這時的叛軍雖然有七千之衆，但在新遼軍攻城時戰死了不少，加上上自主將，下到士卒，無不心驚膽戰紛紛逃命，哪裡還有人敢反抗。
新遼軍很快涌進了浦臺縣城，還有一些來不及逃走的叛軍士卒被抓住，約有一千五百人，這些人見無路可走，紛紛放下兵器，抱頭求饒。
墨離知道這些叛軍大多數都是被裹挾的百姓，本質是不想造反的，於是便吩咐各路將士們如遇到投降求饒的叛軍，一律不得濫殺，全部關押起來，待戰鬥結束後再處理。
但是自己部下不過才兩千來人，而潘焰飛的叛軍卻有七八千之多，並且還有許多人正在四散潰逃，若要全面剿滅這支叛軍，解除前進登萊路上的一個不穩定因素，僅憑自己這兩千來人只怕是心有餘力不足。
只好見一步走一步了，若是情非得已，到時說不得也只好動用一下特別手段了。
得知主將潘焰飛帶人往東逃跑後，墨離命令關鋒、蕭陽、周遇吉、李過率兵繼續追擊，自己則與馬進忠等人負責控制浦臺縣城，接管物資。
墨離和馬進忠帶領五百士兵將城中的俘虜驅趕到一處寬闊的空地上，準備找出幾間比較結實牢靠的空房子來關押他們。
由於俘虜太多，而新遼軍士兵又要逐一搜索城中的叛軍，並將他們與原來的百姓加以區分，這樣一來，兵力未免就太過分散了些。
俘虜中有個叫夏天勇的頭目，是潘焰飛的幾個得力手下之一，在潘焰飛手下做了個千總，這時見新遼軍分兵追擊同伴去了，留守城中的士兵又不多，於是便動起了心思，悄悄和身邊的手下商量見機逃跑。
當一隊新遼軍士兵押着近百名叛軍俘虜走了過來的時候，夏天勇和身邊的數十名手下趁着新遼軍士兵的視線和注意力被新押來的俘虜所阻擋和吸引的機會，突然暴起發難，上前搶奪新遼軍士兵的武器。
由於事發突然，新遼軍士兵在猝不及防的情況下，被這些暴起的叛軍俘虜打死了七八人，然後夏天勇大喊一聲：“弟兄們，官軍被打死啦！大家快跑啊！”
隨後，暴徒們一窩蜂似的朝空地東邊跑去。東邊數十步開外，是一片密集的民居。
那隊新遼軍士兵總共纔不過二十人，一下子被暴徒打死了七八個，餘下的還沒反應過來，蓄謀已久的俘虜們已經開始瘋了一般的往東邊居民區衝去。
帶領這隊士兵的把總焦原又氣又急，舉槍大喝道：“不許動！他孃的，都別跑！回來！都給我回來！”
可是俘虜們誰也沒有搭理他，不但夏天勇身邊那一班人率先逃跑，空地上其餘的俘虜也趁機乘亂一窩蜂朝東邊涌去。
“站住！都他孃的站住！”
焦原氣急敗壞的叫罵道，手中的燧發槍對空連開了三槍，可是俘虜們仍然絲毫沒有被他嚇到的跡象，繼續沒命的奔跑。
槍聲和騷亂驚動了正帶人在一旁搜索藏匿的叛軍的墨離，見狀不由得大怒，一揮手，手下的近百名士兵衝了上去，站成一排，舉槍對着那些逃跑的俘虜。
“開火！”墨離憤怒的喝道。他孃的，老子好心想饒你們不死，你們倒好，居然想趁機逃跑！那就怪不得老子心狠手辣了！
“砰砰砰砰砰砰......”
一陣槍聲響起，一團團硝煙瀰漫開來，帶着嗆人的氣味。
奔跑在最前面的幾十名俘虜頓時猶如被大風颳倒的稻草一樣倒了下去，慘呼聲不絕於耳，殷虹的鮮血流了一地。
“繼續殺！”墨離一揮手，一陣槍響後，又是近百個俘虜倒在了血泊中。
這下，俘虜們嚇呆住了，再也沒有人敢往前跑了，頓時都轉身往後面退，退到空地上，又齊刷刷地跪下，大呼饒命。
墨離看着這下跪地求饒的俘虜們，眼神冰冷，冷冷的說道：“本將軍本來想饒你們活命，可是現在看來，呵呵！你們真不配！”
“將軍饒命啊！將軍饒命啊！小的再也不敢跑了！”
“你們記住了，膽敢違抗本將軍的命令者，下場只有一個，那就是死！”墨離語氣如冰。
俘虜們一個個噤若寒蟬，連大氣也不敢喘一下。
墨離又踹了一腳跟過來的焦原，大罵道：“焦原，你他媽是豬腦子啊？這種情況還打什麼空槍！不讓他們知道知道厲害，你還等着他們跑光了纔開槍嗎！”
焦原撲通一聲跪下，懊惱的說道：“將軍，卑職知錯了！”
“記着！二十軍棍！”
“謝將軍！”
只一轉眼，就殺死了近兩百名逃跑的叛軍，這血腥殘酷的一幕讓所有俘虜們徹底嚇傻，震驚不已，再也沒有人敢亂動一下。
直到午後，關鋒、周遇吉等人才回來，並且抓回來了兩千多叛軍俘虜。可惜的是讓潘焰飛給逃掉了。
同時帶回來的還有一個很不好的消息：登州失陷了！
孫元化以及他的老師徐光啓的想法是--像當年戚繼光那樣，訓練一支新軍，雖然人數不一定很多，但裝備精良訓練有素，能在關鍵時刻爲帝國力挽狂瀾。
袁崇煥斬殺毛文龍後，其部下不少人走投無路之下紛紛投靠孫元化，這些遼兵都是土生土長的遼東人，與韃子有着血海深仇，作戰起來非常勇猛，加上在毛文龍的指揮下與韃子打了不少仗，戰力不可謂不高。
孫元化還花重金從澳門請來葡萄牙軍官團前來教授這些遼兵使用新式西洋火器。
新式火器營共有兩營，每營四千人，其中戰鬥部隊兩千人，後勤人員兩千人（戰鬥激烈時也是戰鬥部隊），配有雙輪車一百二十輛，炮車一百輛，糧車六十輛，共兩百八十輛。
此外，各營還裝備西洋大炮十六門、中炮八十門、鷹銃一百支、鳥銃一千兩百支，炮手還配備手銃，這樣火器幾乎人手一支，可以說，孫元化已經走在了這個時代的前端，他所裝備的遼軍僅從裝備而言，已是這個時代最強大的火器軍團！
徐光啓甚至自豪的認爲這樣的部隊不用多，若成就四、五營，則關內安危就不必擔心；成就十營，則不必害怕關外勢力；若成就十五營，則不必擔心收復失土的問題了。
然而，畢竟孫元化和徐光啓都是文人，對當兵的瞭解太少，對投靠他們的東江遼軍更是知之甚少。
他們不知道毛文龍麾下的這批遼軍很多是海盜、囚徒出身，雖然打起仗來都是亡命之徒，但道德低下，匪氣十足，雖然作戰勇猛，卻在骨子裡仍是一支亦兵亦匪的軍隊。
堅固的堡壘總是從內部被攻破，孫元化做夢也沒有想到耿仲明會叛變。
登州保衛戰第十四天的深夜，耿仲明和陳光福、謝廷駿、安森等東江遼將從內策應打開城門，叛軍從登州東門一擁而入--登州淪陷！
總兵張可大死力奮戰，然終因寡不敵衆，戰敗自殺殉國，孫元化卻陷入了兩難，一方面他是一個儒生，儒家教育要求他捨生取義，同時他又是一個天主教徒，天主教義要求他愛惜自己不能自殘。
最後孫元化選擇了自刎，卻被部下救下。孔有德先是要求孫元化做首領，領着他們和朝廷接着幹下去。
孫元化嚴詞拒絕，並苦口婆心反覆勸導孔有德重新迴歸朝廷的懷抱，曉之以理，動之以義。
孔有德的確有所意動，於是打算派人向朝廷請求招安。
但是李九成認爲，事情既然已經做到這個份上，和朝廷也就沒有可能再和解了。再說，孫元化如今被自己俘虜，他的話朝廷還認不認賬還是兩說呢。總之，李九成不同意招安。
孫元化又說自己可以去向朝廷陳明此事，請求朝廷寬大處理，招安孔有德等人。念及孫元化以前的收留提攜之恩，孔有德將孫元化釋放。
同時被俘的還有蓬萊縣令、參議、總兵、參將等一大批官員，葡萄牙總教習特謝拉·科雷亞等12名葡萄牙軍官戰死。
登州的淪陷，使得孔有德的實力急速膨脹，他不僅得到近七千遼兵，更得到四千匹戰馬，餉銀一百一十萬兩、紅夷大炮二十多門，西洋炮三百門，其餘火器和甲仗，不可勝數，可以說整個遼鎮的軍事物資全成了孔有德的囊中之物。
如此一來，孔有德部下就有了一萬餘精銳的東江舊部遼軍，以及裹挾而來的各地流民百姓、投奔而來的山賊土匪等等勢力，共計八萬五千餘人，聲威大盛。
蛇無頭不行，實力膨脹後，孔有德等人開始建立僞政權，他們首先推舉最年長的李九成爲都元帥坐頭把交椅，孔有德居第二、耿仲明居第三，還以繳獲的登萊巡撫印來號令登萊各州縣。
就在昨日，叛軍憑藉先進的火炮形成的強大攻堅能力，攻克黃縣，一時間，氣焰十分囂張。
消息是從登州逃出來的守城士兵口裡得知的，登州一帶現在是人心惶惶，百姓驚恐。
墨離頓時愣住了。本來，他們接到的作戰命令就是趕赴登州，和登州城裡的守軍裡應外合一舉剿滅孔有德叛軍，可是現在登州失陷了，那自己怎麼辦？
單憑自己這兩千來人能夠擊敗孔有德已經實力大漲的近十萬大軍嗎？
高起潛的京營完全就是一幫廢物，可以當他不存在了，至於祖大成的幾千人，兩部加起來也不到一萬人馬，真的有信心打敗叛軍十萬人馬嗎？