馮國璋做了總統後，曾表示尊重責任內閣制，對於段祺瑞用人和行政方面的決策都不干涉，段對馮在態度上也比對黎元洪時好得多。
馮和段這兩個實力派，從袁世凱小站練兵就在一起共事，在反對洪憲帝制和張勳復辟中始終站在同一陣線，按說，他們應該能處到一起，其實不然。
從馮與段的性格上看，段祺瑞比較強勢剛愎，有主見。而馮國璋雖給人的感覺，顯得軟弱、庸碌，好商量事，但其實是個極有心機之人。而最重要的，想讓馮當一個和黎元洪一樣的受氣、什麼事都不能管的總統，是絕對不能接受的。而段則是決不肯放棄半點權力的，因此兩人的爭鬥反而是不可避免的。
前邊說過，張勳復辟後，黎元洪放下了面子，以國家大局爲重，重新任命段祺瑞爲國務總理，並令他掛帥討賊。
討逆勝利後，一直在努力調解府院之爭的張國淦曾力勸段祺瑞迎黎元洪覆位，他說：“相對而言，和黎元洪共事其實比較容易，因爲他手中無兵，而且剛經受過挫折，會吸取教訓；而馮國璋既有兵權，又是新官上任，遇事必然逞強好勝，因此將更難對付。”
張國淦的分析入情入理，完全是出於對段祺瑞的一片愛護之忱。
有人說，如果段祺瑞能夠接受，學古人將相和，也許可以開創一個雙贏的新局面。可惜他對黎元洪罷免自己耿耿於懷，終於因私而廢公，挾憤而忘義，拒絕了這個建議。
雖然，歷史不可能是個別英雄人物所創造。但手握稀有資源，像段祺瑞、黎元洪這樣身居高位之人，他們對歷史進程所起的作用自然是普通人無法相比的。如果他們能有廣闊胸懷，能有超人智慧，有良好的個人品德，能順應歷史潮流而動，應該是能夠使歷史的進程少走一些彎路的。
不消說我們這個剛剛從專制中走出的新成員，就是M國這樣的民主制度較爲健全的國家，換上一個任性妄爲的總統，也把國家禍害得不輕。所幸是民主制度，有任期，任期滿了，可以通過選舉把他搞掉。如果是封建專制下，遇到這樣的皇帝，就只有兩條路可走：一條是揭竿而起，改朝換代，這要以天下大亂，人們的苦難爲代價。還有一條路就是逆來順受，希望這個壞皇帝死後，能換上一個好一點的皇帝。
或許，可以選擇，萬一沒選好還能有途徑挽救，比如彈劾，這無疑是民主共和優於封建專制的一個重要方面。
從段祺瑞與黎元洪的府院糾紛中，段固然是主要責任的一方，但黎的責任也是不可低估的。試想，如果黎對段能像當初對他曾經的頂頭上司張彪一樣的忍辱負重，一樣的事事忍受，段難道就不能被感動嗎？是不是當了大總統，地位變了，人也變了呢？
再者說，請神不能送神，圖痛快把段祺瑞這個總理免掉，惹了多大的禍呀！
但是，如果我們把府院之爭，僅僅歸咎於個人的原因，那對問題的認識就太淺薄了。從專制到民主共和，不會是一帆風順，更不可一步到位。是要走過艱難曲折的道路，是要經過一番磨難的，而府院之爭是不是這磨難的一部分呢？
中國實行了幾千年的帝制，民主共和是新鮮的舶來品，我們肯定要有個適應和學習的過程的。而更深層的是經濟的原因，也就是受限於一定的物質生產和物質生活水平的歷史侷限性。而走向民主共和，建立起完善的民主制度，還有一個重要條件，就是要有成長起來的一代新人，一代與民主共和相適應的，具有一定的民主意識的新人。這樣的人，也可以稱之爲合格的公民，或許是民主共和的真正基礎。而這一代新人，同樣是需要一定的物質生產和物質生活水平才能培育長成。
西方的共和體制大體可以分爲兩種：一種是美國式的總統制，另一種是法國式的內閣制。這兩種制度各有優劣，總統制度下，個人的權力要大一些，優勢是效率高，劣勢是個人弄不好要胡作非爲。而內閣制應該是正好相反。至於哪個國家更需要總統制或是內閣制，或者還有其他形式的民主制度，這不是我們現在討論的問題。西方的共和體制，肯定也是經歷過一個完善的過程的。從這兩個制度不難看出，他們也經歷過不止一次“府院之爭”，所以演繹出兩種較爲典型的制度。
而無論是總統制或是內閣制，和封建皇帝相比，個人的權利都是很有限的，有法律和制度對其制約。當然，這裡的前提是國家有力量保障法律和制度對個人權力的制約，或者是國家已經發展到法律和制度對個人的權力有制約的能力。
我們還是說段祺瑞和馮國璋吧。
開始時，在馮國璋看來，他當了副總統都高段這個總理一頭，當了總統至少要高段兩頭了，自己是要做一下姿態的。所以能主動的放低身段，主動的胸懷若谷。這樣，當然相安無事。
但時間長了，他品出滋味了，原來和段共事的這個總統，差不多是啥也不是，這情何以堪呢？
你退一步，人家說不定要進兩步。不行得爭。
這爭執的第一遭，是軍權，這也是歷來總統、總理間的爭執焦點。馮就任不久，就想恢復“大元帥陸海軍統率辦事處”，段當然不肯同意。段在國務院設立了“參陸辦公處”，以取代袁世凱時代的“統率辦事處”。
馮要過問全國大事，堅決不做有名無實、像個泥塑的大總統。段在這一方面總算讓了步，自民國六年十月八日起，每天派一位官員向總統報告政情。
可是，總統、總理之爭，不是表面的，或是一件事情上讓一點步就可以和緩。
在用兵方面，段的主張是武統南方，而馮和陸榮廷、唐繼堯有交流，希望和南方和解。
在對四川用兵時，是平定四川內亂，從表面看是不得已而爲之，兩個人沒產生太大的分歧。但是對湖南用兵不一樣，於是，兩個人的矛盾和衝突公開化了。
段派傅良佐督湘後，湖南旅京士紳要求政.府勿在湖南用兵，他們向馮請願，馮叫他們去問內閣。這就是明明告訴請願的人說：是段祺瑞要向湖南用兵，與我馮國璋無關。
劉建藩、林修梅在湖南宣佈自主，內閣決定下討伐令，馮認爲這是小題大作，應該大事化小，所以馮便不肯在討伐令上面蓋印。
當湖南戰事發生後，北京政.府的討伐令仍沒有頒佈。有人把當時的情勢如此形容：“段內閣對外（指對德奧）宣而不戰，對內戰而不宣。”
馮、段兩人的暗鬥，就是北洋派直系和皖系的鬥爭。這兩系在軍事上各有力量，各有地盤，可是他們也各有弱點。直系佔有長江三省地盤，然而湖北、江西和江蘇不相聯結，並且因爲地形分散而力量不集中，尤其是江蘇更是處於皖系勢力的三面包圍中。至於馮國璋自己身居北京，也是在皖系勢力範圍內。
不過，皖系軍人紙上談兵的多，肯打硬仗的少，而且在用兵西南時，必須越過長江，要經過直系的地盤。直系地區雖然分散，卻是皖系用兵西南必經的通道，所以段在徵南軍事上必須要取得馮的支持。
需要合作了，馮手裡有了籌碼，也就可以互相牽制了，於是，衝突也上臺階。
段的武力統一，軍事徵南都是要花大錢的，錢從何處來呢？只有借款一途。
當時因爲歐戰激烈，英法無力借款，日本遂乘機而入。段祺瑞這時亦想借日本的支持達到他徵南和統一的夢想，因此他重用曹汝霖，請他兼攝財政總長。曹是著名的親日派，段後來爲國人攻擊賣國，和重用曹有很大關係。
日本爲了對中國貸款，以朝鮮、臺灣、興業三銀行合組一特殊銀行團，由日人西原龜三經手，這便是後來有名的“西原借款”。
“西原借款”的背景是：日本大隈內閣曾以強硬態度向袁世凱提出《二十一條》，企圖一舉鯨吞中國，遭到中國人民的強烈反對。繼任內閣首相寺內正毅鑑於前任之失敗，乃以大量借款代替強硬交涉，既可緩和中國人民的激忿不滿，又收加緊控制、掠奪中國之效。
日本的經濟狀況，因歐戰關係增加了商品輸出，有了過剩的資本，爲向中國輸出資本提供了可能條件。
因此，日本便採取了所謂“菊分根”政策，即像菊花分根移植一樣，將資本輸入中國，大量借款給段祺瑞政.府，以獲得掠奪中國種種特權，企圖變中國爲其獨佔的殖民地。
爲了向中國輸出資本，纔有日本的興業、朝鮮、臺灣三家銀行在政.府的支持下組成特殊銀行團，專事對華投資。
一九一七年八月，段祺瑞政.府也成立了中日合辦的中華匯業銀行，作爲借款的經手機關。
日本三家銀行所組成的特殊銀行團，只是名義上的承借銀行，實際上，所借款項均由日本政.府從國庫預備金中支出。
同時，所借款項不以日本政.府名義出面，而是由以寺內正毅私人代表身份的西原龜三出面聯絡。對華借款由特殊銀行團承借並由西原龜三出面，這是日本政.府煞費苦心的特殊安排，以避免其他帝國主義的注意和干涉，實現其單獨對華借款的野心。
爲取得這筆款項，段祺瑞把東北的修築鐵路、砍伐森林和採礦等一系列中國主權出賣給日本，爲日本後來全面侵佔東北埋下隱患。