段祺瑞此次組閣後，日本又提出四項條件：
（一）共同出兵西伯利亞，由日軍指揮華軍。
（二）發行軍用票。
（三）臨時管理中國交通、軍械、實業、經濟、教育、外交。
（四）合組運輸大同盟。
日方要中國嚴守秘密。
一九一八年三月二十四日，中日雙方交換照會。消息當然關不住，於是全國便掀起了反對中日秘密外交以及反對繼續用兵的高.潮。
段祺瑞在武漢期間已經感受受到來自民衆的壓力，武漢各團體和商會都派代表直接請願停止內爭。段剛剛壓制了直系主和，現又遭遇到了全國性的反戰，使他“武力統一”的政策受到更大沖擊。
此時，諸多情況都有利於南方，如果西南軍人真能在護法旗幟下支持孫中山，那麼南北局勢就會改觀了。可惜，桂系和北方直系糾纏不清，西南的實力派對孫並不支持，桂系對國民黨也不合作。因此，南方局勢也和北方局勢一樣一團亂麻。
在廣東，更是派系林立。有桂系、地方軍人、國民黨，還有一支滇軍，更不用說在海南島虎視耽耽的龍濟光。
而西南兩大實力派，陸榮廷在搞大廣西主義，唐繼堯在搞大雲南主義。在廣東有粵桂滇軍之爭，在四川有川滇黔軍之爭。西南各省內，也有一些有力量的軍人與北方勾結，如四川的劉存厚、湖南的陳復初、廣東的莫擎宇。
在這種複雜情勢下，可以想像孫中山的處境有多困難。
南北分裂局勢已成，皖系的武力統一政策無法實現，直系的和平統一計劃也無可能。於是有人便提倡“聯省自治”。主張以省爲自治單位，由各省省議會制定省憲法，然後依照美國的聯邦制，聯合各省組成一個“聯省自治政.府”。他們提倡地方分權制，反對中央集權制。
早在袁世凱稱帝時，梁啓超就主張地方分權。後來樑領導的研究系加入了主張中央集權和武力統一的段內閣，因此就把這一主張扔在一旁，現在他們又舊話重提。
聯省自治的策動者是熊希齡，他有一封長信給岑春煊言道：“今欲行中央集權之統一政治，此後日見其難，實不如改行地方分權之聯邦政治，當可徐善其後。”
聯省自治的呼聲，正符合西南各省議會及各團體所提倡的，以本省人治本省的要求。這個政策也符合各省小軍閥和地方主義者保持地盤和權位，因此，聯省自治的要求一時大受歡迎。
譚延闓是第一個響應這個學說的人。他和熊希齡有深厚的關係，他本來寄望於桂系支持，可是當南軍佔領長沙後，譚浩明一手控制湖南軍政，對他卻視而不見。
馮國璋雖然在民國六年十二月七日任命他爲湖南省長兼署督軍，但桂系卻置之不理。這時他在岑春煊之後，以“調人”姿態出現，與岑聯名電請北軍不進攻嶽州，他表示願回湖南進行調解。
桂系鑑於北方主戰派一定要進攻湖南，與其因控制湖南而冒戰爭危險，倒不如放棄湖南，讓譚延闓回來，將湖南劃爲南北的軍事緩衝地帶。
馮國璋也認爲譚延闓回湘，可成爲挽救和平的一線希望。如果譚能說服桂軍先退出湖南，則主戰派沒有理由再堅持軍事進攻。
譚要求在他返湘前北京政.府再下一道停戰令，可是馮沒有這個膽量，只責成譚在返湘經過漢口時和曹錕、王佔元直接協商，看能否把軍事進攻推遲一下。
北軍在湖南要發動攻勢時，北方的直系和南方的桂系仍作挽救和平的最後努力。譚延闓在桂系授意下，於三月三日曾由上海到南京。
他提出一個和談的先決條件，就是南軍願意先退出嶽州，但北軍也不進駐。
與譚延闓同時奔走的，還有各省省議會.他們準備在南京舉行聯席會議，推進南北和談。李純把譚延闓的建議轉達到北京，同時主張把國會問題提交各省議會聯席會議解決。
但是，北軍已經向湘北進攻，譚延闓只好掃興地回到上海。
當北軍進攻湖南的同時，段內閣命令江西督軍陳光遠、福建督軍李厚基開闢兩個戰場進攻廣東。陳光遠雖是主和派，可是大勢所趨，也不得不追隨主戰派出兵。江蘇督軍李純，也派第十九師師長楊春普率部開到江西。
奪取廣東，是段祺瑞“武力統一”戰略中最根本的任務。段政.府認爲：“欲謀統一，必先收粵，粵不下，湘不安，戰局不了，國是不定”。
在一九一七年九月傅良佐帶北軍入湘時，北京政.府就同時指令閩、贛、浙省軍隊和瓊州龍濟光部，對粵同時並舉，協力進攻，以策應湘省作戰。
其攻粵部署是：龍軍直取欽（州）、廉（州）、高（州）、雷（州）地區，東圖廣州，並切斷粵桂通路。
福建派兩混成旅沿汀江入粵，進佔嘉應州（治今梅州市）、惠州（今惠州市）地區，西攻廣州。
江西派一混成旅逾大庾嶺，入韶州（治今韶關市）地區，南攻廣州，形成三面夾擊之勢。
前邊提到過。十月月二十三日，北洋系收買廣東潮梅鎮守使莫擎宇，宣告“對省獨立”。與廣東省政.府脫離關係，直接聽命於北京政.府，並立即派兵攻打惠州。
莫擎宇發難興兵，爲段祺瑞大舉圖粵製造了契機。
十月二十四日，閩督李厚基在段政.府授意下通電支持莫擎宇，並令汀漳鎮守使兼北洋第十四混成旅旅長臧致平率兵十營進援。
此後不久，龍濟光也由瓊州出兵，抄襲粵省側背。於是，段系軍隊攻粵之戰全面展開。
前邊也曾提到，一九一七年十一月十日，陸榮廷在梧州召開軍事會議，討論粵省守防作戰計劃。會議推舉陸榮廷爲兩廣巡閱使兼廣東督軍。陸自稱“年老多脖”，派其親信、原廣惠鎮守使莫榮新代理廣東督軍。
莫榮新上任後，鑑於莫擎宇盤踞潮汕，李厚基出兵援潮，在陸榮廷的授意下，決定在進剿莫擎宇部之同時，實施大規模攻閩作戰，以策應湘省軍事。
十一月二十七日，由程璧光出面，召集滇軍總司令李烈鈞、粵軍總司令陳炯明、督軍署參謀長郭椿森以及胡漢民、汪精衛等，在廣州海珠開軍事會議，商訂攻閩方略。
決定成立“徵閩海陸聯合軍”，以程璧光爲總司令，指揮海軍、滇軍、粵軍三支部隊，分五路攻閩。兵力包括駐粵海軍全部，陳炯明之粵軍二十營，駐粵滇軍全部，和粵省地方軍八營，桂軍一支隊。
具體部署是：以陳炯明部二十營進攻漳州，爲第一路。
李烈鈞統率滇軍兩個師進攻汀州（今長汀），爲第二路。
沈鴻英率“平潮軍”十二營進攻上杭，爲第三路。
劉志陸率“平潮軍”十五營進攻詔安，爲第四路。
程璧光率海軍艦隊襲擊福州，爲第五路。
計劃確定不久，得悉龍濟光於十二月十一日由瓊州出兵攻粵，遂重新調整部署：由攻閩粵軍總司令陳炯明繼續率所部進攻閩省；以駐粵滇軍第六軍軍長方聲濤爲徵閩靖國軍總指揮，率所部第八旅（旅長伍毓瑞）、第九旅（旅長夏述唐）進駐潮、汕，策應陳炯明部作戰；以李烈鈞爲討龍軍總指揮，率沈鴻英、林虎兩支部隊赴粵東南抵禦龍濟光部；海軍則全部參加討龍作戰。
陳炯明於一九一七年十二月八日就任攻閩粵軍總司令職後，便着手進行作戰準備。
由於原二十營粵軍裝備低劣，每營僅有槍二三百支，莫榮新又從中掣肘，除撥少量開拔費外，餉彈方面概不負責。
陳炯明等深感實力單薄，出兵困難，在徵得孫中山同意後，施行一項擴充實力的方案：一面向地方士紳借槍，一面向海外革命人士募捐餉款。
其中規定，能募到人槍二百者爲營長，人槍六十者爲連長，人槍二十者爲排長，不願擔任軍職的按槍付錢。
經過一番努力，共籌集到各種槍二千餘支，子彈數萬發。這樣，加上滇軍方聲濤部，攻閩軍總數達二萬人左右。
陳炯明將攻閩軍編爲若干個支隊，每支隊轄二至四個營不等，命鄧鏗爲參謀長。
一九一八年一月二十五日，陳炯明在廣州誓師攻閩。二十七日，率主力部隊離開廣州，開赴汕頭。
這時，閩省全部軍隊約有三個師的兵力，其中有福建第一旅（旅長姚建屏）駐福州；北洋第十混成旅（旅長唐國謨）駐廈門；北洋第十四混成旅（旅長臧致平）駐詔安；閩省清鄉隊（總司令張清汝）駐延平（今南平市）。另有巡防隊約四個團分駐各地。總計二萬二千餘人。
閩督李厚基得到粵軍將要攻閩的情報後，一面調唐國謨等部開赴永定、上杭一帶趕築工事，準備抗擊粵軍，一面迭電北京政.府派兵援閩。
段祺瑞命童葆暄率浙軍第一師緊急赴閩。
一九一八年二月中旬，攻閩粵軍進抵潮州（今潮安）、汕頭一帶。但是，陳炯明對攻閩作戰並不熱心，部隊進抵潮汕地區後，忙於招兵索餉，遲遲不向閩省發動進攻。致使北軍得以從容調遣兵力，擴充力量，加強並完善了在閩西南的防禦部署。
三月二十二日，孫中山致電陳炯明，指出：“若乘敵軍初到，地形未諳，利用內應，猶可先發制人”，宜“速下攻擊命令”。但陳炯明以“佈置未周”爲藉口，對孫中山之電令置若罔聞。