護國軍前鋒抵達瀘州對岸的藍田壩一帶時，張敬堯帶領的北洋軍吳佩孚旅和川軍李炳之旅已先一步進入瀘州。這樣，加上瀘州原有的川軍熊祥生旅，袁軍在瀘總兵力達三個旅，一萬五千人之多，且其裝備優良，戰鬥力較強。
而蔡鍔所率領的中路主軍僅三千多人，加上劉存厚師川軍約一千五百人，川邊義勇軍約九百人，總數僅爲五千多人。而這五千多人中，戰鬥力較強的只有滇軍的三千人。很明顯，敵我雙方兵力懸殊。
於是，二月八日，會攻瀘州戰鬥一打響，護國軍就處於極爲不利的境地。
袁軍依仗優勢兵力和早有準備，不僅有效地阻擊了董鴻勳支隊的側面進攻，而且於二月九日晚派兵乘夜偷渡長江，突襲月亮巖。
剛反水的陳禮門團因軍紀渙散，遇襲不敵倉惶潰退。月亮巖、藍田壩遂相繼失守，團長陳禮門羞愧自戕。
董鴻勳支隊孤懸江北，後無援軍，隨時有被敵圍殲之虞。只好於二月十一日，原路撤回納溪。這樣，護國軍初次會攻瀘州的計劃功敗垂成。
蔡鍔率護國軍第一軍總司令部於二月五日進入永寧後，十分關注攻瀘戰況，卻一直未得戰報。後接劉存厚來電方知守瀘援軍已到。
蔡鍔分析，敵援軍到後，“則彼我兵力，相差懸殊。而助攻之川軍，恐未必能如我軍之勇勁，殊大可虞”。
隨即命隨行的炮連、警衛連及機槍排兼程行進，馳援董鴻勳部，並令後續部隊何海清支隊和朱德支隊迅速來永寧集結待命。儘管如此，但終未挽回攻瀘敗局。
十二日，袁軍見護國軍兵力單薄，即調兵遣將，渡江進攻納溪，將董鴻勳、劉存厚兩部包圍在納溪安福街一隅，妄圖將護國軍一舉殲滅。董、劉兩部一面奮力抵抗，一面急電蔡鍔派主力增援。
護國軍首攻瀘州不遂，蔡鍔正籌劃調集兵力，再攻瀘州。接到納溪救援電後，急命劉雲峰抽調精銳李文漢營由敘府順江而下支援納溪。同時，又命第二梯團長趙又新率何海清支隊、祿國藩支隊，總參謀長羅佩金及第三梯團長顧品珍率朱德支隊緊急增援納溪。一場保衛納溪的戰鬥就此打響。
十三日晚，李文漢營、何海清支隊、祿國藩支隊相繼趕到納溪，衝破敵人包圍，解救董、劉兩部。十七日，第三梯團第六支隊長朱.德奉命率隊由永寧經過兩天的急行軍也趕到了納溪東面的棉花坡戰場(今納溪區棉花坡鎮)，加入納溪保衛戰。
二十二日下午，蔡鍔抱病率第一軍司令部抵納溪，設司令部於安福街，親自指揮戰鬥。此後，護國軍中路軍主力與數倍於己的袁軍在瀘州南岸的納溪及其周邊的棉花坡、菱角塘、藍田壩、雙河場等地展開拉鋸式惡戰，“川南全部化爲戰場”。
敘府得而復失，納溪三易其手，“實吾國有槍炮後之第一戰也”，曾參加此役的第三支隊長的朱德後來深有體會地回憶道：“打大仗，我還是在那時學出來的。”
激戰一直進行到三月初，但由於袁軍源源不斷增加，而護國軍既無援軍可用，又乏餉械、彈藥補充，部隊也連續作戰，極度疲勞。爲保存實力，蔡鍔不得不接受羅佩金、劉存厚等人的建議，於三月四日命令各支隊撤出納溪及其周邊地區，向永寧方向徐徐引退。
撤退時秩序井然，袁軍懾於滇軍威風竟不敢發一追兵。
袁軍馮玉祥旅首先進入納溪。馮玉祥本想把他的部隊撤到陝西去，可是還沒有行動，正趕上護國軍退出納溪，他就乘機攻入。這樣一來，馮玉祥便立了大功。
三月七日，袁世凱因此而破格封馮玉祥爲三等男爵，策令中稱讚馮是：“忠勇奮發，極堪嘉獎。”
同日，張敬堯得授勳三位加陸軍上將銜，旅長熊祥生、吳佩孚、吳新田都晉級陸軍中將，熊祥生部團長劉湘也得到勳五位和陸軍少將。
這個時期可算是護國軍最黯淡的一個時期，在袁軍攻佔納溪的同時，護國軍右翼軍退出了綦江。廣西方面龍覲光軍攻佔剝隘，湖南方面袁軍周文炳師於三月十三日攻佔麻陽。
大皇帝袁世凱這時收到的盡是捷報，最使他興奮的，是川軍統領楊起元從寧遠來電。
楊起元電稱：二月十三日他率部偷渡金沙江，夜襲摩魚鮓，已由江驛過江進抵芝麻口。
袁世凱發表命令盛讚他：“出奇制勝，深入滇境，佔領要隘，驍勇絕倫。”授他勳五位。
此爲洪憲稱帝后，這位袁皇帝最得意時期，也可說是袁世凱的回光反照。
袁軍捷報頻傳，袁皇帝連日來情緒都處於亢奮之中。
爲了鼓勵前方士氣，袁政.府採辦了大批鹹牛肉、鹹豬肉、罐頭食品、紹興酒、綵緞、貢綢、金銀用具、時鐘、衣帽、刀劍、古玩字畫、碑貼、相片、磁器等運往前線，分別慰勞將士。
對立功將領給以一等至五等榮光寶星勳章，得到勳章的人按勳章等別，每年可以分別領到年俸三千元、二千元、一千元、五百元、二百五十元。
同時發行洪憲元年六釐內國公債以充戰費。
護國軍退出納溪後，袁軍並沒有勇氣進行追擊。而護國軍只經過了十天的整頓，就於三月十七日捲土重來。
僅在幾天之內，護國軍便勢如破竹地收復了江安、南川、納溪、彭水、綦江等縣。張敬堯抱頭鼠竄地逃回瀘州。
張敬堯是袁世凱稱帝時的死黨，最是替袁世凱賣力氣，而蹂躪人民最兇惡的也正是他的第七師。
蔡鍔曾寫信譴責張敬堯說：“帝制未成，先屠百姓，何以爲國？足下媚茲一人，已屬罪不容死，況復虐我同胞，人將不食爾肉”
蔡鍔還有公開通電，描繪袁軍的種種暴行：
電一：“……逆軍數千據油羅坪，經我軍連日痛擊，漸次潰散，餘均伏匿不出。七號夜半，突有油羅坪多數百姓，紛紛渡河，團首保正亦在其中，據其口述：北軍佔油羅坪後，於昨午十二時大四擄掠，裝運財物二十七船，每船能容百人，經三溪向綦江方面進發。又該逆軍大四奸.淫，婦女撲水死者數十人。
“查油羅坪爲四川天險，四周壁立，中現平原，周圍八九十公里。前經張獻忠之亂未遭蹂躪。自前月起，綦江富戶大都遷徙入內，計其財物不下數百萬。乃逆軍形同盜賊，任意擄.掠.奸.淫，應請將其罪狀宣佈全國等語。查此次我軍所到之地，凡其中人民慘遭逆軍種種蹂躪者，莫不泣訴軍前，研訊所獲俘虜，亦供認不諱，且擒逆軍各官長，在其身上搜出袁逆僞諭，縱四淫掠，證據確鑿，現值軍事孔亟，未可逐一揭布，先請將此通電中外，使衆周知……逆狀如是，人道安在？凡我國民，應當怒髮衝冠，速起而誅此獠也。……”
電二：“……逆軍在川，姦淫擄掠，無惡不作，舉其所目睹者而言，逆軍敗後，其散兵壕內，民間被褥、媛女衣袴，狼藉滿地。其遺棄屍骸，戒指、手鐲輝煌滿手。非男非女，怪狀難名。每至回攻緊急，或潰退時，縱火毀燒民房幾成定例。旬日以來，牛背石、雙合場及納溪附郭各處，焚燒民房殆近千家。有時發見僞示，尚謂滇軍縱火，貽害百姓，乞請專款賑恤等語。橫暴之極，濟以貪騙，人民身親目睹，銜之刺骨。故逆軍所至，遷徙一空。其步哨潰兵，常被人民挺擊，舁送本軍。……”
和北洋軍截然不同，護國軍紀律嚴明。這使得蔡鍔率領的護國第一軍在川南、川東南和湘西與袁軍的作戰，得到了廣大人民羣衆的支持。
護國戰爭爆發後，雲南掀起了民衆踊躍從軍、踊躍輸將和踊躍獻錢、獻糧、獻物的熱潮。護國軍經過的地方，還承擔了供應軍隊給養的任務。
在四川前線，護國軍所到之處，當地人民更是“無不簞食以迎”。
蔡鍔曾無限感慨的言道：“農民武裝起來，攻擊敵軍運輸，他們把糧食和彈藥轉運給我們。船伕撐船往來給我們送給養，把我們的部隊擺渡過河，並且從戰場上往上擡送傷兵。……逆軍所至，（人民）遷徙一空。其步哨、潰兵常被人民梃擊，舁送本軍。口操北音之人，非十人以上，不敢徑行鄉鎮。我軍所至，人民舞蹈歡迎，逃匿婦孺，相率還家，市廛貿易驟盛。甚至火線以內，常有人民攜榼饋食。各野老村嫗，大率徹夜諷經，祝滇軍之戰勝。故俘虜供詞曰：天時地利人和，都爲滇軍佔盡，北軍萬無全勝之理。”
蔡鍔領導的護國軍在川南、川東南和湘西地區不斷取得勝利的消息，極大地鼓舞了全國人民的反袁鬥志，推動各地反袁鬥爭的開展。
護國軍討袁之戰，完全可以證明勝利不是僅憑藉兵力、財力和武器。所謂只要正義在我，師直爲壯，就會獲得最後勝利。
蔡鍔的軍隊，食無隔宿之糧，衣不蔽休，唯賴蔡四處馳電告貸，向地方人民高息借貸，簡直是過一天才能考慮下一天。這種戰爭照現代眼光來看根本就不能打，可是蔡等護國元勳卻打得非常出色。
和鎮壓二次革命相比，同樣的北洋軍，同樣的裝備，戰力和士氣卻大不一樣。足見袁世凱稱帝，搞復辟倒退不得人心。就算北洋軍人，內心也未必沒有自己的想法、看法；有多少人願意爲袁家王朝出死力呢？