七月十四日，黎元洪下令懲治帝制禍首：“自變更國體之議起，全國擾攘，幾陷淪亡。始禍諸人，實屍其咎。楊度、孫毓筠、顧鰲、樑士詒、夏壽田、朱啓鈐、周自齊、薛大可均拿交法庭，詳確訊鞠，……餘悉從寬免。”
護國軍方面提出的懲治帝制禍首是十三人，即所謂的“六君子”和“七兇”，合稱十三太保。經各方討價還價，黎元洪中間調和，最後定爲以上八人。
此前的六月十日，黎元洪已下令撤銷了袁世凱搞的那個陸海軍大元帥統帥辦事處。加上恢復舊《約法》和國會及懲治帝制禍首，這也被稱做黎元洪上任大總統三把火，大得人心。
恢復舊了《約法》和國會，懲治了帝制禍首，護國的目標已基本達成。不久，唐繼堯、岑春煊、梁啓超、劉顯世、陸榮廷、陳炳焜、呂公望、蔡鍔、李烈鈞、戴戡、劉存厚、羅佩金、李鼎新等聯合通電撤銷西南軍務院，聲明國家一切政務，靜聽元首、政.府和國會主持。
國內矛盾緩和，南北也初步達成了統一，人們對國家的前途滿懷期待。
黎元洪和段祺瑞，一個是總統，一個是國務總.理，這兩個人的組合真的很不錯。前面說過，當時的中國，最有實力的軍事集團是北洋軍，雖然，袁世凱死後，北洋系有些羣龍無首，但段祺瑞基本上還是能夠掌控的。而黎元洪在當時，即使沒有能力把各方完全的凝聚起來，但還是能在很大的程度上協調各方面關係的。
這兩個人，個人品質都不錯，也都有治國理政的能力。
歷史給了這飽經苦難的國家以機會，假如黎元洪和段祺瑞能夠精誠合作，假如總統和國務總理能夠形成合力，只可惜這兩個人根本搞不到一起。
有人說，在袁世凱時期，內閣的責任制一直是可望而不可及的。像袁世凱那樣的死死地把什麼權力都抓在手中的總統，內閣的責任制當然無法實現。到了黎元洪當總統，段祺瑞爲國務總理時，內閣的責任制是真的實現了，只是過了頭。
段祺瑞這個總理和總統黎元洪的關係不睦，既有近因也有遠因。
前面說過了，黎元洪當了副總統後，袁世凱一直想把黎元洪從湖北老窩挖出來，幾次不能得逞後，直接派人去逼請。黎元洪一上火車，就直接由逼走黎元洪的人，把湖北都督的位置占上，我們知道，這個人就是段祺瑞。
段祺瑞署理湖北的時間雖只有幾個月，但他幹了件事，把湖北的軍隊裁撤了，用北洋軍取而代之。這其實是把黎元洪的老窩給端了，黎元洪對此能不心存芥蒂嗎？
兩個人合不來的一個重要因素，是段祺瑞壓根就沒看得起黎元洪。軍人是講官階的，民國前兩個人的官職固然是其中的原因，但還有更重要的。
黎元洪的牀下都督的說法雖是謠傳，但已經是真假難辨並廣爲流傳，別人信不信不知道，反正段祺瑞是深信不疑。平白無故撿個大都督當就是了，這一不留神又撿個大總統當，段祺瑞能服氣嗎？
如果段祺瑞是個善於掩飾的人，是個心口不一的人就好了，但是，段祺瑞又正好是個真性情之人，有什麼心事，一定要表現出來。
黎元洪脾氣是不錯，但畢竟是大總統，所謂狗尿苔不濟，長在了金鑾殿上，這最高領導的面子總是要要的。段祺瑞的鄙視，讓黎元洪如何受得了？
在段祺瑞看來，我給你黎元洪個總統當，你撿了個大便宜，就好好當個橡皮圖章就是了。撿了便宜就不要賣乖，什麼事都不要管，免得添亂。
如果黎元洪是個只想當官不想管事的人，那就好了。可惜他不是，而是個責任心特別強的人，是個在其位必謀其政之人。
一開始還可以，黎元洪在裁撤陸海軍大元帥統率辦事處時，因爲這是袁以總統的身份抓軍權的機構，袁在世之日和段鬧得最不愉快的，就是這個機構。黎當總統，段肯定也不能再讓這個機構存在，對此，段祺瑞自然積極支持。
而段祺瑞在下令裁撤京畿軍政執法處時，因爲這是袁的特務機構，也是被各方最痛恨的機構，黎元洪也深受其害，當然拍手稱快。
但是很快，不愉快的事就來了。
都知道徐樹錚是段祺瑞的智囊和心腹，因徐曾是袁世凱所最憎恨的人。段在袁政.府出任國務總理時，就爲了要派徐樹錚爲國務院秘書長而和袁鬧得極不愉快。現在袁世凱這個障礙沒有了，段當然要啓用徐了，所謂一朝天子一朝臣。
讓人想不到的是，黎元洪更討厭這個徐樹錚。
徐樹錚（1880年—1925年），字又錚，號鐵珊，又號則林，江蘇蕭縣（今屬安徽）人，因區別於同時期的另一政治人物徐世昌，人稱“小徐”。
他出生前其父父親徐忠清（又名徐世道）和母親岳氏已經生育兩個兒子和四個女兒。當時，徐忠清已有四十七歲，而岳氏也有四十五歲，徐樹錚的出生對他們來說可謂老來得子，因此對徐樹錚格外疼愛。正如徐樹錚所回憶的那樣：“樹錚於昆弟序最幼，先考妣撫愛規教，倍切於兄姊”。
徐樹錚出身於一個耕讀之家，他的祖父徐蘭因躲避太平天國之亂而逃到了徐州城外的醴泉村定居。他的父親徐忠清原本是一個鄉村塾師，一八七三年被選爲拔貢生；母親岳氏爲徐忠清之繼室，其家族自稱岳飛後裔。
徐樹錚的外祖父嶽封叔是個看相先生，因看中徐忠清有富貴之相而將女兒嫁給他。徐樹錚從小生長在這樣一個鄉村知識分子的家庭環境中，自幼深受儒家薰陶，並且聰明伶俐，鄉里爭傳他“七歲能詩”，譽爲神童。
十三歲那年（1892年）考中秀才，四年後以歲試第一等第一名的成績補廩生，可謂少年得志。
徐樹錚文武雙全，才華橫溢，著有闡述他政治思想的《建國銓真》及文學作品《視昔軒文稿》《兜香閣詩集》《碧夢庵詞》等。
公平地說，這徐樹錚是有才氣的，但這樣年少得志的人很容易有一個毛病——目空一切，誰都不看在眼裡。而徐樹錚不但有這個毛病，而且要加個更字。不是一般的目中無人，簡直是專橫跋扈。
這種人並非有什麼大毛病，但在人羣中往往是最討人嫌、最難與人相處。
說徐樹錚目中無人吧，倒也不是，只不過他就服一個人，就是段祺瑞。別人他都不放在眼裡，就是威風八面的袁世凱也不例外。
段祺瑞要任命徐樹錚爲國務院秘書長，雖然這用不着請示黎元洪，但是卻又繞不開黎。因爲按臨時約法，徐的任命必須總統和國務員聯署。
當時任總統府秘書長的張國淦爲此請示黎元洪時，好脾氣的黎元洪當時就火了，一個根本不拿他當回事的段祺瑞已經讓他很難受了，再加上這麼個國務院秘書長，不是要他命嗎？當即表示，什麼事都可以商量，用誰都可以，就是徐樹錚不行，不行！絕對不行！
張國淦知道這件事非同小可，也知道黎元洪不同意不行，想勸黎元洪幾句。
每一次不管什麼事，黎元洪都能認真的聽他說話，這一次黎元洪變了個人。
“不行，絕對不行，沒有商量的餘地，你這就去回覆我們的段總.理。”
黎元洪根本不讓張國淦說話。
張國淦做難了，這要是如實回覆段祺瑞，這兩個人肯定要即刻鬧僵。琢磨了老半天，也沒想出辦法，只好去搬救兵，去找徐世昌。
徐世昌聽了後，想都沒想，對張國淦說：“請秘書長轉告總統，什麼事都可以不好商量，用誰都可以說不，只有這個小徐不行。如果大總統不想爲一件小事搞得雞犬不寧，就聽我這旁觀者一次。”
當張國淦把徐世昌的話轉達給黎元洪時，黎元洪也已經冷靜下來了，雖然不願意，也只能咬着牙同意。
段祺瑞這一次是真的錯了，他想怎麼重用徐樹錚都可以，就是不能讓他當國務院秘書長。本來他和黎的關係就不好處，如果有一個會處事的常和總統打交道的秘書長，說不定能從中緩和矛盾，但是，兩個人中間加上徐樹錚這樣的傢伙，不是火上澆油嗎？
段祺瑞並不是一個非常勤奮的總理，大小事務多委之於秘書長徐樹錚，而徐又正願意自作主張、越俎代庖。有這樣一個恃才傲物的人物，常奔走於府院之間，可想而知，黎元洪會怎樣的不好過。
有一次，徐樹錚拿着一份委任狀請黎元洪蓋總統印，黎問起其人的履歷，徐竟然回答道：“當今實行內閣制，總統您何必多問！我很忙，您還是快點蓋印吧！”
黎十分憤怒，對左右說：“我本來不要做什麼總統，你看他們眼中哪裡有我！”
而段祺瑞對徐卻每每縱容，有一次徐以辭職要挾黎元洪，段祺瑞竟爲他說情，說他“爲人耿介，不屑妄語”云云，甚至於說“凡徐所爲，本人願負其責。”黎元洪等聽了，都覺寒心。因此，最初的府院之爭，可以說與徐樹錚關係極大。