爲了聯邦的特產，像化肥、農藥、合成樹脂、磺胺類藥品、優質電子管、特種鋼材、特種合金、大功率民用柴汽油發動機、大型工程機械、石化產品等，都已經遠銷海內外，成爲了聯邦的拳頭產品，供不應求。
另外，聯邦的糧食、棉麻產品、木材、海產品、橡膠、咖啡的產量也非常大，在戰爭期間，這些物資大量的出售給了交戰雙方，從而換取了大量的外匯和貴金屬儲備。
在勞動力方面，聯邦政府的壓力要稍微大一點，不過也不是大問題，在佔領了除爪哇島外的東印度羣島之後，雖然爲了平衡種族數量而對2000多萬爪哇人採取了殘酷的種族滅絕政策，但是在戰爭爆發之初到散發瘟疫之間這半年多的時間裡，還是有300多萬生活在爪哇島上的居民跑到了周邊的加裡曼丹島和蘇門答臘島上。
這些人中絕大部分是華人和具有華人血統的爪哇人，他們在爪哇島上雖然生活了很多輩，但是由於具有華人血統，政治地位一直不高，所以在聽說聯邦政府是以華人爲主建立的政府，並且已經爲了爪哇島上的排華事件而兵臨城下之後，都紛紛變賣了財產、拖家帶口，憑藉着身上那幾分之一或者十幾分之一的華人血脈而通過了聯邦海軍的海上封鎖，逃離了爪哇島。
他們絕大多數都選擇了加裡曼丹島作爲落腳地，因爲當時蘇門答臘島還在荷蘭人手中，而蘇拉威西島上的自然環境又過於艱苦了，除了少部分在聯邦其他省份有親戚或者有商業往來的人以外，剩下的人都聽取了聯邦軍隊的建議，暫時在加裡曼丹島島上的幾個港口城市中落了腳。
這些人大多數是農業人口，他們祖祖輩輩在爪哇島上給華人、爪哇人和荷蘭人種植咖啡、橡膠和各種農作物，所以他們的家產並不多，如果不是靠着聯邦政府設在加裡曼丹島上的十幾座救濟站救濟，早就堅持不下去了。
不過，現在他們不用爲了工作發愁了，已經開工的十幾個大型工地中，都在面向聯邦11個省招工，招工數量非常龐大，不僅需要有技術、有經驗的技術工人，還需要大量的普通勞動力，而對這些新移民來說，只要工資合適，搬運磚石、砍伐樹木和種植作物並沒有什麼本質上的區別。
而且一旦被這些工地錄取，他們全家就將成爲正式的聯邦居民，家中的老幼婦孺將被安排到一種叫做合作社的機構中去，幾家或者幾十家人集中在一起，同吃、同住、同生產、同收穫，並且在償還完聯邦政府的貸款之後，就能獲得自己的土地和種植園。
有人愛金子、有人愛珠寶、有人愛大海、而華人愛土地。不知道是從何時起，不管是大陸上的華人還是漂洋海外的華人，對土地的熱愛遠遠超過了其他各種貴重的東西。他們把一輩子甚至幾輩子積攢下來的錢財，都買成土地，蓋上房子，用來留給自己的後代，如果那個地主老財或者種植園主只留給後代錢財而沒有土地和良田，那他這一輩子就不算是成功，不僅對不起後代，還對不起自己，更還對不起祖宗，算是死了也閉不上眼的那種深深的遺憾。
有了土地，雖然是期貨，但也比你答應給他們多少金子多少錢都要管用，除了這些逃難出來的新移民之外，原本島上開礦的華人也都紛紛帶着他們的家庭加入了建築工人和合作社員的行列，而那些和華人接觸的比較多，受華人影響比較深的本地人，也都紛紛放下手中的工作，依靠着自己熟悉的華人家庭的介紹，也當上了工人和合作社員。