這時候兩隻巨大的怪物再次戰鬥在了一起展開了更加激烈的戰鬥，哥吉拉不斷的使用自己的手拍打着機械哥吉拉，而機械哥吉拉也同樣使用自己的機械手臂打向哥吉拉，兩隻巨大的生物就這樣相互廝殺着，一直戰鬥了很長的時間也不分勝負。
這時候沐風和李元徹都覺得戰場戰鬥也該結束了，然而就在這時候機械哥吉拉一下子就將哥吉拉朝着他身後推過去，哥吉拉頓時就朝着身後退去，然而哥吉拉這時候身體突然膨脹了起來，並且在這個時候嘴上發出了非常激烈的藍色光芒，機械哥吉拉看到哥吉拉現在突然發出了核能吐息之後也在口中凝聚起了一股非常強大的力量，山本對着哥吉拉說：“哥吉拉你很強大，我真的佩服你，但是這場戰鬥也該結束了，現在我就是用這招打敗你，接招吧核能吐息！”
霎那間兩股強大的藍色力量頓時就對撞在一起，並且相互抵消着對方的力量，哥吉拉也是吃驚機械哥吉拉身上擁有着如此強大的力量，而山本現在也是苦苦支撐着，因爲機械哥吉拉身上的核能只能維持三發核能吐息，一旦三發核能吐息一次星全部用完之後機械哥吉拉身上的能量也就完了。
剛纔已經用掉一發了，現在將兩發的力量匯聚在一起，並且發出了更加強大的力量，這時候哥吉拉也是拼盡全力發出的一發核能吐息，這時候兩股強大的能量瞬間發出了非常巨大爆炸，爆炸產生的衝擊波立刻破壞着四周的建築物。
沐風和李元徹頓時大驚，於是兩人帶着陳峰立刻離開了這裡，這時候哥吉拉和機械哥吉拉瞬間就將被這股強大的力量波及，天皇和所有人看到這一幕之後頓時就吃驚不已，然而沐風和李元徹能夠感受到哥吉拉現在已經受傷了，但是已經開始逃跑了，然而機械哥吉拉的力量也已經耗盡了，並且身上多出損傷已經無法再戰鬥了。
等到這場爆炸過後東京的四周頓時出現了一大片空地，這一切都是哥吉拉和機械哥吉拉的傑作，操縱室裡的山本見到哥吉拉現在正在朝着海上逃跑的時候他立刻操縱着機械哥吉拉想要追上去，然而機械哥吉拉的身軀嚴重受損已經無法再戰鬥了，山本頓時不甘心的罵了出來：“八嘎壓路！真是可惡，要是機械哥吉拉能動的話就好了這樣子就可以打敗他了。”
天皇和所有人現在都看不到這裡戰鬥的情況了，因爲這裡的攝像機都被毀掉了，然而這時候機械哥吉拉頓時產生了非常巨大的爆炸，而且全身都被炸的支離破碎，並且機械哥吉拉所在的地方瞬間產生了大爆炸，山本就在這時候被炸死了。
然而這一切所有人都還不知道，這時候天皇帶着身邊的侍女離開了地下研究所來到了城堡中，他現在很擔心機械哥吉拉有沒有勝利，然而這時候身邊的忍者向他彙報說：“報告陛下，機械哥吉拉毀了，山本也犧牲了。”
天皇這時候大吃一驚，他們想到機械哥吉拉戰敗了，於是天皇對着忍者說：“那麼哥吉拉呢？”
忍者現在也不知道該怎麼對着天皇回答，但是這件事最終還是要說的，於是忍者對着天皇說：“哥吉拉逃走了，可是機械哥吉拉不是被哥吉拉破壞的，而是被兩個強大的人類戰士破壞的，現在我們忍者大軍正在和他們發生激烈的戰鬥，他們現在正在朝着這裡過來，請陛下立刻到安全的地方躲避！”
天皇聽到這個消息之後也是不敢置信，本來哥吉拉跑了是該高興的事情，可是機械哥吉拉卻被兩個來歷不明的人類戰士毀了，天皇已經無法相信了，然而現在聽到自己的手下要他逃走，天皇怎麼可能就這樣逃了呢，於是天皇對着忍者們說：“我不走，我要與你們共存亡，現在你們立刻前去阻擋他們，務必將他們消滅，現在我去靖國神社祭拜一下先祖，看看他們能否給我什麼提示過了這道難關。”
忍者聽到了天皇的指令之後就退下了，而天皇現在來到了城堡旁邊的靖國神社跪在靖國神社的面前對着先輩人說：“歷代的先輩們，你們當初既然能夠做到一統東瀛，現在東京有難了，請你們帶點神的旨意告訴我如何渡過這場災難吧。”
然而就在天皇祈求上蒼先祖保佑的時候忍者來到了這裡對着天皇報告說：“不好了陛下，我們的忍者大軍損失慘重，那兩個人實在是太強大了，他們很快就要來到這裡了，請陛下立刻避難吧，我們暫時還能抵擋一陣。”
天皇聽到這個消息之後也是不敢相信，但是事實就在眼前，他也沒辦法，可是自己作爲天皇怎麼可能就這樣逃走了，於是天皇對着身邊的忍者說：“我不走，你帶着忍者去阻擋他們，我相信我們的先祖一定會保佑我們渡過難關的。”
這個忍者受到命令之後就立刻前去阻擋沐風他們了，事情回到機械哥吉拉破壞之後，沐風在遠處的大廈上面凝聚起了一個非常強大的能量球朝着機械哥吉拉丟過去，本身已經不能戰鬥的機械哥吉拉瞬間發生了非常巨大的爆炸，爆炸產生的衝擊波立刻向四周擴散開來。
機械哥吉拉被沐風毀掉之後沐風想要追上哥吉拉卻被李元徹拉住了，沐風不明白李元徹是什麼意思於是李元徹對着沐風說：“沐風，哥吉拉並不強大，我們現在的任務就是將東京毀了，並且毀掉他們的靖國神社，這時國恥我們必須先做，哥吉拉的話陳峰可以找到他的位置的，所以我們先將這裡的事情處理完。”
沐風聽到李元徹的話之後也覺得李元徹說的很有道理於是沐風和李元徹陳峰降落到了地上，這時候忍者大軍也在這時候圍了上來其中一個上忍對着沐風他們說：“你們是什麼人？爲何要破壞掉我們的機械哥吉拉？”
沐風見到他們不知道自己此行的目的，於是沐風對着身邊的陳峰說：“陳峰接下來要進行一場激戰了，你做好戰鬥的準備吧。”
陳峰知道現在真正的戰鬥開始了，於是他立刻開啓了戰鬥模式準備戰鬥了，然而沐風對着這些忍者大軍說：“我們來到這裡就是要進行一場東京大屠殺的，目的就是洗刷當年的國恥，現在你們就給我受死吧，殺！”
沐風這一生殺聲喊了出來之後所有的忍者大軍立刻衝了上去想要將沐風三人解決掉，李元徹聽到沐風的喊殺聲之後就知道戰鬥要開始了，於是李元徹立刻衝入了忍者大軍之中找到了那些上忍立刻衝過去將他們斬殺掉這樣就可以讓陳峰減輕壓力了。
霎那間兩方人數懸殊的戰鬥瞬間就拉開了，而這一切東瀛天皇還不知道，他現在正在離開地下研究所朝着城堡的方向過去等待這裡的消息，然而沐風和李元徹兩人立刻將所有的上忍的氣息捕捉到並且瞬間就來到了他們的身前將那些上忍解決掉，陳峰這時將身上所有的導彈系統全部打開，那些衝上來的忍者們立刻被陳峰的導彈打中之後瞬間產生了非常巨大的爆炸。
這裡的戰鬥現在非常激烈，而且是一邊倒的情況，忍者大軍的數量即使再多也依然阻擋不了沐風等人的屠殺，沒錯，沐風等人現在對這些忍者大軍就是進行一邊倒的大屠殺，他們沒有放過一個忍者，而且都是一招就殺了他們。
忍者大軍面對沐風等人的屠殺也是無能爲力，因爲只是一瞬間他們的所有上忍就全部被沐風他們斬殺了，現在這些中忍和下忍根本就是送死的，而且在沐風和李元徹身邊全部都是死去的忍者，他們不斷地朝着沐風和李元徹衝過去，然而沐風和李元徹依然都是無情的發出刀氣和風刃將他們斬殺掉。
讓忍者們驚訝的是兩人身上殺到現在都沒有沾上一點的血跡，這就是強者的厲害之處，沒過多久這裡數千的忍者就被沐風三人斬殺掉了，屍體也堆成一座小山了，忍者大軍見到這個情況之後已經開始絕望了，他們看到三人完全就是死神派來的收割者。
這時候忍者大軍終於奔潰了，他們驚恐地看着三人，現在沐風三人對於這些忍者而言就是怪物，忍者大軍立刻驚叫着撤退想要逃離這裡，因爲他們真的是太恐怖了，然而沐風見到這些忍者大軍逃跑了就對着身邊的兩人說：“忍者大軍要逃跑了，現在我們變出分身去斬殺他們，這些人該死，而且這也是給東瀛人一個教訓，那就是將這些忍者全部屠殺殆盡，還有天皇身邊的侍衛也全部殺掉。”
陳峰和李元徹點點頭，陳峰立刻將身上的所有導彈發射口全部打開，而李元徹也變出了分身，三人鎖定了所有忍者逃跑的路線之後就立刻飛奔過去將這些逃跑的忍者全部斬殺掉。
然而陳峰對着這些逃跑的忍者們說：“你們是逃不掉的，現在我就送你們歸西吧，哈哈哈！所有導彈全部發射！”
霎那間陳峰身上的所有導彈立刻朝着四處逃竄的忍者大軍飛過去，霎那間忍着大軍之中頓時產生了一連串的大爆炸，就連躲在大樓之中的忍者們也是沒有幸免，這時候在城市之中頓時慘叫連連。
而沐風和李元徹這邊在手上凝聚起了風刃和刀氣朝着四處逃竄的忍者大軍發出去，霎那間那些逃竄的忍者們全部都沒沐風和李元徹的風刃和刀氣打中，霎那間城市之中再次發生了一連串的連環爆炸。
本來哥吉拉和機械哥吉拉的戰鬥已經毀掉了四分之一的城市了，現在加上沐風等人的破壞東京城三分之一都被破壞掉了，三人就這樣對着忍者大軍進行着一邊倒的屠殺，忍者們無一倖免全部戰死在這裡，而且東京城現在也被沐風三人破壞的慘不忍睹，到處都是被破壞的景象。
然而這時候沐風三人直接朝着城堡方向的靖國神社走過去，活下來的忍者大軍們見到他們朝着靖國神社的方向去的他們立刻對着身邊的夥伴們說：“大家，就算我們拼盡全力也要將他們阻擋下來，不能讓他們去破壞我們的靖國神社，那裡有我們先祖的靈位，我們就算死也要阻擋住他們！”
忍者大軍們現在只能一拼了，不然的話他們的靖國神社就會被這三人毀了，現在見到忍者大軍全部衝了上來，沐風和李元徹的分身們在手上凝聚起了無數道風刃和刀氣，而陳峰再次將導彈入口打開。
霎那間鋪天蓋地的爆炸在城堡的門口頓時炸開了，所有的忍者大軍全部葬送在這裡，見到這些忍者大軍全部都被殺了，沐風三人這才朝着靖國神社走去，然而這時候他們來到靖國神社的門口的時候見到好幾個上忍堵在了他們的面前：“你們這些惡魔，現在我們就算是死也不會讓你們踏入的。”
然而這些上忍剛剛說完就被沐風等人取了首級倒在了血泊之中，沐風和李元徹眼睛也不眨一下就跨過了這些上忍的屍體朝着靖國神社進去，這時候沐風看到一個身穿黃袍的人跪在那些靈位的面前不知道說了什麼，但是三人知道他就是東瀛的天皇。
而這時候其中一個上忍還守護在這個天皇身邊，見到沐風三人的到來就立刻拿出了忍刀想要和三人拼命，然而上忍纔沒衝出去幾步就自己的胸膛就被沐風的風刃擊穿了，這時候這個上忍口吐鮮血瞪大了眼睛看着自己的身體，到死都不敢相信這三人的力量會強大到他連還手的機會都沒有。
沐風殺掉這個上忍之後對着天皇說：“你就是東瀛的天皇吧，你應該知道我們來到這裡的目的，那就是要毀掉你們的靖國神社。”
東瀛天皇已經知道了他們此行的目的了，於是天皇對着沐風等人說：“你們爲何要這樣做？我們到底那裡得罪你們了華夏人？”
沐風見到天皇這樣問就覺得他很可笑，於是沐風冷冷的對着天皇說：“你還記得三百年前的二戰嗎？你們對我們的南都城進行大屠殺，今日就是你們該償還的時候了，我們不是你們這些冷血動物，所以我們只會殺掉你們所有的忍者還有東京城的戰士一個不留，更包括你們這些大臣和你這個天皇，現在我就要在你們面前毀掉你們一直參拜的靖國神社。”
沐風說完之後就瞬間來到了這些靈位的面前只是一腳就將這些靈位全部踢翻在地，東瀛天皇見到之後頓時就憤怒不已，可是現在自己身邊的親衛和忍者全部都被這三人殺了，天皇也是無奈，而天皇對着沐風等人說：“你們不就是要洗刷過去的恥辱嗎？可是這一切都已經變成歷史了，你們還記得這麼深幹嘛？而且現在的世界已經不是當初的人類世界了，你們這樣做豈不是有違天理。”
東瀛天皇說出這樣的話之後李元徹頓時憤怒異常：“天理！什麼叫天理，那好我現在就做給你看看。”
李元徹說完瞬間就飛出一道刀氣將這些靈位全部毀掉，甚至連靖國神社的大殿都被毀了，東瀛天皇這時候憤怒地看着他們：“你們這是要做什麼？現在上天對我們的懲罰已經夠了，你們還想怎麼樣？忍者們都被你們殺了，神社都被你們毀了，現在你們滿意了吧？”
然而這時候陳峰用手指着天皇說：“現在我們還有最後一件事，那就是讓你生不如死。”
霎那間東瀛天皇捂着自己的下體發出了非常慘烈的嚎叫聲，沐風和李元徹見到陳峰如此的行爲頓時覺得自己的下面隱隱作痛，於是李元徹對着陳峰說：“陳峰，你要人家生不如死也不用這樣吧。”
而陳峰對着李元徹說：“現在還沒完呢，那些大臣和貴族，還有天皇的子女都沒死，這怎麼算是讓他生不如死呢，現在我們就將剩下沒完成的事情全部解決掉。”
沐風和李元徹這纔想起了還有這些人沒死，於是沐風三人也不管東瀛天皇的死活朝着東京城的避難區走去，並且臨走的時候沐風一個能量球就將整座城堡毀於一旦，由於城堡下面就是研究所，霎那間地下研究所因爲城堡的毀滅下面也產生了非常巨大的爆炸，沐風三人背對着身後的巨大爆炸就離開了這裡，至此東京城的核能破壞計劃纔算是真正的完成了。