在《中國倫理學史》一書中，蔡元培指出了自漢以來，歷二千年中國文化發展緩慢的原因，預言中國的倫理思想必然向着追求人類自由的方向發展，顯示出作者的新型史觀和民主意識。
中國倫理學有數千年的歷史，資料之豐富爲世所罕見。但是，這些思想資料與其他各學科往往糾纏在一起，難以區別開來。
蔡元培認爲，史書所載的各種儒林傳、道學傳，以及學術史的專著，如：《宋元學案》《明儒學案》等，只能算哲學史而不是倫理學史。
他在他的《中國倫理學史》中，將主要思想家的哲學思想作爲他們倫理思想的前提，細心剔抉出他們關於道德規範、道德範疇、道德修養等方面的理論，理出倫理思想，而且將其系統化，努力找出它們之間的來龍去脈，從發展變化上掌握他們。
該書體現了蔡元培反對封建的文化專制主義，在學術上主張民主自由兼容幷包的特點。
他在緒論中指出：“各家學說，與作者主義有違合之點，雖可參以評判，而不可以意取去湮沒其真相。”
在敘述各倫理學派時，蔡元培的態度是客觀的，不僅實事求是地介紹了他們的具體內容，而且評判公允。
例如對以孔子爲代表的儒家，一方面認爲它足以代表“吾民族根本理想，但又提出其哲學之閎深，不及道家；法理之精核，不及法家；人類平等之觀念不及墨家。又其所謂折衷主義者，不以至精之名學爲基本，時不免有依違背施之跡”。
對於儒家一向貶斥的王充、王安石，作者稱讚說：“不阿所好之精神，有可取者，有卓識。”
對理學的集大成者朱熹，作者既肯定他的研究之勤，著述之富，對綜合儒家思想有功績，也批評他獨斷、保守，尤便於有權勢者之所利用。
對中興陸學的王陽明，作者讚揚其“矯朱學末流之弊，促思想之自由，勵實踐之勇氣，使思想界氣象一新，其功固昭然不可掩也”。
在蔡元培看來，“苟無學術史，則凡前人之知，無以爲後學之憑藉，以益求進步”。具體到倫理學界，“邇際倫理界懷疑時代之託始，異方學說之分道而輸入者，如槃如燭，幾有互相沖突之勢”。
蔡元培擔心“苟不得吾族固有之思想系統以相爲衡準，則益將彷徨於歧路”。
於是，他在萊比錫大學的課餘時間便開始寫作《中國倫理學史》。而在德國對西方學說的系統研習，加之其本有的中國傳統文化修養，使得蔡元培在看待中國倫理問題時的眼界，較之此前一個時期的“道德革命”論述可以更上層樓。
貫穿於《中國倫理學史》中的主線，即蔡元培提出的以“異方學說”與“固有思想”相爲衡準的主張。這既是晚清“新學”人士，受到進化論的思維方式的影響，而普遍產生的一種歷史意識與文化觀念，同時也包含了蔡元培個人的獨到思考。
一方面，倫理學意識的勃發與倫理學史的認知框架乃是西學刺激的產物；但另一方面，蔡元培超拔時人之處在於其並非僅以西學爲批判中國舊說的工具，而對西學本身同樣能持一種歷史的分析態度，將“分道輸入”的西方倫理學說條分縷析，加以把握；使之與中國固有的倫理思想相爲衡準，最終在相互參照的視野中，形成對“中國倫理學”的相對準確的認識。
蔡元培的譯作《倫理學原理》，則是一部他向國人介紹西方近代倫理論的一部重要著作。
該書作者是弗里德里希•泡爾生，系德國著名哲學家、倫理學家、教育家，1878年起任柏林大學教授直至去世。
裡德里希•泡爾生思想上屬康德派，是當時所謂"形而上學泛心論"的代表，主要著作有《哲學導論》，影響甚大，到1929年已出至第42版（1892年，列寧在其《哲學筆記》中對此書有專門的摘錄和評論），包爾生的重要著作還有《教育學》、《教育史》、《哲學史》、《康德傳》等以及《倫理學體系》。
《倫理學體系》1889年柏林初版，以後多次修訂再版，是包爾生作爲倫理學家的代表作，也是曾經在德國及歐美髮生過廣泛影響，至今仍不失其傳統倫理學經典意義的一部著作。
該書兼顧歷史和現實、理論和實踐，全書共分三編。
第一編爲人生觀與道德哲學概述，下含六章：一、古希臘道德哲學與人生觀；二、基督教人生觀；三、舊世界到基督教的轉換；四、中世紀人生觀；五、現代人生觀；六、中世紀與現代道德哲學。
第二編論述了倫理學體系的基本概念與原則，下含九章：一、善惡：目的論與形式論；二、至善：快樂主義與自我實現論；三、悲觀主義；四、惡、禍和護神論；五、義務與良心；六、利己主義與利他主義；七、德行與幸福；八、道德與宗教之聯繫；九、意志的自由。
第三編爲德性與義務論，下含十一章：一、德行概論；二、意志教育和情感訓練，或自制；三、肉體生活；四、經濟生活；五、精神生活與文化；六、榮譽；七、自殺；八、同情與仁慈；九、正義、十、友鄰之愛；十一、誠實。第四編爲國家爲社會理論綱要，主要闡述了他的社會學和政治學觀點和他對合理的社會生活形式的看法。
在此書中，作者用不長的篇幅，勾勒了西方人的實際道德與人生觀念的歷史演變，而尤其是注意到那些根本的轉折，顯示了其非凡的洞察力和概括力。
蔡元培編譯的《倫理學原理》，就是根據《倫理學體系》第二編的日譯本轉譯的。
《倫理學原理》由商務印書館出版後多次重印，直至1979年，臺.灣仍在重印此譯本，可見其社會影響之大。
蔡元培的《中學修身教科書》、《中國倫理學史》和所譯《倫理學原理》，看似學術作品。實際上，是力圖爲中國人尋找新的精神定位。從社會學的角度來講，社會大變亂時期，舊的道德秩序、行爲規範、社會規則已經改寫，即所謂的社會“失範”，社會成員面臨着遵行什麼樣的倫理規範，才能適應新時代的問題，社會則面臨着重建倫理秩序的問題。
爲社會建立合理適時的倫理規範，規範每個個體行爲，這是社會有序和健康運行的關鍵。那麼對於社會成員的倫理規範的制定合理合宜的規則，以及對社會成員個體人格的好的培養就顯得格外重要。
20世紀初期，梁啓超、孫.中.山等各個領域的領軍人物都曾不約而同地談到人類的人格問題，強調人格的重要，重視人格的培養。梁啓超於1903年著文《論中國國民之品格》；孫.中.山於1923年則作了《改良人格來救國》的演講。
特別值得一提的是，與其時頗多學術史家對晚清以降的“新學”大都給予積極評價不同，蔡元培雖也表彰其功，但卻不無保留意見。他並不滿意在此前一個時期的“道德革命”中表現出來的將西方倫理學說工具化的傾向。他以爲無論對西方倫理學，還是對中國倫理學，都應當加以專門研究，方纔能夠產生思想效力與道德效應。而《中國倫理學史》便正是他爲此做出的努力。
《中國倫理學史於1907年出版後，至1921年再版6次，後編入“漢譯世界名著叢書”；被稱爲“中國現代倫理學的開山之作”；
一般說來，一個社會的道德，大的方面固然是規範人的行爲，爲國家的統治提供秩序，爲人和人的交往提供規矩。但是，對每個個人來說，也是一種修行，一種教養，一個有道德的人在社會上肯定是個受人尊重的人。
一個社會的道德規範，固然有繼承性，有在很長的歷史時期中共同的東西。比如，自從有私有財產以來，切勿偷盜就一直是大家公認的道德戒律。但從總的說，道德歸根結底是爲一定的社會制度服務的，是在一定的社會條件下，人們交往方式的需要。不是固定不變的，是隨着社會進步而進步。
毫無疑問，培養人的道德觀念，告訴人們什麼事能做，什麼事不能做，這無疑是教育的責任。
關注道德教育，可以說是蔡元培一生的追求，在他看來道德教育是她教育救國的重要組成部分。他寫下《中學修身教科書》、《中國倫理學史》，翻譯《倫理學原理》，就是他這一思想的充分體現。
他1918年談到教育時曾鄭重提出，學校教育的本質和核心是人格教育，否則，就是教育的墮落，繼之以人的墮落。“然則，進化史所以詔吾人者：人類之義務，爲羣倫不爲小己，爲將來不爲現在，爲精神之愉快而非爲體魄之享受，固已彰明較著矣。”
在彌留之際，蔡元培的遺言中也曾有“我們要以道德救國，學術救國”的話。
在西學東漸、中西文化交流大潮中。蔡元培審時度勢，一方面積極主動地譯介、傳播西方倫理學說，同時又注重中西倫理學說的比較、融合，力求建構具有新時代、新特點、新方法的中國倫理學。在倫理學方法、倫理學原理、倫理學史諸多方面，爲中國近代倫理學的建構做出了極爲重要貢獻。