一九一三年三月二十七日，梁啓超在寫給女兒樑思順（令嫺）的家信中：“宋氏之亡，促吾加慎，刺宋之人（真主使者陳其美也），臚列多人，我即其第二候補者，今將彼宣告文剪寄，應某謀北來刺我，二十日前蛻丈已電告矣。”
看來，樑先生也認定陳其美是刺殺宋教仁的幕後指使。
但是陳其美和宋教仁交情深厚，又同爲一個戰壕裡的同志，而且宋被刺時，陳就在身邊，事後表現也可圈可點。在宋案中，雖然陳其美疑點重重，但並沒有直接證據證明陳其美就是殺宋的幕後黑手。
那些宋陳恩怨，不過都是捕風捉影。
如果袁世凱、趙秉鈞、陳其美三人都不是幕後指使，還有別的人嗎？
其實除了袁世凱、趙秉鈞、陳其美三個嫌疑人之外，“宋案”的幕後指使者，從現有的資料看，至少還可能是另外兩個人之中的一個。
其一，是洪述祖。
《張溥泉先生回憶錄、日記》說：“宋遁初被難後，洪自南來，又見總統一次。總統問及遁初究系何人加害？洪曰：‘這還是我們的人，替總統出力者。’袁有不豫色。洪見袁顏色不對，出總統府，即到內務部告假，赴天津養病。”
張溥泉：字溥泉，河北滄縣人。一八九九年留學日本。一九零四年參與創立華興會，一九零五年參加同盟會。武昌起義後，任同盟會交際部主任、國民黨參議。一九一三年當選第一屆國會參議院議長。自一九一七年後任護法軍政.府駐日外交代表、軍政.府顧問。一九二零年任廣東軍政.府顧問。
張溥泉是老同盟會會員，他的話可信度高。
後據袁二公子袁克文回憶：“家父曾說：‘我代人受過多得很，從未辯過。我雖不殺遁初，遁初亦因爲我而見殺，怎麼辯呢！明事理的人一定察覺出，如果我想殺他，不必一定招其來而殺之。我完全可以等他來了後，陷他以罪殺他，何必要數次邀請他，乘他將行而殺之？這明明是授人以柄，愚夫也不會做這等傻事。’”
如果上邊《張溥泉先生回憶錄、日記》所記，洪述祖和袁世凱見面和對話確有其事，那袁世凱對刺殺宋教仁是不知情的。而是做爲袁世凱的手下的洪述祖，求功心切，私下安排人員刺殺了宋教仁。這一點，從想邀功請賞的應桂馨後來的表現可以看出端倪。
有個史料記載，袁世凱曾嘲笑洪述祖，說他淨說空話不幹實事，這話是有針對的。此前，洪述祖曾說過能拿來陷害宋教仁的材料，從袁世凱處預支五萬塊錢賞錢，結果賞錢拿出去了，一無所獲。
所以，當洪述祖說，應夔丞可以搞到構陷“孫、黃、宋”（孫中山、黃興、宋教仁）的東西，再要錢的時候。袁世凱要求先把東西拿來，再說錢的事情。
應夔丞想的是空手套白狼再騙30萬塊錢，洪述祖發現應夔丞是在騙他，覺得沒臉見袁世凱，也沒辦法向大總統交代。
被嘲笑不幹實事的洪述祖決定幹一件實事，他馬上告訴應夔丞拿不到材料的話就趁機下手。因爲，他可能不只一次的聽袁大總統說過，宋教仁如果當了國務總.理，可是比唐紹儀當國務總.理更要麻煩得多。洪述祖自以爲是的“揣摩上意”，以爲袁世凱要除掉宋教仁，便有了洪述祖主謀刺殺宋教仁地自作主張。
或許，洪述祖應該就是大家一直要尋找的元兇，在他得指使下，應桂馨又安排武士英刺殺了宋教仁。也正應了袁世凱所說：“我雖不殺遁初，遁初亦因爲我而見殺。”
如果洪述祖是受袁世凱和趙秉鈞所指使，有一件事讓人百思不得其解：洪述祖在被處死前，都沒有說出袁世凱或趙秉鈞。那時，這二人已經死去，真要是他們指使的，洪述祖已經沒有後顧之憂，相反可以減輕自己的罪行，他有什麼必要保守這個機密呢？這是否也是個佐證呢？
但是，洪述祖在爲自己辯解時，一直堅稱：他給應桂馨電報中的“毀宋”，只是毀壞宋教仁的名譽，前面電文中關於蒐集宋教仁“黑資料”方面的內容可以證明。而除“毀宋”外，好像再沒證據證明是洪述祖指使應桂馨殺宋教仁。
因此也有另一個可能，是應桂馨自己把“毀宋”理解爲“殺宋”。或者，應桂馨沒把“毀宋”錯理解爲殺宋，因爲“毀宋”的材料搞不到，乾脆一不做二不休。
把宋殺掉，比“毀宋”幹得更徹底，得的賞錢不就更多嗎？這樣的可能性，也應該是不能排除的。因此，殺宋教仁的主使人是應桂馨自己，這種可能性也是存在的。
宋教仁死後，人們情願花大量的時間在“誰是主謀……”上，但大家都忘卻了宋教仁的最後囑託：“請諸位同志繼續奮鬥，以救國救民爲己任，勿以我爲念放棄責任。務必繼續走議會選舉、陽光參政、公平競爭的憲政民主之路。”
或許，做爲一個敏銳的政治家，他應該預感到自己的死會干擾共和的大計。事實上宋教仁的擔心恰恰成爲了現實。
宋教仁的死，不但影響了他死後的政局走向，也宣告了袁世凱和革命黨人蜜月期的結束。
孫中山回國後，與陳其美、居正等在黃興寓所討論對策時，黃興主張以國事爲重，以法律爲正當解決辦法，但遭到激烈派戴季陶等人的強烈反對。
孫中山站在了後者的一邊，並極力主張起兵反袁。他的理由是：袁世凱是總統，而總統指使暗殺，這決不是法律所能解決的，能解決的只有武力。
黃興繼而提出，南方革命黨人武力不足，如貿然發難，恐怕大局糜爛，最終不可收拾。對此，孫中山不以爲然，他極力表示宋教仁被殺並非一人之事，除從速起兵、武力解決外，決無其他辦法。
但是，會上多數人認同黃興的看法，起兵反袁的提議最終不了了之。
國民黨人放棄武力反袁還有另外一個原因，那就是國會即將召開。由於在議員人數上佔盡優勢，一些國民黨人認爲可以通過國會來制約袁世凱，“宋案”同樣會得到公正的法律解決。
一九一三年四月八日，民國首屆國會在北京召開，國民黨議員一上來就給了袁世凱一個下馬威，總統府派去致賀的代表樑士詒被認爲是藐視國會而被斥回。
四月二十五日，也就是程德全公佈“宋案”證據文件的前一天，國民黨人張繼（也就是前邊提到的張溥泉）、王正廷被選爲參議院正副議長，林森爲全院委員長。
正當國民黨爲取得的勝利而歡欣鼓舞的時候，卻遭遇了迎頭一棒。因爲，不久後進行的參衆兩院議長選舉，已經贏得國會多數席位的國民黨卻沒能繼續保持優勢，衆議院議長卻落到了共和黨的湯化龍頭上。國民黨在議會的影響力大打折扣。
湯化龍實際是共和、民主、統一等進步黨系的黨魁之一，背後有袁世凱撐腰支持。衆議院議長選舉時，在袁世凱的收買和分化活動幫助下，他經過三輪選舉才勉強擊敗國民黨的吳景濂。
所謂一波未平，一波又起。緊隨“宋案”之後，另一件攪動民國初期政壇的大事發生了。
因爲，也就是在國會選舉的這天晚上，國務總.理趙秉鈞、財政總長周學熙、外交總長陸徵祥在北京匯豐銀行大樓里正與英、法、德、俄、日五國銀行團代表進行一場卓絕艱難的談判，雙方代表一直談到次日凌晨，纔將各項條款最終議定，這就是歷史上著名的“善後大借款”。
善後大借款是袁世凱以辦理善後改革爲名，向國際銀行團貸借的長期鉅額借款。雙方交涉已久，最終在一九一三年四月有了結果。
清政.府在宣統三年與美國資本團、 英國匯豐銀行、德國德華銀行、法國東方匯理銀行簽訂的清政.府爲改革幣制和振興實業借款一千萬鎊的合同(資金到位僅十萬鎊清政.府就垮臺了)。
袁世凱爲擺脫民國初建時資金困難的處境，爲處理善後問題，策劃將這筆貸款改爲民國北洋政.府的“善後大借款”。
北洋政.府許諾借款以鹽稅爲擔保，並把四國銀行團列爲北洋政.府借款的優先權國家。
袁世凱起初要處理的善後事宜，主要包括四個方面：
一、結束南京臨時政.府，首先是遣散南方的軍隊；
二、償還積欠的外債和賠款；
三、履行對遜清皇室的優待條件。
四、整頓北京的統治機構，加強政治、軍事等各方面的統治力量；
簡言之，就是解決革命中所產生的或遺留下來的種種問題。袁世凱以全國領袖自居，急於以解決這些問題來建立他的新統治體制和統治秩序。所有這一切都需要錢，而袁的政.府本來就已瀕臨財政破產的邊緣，一時又無法打開國內財源，所以只好向外國告貸，而最方便的乞求對象就是四國銀行團。