黑水艦隊主力突然而至，這可是趁葡萄牙人之虛，對他們壓着了打，他們拒不投降，鄭芝龍立即下令，全面炮轟，在不到半個時辰之內，熱鬧繁華的馬六甲城變成了火海，濃煙滾滾，直衝天際。
葡萄牙人扣押了不少大明人，準備作爲人質的，讓明軍投鼠忌器，不敢亂來，不過他們這是明顯的想多了。
鄭芝龍毫無顧忌，直接下令開炮，炮擊馬六甲，他的任務是拿下馬六甲，其它的事，與他無關。
他的參謀官員和情報官員們也故意不提，俗語說，不知者不罪嘛！誰能知道在萬里之外的番邦，有大明人呢？而且，大明不是禁海嗎？理論上海外沒有大明子民，所以大家是心照不宣，先打了再說。
馬六甲城有兩座巨型炮臺，它們居高臨下，對港口上的戰艦威脅不小，是保護馬六甲城的第一屏障，也是最重要的，但是他們的炮臺，一開始就啞火了，沒有發揮作用。
阿齊茲幾乎氣壞了，厲聲問道：“爲什麼不開炮！爲什麼不開炮！”
侍從官道：“報告總督大人，炮臺受到攻擊！”
“什麼？城裡的明人乾的？都拿下了槍斃！”阿齊茲道。
炮臺位於跨河大橋之後，大橋上布有重兵，可以抵擋住敵人，現在敵人還沒有展開陸攻，這隻有一種解釋，就是敵人的奸細作亂。
侍從官道：“應該不是！他們火力太猛了，己攻入了獅子山炮臺，炮臺的官兵在拼死抵抗，己經發出兩次求救了！”
阿齊茲大驚失色：“才一個小時，兩次求救！對方有多少人……？”他才說完，就看見獅子山炮臺上飄揚的國旗被扯了下來，升上大明的日月旗，阿齊茲不敢置信，說道：“怎麼可能，上面可是有三百三十人呀！”
三百三十人守衛的炮臺，一個小時就團滅了，這也太嚇人了。
這是早己潛伏於此的朱雀營出手了，他們在開戰前潛入城中，在情報人員的支援下，制訂了作戰計劃，黑水艦隊炮擊城市，他們同時發動進攻，趁其不備，從後面發動進攻，一舉拿下，他們調整炮口，轟擊城區，這馬六甲城頓時悲劇了。
在黑水艦隊的火炮掩護下，一隊隊陸戰隊登陸到了外港附近，他們在逼退了這一側城市守軍後點燃了幾座房屋，並將港口內的葡萄牙人的船隻全部焚燬，而大明人的商船則不在攻擊範圍內。
阿齊茲匆忙派使節來道歉，一方面釋放了他們扣押的大明人，另一方面同意向大明人道歉，並保證撤回攻擊呂宋的軍隊，並且向上請示，如果上面同意，他們將會投降。
兵不刃血奪城，這是一個不錯的主意，不過鄭芝龍突然發現對面的守軍營地內旗幟飄揚。於是他果斷命令艦隊向那個方向開火，試探已經準備充分的守軍到底聚集了多少兵力和大炮。
當時，大批葡萄牙軍隊和僕從兵己經在總督府和要塞佈防，並用柵欄封鎖了大橋，在陣地上部署了大量火銃與大炮。鄭芝龍決定對這個地方發起強攻。他自己率領大部分登陸部隊從城市的另一側登陸，同時讓另一隊士兵從橋的另一側登陸，在艦船火炮支援下發起夾攻。
發現大明軍登陸的馬來守軍立即開始開炮射擊，但遠距離的射擊並沒有什麼效果。在他們打完第一輪後，黑水衛隊士兵組成方陣，衝向橋上的守軍，守軍繼續在盾牌兵的掩護下，用弓箭和吹管朝着他們射出帶有毒藥的利箭。
身披板甲，頭戴鋼盔的明軍並不理會這些箭矢，直接殺到了柵欄跟前，用火槍和佛朗機炮攻擊那裡的守軍，並利用兩面夾擊的優勢，成功佔據了橋頭和教堂。
阿齊茲看見形勢危急，忙派出早己埋伏在一邊的1000名爪哇士兵殺出，襲擊了葡萄牙登陸部隊的後方。但他們在明軍的火槍與弩齊射下迅速潰敗，不少人慌不擇路的選擇跳海逃生。
從橋頭潰退下來的守軍這時在城防司令菲戈上校的帶領下，重整旗鼓。這位年輕的貴族指揮官十分膽小，帶着軍隊從城市內的小山撤退。
一羣明軍分隊主動發起追擊，逼迫菲戈帶領部隊進行反擊，菲戈率領五十名騎兵，疾衝而來，試圖衝亂明軍隊形，然後奪回大橋。
誰知明軍推出兩門勃朗寧機關槍，進行了猛烈的掃射，菲戈出師未捷身先死，倒在了血泊之中。
同時，已經佔據橋頭的鄭芝龍下令建立了新的的柵欄開始攻城，並順着風勢縱火焚燒依然有大批守軍抵抗的總督府。
但這些措施並不能迫使守軍撤退，他們繼續用大量火銃大炮明軍射擊，使得後者無法完成自己的柵欄工事，不得以之下，鄭芝龍下令撤退，死守大橋另一端。
趁着明軍的撤退，葡萄牙守軍猛政大橋。他們修復了先前被打壞的柵欄，並將更多大炮部署在這個關鍵陣地上，這讓爭奪大橋的明軍死傷慘重。
鄭芝龍見形勢不妙，下令明軍的戰艦再次齊轟大橋一側，無數炮彈從天而降，炸得葡軍及其僕從兵們死傷慘重，二千料戰船海虎號上的高聳艏樓，進行火炮射擊，每一次齊射，都掀起了一次又一次的腥風血雨，守軍從內港出動了大批火船，希望焚燬這些大帆船，但被早有準備的明軍逐一化解。
雙方爲了爭奪大橋，進行了一夜血戰，通宵戰鬥不斷，殺聲沖天。
阿齊茲本想下令炸燬大橋，但想起對方海軍佔據絕對優勢，炸了只會自己吃虧。
次日凌晨，明軍再次發起攻擊，數艘主力戰艦趁着漲潮接近要塞附近，用側翼的火炮和塔樓上的各種武器壓制要塞裡的守軍火力。另外十艘戰船貼近海岸，掩護登陸部隊再次出擊。
這些陸戰隊再次頂着守軍的密集火力，擊破了柵欄附近的守軍，將對方逐離大橋區域，成功的佔領了這一戰略要地。
一些明軍戰船從大橋下衝入了內港，並幫助登陸部隊建立了新的炮兵陣地，由於不少守軍躲入街道後從屋頂向衝入街道的明軍射擊，明軍再次縱火焚燒城區，艦隊與炮兵則繼續對着總督府和要塞不停的射擊。
總督府和要塞在明軍連續不斷的炮擊之下顫抖，事己至此，可以說是大勢己去，除了葡萄牙還在拼死抵抗之外，大批的馬來僱傭兵和印度僱傭兵紛紛放下了武器，嚮明軍投降。
明軍也依照承諾，只是暫時扣留，沒有槍殺他們。
外族僱傭兵們投降，讓葡萄牙人的處境更加艱難，他們退出要塞，死守總督府，鄭芝龍命人暫緩進攻，從各處調來了大炮，對着總督府猛轟。
總督府前身是馬六甲王國的王宮，馬六甲滅亡之後，改造成爲了總督府，這既是葡萄牙人在馬六甲的最高權力機構，也是一個要塞，可以容納二千多人，它地勢險要，易守難攻，葡萄牙還在裡面準備了大量的糧食，可以長期堅守，他們是計劃死守，等待遠征軍歸來，裡應外合，擊退敵人。
但是明軍又是炮轟，又是用投石機投放猛火油，府中大火處處，濃煙沖天。
這個勢頭，那裡擋得住多久？阿齊茲是命令拼死底抗，但無奈士兵們士氣己散，軍心大亂，紛紛投降，阿齊茲制止不了，吞槍自殺。
在總督自殺之後，士兵們再無猶豫，升了白旗，放下武器，嚮明軍投降了。
這時年代葡萄牙人對亞洲征戰，雖然守軍往往人數衆多，武器也並不落後，卻依然無法抵禦新來的歐洲征服者的攻擊。葡萄牙人作爲當時世界上最好的海軍力量，不僅在海面上佔據優勢，還在一系列登陸攻城作戰時表現了歐洲戰場上磨練出的高素質，往往可以一戰而下，當年葡萄牙人攻擊馬六甲城，守軍的武器並不比他們遜色，人數更多，但在出色的戰術和海陸協同之下，確是被輕易擊敗，現在是倒轉過來。
馬六甲城雖然在不長的時間內被攻克，但其防禦武備依然屬於當時的亞洲頂尖水準。作爲一個靠着貿易交流爲生的國際化大都市，葡萄牙人可以通過海運獲得當時最爲先進的武器，並僱傭地區內外的專業士兵來擔任守軍。
但他們葡萄牙人實在太少了，招來的僱傭兵表現並不出色，軍事現代化並不能在根本上改變當地軍事實力偏弱的本質。無論是新式的歐洲火炮還是印度的戰象，又或是傳統的毒液弓箭，都無法彌補士兵素質與指揮系統滯後的缺陷。
當然在許多人的眼裡，馬六甲城絕對是一座難以強攻奪取的堅城。守軍的專業士兵、和新式火炮都是當時的許多南洋軍隊沒有或欠缺的。
但他們還是被明軍攻下了，明軍在人數、戰艦和火槍方面佔有優勢，他們的火槍，射程更遠，射速更快，讓葡萄牙人吃盡了苦頭，每一次交戰，死傷都極爲慘重。
在明軍的猛烈打擊之下，葡萄牙人在東方最重要的貿易重鎮淪陷了，馬六甲城上，升起了明軍的日月旗。