對於直皖之戰，段祺瑞一直都是信心滿滿。奉軍入關，雖然對他打擊不小，但對取得這場戰爭的勝利也還是信心十足，只是覺着可能要多費些周折。萬沒想到，一直以來自認爲手握的虎狼之師竟如此不堪一擊，打了三天就兵敗如山倒。
這是一個很剛強的人，自覺無顏以面對天下，幾次想自戕，都被左右及時攔下。
“勝敗兵家常事，畢竟是北洋軍內爭，究竟還有同袍之誼，直軍也不會做的太過。”
聽到這樣的反覆解勸，段沉吟了許久，派人把靳雲鵬找來。
靳見到老段，不知說什麼好，也不知段找他何事。他雖是皖系的人，但不知爲什麼對皖系的失敗反有些幸災樂禍。只是，他竭力掩飾，故意裝出很痛心的樣子。
段此時此刻哪還有心思顧及這些，只是簡單地說：“事已至此，你和他們還可以談話，趕快去和他們商討停戰吧，條件方面我沒有什麼意見，只希望不要把戰爭帶進北京城。”
有說在戰前，段曾要求所部，儘量少用重炮，可見他不願意看到太多的傷亡。這說明，老段這個人還是較爲良善的。
靳雲鵬從府學衚衕段公館出來，就去找傅良佐，請他去天津跑一趟，代表靳自己向直軍求和。
傅到了天津徑赴直隸省長公署求見省長曹銳，曹銳沒有見他，也不准他離開，他便被軟禁於省長公署。
前線軍隊一隊隊狼狽地逃回，北京城的風聲也越來越緊。段祺瑞萬般無奈，只好放低身段滿面羞愧地去見徐世昌，請徐下一道停戰令，免得北京城遭浩劫。
徐世昌待段辭出後，望着他的背影，冷笑說：“早知今日，何必當初呢？”
當天，徐世昌頒下停戰令：“前以各路軍隊因彼此誤會，致有移調情事，當經明令一律退駐原防，共維大局。乃據近日報告，戰事迄未中止，羣情惶懼，百業蕭條，嗟我黎民，何以堪此？況時方盛暑，各將十躬冒鋒鏑，尤屬可憫。應責成各路將領，迅飭前方，各守防線，停止進攻，聽候命令解決，用副本大總統再三調和之至意，此令！”
十九日，段祺瑞通電引咎辭職。
電雲：“保定曹經略使、天津曹省長、盛京張巡閱使、南京李督軍、南昌陳督軍、武昌王巡閱使、開封趙督軍、歸化蔡都統、寧夏馬護軍使同鑑：頃奉主座電諭：‘近日疊接外交團警告，以京師僑民林立，生命財產極關緊要，戰事如再延長，危險寧堪言狀？應令雙方即日停戰，速飭前方各守界線，停止進攻，聽候明令解決’等因，祺瑞當即分飭前方將士，一律停止進攻在案。
“查祺瑞此次編制定國軍，防護京師，蓋以振綱飭紀，並非黷武窮兵，乃因德薄能鮮，措置未宜，致召外人責言，上勞主座之廑念。撫衷內疚，良深悚惶！查當日即經陳明，設有貽誤，自負其責。現在亟應瀝陳自劾，用解愆尤，業已呈請主座，准將督辦邊防事務，管理將軍府事宜各本職，暨陸軍上將本官，即予罷免；並將歷奉獎授之勳位勳章，一律撤銷，定國軍名義，亦於即日解除，以謝國人。謹先電聞。”
一直到最後，段祺瑞都沒有出言責怪任何人，而是把所有的責任自己來扛，這就是人品。不像張敬堯，出了事不惜把自家兄弟和忠心耿耿的義子推出去。
細看這個電報，禮貌地提到了那麼多對手，竟沒有此戰最重要人物吳佩孚。肯定不是漏掉，是段對吳太恨之入骨了。
段在皖軍戰敗後，由團河回到府學衚衕，既不逃天津，也不奔租界。
皖系之敗，不只在東西兩戰場上，其他各處也是敗訊頻傳。山東德州本被皖軍馬良攻入，守將商德全退走。隨後奉軍往援，奪回德州。信陽方面皖軍趙德龍與河南旅長李奎元激戰，趙亦敗北。察哈爾都統王廷禎響應曹吳，率軍入駐康莊，在居庸關方面與皖軍一戰，皖軍照樣大敗。
段祺瑞的失敗，是徐世昌很樂見的。徐有他的打算，想在直奉兩系之間保持一個均衡，希望其他各省的軍閥也保持原有地盤和地位，互相牽制，這樣他就可以成爲一個有職有權的總統了。
他主張對段寬大，只要解除了兵權，就可自由安居，且應予以相當的優遇。至於其他人，除了少數民憤特別大的首要外，也儘量少株連。
徐的寬大主張得到張作霖的贊。張和皖系並沒有血海深仇，不必趕盡殺絕，而他正想乘此機會收集皖系的殘餘，壯大自己，自要收買人心。
曹錕是主張懲辦一切與戰事有關的皖系政客和安福系分子，但爲了保持和奉系的友好，而儘可能遷就張作霖。
但是，吳佩孚不一樣，堅持要肅清安福分子，查抄禍首的財產充作善後經費，解散安福國會，幽禁段祺瑞。
直皖戰爭雖然十八日已經結束，直到二十三日直奉兩軍的先頭部隊纔開到北京，二十四日大隊人馬開到，分別接管了南北苑的兵房。
七月二十三日北京政.府特派王懷慶督辦近畿軍隊收束事宜。
王懷慶（1875—1953），字懋宣，河北省寧晉縣鳳凰鎮南塔莊人。
出生在一個小官吏家庭。父酒賭成性，母爲人文弱，家道中落。王懷慶八歲上下就和家裡人一起下地種莊稼，給人家放牛、牧羊，十歲的時候，就擔負了更繁重的體力活兒，象脫坯、蓋房等等。
十二歲即喪母失怙恃，繼母虐待殊甚。一八八九年夏，十五歲的王懷慶不堪繼母和父親的虐待，私自離家遠奔他鄉。適時恰逢直隸提督聶士成在蘆臺招兵，王懷慶入伍，由於他勤儉耐勞少言，獲得了聶士成對他的青睞，因而不斷升遷，後入北洋武備學堂第二期學習。
一八九三年升爲千總，後成爲直隸提督聶士成部下的中軍，兼帶馬步衛隊。
庚子年八國聯軍侵華，聶士成戰死在天津八里臺子。王懷慶於槍林彈雨之中揹負聶回營棺殮，並親送靈柩至聶原籍安徽合肥安葬。由於聶家感激，效死於主將的忠義之名轟動一時，而當道者嘉許之，譽之爲“忠義”。此後，聶母專函介紹王投到袁世凱麾下。
他是徐世昌在軍界第一心腹親信，資格甚老，與“北洋三傑”同輩。一九一二年後先後任薊榆鎮守使、北京步軍統領、京畿衛戍總司令兼第十三師師長、熱河都統，熱察綏三特區巡閱使。第二次直奉戰爭後，寓居天津。
雖還是一朝“天子”，但不能一朝“臣”了。
二十四日準免財政總長李思浩、司法總長朱深、交通總長曾毓雋職。派田文烈兼署交通總長，財政、司法兩部則由次長代理部務。又準免京畿衛戍司令段芝貴職。
二十六日令撤銷曹錕、吳佩孚等處分。批准京師警察總監吳炳湘辭職，派殷鴻壽繼任。
二十八日準督辦邊防事務兼管理將軍府事務段祺瑞辭職。令裁撤督辦邊防事務處。令撤銷西北軍名義。
二十九日派昭武上將軍、熱河都統薑桂題兼管將軍府事務。
按慣例對戰敗方要懲辦禍首，但名單遲遲沒公佈。據說名單內有曹汝霖、陸宗輿二人，因爲這兩位是經手向日本借款的人，陸宗輿在直皖開戰前還墊付了定國軍（段軍）一筆軍費。可是，曹、陸兩人的名字在徐世昌筆下刪除了。
江蘇督軍李純電請將王揖唐加入禍首，湖北督軍王佔元也請求把吳光新加入，徐世昌認爲這兩個人都不在北京，沒有直接參加戰爭，應當另案辦理。
七月二十九日北京政.府下令通緝禍首：“國家大法，所以範圍庶類，緬規幹紀，邦有常刑。此次徐樹錚等稱兵畿輔，貽害閭閻。推原禍始，特因所屬西北邊防軍隊，有令交陸軍部接收辦理，始而蓄意把持，抗不交出。繼而煽動軍隊，遽啓兵端，甚至脅迫建威上將軍段祺瑞，別立定國軍名義，擅調隊伍，佔用軍地軍械，逾越法軌，諮逞私圖。
曾毓雋、段芝貴等，互結黨援，同惡相濟，或參預密謀，躬親兵事；或多方勾結，圖擾公安，並有濫用職權，侵挪國帑情事，自非從嚴懲辦，何以伸國法而昭炯戒？徐樹錚、曾毓雋、段芝貴、丁士源、朱深、王郅隆、梁鴻志、姚震、李思浩、姚國楨等，着分別褫奪官職勳位勳章，由步軍統領京師警察廳一體嚴緝，務獲依法訊辦。其政治交通等部款項，應責成該部切實徹查，呈候核奪。國家雖存寬大，而似此情罪顯著，法律具在，斷不能爲之曲宥也，此令。”
若論禍首，第一當屬段祺瑞，現在卻成了受脅迫者。所謂“刑不上大夫”，從來如此，已見怪不怪。
奉軍入京後曾到安福俱樂部去進行搜查，並將其查封。
八月四日，徐世昌下令解散安福俱樂部，同時聲明：“除已有明令拿辦諸人外，其餘該部黨員，苟非確有附亂證據者，概予免究。其各省區設有該部支部者，一律解散。”
這道命令引起曹錕、吳佩孚和長江三督的嚴重不滿，於是，徐世昌於八月七日補發命令：“一、據江蘇督軍李純電呈：王揖唐遣派黨徒，攜帶金錢，勾煽江蘇軍警及緝私各營。並收買會匪，攜帶危險物，散佈揚州鎮江省城一帶，以圖擾亂，均有確鑿證據，請拿交法庭懲辦等語。王揖唐經派充總代表職務，至爲重要，乃竟勾煽軍警，多方圖亂，實屬大幹法紀，除已由國務院撤銷總代表外，着即褫奪軍官，暨所得勳位勳章，由京外各軍民長官飭屬一體嚴緝務獲，依法懲辦，此令。”
“二、前以安福俱樂部爲構亂機關，業有令實行解散，所有籍隸該俱樂部之方樞、光雲錦、康士鐸、鄭萬瞻、臧蔭鬆、張宣或多方勾煽，贊助奸謀，或淆亂是非，潛圖不逞，均屬附亂有據，着分別褫奪官職勳章，一律嚴緝，務獲懲辦。其餘該部黨員，均查照前令，免予深究，務各濯磨砥礪，鹹與維新。此令。”