崇禎年間，各地發生大疫並不算什麼新鮮事。崇禎九年，延安就發生過大疫；十二年，也就是李自成潛伏商洛那一年，陝西遭遇蝗災，餓死者殭屍遍野，疫氣彌散，又曾引發大疫；十四年，京師、河南均發生大疫，死者無數。
然而，今年直隸的大疫卻特別嚴重，不但持續時間長，蔓延範圍廣，死者極多，而且發生了許多離奇古怪的事情。
這些事情在京城四處被加油添醋地迅速傳播，更給全城增添了恐怖的氣氛。
大疫是在秋天開始發作的。
傳說一天晚上，保定夜巡者在街頭突遇一位老人。老人叮囑他們：“夜半時分，有個一身縞素、哭哭啼啼的婦人會從這裡向東走去。你們千萬要攔住。如果讓她過去，會有災禍臨頭。只要等到雞鳴，事情就過去了。我是這裡的土地神，故來相告。”
到了半夜，果然自西向東走來這麼一個婦人。夜巡者當即予以攔阻。五更過後，巡邏士兵偶爾入睡，婦人乘機向東邊走去，旋即返回。她用腳將一個士兵踢醒，說：“我是喪門神，上帝命我來懲罰此地，你怎麼能聽老頭的話來攔我？災難就從你開始！”說罷人就消失了。士兵害怕，奔回家中告訴家人，話還沒有說完就倒地身死，而北直隸大瘟疫就從那天開始了。
疫情持續數月，到十月底變得格外嚴重，死者累計已達二十餘萬。因爲許多患者身上長出疙瘩，所以疫病又被稱爲疙瘩病。這時各種傳言更多了，有些事情是有名有姓的。
如一個叫曹良直的小京官，正在家中向客人敬茶，突然歪下去死了。一個剛被授爲溫州通判的宜興人吳彥升，家中一個僕人死了，另一僕人去買棺材，竟死於棺材店。名姓不詳的傳聞則更多，如說兩個偷兒，一個入室行竊，一個爬在屋頂上接贓，下面的人剛剛把竊得的包袱託上去，上面的人剛剛接住，兩人突然同時死去，而財物還懸在空中。
又說有新婚夫婦於成親之夜同死於牀上。
更怪異的是說有鬼物白天出行，用的銀子都是紙變成的。這個謠傳一出，許多商鋪都趕緊在店內放置水盆，收到銀錢後就丟進盆裡，由錢的沉浮區別人鬼，判明真假。
當然，也有另一種說法。因爲大瘟疫的爆發和傳播，幾乎和清軍的進軍時間、路線是完全吻合的。所以當然也就流傳出了，這是清軍隨軍攜行的薩滿巫師，使用妖術在摧殘明朝的元氣。有官兵親眼看到滿洲人把符咒和繪有神鬼圖像的木樁，埋在了城隍廟下。
這種說法看起來是無稽之談，但其實頗有依據。因爲清軍的進軍路線，就是一條殺戮的路線，沿途屍橫遍野，很容易就成爲瘟疫的策源地。而清軍隊伍裡數量不少的蒙古人，還可能從草原上帶來帶有病毒的老鼠和跳蚤，成爲病原體的傳播者。
大瘟疫同時對明朝和正在北直隸一帶活動的清軍造成了極大的影響，阿巴泰早前就已經向河間府一帶北上。而一直逗留在黃河流域的圖爾格，他雖然口口聲聲號稱要南下向闖軍復仇，可實際上卻畏懼於闖軍的兵勢，藉口大瘟疫的到來終於也準備撤回關外。
疫情以人口最密集的京師和清軍逗留最久的黃河沿岸最爲嚴重，所以無論是阿巴泰和圖爾格都制定了一條繞開京師撤回關外的路線。
大疫改變了清軍的進軍方向，但它對明朝的影響顯然更大一些。
大疫使崇禎非常憂懼，特別是人們都慣於從徵應、休咎的角度來解釋天災，嚴重的疫情便很自然地被視爲不吉的徵兆。雖然沒有人敢在崇禎面前提及亡國二字，但崇禎自己已經不止一次有過最壞的聯想。
他不斷地去奉先殿祈求列祖列宗保佑；當紫禁城中也有人感染瘟疫後，他又把張天師接進宮來書符、噴咒、奉經請解，但直到十月尚無緩解的跡象。
令他稍感寬慰的是，儘管徵兆是如此不吉，可是孫傳庭的表現卻極好，送來了一封接着一封的報捷文書，讓崇禎得以安心，受到鼓舞。
特別是崇禎收到了孫傳庭從靈寶送來的報捷疏，當讀到官軍在汝州和新安連連大捷，殺死無數賊兵賊將的時候，他情不自禁地連拍御案說：“好！好！”
接着又讀到“臣誓掃清楚、豫，蕩盡賊寇，必不敢遺一賊以貽國家之患，以解君父之憂”一段話，他興奮之極，連讀數遍，流下了激動的眼淚。
“去！”他對侍立一旁的太監說，“傳諭閣臣和兵部、吏部、戶部、工部的堂上官，立刻去平臺等候召見！”
說罷，他先去坤寧宮，將前方大捷的消息告訴周後，又與周後一起乘輦去奉先殿，感謝祖宗顯靈，使“剿賊“軍事如此順利。並祈禱列祖列宗繼續庇佑，讓孫傳庭再接再厲，廓清宇內，從此海晏河清，國祚永續……
當他來到平臺時，閣臣和三個部的尚書、侍郎都已到齊。衆臣對於突然奉詔進宮的原因並不完全清楚。他們猜到可能與前方戰事相關，但不懂爲什麼要把吏部、工部官員也召來。
崇禎在龍椅上落座。應召的官員們依次向他行了常朝禮，分兩邊立定。崇禎懷着抑制不住的興奮之情，向大家介紹了孫傳庭出關後一路大捷的情形。
說着，他從御案上拿起孫傳庭的報捷疏讓衆人傳閱。一個太監趕緊彎腰上前，接過奏疏，先遞給站在最前面的首輔周延儒。很快，從內閣輔臣到各部尚書、侍郎都讀了一遍。當衆臣傳閱之時，崇禎注意地看着各人的反應，希望看到與自己同樣振奮的表情。
太監躬身把報捷疏重新放回御案後，崇禎又對臣下環視一遍，說道：
“孫傳庭不負朕望，出潼關一個月來，連戰皆捷。所到之處，流賊望風披靡，看來闖賊之滅亡，只在旦夕之間。卿等以爲如何？”
周延儒對孫傳庭奏報的戰情並不像崇禎那麼深信，但他立刻露出高興的神情向崇禎表示祝賀，又附和着崇禎的語氣對戰況作了樂觀的預測，還提到戶部應督飭河北、山西各府爲大軍輸送糧草，不得遲誤，以便“功收萬全”。別的大臣也學者崇禎和周延儒的口氣說了大同小異的話。
崇禎聽了，點頭微笑。又說道：“今天將吏部、工部的堂官也召來，是因爲孫傳庭在河南屢報戰捷，原先被流賊盤踞的州縣已次第恢復，土寨多已招安，所以除各鎮宜整旅渡河外，各州縣官亦宜足速赴任，吏部要嚴予督催，凡規避不前者須參劾重治。一些地方須修復城池，安插民衆，則工部責無旁貸。”
接着他又談到對這次戰役中有功將士的獎勵升遷，表示對立大功者，要不吝嘉獎，“通侯之賞，斷不少靳”。
崇禎正躊躇滿志地說着，忽然注意到兵部侍郎馮元飆和張鳳翔從讀報捷疏以來就一言不發，臉上是無限憂慮的神情。他想，這次在出關問題上，馮元飆從一開始就不贊成，一個勁兒地說“持重、持重”，現在孫傳庭連續奏捷，他們還是一臉愁容，真是豈有此理！
他生氣地看看馮元飆，又看看張鳳翔，說道：“卿二人不以爲然乎？”
馮元飆說：“兵部得到的探報，皆雲流賊精悍遠勝從前，今與孫傳庭軍相遇，卻幾乎一觸即潰，此不合常理，實乃以弱兵誘敵，而孫傳庭竟未覺察，貿然輕進，臣不能不深以爲憂。”
張鳳翔接着說：“流賊素狡，詐敗示弱，萬不可信。中原傳聞，流賊數敗東虜，如此勁敵，豈可能一日蕩平？懇陛下火速傳旨，戒孫傳庭穩紮穩打，萬勿浪戰。蓋其所統皆良將勁旅，須爲皇上留此家當！”
崇禎正在興頭上，聽了他兩個的話，猶如一瓢冷水當頭潑下，一時竟然說不出話來，臉色非常難看。
陳新甲見狀，趕緊站出來說：
“二位所言，固自有理；然孫傳庭久歷沙場，與流賊周旋，並非一日，對於雙方態勢，亦必瞭然於胸，豈能隨便就中敵人詭計？”
另有幾位大臣也說了附和陳新甲的話，崇禎的情緒才慢慢緩釋過來，說道：“卿等下去吧。”
這之後幾天崇禎全都陶醉在了孫傳庭送來的奏捷文書裡，每天一和朝臣相見，就要向所有人出示這些捷報，還要讓大臣們全部傳閱一遍。
他自信地想着，瘟疫一定會過去的！孫傳庭一定會獲勝的！國事一定會有轉機的！
正當他沉浸在美好的遐想中時，太監送來了孫傳庭新的奏疏。
他迫不及待地邊拆奏疏邊往回走，回到暖閣坐下，就着新點上的蠟燭一看奏疏，不覺腦中“嗡”地一聲，彷彿捱了一記悶棍，眼前直冒金星。
孫傳庭敘述了官軍在新安之戰慘敗的具體過程，並引罪自劾。馮元飆、張風翔所擔心的事情，不幸而言中了！
崇禎陷入深深的痛苦中，不斷地在心中罵着：“孫傳庭真蠢！真不中用！剿寇多年，竟連流賊的詭計都識不破！”
憤怒之下，他想把孫傳庭立刻逮捕來京，下入詔獄。但稍稍平靜下來後，他意識到了目前局勢的嚴峻，記起了張鳳翔說的“須爲皇上留此家當”的話。
他想，暫時不能抓孫傳庭，一抓秦軍就完了。現在秦軍是朝廷最後一支機動兵力，一旦秦軍出了事情，不僅陝西會落入賊手，而且現在圖爾格的一支清軍部隊還逗留在北直隸境內，可能威脅到京師，急需勤王兵馬的增援。
崇禎心中又氣又惱，特別是他想到自己爲了顧全大局，現在還不能處置孫傳庭的時候，心中更是氣憤傷心到了無以言表的地步。
他直把孫傳庭近來的捷報全部當成哄騙自己的手腕，特別是崇禎想到自己每天都讓所有大臣傳閱捷報，更加感到顏面無存，恨不得把孫傳庭凌遲腰斬，才能一解自己在朝臣面前丟進臉面的憤恨。
他當晚毫無食慾，滿桌菜餚端上來後，他只喝了一小碗燕窩魚翅熬製成的素菜湯，其它什麼都沒有吃。
直到天邊傳來一聲雞鳴的時候，太監送來了新的奏疏。崇禎一看居然還是孫傳庭送來的，他當時就想把文書摔碎到地上，忍了又忍，才勉強忍着噁心掃了一眼。
可事情往往就是這樣的奇妙，孫傳庭在奏疏中寫出的剿賊方略，真讓崇禎升起迴天大志，他一下子整張臉的表情都變了，由吃了不乾淨東西的噁心模樣，變成了歡欣鼓舞到不可思議地步的樣子。
“姜伯約！姜伯約！孫傳庭就是朕的姜維！如此迴天之策，雖郭子儀再世不能相比！”