雖然聯軍主力已經撤離太原郊外，但是聯軍和闖軍的戰鬥還沒有結束，雙方依舊有相當數量的部隊在山西中部的苛嵐州、定襄縣等處州縣交鋒。
李自成親提戰兵六萬渡過黃河以後，經過平陽府，立即直趨太原城下。李自成麾下的白廣恩等將領，皆是孫傳庭的故人舊將，他們熟悉秦軍戰術，才一交鋒就立即發現敵人之中並無傳聞中兇悍堅利的八旗兵。
闖軍諸將，包括李過和牛金星在內，當時都因爲大同之敗和雁門之敗的緣故，對八旗軍的戰鬥力心有餘悸，都認爲清軍沒有出現在太原城下，顯然是潛伏他處，另有圖謀。
所以李自成並沒有第一時間將主力部隊投入太原戰場，展開解圍作戰，而是駐軍太原城城南的懸甕山，立下大營，牽制孫傳庭的攻城部隊。並派李過率領一支精兵，向北迂迴往天門關方向，沿途搜索清軍兵馬的蹤跡。
這就給了孫傳庭從容撤出晉中的機會——本來雁門之戰以後，闖軍留守山西的三萬主力，大半覆滅，只有田見秀、姜瓖、任繼榮在太原城拼湊出一萬守軍，形勢危殆，根本不可能阻止孫傳庭的攻勢。
可是雁門之戰結束以後，多爾袞立即改變了此前對孫傳庭言聽計從的態度，先是下令二萬清軍在太原攻城戰時退兵石嶺關，消極作戰。不久以後，再前方探騎送來李自成已經渡河入晉的消息後，更是直接在沒有提前通知孫傳庭的情況下，直接退兵返回大同。
這幾乎陷孫傳庭一支孤軍於李自成援軍的團團包圍之下，當時李來亨也和劉芳亮從固關方向出兵，有側擊孫傳庭兵團的態勢。如果不是李自成對於“消失的清軍”心懷疑慮，沒有直接開戰，那麼毫無疑問，孫傳庭這一支三萬人的秦軍舊部，勢必全軍覆沒。
崇禎十六年三月底，孫傳庭利用闖軍援兵尚在猶疑的機會，趕在李過切斷天門關的退路以前，斷然停止攻城，放棄了幾乎將要攻克的太原城，立即退兵。
孫傳庭命高傑殿後，全軍北指，立即退往寧武關和雁門關設防。秦軍在孫傳庭的整頓之下，雖然紀律比之以前已經好了很多，但畢竟不比清軍那樣如臂使指、整齊劃一，於闖軍圍堵下的緊急撤退，自然也是險象環生。
只不過李自成始終認爲清軍潛伏在太原以北的某地，所以不敢輕舉妄動，只有李過一支輕兵對孫傳庭北撤部隊進行了嘗試性的攔截。
但是李過兵力有限，只在天門關附近和高傑所部交戰一次，闖軍騎兵全部下馬，以長矛結陣，依山阻擊。秦軍雖然擁有局部上的兵力優勢，又是思歸之軍，可是因爲地形緣故，居然被李過用少數兵力阻截了很長一段時間。
若非高傑的部將李成棟率領數百人穿林過山，在闖軍側翼打出清軍旗號，使得李過在猶豫以後，以大局爲重，主動放棄攔截，孫傳庭整支軍隊，就差點因此陷入進退失據的地步裡。
這之後，直到秦軍一直撤回到雁門關和寧武關一線，李自成才慢慢確認了明清聯軍的撤退並非誘敵，而是確實徑直撤回晉北。
闖軍內部對於明清聯軍的突然撤退，也出現了不同的猜測和意見，如牛金星便認爲孫傳庭和多爾袞（他還認爲孫傳庭和多爾袞是一路人）突然北撤是由於孫傳庭養寇自重的原因，李自成本人則認爲明清聯軍突然撤圍，主要應該是恐懼於李自成帶來的闖軍主力兵團，另一方面也可能是因爲山西地形複雜，不利於發揮虜騎的優勢。
但對孫傳庭來說，秦軍能夠在大同之戰和雁門之戰的連續勝利以後，避免在太原城下的失敗，在軍隊士氣依舊比較高昂的情況下撤回晉北，已經是他能夠預想到的最好情況了。
“英吾，虜軍……清兵現在態勢如何？”
白溝河聯軍戰敗的消息已經傳遍了天下，幾乎完全抵消了孫傳庭兩戰兩捷爲明廷帶來的迴光返照作用。清軍現在觀望不前，態度曖昧，京畿又異常空虛，崇禎皇帝雖然在不得已的情況之下打開邊牆，放皇太極率領清軍主力入關，可是明廷內部對於皇太極非常不放心，朝廷屢次往雁門關送來詔書，要調孫傳庭回師北京護駕。
孫傳庭擔心事情再這樣發展下去，大明會有不測之禍。他禮貌性地接待了一批本地官紳以後，未做深談，就又找到高傑詢問多爾袞的動向。
高傑雖然是李自成的舊部，是從流寇中投降於朝廷的降將，但他生得十分英武，年紀雖然也不小了，但英挺程度居然不下於劉芳亮，俊採風流，也難怪會和李自成的妻妾糾纏在一起。
高傑是個直言無忌的人，還在闖營裡的時候，他就曾好幾次直言當時地位僅次於李自成和劉宗敏的大將田見秀是庸才。
等室內的僕人退出去以後，高傑便兩手一攤，無奈地說道：
“東虜的九王口口聲聲說願意派兵接防寧武和雁門兩關，可實際上卻處處拖沓，至今只派來數百兵員。”
孫傳庭閉目道：“朝廷催促愈來愈嚴厲，我也擔心虜酋到燕下以後，會再生變故，如此必須剋期回京。”
“大人於舉世昏昏、衆口囂囂之際，亢直敢戰，兩戰兩捷，那些手無寸功的言官輔臣，憑什麼來議論咱們秦軍？”
“唉！目前國家多難，社稷危如累卵，朝廷無兵可用，不得不借師助剿。可是東師貪得無厭，久居畿輔，必生他變。朝廷調秦師回京，亦是情理之中。”
崇禎十一年、十二年時，也是多爾袞率領清軍入塞，共陷北直隸和山東八十餘州縣，所過之處皆燒殺搶掠，景象極慘，
當時孫傳庭奉命截擊，數次與多爾袞作戰都不能取勝，只能坐視清軍滿載金銀財帛和人口牲畜而去。
他對清軍的實力有很深瞭解，也知道過去幸而有邊牆的牽制，以致清軍每次都只能在長城上找一個缺口進出。現在崇禎皇帝爲了抗衡那個小李賊，不得不門戶洞開，使得虜騎直接由山海關等處長驅直入，久居內地，即便剿賊成功，也勢將遺留五胡、安史之禍。
“飲鴆止渴！別無他法啊！”
高傑還是有些不安地說：“關寧軍在白溝河大敗，今後秦軍就是剿滅闖賊的唯一中堅力量，也是朝廷剩下的最後一支捍衛京師之旅……一旦有事，倘出意外，天下事有不忍言者。”
孫傳庭從高傑的話中聽出亡國的殷憂，不免深受震動。雖然高傑是流賊降將，可自從新安之敗以後，高傑的兵力就成爲孫傳庭麾下唯一支柱，二人互相支撐，方有今日二戰二捷的中興希望。
高傑出身於流賊，可他的憂國之心，卻讓孫傳庭深爲感動。
“傳庭不肖，何能承擔國家興亡的重任？丈夫以報國爲主，朝廷需要我們回師拱衛北京，即便有不虞之事，也萬死不辭。”
孫傳庭想到新安之戰秦軍戰敗以後，他和高傑等人一路上逃亡的狼狽慘狀，想到一路上無數秦軍將士的犧牲，又想到在大同和雁門巧施妙計，擊殺賊將張天琳、田虎等人的大捷，心中五味雜陳，長嘆道：
“中興大明，中興大明啊……”
這時候門外傳來一陣嘈雜的腳步聲，高傑向孫傳庭請示一下後，便將大門打開。高傑的部將李成棟從外面急匆匆快步走了進來，他抱拳道：
“大人！末將剛剛已和劉鎮臺接洽，晉兵過來接防了。”
皇太極率領大量清軍入關，崇禎放心不下，要求孫傳庭率領秦軍回來拱衛北京。可是這樣的話剛剛收復的晉北地區，就又有了被闖軍奪回去的可能性。
現在大同總兵劉遷願意幫助孫傳庭防守寧武關和雁門關是再好不過了。大同邊軍約有二萬人，清軍也約有二萬人，孫傳庭還打算在山西留下一萬秦軍協防——他估計多爾袞即使不願意進攻，至少在防守上八旗兵應該是不會再那麼消極作戰的。
這樣晉北守軍就有五萬戰兵左右，加上大同、雁門、寧武等要壘，李自成親提六萬大軍，田見秀在太原另有一萬守軍，合計七萬人，短時間內是很難突破晉北一線的。
孫傳庭終於放心下來，決定儘快率部返回北京，先行安定京師的局面，面見皇帝以後，再考慮下一步的打算。
李成棟接着說：“大人，關寧軍的吳鎮臺、高鎮臺，還有山東鎮劉鎮臺，都寫信過來，他們現在都急着面見督師，猶如久旱之望雲霓。”
“哈哈哈！”
孫傳庭和高傑相視一笑，看來關寧軍在白溝河之戰確實是損失慘重。其實崇禎皇帝招孫傳庭回京，除了希望他拱衛京師以外，另一方面也是想要讓孫傳庭像整頓秦軍一樣，用相同手腕整頓一番關寧軍。
經過白溝河之戰的慘敗後，孫傳庭估計關寧軍的心氣應該也收了不少，現在吳三桂等人主動寫信過來，應當也是在做出一個順服的姿態。
他估計此去北京，整頓關寧軍的難度，應該比自己當年去陝西整頓秦軍要更容易許多！