正當黎元洪以爲大局總算得以維持之時，沒料到風雲突變。
二十九日，蚌埠方面倪嗣沖首先宣佈獨立。隨後河南、浙江、山東、山西、福建、陝西、奉天等省紛紛響應，也先後宣佈獨立。
這次北洋各省宣佈獨立，和以前南方各省宣佈獨立的性質完全不同。以前是南方各省反對北京政.府，這次是北洋軍人反對北京政.府。以前的北京政.府是掌握在北洋軍閥大頭子的手裡，而此時的北京政.府只有一個赤手空拳的總統，坐困公府，毫無抵抗力量。
北方各省一宣佈獨立，已經滿口答應組閣的李經羲，躲在天津租界不敢出來了。
黎元洪迫切希望李到北京來就職，派公府秘書長夏壽康、軍事顧問金永炎到天津專程迎接，又派直系軍人江西督軍李純前往勸駕。
黎元洪竟然把李當作是解救時局危機的唯一救星，以爲只要他肯到北京來就職，就可以取得張勳的實力援助，制止獨立各省進兵北京。可是這個久已想做國務總理的李經羲，當國務總理已經到手的時候，卻又沒有做國務總理的勇氣。一會兒說要往北戴河避暑，一會兒又說願意讓位於王士珍，就是堅決不肯來京。
黎元洪一直把段祺瑞當做自己的對頭。其實，他或許不知道，段更是他的依靠和保護神；是連結主導當時政局的最大勢力——北洋派的紐帶和橋樑。所謂對立統一體，失去了對立也就失去了統一。
有段在，北洋派雖然已四分五裂，但在大面上，還是能夠聚集在段的旗幟下的。搞掉了段祺瑞這個對頭，黎元洪也就失去了段這個保護神，馬上成爲北洋派的衆矢之的。
督軍團大鬧北京城時，在黎元洪看來，唯獨張勳置身事外。他覺得，北洋諸將中唯有張勳能夠抗衡段祺瑞，只能把希望寄託在張勳身上，指望張出面收拾殘局。
當黎元洪陷入孤家寡人境地時，下野在天津的段祺瑞卻門庭若市，研究系、交通系以及親日派紛紛奔走其門。
梁啓超爲首領地研究系，完全倒向段的方面，大批研究系國會議員紛紛辭職離京。湯化龍也辭去了衆議院議長，以拆國會的臺。
段祺瑞也沒閒着，此刻正在天津準備組織臨時政.府。他的計劃是：先推舉徐世昌爲陸海軍大元帥，一旦獨立各省會師北京把黎元洪趕下臺，即召集臨時國會推舉徐爲臨時大總統。
關於組織臨時政.府的之事，段已通電徵求過北方各省的意見。臨時政.府閣員名單也已備好，包括研究系、交通系和親日派各方面人物。
徐世昌自己也寫好了就任大元帥的電文，打算交段審閱，只因張國淦、錢能訓等都主張靜觀一下，所以纔沒有交出去。
這期間徐樹錚還在徐州參加第四次徐州會議，段尚不知道徐州會議的內容。肯定地說，如果沒有徐州會議這羣軍閥的支持，段的臨時政.府是無法存在的。
此時的張勳，手中有兵，有權，有地盤。各省督軍推他爲盟主，唯他馬首是瞻。而黎也看重他，國會也沒有和他決裂。
他有自己的路要走，在徐州會議上取得了參加會議各省贊成復辟的保證後，是決不會容許在天津再出現一個臨時政.府的。
在他看來，段雖然名高位重，卻和軍隊脫離日久。手中沒有實際的兵權，又有黎元洪和國會與他作對，因此，他是決不會爲段擡轎子的。
因此，當段來電徵求他對組織臨時政.府的意見時，隨即於五月三十日致電給徐世昌、段祺瑞，公然用命令的口吻告誡他們說：“不得於通常名目之外另立名目。”
由於他的強有力反對，段祺瑞的臨時政.府計劃只能流產。
就在這個時候，徐樹錚由徐州遄返天津，把徐州會議內容向段做了報告。
爲了應對徐州會議後的新情勢，段採取了相應的對策：暫時不反對復辟，甚至必要時僞裝同意，以鼓勵張勳放心而大膽地去行動。
段祺瑞終是棋高一招。這樣一來，就可以借張勳來達到倒黎的目的。等到張宣佈復辟，段便立即高舉擁護共和制度的大旗，起兵打倒張勳。這樣一來，既趕走了黎，又有再造共和之功，何樂而不爲。
這個計劃，段祺瑞是嚴格保密的。大傻帽張勳，此刻正做着清王朝復辟後，自己坐上了攝政王的美夢，怎能想到螳螂捕蟬黃雀在後呢！
督軍們雖然都是宣佈獨立，但卻各有千秋。
首先獨立的倪嗣沖自命爲北洋派中的李烈鈞，他在宣佈獨立的電報中仍然稱黎爲“我大總統”，仍然說他是“擁護中央”的。但是他的侄兒倪毓棻同天發出來的電報，卻揚言要“誓師北伐”。
張懷芝由徐州回到濟南，山東省議會議長當面質問他何以列名干預憲法，要挾解散國會，並且出席於非法召集的徐州會議。正告他如果再有此行動，山東人民不能承認有這樣一個督軍。
在得知段祺瑞被免職後，急於自我表現的張作霖憤慨異常。
在倪嗣沖宣佈獨立的前一天便發出電報：“同志皆當世賢豪，何至不如蔡鍔？”
只是他本人也沒有做蔡鍔的勇氣，因爲受着第二十八師師長馮德麟的牽制，而不敢宣佈獨立。
他電報中說：“項城逝世，海內屬目段公而段公願居今大總統之下，以相扶持。……奸人譸張爲幻，廣派密使，遂其陰謀。公府派少將周斌到奉遊說，已予扣留，俾莠言無濫進之由，庶時局有澄清之望。……作霖當率遼奉子弟，直搗京師，懲彼奸人，衛吾社稷。”
不但罵黎對段忘恩負義，並且電中所指的奸人彷佛就是“今大總統”。
一直到張勳致電馮德麟進行疏解之後，張作霖纔敢宣佈獨立，並且派兵進駐山海關。
五月三十日馮國璋在南京召集軍事會議，表示態度說：“我的地位是副總統，應當輔佐大總統，並且服從大總統的一切措施。各省反對中央，我已去電加以勸阻，勸阻無效，只有聽候中央解決。”
他不是不知道手無寸鐵的中央（黎）對稱兵抗命的各省軍閥是沒有辦法解決的，所謂聽候中央解決就是採取旁觀態度，甚至還想利用政爭，取得副總統代行總統職權的機會。
章太炎先生曾通電痛斥馮在總統與叛督之間當中立派，一針見血地揭破馮國璋的假面具說：“馮不討賊，反唱調停，覬覦繼任，誑詞虛飾，應認爲內亂犯，實爲罪魁，倪、張猶在其次。”
爲了逃避全國輿論的攻擊，馮就倒填日期發出電報，向國會請辭副總統一職。
直系的王佔元在政潮中宣佈中立，並且勸黎解散國會以息政潮。另一屬於直系的李純，一直到六月五日還留在北京，黎元洪想請他當調合人，他也有這個打算。只是見張勳就要帶兵到北京來，時局已無調停之望，才於八日由京漢路南下回任。
曹錕是唯一宣佈獨立的直系軍人。他的地盤介於北京與獨立各省之間，如果不宣佈獨立，將與出兵“北伐”的獨立各省發生衝突。
他在電報聲稱：“爲保衛地方起見，與中央脫離關係。”
他的電文對黎並無惡意，宣佈獨立後，他還經常地跑到北京來，與其說是獨立毋寧說是中立。
獨立各省紛紛把省長趕走，首先是陝西省長李根源被陳樹藩軟禁起來，逼迫他稱病辭職。
山西省長孫發緒原是黎元洪一手提拔的，看見黎的地位不保，不惜對黎反戈一擊，肉麻地地當起了督軍團的應聲蟲。
竟發出電報要求廢止《臨時約法》，提出由各省代表組織制憲會議，在過渡時期推舉徐世昌組織臨時政.府。
只是即使這樣，也沒保住他的官位，這個電報發出不久，他就被閻錫山趕走了。
六月四日，李厚基派福州警察廳長、閩海道尹去見省長鬍瑞霖，宣佈他的手諭說：“現值軍事時期，省長一職無設立之必要，請即剋日離開”。
五日，胡到督軍署辭行，李拒而不見，派人致送路費二千元，並以保護爲名派兵押解上船。
此外，獨立各省普遍有任意擴充軍隊和扣留國稅的現象。張作霖乘機成立了第二十九師，以吳俊升爲師長。趙倜把京漢路局的全部收入截留。
在此時期，西南六省紛紛通電反對軍人干政，反對解散國會。
五月三十日，湖南督軍譚延闓通電主張調停，淮軍老將薑桂題表示附和，並建議邀請馮國璋、張勳、譚延闓等到北京，與王士珍共同組織“調人會議”。
孫中山則反對調停，電促西南六省興師討逆。
國民黨系的海軍總長程璧光，電勸獨立各省取消獨立，並表明海軍始終維護共和的態度。
李烈鈞由上海到廣州，擬率領在粵滇軍張開儒、方聲濤兩師北伐。
廣東督軍陳炳焜、廣西督軍譚浩明與李烈鈞聯名發出通電，發起滇、黔、川、湘、粵、桂六省聯盟。並建議公推陸榮廷爲盟主，請陸到廣東“主持大計”、“遵守《約法》、擁護共和爲始終不渝之宗旨”，又請馮國璋“堅持護法之心”。
唐繼堯通電西南各省，建議在廣州組織臨時政.府，仍推戴黎元洪爲大總統。
但是，西南六省內部也有問題，四川方面有川、滇軍的衝突，廣東方面有滇、桂軍的暗鬥。由於六省人民具有反對北洋軍閥，反對內戰的共同意志，並在孫中山的影響下，他們纔不能不表示反對督軍團的態度，其實並無出兵北伐的意圖。