孫傳庭最終弄明白了崇禎皇帝的意思，那就是皇帝想重新啓用他，讓他去提督陝西、河南軍務，剿撫越演越烈的流寇之患。
這三年的牢獄生活，已經讓孫傳庭性情大變，他以往的性格，也只體現在了初見崇禎皇帝時候那一句帶着怨氣的問詢上，後面都是順着崇禎皇帝的意思說話。他當然不會拒絕再一次改變命運的機會，沒有任何推拒，也沒有任何扭捏，就接受了崇禎皇帝要他能臨危授命，前往河南剿滅流寇的授意，拍着胸脯保證，只要他孫傳庭還有一口氣在，一定替皇帝剿滅流寇，蕩平建奴，還天下以安寧。
崇禎皇帝也很果斷地恢復了此前孫傳庭了職位，兵部右侍郎兼右僉都御史，並提督河南、陝西軍務。在當場宣佈了此任命後，崇禎皇帝也問了孫傳庭，需要調遣何部人馬。
在和崇禎皇帝對言間，孫傳庭已經基本瞭解了這幾年大明官軍與建奴，還有與流寇之間的爭鬥情況，對這些年的戰況也大概瞭解，主要的總兵官的戰功也有些數，聽崇禎皇帝這樣問，他考慮了一下後，也直接回答了：“希望陛下能將曹變蛟所部劃歸臣所屬，再將大同曹越所部交給臣指揮，其餘人馬，隨陛下劃撥，臣沒有特殊要求。”
“好，朕答應你的要求，即令曹變蛟率部入關，且你平定流寇，不過，”崇禎皇帝頓了頓後，語調一轉，“曹越的大同軍朕可以交給你，但曹越卻不能隨你一道去河南平叛。”
“這是爲何？”孫傳庭一頭霧水，弄不清楚崇禎皇帝此舉是因爲什麼。
曹越和曹變蛟的戰功是擺在那裡，這兄弟是如今大明最有實力的戰將，曹變蛟不用說，孫傳庭見識到過其功，差點把李自成追的走投無路，最後只率十八騎逃走。但曹越卻是沒見到過，大同軍是曹越一手訓練出來的，要發揮最大的戰鬥力，肯定由曹越指揮爲好，換成其他將領，戰力肯定會大打折扣。而且孫傳庭也對曹文詔的這個兒子非常感興趣，很想親自見識一下曹越指揮作戰的手段。
崇禎皇帝卻不想讓曹越隨他一起出徵河南，孫傳庭當然不得其解。
“朕已經準備讓曹越當朕的駙馬，將坤興公主下嫁與他。朕想讓他在完婚後，提督京營，大同交由其他人鎮守，所以，他不能隨你出征!”崇禎皇帝說話間一副意味深長的神色。
孫傳庭剎那間就明白過來崇禎皇帝的意思，這皇帝老兒雖然說的好聽，就像非常寵信曹越一樣，要給曹越更高的待遇和職位，但擺明了就是要摘桃子，奪曹越親自訓練出來、戰鬥力非常強大的大同軍，還想借曹越的能力，將京營訓練成同樣有戰鬥力的軍隊。
這算盤打的不錯，但曹越會輕易把大同軍交出來嗎？
孫傳庭是非常清楚如今大明那些掌握實際軍權人物的脾性，要他們交出軍隊，那等同於要他們的命，沒有人會甘心這樣做的。孫傳庭相信有這般能耐的曹越，也不會輕易丟棄手中的兵權。提督京營，雖然說的好聽，但誰都知道，京營並不是那麼容易掌管的，這背後牽涉到的利益又有多少呢？
曹越再能耐，也沒辦法完全掌控京營，更不要說把京營將士訓練成捍卒。
孫傳庭也把自己的擔心說了出來：“陛下，要是曹越不願意接受朝廷的旨意，不願到京營任職，把軍隊交給臣，那如何是好？”
“這是朕的旨意，他不敢不尊的!”崇禎皇帝皺了皺眉。
“如今大同危機四起，李巖、劉宗敏的大軍共犯大同，曹越有足夠的理由抗命!”
崇禎皇帝想了一下後，悶聲說道：“待大同危機過去，你執朕的旨意，親自去大同，將大同軍從曹越手中要過來!”
“曹越手中有陛下所賜尚方寶劍，臣怕被他一怒之下殺了!”孫傳庭依然討價還價。
正在這時候，外面宮人傳報，說有大同送來的緊急軍情奏報。崇禎皇帝聽後，走進令人將軍報送進來。王承恩也沒等崇禎皇帝吩咐，趕緊小跑着過去將軍情接了進來，呈了上去。
崇禎皇帝趕緊打了開來，仔細看了起來。這一看之下，剛纔被孫傳庭幾句話惹出的不快馬上消除了，忍不住叫出聲來：“太好了，曹越竟然在城下大敗李巖，流寇從大同城下敗退，劉宗敏部也停止了北上的步伐。太好了，哈哈!”
“陛下，曹越還真是員能力出衆的戰將，竟然敢以劣勢兵力出城迎戰，而且取得了不俗的戰績!”孫傳庭聽了後，也爲之肅然，這個曹越，真不是一般人物，竟然有如此能耐，他真的很想好好見識一下，讓這個人當他的左右手，當下馬上請求：“陛下，臣還是請求同意，讓曹越隨臣一道出徵河南!”
“朕不許，”崇禎皇帝卻是堅決拒絕了孫傳庭的請求：“如今大同危機解除，京畿一帶無憂，你就替朕走一次大同，犒賞大同軍的同時，令曹越回京，與坤興公主完婚，並提督京營。”
“陛下，臣覺得，曹越肯定不願意離開大同，放棄他新手打造的大同軍!”孫傳庭還是希望曹越能帶領大同軍加入他的麾下，因此還是堅持自己的說法，“臣覺得，還是令其率軍征戰河南爲好!”
“朕說不行就是不行，曹越必須離開在同來京，”想到大同的危機是曹越解除，京師的危機也隨着大同危機的解除而消散，崇禎皇帝也軟了口氣，退了一步，“你可以答應他一些條件，比如可以讓他帶走一部分人馬，及其他一些不出格，朕能做到的條件。曹越打敗了來犯的流寇，保大同平安，朕可以答應他的一些條件!”
“如此，臣就放心了!”孫傳庭說着，露出了一個放心的笑容，他要的就是崇禎皇帝的讓步。有了底，他就有信心把大同軍從曹越手中要過來，他相信只要給曹越以足夠大的誘惑，曹越一定會離開大同，將大同的軍隊交給他。“那臣即日就去大同，將陛下的犒賞及最新旨意送上。”
“朕即令遼東曹變蛟部南下，你從大同歸來後，也馬上做好出徵河南的準備!”
“是，陛下!”