戴戡下落不明，黔軍失敗，這一連串消息傳到北京。
研究系的首領梁啓超十分激動地在國務會議上發言：“我們一定要救援戴循薦（戴戡號），一定要制止劉積之（劉存厚號）的叛變行爲。”
但是，段祺瑞對此不加理會。
七月二十四日段祺瑞任命“中立者”周道剛代理督軍。
二十七日樑又在國務會議上主張懲辦劉存厚，段祺瑞不好答覆，曹汝霖起立發言，藉口四川問題真相不明，難作決定，而把樑的建議擱了下來。
周道剛由重慶到了內江。但滇軍在嘉定、青神、仁壽、資陽一帶已被川軍二、三兩師擊退，資中會議無法進行，周道剛乃折返重慶。
由於川戰擴大，段祺瑞於八月六日派吳光新爲四川查辦使，率領北軍入川查辦，並責成湖北督軍王佔元派兵接防嶽州。
八月八日又下令催促羅佩金、劉存厚遵照前令迅速入京，所部軍隊均交周道剛接收統率。
這時候，川、滇、黔軍或許才明白段祺瑞的心思：是千方百計派北洋軍來統治四川。如此，大家又感到有合力抗拒北軍的必要，矛盾有所緩和。
隨後周道剛、熊克武建議繼續進行調停，羅佩金首先表示接受。
八月十日周道剛就任代理四川督軍，熊克武在夔府和萬縣沿江地帶，佈置炮兵陣地，準備迎擊北軍。
同日，從四川回到北京的蔣方震，向內閣及國會報告戴戡已經戰死的消息。研究系大爲震怒。
這時段祺瑞才發表劉存厚部下團長廖謙的報告：“七月二十一日，戴戡在成都百里外秦皇寺自殺身死。”
同時發表周道剛的報告：“戴前督行抵華陽縣屬秦皇寺附近，突遇前方敗退回來之川軍，雙方因誤會開槍互擊，戴督中彈身故，其靈柩已由川軍運回省城。”
事實上，戴戡是被川軍擊斃的，同時死難的還有黔軍混成旅旅長熊其勳、督署參謀長張承禮，財政廳長黃大暹等。黔軍五千人全軍覆沒。
八月十日舉行國務會議時，段祺瑞提議追贈戴戡爲陸軍上將，給銀一萬兩治喪。
梁啓超滿腔悲憤地堅持要嚴懲劉存厚，爲死者雪冤。段表示要查辦後，才能確定責任。梁啓超大爲生氣，不待會議終場即拂袖而去。
這是研究系加入段內閣以來首次受到冷遇，也就宣告了段和研究系的蜜月期的結束。
研究系在政治舞臺上最紅的時期，也是它政治上開始墮落的時期。受到這次打擊，從此在政治上的影響越來越小，終於淪爲一個無足輕重的政客集團。
川、滇、黔軍的第二次調停也無效果。
戴戡是護國名將，他不幸遇難的消息傳出，加劇了四川的緊張局勢。
羅佩金因救援戴戡不利被免職，由宜賓返回雲南，此後在川滇軍就由顧品珍指揮。
顧品珍（1883—1922），出生於雲南昆明，一九零四年赴日本留學，入東京振武學校，並加入中國同盟會，後轉入日本陸軍士官學校。一九零八年畢業回國後，任雲南陸軍講武堂軍事教官兼騎兵監督。
一九一一年，昆明重九起義中，顧品珍率人先攻佔巫家壩騎兵團陣地，後又攻入城內。顧品珍在戰鬥中英勇頑強，在塘子巷與清軍騎兵隊遭遇，雙方搏殺，擊潰清軍。
雲南軍政.府成立，顧品珍任軍政.府參謀部所屬輜重彈藥部部長。之後，顧品珍參加滇軍援川軍入川，任謝汝翼所部第一梯副梯團長。回滇後，曾任滇軍第一師、第六師中將師長、雲南陸軍講武堂學校校長等職。
雲南發起護國首義，出兵討袁。顧品珍任護國第一軍總司令蔡鍔所屬主力第三梯團長。隨蔡鍔由昆明經宣威入川，與北洋軍張敬堯、吳佩孚、李秉之等部鏖戰瀘州。
到了這一年的八月，又發生了“資內爭奪戰”。
此時，唐繼堯已派大批滇軍入川，鄧泰中、李友勳兩旅與趙又新部合駐自貢，黃毓成、葉荃兩軍與趙又新另一部共駐瀘州，顧品珍軍據守簡陽、資中、內江、隆昌一帶。劉顯世亦派黔軍第一師師長王文華率兵屯集川黔邊境，伺機出擊。
川軍方面，第一師周道剛部駐重慶，第二師劉存厚部沿岷江上游佈防，第三師鐘體道部在沱江東岸和涪江下游沿線佈防。
川軍的作戰方針是，先打滇軍，後打黔軍。
月底，川軍第二、三師進攻簡陽、資陽，與滇軍發生激戰。顧品珍腹背受敵，先後放棄簡陽、資陽、資中、內江、隆昌等地，分隊退往富順、自貢。
九月十二日，顧品珍命金漢鼎旅三日內收復內江，滇軍乃向內江急進。川軍阻擊，戰鬥相當激烈，內江的爭奪幾反幾復，死亡枕藉。
九月二十二日，滇軍撤出內江，一路經自貢向宜賓撤退，一路經富順向瀘州撤退。資內爭奪戰以川軍獲勝而暫告結束。
十月十四日周道剛卸下了“中立”僞裝，通電斥責滇軍顧品珍在內江首先進攻川軍第三師。
劉存厚則一再催促北京政.府下令討伐唐繼堯。
四川這場戰爭，川軍佔有地利，利用川人反對滇軍，加之人多勢衆，一直是佔上風的。
吳光新是段祺瑞的內弟，膽子很小，他奉命入川，卻在宜昌逗留了一個多月不敢前進。
段把屬於國民黨的熊克武調爲川邊鎮守使，把川軍第三師長鐘體道調爲重慶鎮守使。同時電令陝西督軍陳樹藩派陝南鎮守使管金聚統率一個混成旅開進川北，以策應由湖北開入四川的北軍。
十月中旬，川、滇兩軍在北江、威遠、榮縣展開了拉鋸戰，唐繼堯把後援部隊庚恩暘、黃毓成兩軍都開到永寧和敘州。
段打算下令討伐唐繼堯，責成劉存厚驅逐滇軍出川。
馮國璋持相反的意見，主張不要擴大事態。
段又建議調唐繼堯到北京擔任參謀總長，如唐不肯北來，即下令討伐。
明知唐不會離開自己的巢穴來京，這等同於下討伐令，馮同樣不予支持。
爭論不下，最後馮作這樣的讓步。就是隻討伐滇軍，不提唐繼堯。
十月十七日北京政.府下令譴責在川的滇軍將領黃毓成等，令其迅速退出四川，責成唐繼堯查復。
十月二十日吳光新率領李炳之混成旅開入重慶，熊克武將所部川軍第五師移駐重慶城外五十里，但本人仍留在重慶。
這期間川軍第二、三兩師奪回內江、威遠、榮縣、自流井、富順。滇軍向瀘敘退卻。
十月三十日，北京政.府下令斥責滇軍將領顧品珍、趙又新、黃毓成籌集結兵力於瀘縣、富順、自流井向川軍攻擊，均予褫職通緝處分。
十一月十二日授周道剛爲四川督軍，劉存厚爲四川軍務會辦。
段把吳光新督川任命廷擱，是因爲劉存厚有電到北京說：“川事川人可了。”段要利用川軍打滇軍，所以只好將就川軍。
十一月六日，唐繼堯由昆明移駐畢節，想親自出馬挽救滇軍一蹶不振的局勢。
十一月上旬，依附北洋集團的川軍第二師和第一、第三師各一部，向川南靖國滇軍發動全面反攻，下旬佔領瀘州、敘州(今宜賓)等要地，滇軍節節向南敗退，情況十分危急。
此時，中山先生已在廣東召開非常國會，興兵護法，唐繼堯的靖國軍也打出護法討逆的旗幟。這樣，戰爭的性質就有了變化。蔡鍔任四川督軍時委任的寧、雷、馬、屏屯殖使兼寧遠漢軍統領張煦響應護法，張煦所部被唐繼堯編爲護國軍第七軍，和四川響應護法的其他隊伍一道，也被稱爲四川靖國軍。
爲扭轉靖國軍敗局，唐繼堯決定以大部兵力堅守川南，牽制川軍主力向川東機動。以第四軍李友勳旅、第一軍何海清旅，分出合江、永川，秘密進入江津，協同在綦江地區的黔軍和四川靖國軍，向防守比較薄弱的重慶方向進攻。試圖切斷北洋軍援川的重要通道，孤立川南川軍。得手後，再由東向西，與川南靖國軍夾擊川軍主力，進而奪取成都。
十一月十二日，黔川靖國軍由綦江分兩路向重慶方向發起攻擊，一度受挫，後在滇軍協同下，奪取重慶外圍部分據點。
十一月三十日，黔、川靖國軍由重慶東南，滇軍從西南夾擊重慶。戰到十二月三日，攻克銅罐驛、白市驛等要點，進迫浮圖關。吳光新和周道剛等見大勢已去，棄城逃走。
四日，滇黔川靖國聯軍進佔重慶。嗣後，聯軍分三路向成都方向開進，協同川南滇軍主力進擊成都和反攻瀘(州)納(溪)地區。
此戰史稱“四川靖國戰爭”，以滇黔川靖國聯軍大勝，川軍大敗爲結束。
十二月八日，北京政.府匆匆忙忙任命劉存厚爲四川督軍。因爲這個時候，廣州已經成爲段祺瑞內閣的心頭大患，段已經沒有更多的精力顧及四川了。