1892年春，蔡元培再次赴京補應複試、殿試。複試後被列爲第三等（補試不能列入一、二等）。
接着參加在保和殿舉行的殿試。
殿試只考策論，蔡元培充分發揮了博覽羣書和博學強記的優勢，對其中有關西藏的策論題，詳述其山川道里、行政沿革，且廣證博引，對答自如。
本年會主考官爲戶部尚書翁同龢，殿試閱卷大臣爲工部左侍郎汪鳴鑾。
結果，蔡元培考取第二甲第34名進士。
本科的狀元、榜眼、探花分別是劉福姚、吳士鑑、陳伯陶。同科考中者還有：唐文治、葉德輝、湯壽潛、張元濟、屠寄和沈寶琛等。
我們能夠看到，這其中的張元濟，是對蔡元培後來的人生，極爲重要之人。
對於殿試，蔡元培回憶說：“上來，殿試是專講格式不中內容的，只聽說張香濤氏(張之洞）應殿試時不拘格式，被取一甲第三名。我那時也沒有拘格式，而且這兩年中也沒有習字。仍是隨便一寫，但結果被取爲二甲進士。聞爲汪柳門（汪鳴鑾）先生所賞識。有位閱卷大臣，說此卷的字不是館閣體。汪說，他是學黃山谷的，於是大家都在卷子後面圈了個圈，就放在二甲了。”
如果是專爲了練字而故意拖後兩年，兩年裡爲什麼不練參加科舉需用的館閣體呢？這和前邊說過的後一種說法不是很矛盾嗎？
黃山谷就是被稱爲宋“四大家”之一的黃庭堅，他自號山谷道人，書法在當時是很受推崇的。
此後又通過朝考，蔡元培被點爲翰林院庶吉士。
庶吉士，亦稱庶常。其名稱源自《書經•立政》篇中“庶常吉士”之意。是中國明、清兩朝時翰林院內的短期職位。由科舉考試中進士的人當中，選擇有潛質者擔任。爲皇帝近臣，負責起草詔書，有爲皇帝講解經籍等責，爲內閣輔臣的重要來源之一。
清雍正以後，選官更爲嚴格，庶吉士由皇帝主持之朝考決定。
該職一般爲期三年，期間由翰林內經驗豐富者爲教習，授以各種知識。
三年後，在下次會試前進行考覈，稱“散館”。成績優異者留任翰林，授予翰林院檢討，正式成爲翰林，稱“留館”。
其他則被派往六部任主事、御史；亦有派到各地方任官。
和所有新科進士一樣，蔡元培要留在京城盤恆一段時間，期間一個重要的活動就是拜會各方人士。
按照慣例，通過考試的同科士子都要去拜謁主考官翁同龢。其實，這也是例行公事、走一走過場。
大概因爲這樣，翁同龢對一批批的來訪者中的大多數人其實並無印象，他在自己的日記裡往往簡單地記下“新庶常來者八九人”“新門人兩人來見”，連名字也不記。當科的狀元、探花來訪，也只記了“劉福姚來見”，“陳生伯陶來”而已，惜墨如金。
有意思的是，在1892年6月1日的日記裡，翁同龢記道：“新庶常來見者十餘人，內蔡元培，乃庚寅貢士，年少通經，文極古藻，雋材也，紹興人，號鶴青，向在紹興徐氏校刻各種書。”
這真是有些奇怪，他對蔡元培的印象深刻，簡直是刮目相看。是不是因爲蔡元培的“怪八股”呢？或者是對其有關西藏的策論題，詳述其山川道里、行政沿革，且廣證博引，對答自如印象深刻。
短短四年裡，蔡元培鄉、會試連捷，擠身翰林文苑。其躊躇滿志，自不待言。而作爲光緒皇帝老師的翁同龢是何等人物呀？能得到這樣的朝中重臣的青睞，是何等的榮耀呀！
一時間，年紀輕輕的蔡元培，成了“聲聞當代，朝野爭相結納”的名人士大夫了。
從清朝中葉以降，殿閣大學士、總督、巡撫、軍機大臣這些朝廷的要職，大多系翰林出身。對於蔡元培來說，誘人的政治前景正在向他頻頻招手。
“點翰林”之後的第二年，蔡元培的大部分時間是在外地遊歷中度過的。
初夏時節，他先到寧波，又到上海，然後乘船溯長江西下，遊覽了南京，鎮江，揚州及靖江縣。此次出遊，他曾有散片日記，載述行程。
秋風乍起之時，他又取道香港來到廣州。與在廣雅書局任職的陶濬宣等一般朋友，詩文酬酢，觀瀾華南名勝。
在廣州南園，他曾戲作該省鄉試題《如有王者必世而後仁》一篇。陶濬宣徵得當地名士朱一新、徐琪、吳翔寅的評語各一則，輯印成《蔡太史擬墨》。
在此期間，陶濬宣多次向蔡講述廖平在廣雅書局時，對經學的獨到見解，以及康有爲爲承其學說做成《新學僞經考》，引起士人不同反應等情況。蔡元培對此頗爲關注，特意搜求廖康二人已印行的著作，以備研讀。
冬天來臨時，他又赴潮州，汕頭等地。一直到轉年的春天，才起程北返。
按說，身爲庶吉士，到各地考察風土人情，是必修之課。
但這些等待重用的“翰林”，前途不可限量，誰知道以後能當多大的官？所以，各地官員都爭先打點。因爲等這些人高居廟堂時，再想親近就不容易了。反正都是公費，人情可是個人的，何樂而不爲。
久而久之，這些新貴人們，也都趁此機會，公費旅遊還能賺些外快，被人們稱作“鬻文賣錢”。不管蔡元培此行是不是有此意，所謂瓜田李下，人們有這樣的看法也不足爲怪。
但是，不管怎麼說，近一年的遊歷，蔡元培幾乎走遍了自1842年以來最早與海外通商的口岸和地區。這對於一位中國傳統教育塑造出來的青年士大夫來說，其意義恐怕不僅僅是在補足“讀萬卷書”的缺憾，而行萬里路。
西方近代文明和洋務新政的清新氣息，足以使他擴展視野，更新觀念。蔡元培遊離廣州期間。康有爲正在長興裡萬木草堂招徒講學。士林風氣的更化和改革潛流的涌動，蔡元培不可能毫無覺察而無動於衷。
儘管上述感受可能尚屬朦朧意識，但隨着世事的變遷，會逐漸清晰起來的。
1894年春，蔡元培從廣東返回紹興。隨即赴京參加散館考試。這是對翰林院庶吉士進行甄別，以決定任用的一種例行考試。應散館後，蔡元培被授爲翰林院編修。
至此，不滿28歲的蔡元培，已經達到了當時讀書人羨慕不已的科舉道路之極。
接下來，蔡元培便開始了供職翰林院的京官生活。
應同鄉先輩李慈銘的邀請，他兼任了李慈銘之子李承候的家庭教師，爲其講述《春秋左氏傳》；同時，他還爲李慈銘代閱天津問津書院的課卷。此時的蔡元培一個人在京，平素就寓居李家。
蔡元培和李家上下相處得極佳，是個特別受歡迎的人。吃住在李家，也給蔡元培單身漢的生活帶來極大的方便。
李府常有官員來拜訪，李慈銘總是把蔡元培介紹給大家，這樣就擴大了蔡的交往圈子，豐富了其人脈資源。這對於像蔡元培這樣的初登政壇的官員，無疑是十分重要的。
廣交朋友，是蔡元培的平生極好。我們不止一次地說過，這時候的人們，鄉土觀念極強。此期間，蔡元培與在京的浙江籍人士王式通、胡道南等人交往尤其密切，經常在一起作詩遣懷。
如果蔡元培一心仕途，如果當時中國的政治沒有發生翻天覆地的大變故，那麼蔡元培沿着這條路繼續走下去，則就可能青雲直上、躋身達官顯宦之列。
然而上面的兩個都沒有成真，蔡元培體制外的另類人生書卷，恰恰就從此時開始書寫了。
1894年是農曆甲午年，是中國近代史上極不平凡的一年。這年，爆發了撼動中外的中日“甲午戰爭”。
寓居李家，接觸人多，消息也很靈通。蔡元培在中日雙方，在朝鮮的軍事對峙已呈一觸即發之勢時，就以焦灼的心情關注着事態的發展。
按說，一個小小的島國和泱泱中華大國對陣，不是蚍蜉撼樹嗎？但是，傳回來的消息卻正好相反，節節敗退的不是“蚍蜉”而是“樹”。
同許許多多關心天下事的國人一樣，聞知甲午海戰不斷戰敗的消息，年輕的翰林蔡元培簡直不敢相信自己的耳朵。他悲憤交加，與其他朝中的憂國之士一起，在海戰發生半個多月後聯名向皇帝上奏：
“日講起居注官翰林院侍讀學士臣文廷式等跪奏，爲敵情叵測、宜出奇計、以弭兵釁、恭折密陳、仰祈聖鑑事：
“……然倭人乘勝之時，震驚陪都，窺伺近甸，我雖佈置嚴密，尤慮瑕隙未周，比聞倭將以傾國之兵，道出黃海。此時李鴻章既有暮氣，而所調諸將，或多新募，或未成軍……
“戰國之時，秦攻齊，則韓、魏救之，攻韓魏，則趙救之。唐之藉兵，遠及大食。宋之謀金，兼約西遼。
“此時倭人得志，勢將不利於英；法人與其兵謀，德國亦所深忌。故聞英人頗有藉端與倭開釁之志，兵船五十餘號，已盡集南洋。德人亦特厚於我，凡將弁之效力於中國者，其主皆特賞寶星；又任中國購買軍火，藉資馭敵，此非偏有所厚也，衛我即所以自衛也。……資其兵費，使伐倭人。……伏乞皇上聖鑑，謹奏。
“翰林院侍講學士臣文海……臣徐世昌……臣蔡元培，修撰臣張騫，編修臣尹銘綬。”
這便是帝黨中堅人物，翰林院侍講學士文廷式領銜的，蔡元培、徐世昌、張騫、丁立鈞、黃紹箕、沈曾桐等37人一八九四年十月七日，聯名上奏光緒皇帝的《與文廷式等奏請密連英德以御倭人折》。