木葉在上一場的戰爭中雖然損失了田井這一員大將，但卻成功渡過了難關，而後沒多久，自來也與水門就帶着休整過的部隊前來支援，而有了他們的支援，兩國的戰爭的形勢立即發生了轉變，勝利的天平開始徹底向木葉傾斜。
戰爭形勢穩定後，離開村子許久的日斬終於可以卸下肩上的重任，將軍隊統帥的職位交付到自來也的手中，而他則立刻趕回了村子，重新回到自己火影的職位上。
木葉雖然取得了戰場的優勢，但卻沒有急於將雷之國一次性擊敗，而是牢牢掌握這份優勢，穩紮穩打，一步一步擊退雷之國，打算靠着這份優勢慢慢將雷之國拖垮。
而雷之國爲了這次戰爭準備了這麼多年，最終幾乎投入了全國之力，自然也不願意就這麼認輸，哪怕已經難逃戰敗，但他們還在苦苦堅持。
於是雙方就這麼陷入到了一場持久戰中。
幾日之後，木葉村外的一處密林中，魂葉一個人靜靜的站在一根樹枝上，望着遠處的木葉村，沉默不語。
片刻之後，一道破風聲突然從魂葉的不遠處傳來，魂葉連忙轉頭望去，待到見到來人的面貌後，她才鬆了一口氣。
來人身披長袍，臉上纏着厚厚的繃帶，身上帶有一股不怒自威的氣勢，而這人正是團藏，也就是整容後的朔茂。
“你來啦。”見到朔茂後，魂葉臉上勉強擠出一絲微笑，主動打招呼道。
“嗯，那事怎麼樣了？”朔茂在魂葉面前的一根樹枝上定住身形，然後面色忐忑的看向魂葉。
“田井確實死了。”魂葉閉上眼睛，深吸了一口氣，然後沉聲說道。
“田井竟然就這麼…”團藏聞言緊緊握起拳頭，眼中流露出無盡的悲傷。
雙方就這麼沉默了片刻，似乎都在消化着田井已經死亡的事實，最終還是魂葉率先從悲傷中清醒過來，而後她伸手入懷，摸索出一個卷軸，然後遞給了朔茂。
“這是？”見到魂葉遞過來的卷軸，朔茂下意識接過，然後一臉疑惑的問道。
魂葉當即將她從雷之國手中奪回田井的眼睛的過程複述了一遍，而朔茂聽說田井已經落得個屍骨無存的下場後，心中悲怒交加，忍不住握起拳頭狠狠錘了一拳身邊的樹幹。
“這顆眼睛就先交給你保管吧，以後有機會的話，就將它轉交給止水，也好讓他能夠睹物思人。”魂葉拍了拍朔茂的肩膀，然後囑咐道。
“那你呢，你還不回家嗎？”朔茂深吸了幾口氣，暫時壓下心中的悲憤，緩緩收起那捲封印着田井眼睛的卷軸，然後轉頭看向魂葉問道。
“時機還沒到，我的事情還沒有辦完。”魂葉搖了搖頭道。
聽到魂葉的拒絕，朔茂眼中閃過一絲失望，但很快又隱去。
“對了，你要幫我注意一下卡卡西他們的小隊，如果他們什麼時候一起去戰場上執行任務的話，你一定要記得通知我。”處理完田井的事情，魂葉立刻想起了接下來即將發生在卡卡西小隊三人身上的悲劇，於是她連忙囑咐朔茂要注意他們三人的行蹤，而魂葉想要憑藉自己的力量來阻止這次悲劇。
朔茂對此很是疑惑不解，連連追問魂葉原因，但魂葉也沒有過多的解釋，只是再三囑咐朔茂要注意，然後便告別朔茂離去。
魂葉離去後，朔茂望着魂葉離去的方向沉思了許久，然後無奈的搖了搖頭，也轉身離去。
而當魂葉和朔茂都離去後，在遠處的一根巨樹的樹根處，一個臉上帶着螺旋麪具，身披黑袍的神秘人緩緩從地下鑽出，這個神秘人就這麼靜靜的看着魂葉二人剛剛站立的地方，雖然面具遮蓋住了他的臉上表情，但他身上一股暴躁的氣息卻難以掩飾，從他的身體表面散發而出。
許久之後，此人才緩緩壓下身體中的暴躁氣息，然後重新鑽回地面，消失不見。
...
火之國和雷之國的戰爭一打就是兩年，在這兩年時間中，卡卡西成功晉級成爲上忍，帶土和琳也成爲了中忍，而木葉與雷之國的戰爭也快要進入到了尾聲。
除此之外，水門因爲在戰場上出色的表現，不但讓黃色閃光名聲響徹忍界，還成功替代了自來也成爲了木葉軍隊的統帥，風頭一時無兩，成爲了木葉中人氣最高的忍者，不出意外，只待戰爭結束，他就會理所當然成爲第四代火影。
就在木葉一切都看似向着好的方向發展的時候，木葉的深處，一直藏身在黑暗中的大蛇丸終於安耐不住寂寞，開始騷動起來。
大蛇丸經過這麼多年的實驗，基本已經研究出了轉生之術，而得到了轉生之術後，大蛇丸便開始將目光放到忍界中那些神秘而又強大的血繼限界之上，不過要想去掠奪這些力量，他目前的木葉忍者身份卻成爲了他的阻礙，於是乎他便開始準備離開木葉。
而就在大蛇丸準備離開木葉的時候，不知是偶然還是刻意，他的實驗情報恰好泄露了出去，於是日斬便帶着暗部衝上了門，在一個陰暗潮溼的實驗室內，將大蛇丸堵了一個正着。
一番對峙之後，老邁的日斬還是狠不下心就這麼擊殺自己的愛徒，於是在猿魔的苦口婆心相勸下，日斬還是眼睜睜的看着大蛇丸逃離了木葉。
而後得到大蛇丸叛逃消息的自來也立馬追出了村子，千方百計試圖攔下大蛇丸，甚至想通過武力將大蛇丸帶回村子。
雖然自來也表面看似下定了決心，但實際上他卻無論如何也下不去狠手，而大蛇丸經歷過種種黑暗後，一顆心早已變得堅硬如鐵，下手也比自來也果斷很多。
如果不開啓仙人模式的話，大蛇丸與自來也的實力要相差無幾，但大蛇丸又比自來也能夠下得去狠手，兩相對比之下，自來也很快就落入下風，最終還是落敗，被大蛇丸擊成重傷。
自來也雖然心有萬般不甘，但也只能眼睜睜的目睹着大蛇丸離去。
綱手因爲心靈受傷，離開村子不願意再回來，如今就連大蛇丸也叛離了村子，原本讓自來也感到溫馨的村子如今卻變得陌生起來，心灰意冷之下，自來也再也無心留在村子，不等戰爭結束，就再次踏上了屬於他自己的旅途。