有了剿餉的保證，五省總督孫傳庭終於看到了剿滅流寇的希望，四正六隅、十面埋伏的作戰部署，已經傳到到各地，接下來就看孫傳庭如何的部署了。
秋收季節的時間，孫傳庭將自己關在屋子裡足足半個月的時間，他一直都在思考和定奪如何剿滅李自成和張獻忠兩路流寇，李自成和張獻忠麾下的流寇，號稱都是幾十萬人，從孫傳庭掌握的情報來看，兩路流寇的兵力都在十萬人以上，而且經過了長時間的征戰廝殺，流寇的戰鬥力也有一定程度的提升，朝廷大軍想着一次性的同時剿滅兩路流寇，顯然存在很大的困難，最好的作戰安排是各個擊破，以主力剿滅其中一路流寇，以各地軍隊防禦另外的一路流寇，防止李自成和張獻忠的聯合。
究竟首先剿滅哪一路的流寇，孫傳庭經過深思熟慮之後，認爲首先對付張獻忠，這是因爲張獻忠的力量相對來說要弱一些，且張獻忠麾下的劉文秀、李定國和艾能奇等人作戰勇猛，這些人都有獨當一面的能力。
張獻忠盤踞在湖廣的襄陽和鄖陽等地，且開始向四川一帶滲透，四川的地形異常的複雜，很多地方都是易守難攻，若是讓張獻忠徹底打通了前往四川的道路，那麼日後的作戰將變得更加的艱難。
孫傳庭麾下的大軍駐紮在武昌府一帶，距離襄陽不是很遠，按照四正六隅的作戰部署，要求四川、陝西以及河南等地協同作戰，就能夠徹底堵死張獻忠所有的逃跑路線，當然孫傳庭最爲擔心的一點，就是張獻忠和李自成的聯合。
一般情況之下。張獻忠和李自成是不可能聯合的，兩人都是流寇多年的首領，各自都不服氣，聯合起來會形成一山不容二虎的局面，故而孫傳庭可以放心大膽的供給張獻忠，不過這裡面也有一個條件。那就是必須要以主力單獨進攻張獻忠，而以其他的力量阻止李自成，可能李自成巴不得這樣的局面出現。
六月底，孫傳庭的作戰思路基本形成。
讓孫傳庭想不到的是，他的作戰思路首先就遭遇到監軍王永吉的反對。
皇上下旨徵收剿餉，保證朝廷大軍剿滅流寇的糧草，就是想着在最短的時間之內徹底剿滅流寇，且皇上在聖旨之中明確說了，讓大明百姓忍受一年的時間。這說明皇上對流寇肆掠的情形已經是非常的痛恨了，不惜增加百姓的負擔，舉全國之力剿滅流寇，如此的情況之下，不展開全面的進攻，單單打擊張獻忠一路的流寇，皇上和朝廷怎麼可能答應。
孫傳庭據理力爭，與王永吉兩人甚至產生了矛盾和意見。
孫傳庭和王永吉誰也不能夠說服誰。無奈之下，孫傳庭的作戰思路被奏報到朝廷。
內閣大臣、兵部尚書楊嗣昌仔細看了孫傳庭的作戰安排。內心裡面是認同的，各個擊破是很不錯的剿滅流寇的辦法，畢竟孫傳庭麾下只有不足十萬大軍，也是剿滅流寇的主力，其餘各省僅僅是協助作戰，關鍵時刻還是要依靠孫傳庭麾下的大軍。
但楊嗣昌不敢表明贊同的態度。因爲他知道皇上的想法，皇上對南直隸的局勢已經非常的不滿意，急切希望能夠在最短的時間之內剿滅流寇，讓北方徹底穩定下來之後，騰出手來解決南直隸的事宜。若是按照孫傳庭的作戰思路，剿滅流寇至少需要一年以上的時間。
內閣商議孫傳庭作戰計劃的時候，楊嗣昌沒有明確的表態。
周延儒和張鳳翼對於這樣的作戰安排，都明確表示了反對。
張鳳翼曾經也是兵部尚書，他認爲這樣的作戰安排，沒有能夠體現出來四正六隅、十面埋伏戰略部署的真正作用，更沒有能夠體現出來朝廷徵收剿餉的重大意義，和以往剿滅流寇的戰術思想差不多，儘管說同時剿滅李自成和張獻忠兩股流寇，難度一定是很大的，但依照四正六隅的安排，兩路出擊還是可以的，剿滅流寇的作戰，以首先剿滅和重點打擊張獻忠爲主，爲削弱李自成的實力爲輔，這樣的兩路打擊，能夠收到最好的效果。
內閣很快形成了意見，呈奏皇上。
按說內閣這個意見已經很不錯了，說到底內閣還是基本支持孫傳庭擬定的作戰計劃的，只是改變了其中圍困李自成的安排，要求河南、陝西和山西等地必須要抽調兵力，圍困李自成的同時，適時的展開打擊，這樣做能夠讓李自成處於高度緊張的狀態，自顧不暇。
內閣深層次的意思，就是阻止李自成和張獻忠兩路流寇的聯合，那樣剿滅流寇的難度將是成倍的增加。
可惜內閣的這個意見，遭遇到皇上無情的訓斥。
紫禁城，乾清宮。
皇上臉色蒼白，手裡拿着內閣的票擬，對着內閣一幫人毫不客氣的開口了。
“朕同意徵收剿餉，窮盡我大明之財力，就是想着要徹底剿滅流寇，我大明之百姓，時刻期盼着局勢能夠穩定，朕不惜耗費民力，保證剿滅流寇戰鬥之糧草供給，卻換來如此之局面，難道朝廷大軍懼怕流寇嗎，朕早就說過，流寇之中尚有很多人，乃是走投無路之農民，只要能夠好好的安撫他們，他們就一定會脫離流寇之隊伍，回到家鄉去種地的。。。”
皇上侃侃而談，倒是沒有發很大的脾氣。
周延儒等人面面相覷，想不到他們殫精竭慮修改的作戰計劃，居然遭到了皇上的質疑和反對，這樣的情形太少見了，若不是流寇已經成爲朝廷的心腹大患，若不是大明局勢之微妙，內閣是根本不可能參與到剿滅流寇之作戰計劃的，這是兵部的事情，不需要內閣商議，更不需要皇上來決斷。
同時對李自成和張獻忠展開大規模的圍剿，難度的確是很大的，不要說孫傳庭有些無能爲力，就算是內閣和兵部統籌協調，都不一定能夠達到目的，而且對李自成和張獻忠同時展開圍剿，很大可能讓兩人聯合起來作戰，那樣流寇的實力將大幅度的提升。
至於皇上說到流寇之中大部分都是窮苦的百姓，這一點倒是不假，可既然他們已經投身到流寇之中，就已經不是窮苦的百姓，流寇造反十多年的時間，朝廷採取了數不清的招降策略，無一不是失敗的，況且以這一點來斷定流寇的戰鬥力不強，也是說不通的。
皇上說完之後，內閣首輔周延儒開口了。
“皇上，內閣商議的作戰計劃，並非是單單剿滅一股流寇，而是以剿滅張獻忠爲主、以剿滅李自成爲輔，以徹底剿滅張獻忠和削弱李自成的實力爲第一階段，待到徹底剿滅張獻忠之後，大軍接着剿滅李自成。。。”
“朕知道你們的意思，不用多解釋了。”
周延儒尚未說完，就被皇上直接打斷了。
“朕決定了，同時打擊李自成和張獻忠兩路流寇，爭取在年內徹底剿滅流寇，讓北方穩定下來，朕決定徵收剿餉，百姓本就無法承受了，楊愛卿提出的四正六隅、十面埋伏的作戰部署，朕看很是不錯，只要各省巡撫齊心協力，定能夠一舉剿滅流寇。”
皇上的這些話，等於是定下了調子，李自成和張獻忠都是打擊的重點，沒有主次之分。
內閣無人開口爭辯了，皇上既然下定了決心，內閣爭辯也是沒有什麼作用的，可衆人不明白，爲什麼皇上會武斷的做出決定，所謂將在外君命有所不受，作戰的具體安排部署，應該要尊重指揮官的意願，而不是皇上或者朝廷直接決定的，如此的干涉太多，下面具體負責作戰的將帥，將感覺到無所適從。
當然內閣也有一定的樂觀情緒，那就是皇上決心徵收剿餉，從糧草上面保證了朝廷大軍的供給，這樣就能夠保證作戰的順利，至於說兩線同時出擊，剿滅李自成和張獻忠兩路流寇，可以兵分兩路，若是作戰不順利，再來進行調整，也是可以的。
周延儒再次開口了。
“皇上，五省總督孫傳庭一人指揮此番大戰，難度頗大，臣建議朝廷派出一人協助指揮，可由孫傳庭負責剿滅張獻忠，由另外一人負責剿滅李自成。”
“這個建議，朕看可行，就派遣兵部侍郎陳新甲協助作戰吧。”
離開乾清宮之後，周延儒輕輕嘆了一口氣。
陳新甲是兵部左侍郎，在朝中的地位不一般，派遣參與流寇的戰鬥，怎麼可能是協助孫傳庭作戰，依照品階和地位來說，孫傳庭還要略遜一籌，如此怎麼可能讓孫傳庭心無旁騖的指揮作戰，如此的安排，很有可能讓孫傳庭和陳新甲各行其是，兩人難以聯合，協同作戰更是無稽之談，如此大規模的作戰，必須有一個核心的統帥，難道皇上不知道這一點嗎。
隱隱的，周延儒感覺到，皇上不僅僅是對內閣不放心，恐怕對於下面指揮作戰的統帥，也不是特別放心了，若是皇上抱着這樣的心思，那後面的事情就真的不好做了。