此時王凝之的部隊已經到達了武夷山，旋即發起進攻，所謂的進攻也不過是沿着山間小道緩慢且充滿警惕的往孫恩的老巢推進，甚至直到入夜，除了幾個陷阱，他們連半個人都沒有遇見，由於時間緊迫，且戰機如此，入夜之後他們也沒有停下，而是打起火把繼續向孫恩的老巢推進，如果能夠一舉搗毀孫恩的老巢，杭州的損失是可以接受的，因爲孫恩看似勢大，但是他最大的依仗仍然是武夷山的險山惡水，若是失去了武夷山，孫恩即便佔領了杭州也仍然無法立足，但是這僅僅只是一個預期，王凝之也意識到，這個計劃絕對不會那麼順利，孫恩能在杭州勢均力敵的較量中勝出，絕對不是泛泛之輩，果然，在通過一處山坳的時候，他們遭遇了伏擊，七千人的大軍被山上滾落的巨石截成數斷，並且匪軍站在山上向山下扔着石頭，山勢太過陡峭，想要攻上去是不可能的，只能在山谷堅守，但是幸運的是，他們在山下只是遭遇了小規模的偷襲，且匪軍的偷襲一閃而逝，佔到甜頭之後立即隱遁，匪軍一方損失爲零，而官軍一方僅此一役就損失了上千人，絕大多數的傷亡來自山上的落石，無奈之下，王凝之只能下令停下防守，好在官軍的陣型相對密集，沒有牽成一條長龍，防守陣型完成之後，匪軍的偷襲停止了，但是山上還是偶爾有落石砸下，但是這僅僅是干擾他們休息的手段而已，
第二天早晨，馬文才和馬敏正分兵去收攏殘部，馬文才帶了五十名親兵衝過了匪軍的糧道去了杭州北面，王凝之和他的部隊一晚上都沒有睡着，但是第二天仍然硬着頭皮向孫恩的老巢挺進，中午時分，當他們路過又一處山坳的時候，同樣的難題擺在他們面前，山壁太過陡峭，爬上去是不可能的，但是強行通過遭到伏擊的概率幾乎是百分之百，孫恩絕對不會放着這麼好的地形不用，但是大軍想要繞着這裡就意味着要多花至少半天的時間，而且就算穿過這裡，按照現在的速度，想要到達孫恩的老巢至少還有一天的路程。需要冒的風險跟收益明顯不成正比。正待王凝之猶豫不決之時，兩邊山頭上突然人影攢動，旌旗林立，現在不用懷疑了，這裡確實有伏兵，然後兩方人馬就在這裡對峙了下來，此時王凝之心中已有退意，雖然早有耳聞，但是親身降臨才知世人所說的險山惡水究竟有多難，這次事起匆忙，己方準備顯然不足，以致於現在拿站在山頂的山賊毫無辦法，這個距離和高度，強弩都射不上去，屋漏偏逢連夜雨，後方有人來報，會稽城內多處失火，公家差役屢遭截殺，會稽人心已然不穩，王凝之只能長嘆一聲，下令撤軍，但是山頭上的人見王凝之撤軍，也鬆了一口氣，實際上，從這裡直到孫恩的老巢，只有他們這裡山頭上的千餘人而已，昨夜設伏的也是他們，他們同樣兩天兩夜沒有閤眼，身心俱疲，而且他們中有一半還是在杭州被攻陷之後立馬被孫恩派回來協助防守的，就在王凝之撤軍的時候，孫恩也從杭州撤軍了，
三天的時間，杭州城內的大部分錢糧都被轉運到了城外，與王凝之相比，從北方而來的張翰和另外幾支從南北兩面進入杭州地區的部隊都沒有受到絲毫阻攔，一路上只是發現了不少探馬和哨兵，一次襲擊都沒有遇到過，王家的府兵和張翰的部隊合兵之後進入了沒有絲毫防備的杭州城，杭州城內，除了紅門大戶被幾乎拆了個乾淨，民房幾乎紋絲未動，大街上也看不到幾個人影，有人出現在大街上也跑得很快，看見官軍到了也一樣，沒有人敢靠近，一番商議之後，張翰以敵情不明爲由建議固守杭州城，其餘的將領也沒有提出反對意見，因爲現在他們對現在杭州的情況完全摸不着頭緒，要不是現在杭州城內緊張的氣氛，和那些幾乎被拆成了廢墟的豪門，甚至都看不出來杭州發生過戰爭，最後他們來到了太守府，在太守府的殘垣廢墟上駐紮了下來，經過一個下午的偵查，杭州城附近的情況大部分摸清楚了，杭州的東面廢棄了很多馬車，而且在那段路的東段發生過一場戰鬥，城南和城北的戰鬥還在持續，杭州西面，孫恩的大軍還未完全退去在杭州城頭上再架一個高腳樓甚至還能看見孫恩的軍事部署，
傍晚時分，馬敏正被探馬帶進了杭州城，即將入夜之時，馬文才也被帶進了杭州，從他們口中得知了杭州之前的戰況之後，帶領王家府兵的王坦之主張馬上進攻，趁孫恩的部隊沒有撤遠，利用騎兵的優勢在平原上展開一場圍殲戰，但是張翰卻陷入了沉思，很顯然，這次戰役充分證明孫恩手下有一支並不次於，甚至強於朝廷正規軍的部隊，部隊規模約有七八千人，這跟之前得到的情報懸殊不大，因爲青龍白虎，朱雀玄武四個大堂每個大堂都號稱兩千人，加起來正好八千，孫恩上前天晚上就奪下了杭州城，這意味着他掌握了三天時間的主動，這段時間裡，據馬文才他們所說，孫恩一直有大批部隊在防守轉運通道，然後想把杭州城內的這麼多豪門大族搬空顯然也需要不少的人手，再加上運輸，和前期的損耗，這個人數總量跟戰前的情報已經完全對不上了，戰前孫恩的部隊就被擊潰了一萬餘人，南北兩面的部隊孫恩也一直沒有收攏，防守轉運通道至少需要三千人，搬空城內的錢糧至少需要四千人，據馬敏正所說，杭州城內的光糧食就有五十萬石。而現在所有的糧食均已被搬空，杭州城距離孫恩的大本營有八十多公里，換算過來就是一百七十里的直線距離，實際的道路總長約有兩百里，因爲這裡是平原，岔路彎路不多，但是三天內運輸這麼多糧食到武夷山至少需要兩萬人，這樣算起來，孫恩一方的土匪難道有五萬人？這太誇張了吧，這還僅僅只是全局的擔憂，直接的威脅是孫恩在這三天的時間裡在往西的平原上設置的重重關隘，平原上很難阻止騎兵機動，但是水田和灌木林對於騎兵部隊的遲滯還是很明顯的，張翰見識過林青山一路走過便是步步殺機的本事，對於有着三天充足準備的孫恩也絲毫不敢大意，所以張翰建議先清掃還未完全平定的南部和北部地區，等解決兩邊的威脅之後再集中精力對付西面孫恩主力，張翰的方案得到了馬家父子的贊同，因爲他們已經領教過孫恩的厲害，如今局勢好不容易穩定下來，如果得到了張翰和王坦之的兩部精兵支援再敗一陣，那馬敏之這個杭州太守就可以換人了，因爲馬敏正鎮不住孫恩，必須換一個手段過硬的人來守住這塊朝廷的重要賦稅來源地，比如說林青山，經過一個晚上的休整，王坦之和馬文才分別帶手下的兩千人馬去清繳杭州的南北兩面，馬敏正和張翰留守杭州，