朝廷獎賞第五鎮的聖旨發出後不久，孚琦彈劾龍謙的奏摺到了。孚琦沒有用電報的方式，而是用舊式的快馬送達。所以時間晚了些。
其實，朝廷在接到孚琦的奏摺之前，已經獲悉了廣東連續發生的流血事件。廣東局勢甚至引起了外國使節的關注。
隨即，龍謙一份長電抵達北京，詳細報告了自己整頓巡防營的目的和廣州、肇慶兩府衝突的過程。龍謙在電報中指責了孚琦袒護罪犯的行爲，認爲正是上下勾連縱兵爲匪才導致了廣東亂局難平。若想讓廣東長治久安，非得用霹靂手段不可。
這份電報自然比孚琦的奏摺快的多，朝廷還沒有來得及表態，孚琦的摺子到了。
孚琦的報告終於改變了慈禧的態度，她終於被激怒了。一件事一件事地疊加起來，龍謙難逃“跋扈”的評語。或者說，“跋扈”是最輕的了。即便是當初創立湘軍削平洪楊之亂的曾國藩兄弟，也沒有龍謙這樣的跋扈行爲。他今日可以藐視廣州將軍，明日當可藐視兩廣總督，最後當然連朝廷的旨意也不當回事了。
怎麼辦？慈禧召集心腹大臣研究。奕劻和張之洞作爲軍機處的滿漢領班，都勸慈禧慎重行事。但那桐、世續及剛進軍機處學習行走的光緒帝之弟醇親王載灃卻主張免掉龍謙軍職，將其召回京師另行安置。
奕劻問幾個年輕人，如果第五鎮生亂，該當如何？
“發大兵過去！滅了這個忘恩負義的豎子！”載灃叫道。
“發兵？第五鎮戰力之強你們都看到了。沒有三個新軍鎮不足以萬全。若是調三鎮新軍南下廣東，需要多少銀子？需要多少時間？最爲可慮者，需要派誰統帶？另外，山東要不要防備？”奕劻雖然貪腐，但十幾年身處核心的經歷，使得這位首席軍機的問題極爲尖銳。
事實上，自廣東危機爆發。奕劻受到兩方面的“夾擊”。一個自然是龍謙一方，奕劻受到邢冬雲轉來的龍謙的要求，很客氣，很詳細但也很明確，便是要慶王爺代爲在太后面前轉圜。另一個就是袁世凱方面，袁世凱希望慶王能夠說服太后對龍謙動武。
袁蔚亭的目的奕劻一清二楚，那就是藉機名正言順地拿回對北洋軍的指揮權。
拋開兩方私利。奕劻站在朝廷的立場上想來想去，認爲動武絕不可取，主要的原因還是錢。做最壞的打算，實施一場針對龍謙的大戰，朝廷沒有一千萬的軍費根本就別想。那不是一個廣東，還有一個山東橫在那裡！
山東也是朝廷心頭的一根刺！楊士驤身爲山東巡撫。態度越來越曖昧難明。而據王懷慶的密報，山東巡防營實有兵力絕對超過了一個新軍鎮，他們甚至已經編組了完全新式的組織，自稱山東縱隊，設了旅團的番號，光是十一月，山東巡防營就進行了兩次規模巨大的軍事演習。參加的部隊超過了五千人。
最爲可慮者，山東巡防營（姑且如此稱呼吧）根本就不理會朝廷，他這個山東提督連巡防營的軍營都進不了！
“太后，”張之洞看慈禧臉色越來越差，“臣以爲慶王爺的意見是對的，目前絕不能採取軍事解決的方式。”
“唔？你們幾個說說？”慈禧將目光轉向了幾個滿洲“千里駒”。
“爲什麼不行？”載灃在下面與鐵良、溥偉、良弼以及從德國學習陸軍回國的，與北洋軍有着極深淵源的蔭昌反覆計議過了，“南方有第八、第九兩鎮可以動用。北洋至少可以出動三個鎮，兩路用兵，一舉解決山東和廣東，正其時也。”
“你不要說了！”慈禧失望地對載灃揮揮手，“張之洞，你覺得此事當如何處理爲妥？”
“龍謙反跡未明，不宜以軍事相威脅。而且他身爲提督。整頓本省巡防營乃權責所在，沒什麼可指責的地方。若是當地駐軍得力，朝廷又何必派第五鎮南下兩廣？兩廣地理特殊，又是孫文亂黨重點活動的區域。如果給亂黨機會就得不償失了。所慮者，乃其借整頓之機擴大實力也。爲今之計，可下一道諭旨切責於他，令其暫停對巡防營的整編。如果他遵從，過一段時間另找個機會將其調入中樞可也。”張之洞雖老邁，但頭腦一點不糊塗。
“此乃老成謀國之言。就這樣辦吧。但北洋諸軍要加強訓練，以備不測。”慈禧不再徵求其他人的意見，立即做了決斷。
她知道龍謙練兵的本事，從一支千餘人的小部隊，幾年內便拉出瞭如此規模的強軍。以爲調走了第五鎮便可掌控山東，沒想到龍謙離開了山東，山東依舊針插不進。若是任由其在廣東發展，誰知道第五鎮會發展到什麼規模？如果給他再練出兩個鎮，朝廷豈不是更拿他束手無策？
11月24日，軍機處發出了一封以慈禧口氣措辭嚴厲的電文給龍謙，“聞廣州府士紳上書，報廣東提督龍謙擅自撤編該府巡防營，多有衝突死傷，導致該府民怨沸騰。着廣州將軍孚琦覈實其事。提督龍謙未經廣州將軍孚琦允准，亦未請示中樞，擅改朝廷大政，深失朕望……姑念該員效力多年，薄有微功，着令停止廣東全省巡防營之整編，恢復舊制。”
11月26日，就在對廣東的明發上諭斥責的第三日，朝廷對山東也動手了，調楊士驤署理直隸總督，派良弼出任山東巡撫。
種種跡象表明，甚至連當初一力保舉楊士驤爲山東巡撫的袁世凱都密奏慈禧，楊士驤已與龍謙沆瀣一氣，誠可慮也。爲了不驚動山東，朝廷虛出了直隸總督的高位，計劃先將楊士驤調出來，拉過來，從而瓦解已自成體系的山東省。
本來，接替楊士驤的人選有兩個，吳廷斌和袁樹勳。前者爲山西巡撫，後者剛從順天府尹轉爲民政部左侍郎，資歷都是夠的。但吏部這個人選報上去。立遭慈禧痛罵，年紀較輕的吳廷斌都六十開外了，都是文官，哪裡能管得住山東？最後，良弼自告奮勇，願意棄武從文，去接替楊士驤離任後的山東巡撫。
朝廷萬萬沒有想到。楊士驤竟然拒絕了朝廷升官的誘惑，聲稱自己體弱多病，目力衰竭，早已不堪驅馳，請求辭去山東巡撫之職，回鄉終老餘生。
楊士驤辭官爲本來就緊張的局勢再舔一把火。爲此。袁世凱急令楊士琦親赴山東，勸說其兄回心轉意，但無果。楊士琦回北京後，報告袁世凱說其兄確實心力交瘁，不堪驅策了。
拖延了數日，清廷終於下了決心，免去楊士驤山東巡撫之職。着良弼署理山東巡撫。
矛盾終於激化了。
11月29日，山東局勢尚未明瞭，龍謙再次電奏朝廷，爲自己整頓廣東巡防營而辯解。這不過是爭取時間的一招，不管有沒有用，先發一份電報再說。電文是洪粵誠代爲起草的，文辭極佳，通篇充滿了委屈的味道。對自己一心爲朝廷反而受斥責很不理解。最後講了，廣州、肇慶巡防營已改組完畢，各自成立了一個旨在彈壓地方維護地方治安的保安團，無法恢復舊制了，其餘地區照朝廷諭旨暫不動了。但兩個保安團業已編成，不宜再變。
11月30日，兩廣總督周馥電奏朝廷。肯定了龍謙的意見，認爲廣州府目前已經平靜，不易再動了。
孚琦沒有消息。
這一次朝廷反應迅速，12月2日。軍機處電示廣東，既然廣州、肇慶兩府巡防營已經改編完畢，可不再變動。唯廣州、肇慶保安團之指揮權歸廣州將軍，所有官佐，均須廣州將軍認可。
這是明確無誤的信號。
接電後，孚琦立即派員聯繫龍謙到將軍府議事。龍謙卻不在廣州，第五鎮司令部說統制官去肇慶府了。來將軍府接受命令的是第五鎮參謀長司徒均。孚琦對司徒均說，聽說貴部派了一批軍官到保安團任職？司徒均說是。原有的官佐很不稱職，提督大人從第五鎮遴選了一批軍官幫着保安團練兵。孚琦說，龍提督的用意是好的，但貴部軍官都是北方人，人地兩生，言語不通，多有不便。而保安團乃地方武力，還是用當地人爲好。我想，還是讓他們回去好了。司徒均問什麼時候調回去，孚琦說我想檢閱下保安團，待檢閱儀式後，你就可以將你們的人調回去了。司徒均問何時檢閱，孚琦早有成計，說四天後，就在法政路學校操場。司徒均答應了。孚琦說，給龍提督帶個話，屆時請他也來，畢竟這個保安團也有他的心血。司徒均說將軍大人的話我一定轉告我家提督。
孚琦的想法很簡單，就是從此建立忠於自己的武裝部隊，廣州保安團就是第一支。看到第五鎮知趣，孚琦心裡很高興。
龍謙並未去肇慶，他就在第五鎮司令部“藏着”。司徒均回來後報告了龍謙去將軍府的情況，龍謙面無表情。一個幾百人尚無戰力的保安團並不是什麼要緊事，他在考慮朝廷的真正態度。但是當晚收到了一份來自山東的電報，只有四個字“岳父病重。”
這份電報讓龍謙緊張起來，立即下令召回王明遠、封國柱等人。
電報是約定的密語。岳父病重就是指山東發生了不利於蒙山軍的重大變故。如果是長子病重，則是指關外魯山，妻子病重則是中樞有不利於自己的重大決定。
電報局不在自己掌握之內，這樣做是沒得辦法的事。山東出了什麼問題現在不清楚，龍謙必須做最壞的打算。
12月4日晚的會議參加者只有八個人，龍謙、司徒均、王明遠、封國柱、連樹鵬、曹敏忠及代理情報處長的王之峰。記錄是歐陽中，不過他沒有發言權。
“十有八九，朝廷更換了山東巡撫，其他的，我想不會。”與山東的聯繫一直正常，龍謙不認爲部隊會出什麼問題。
“可是，爲什麼他們要動山東呢？”王明遠很是不解，“之峰，什麼時候能收到山東準確的消息？”
“不好說。江處長就在山東。或許情報已經在路上了。”
“司徒，通訊問題必須解決了。向美國人買的遠程收發報機什麼時候可以到？”
“還不清楚。應當跟劉曉琪一同回來。”司徒均搖搖頭，他對無線電玩意兒也不懂，至少德軍尚未裝備，至於可靠性就更談不上了。參謀處組建的通訊科目前還在草創，因爲龍謙指示以無線電通訊爲主，所以拼命收集這方面的資料加以學習研究。
“弟兄們，必須做最壞的打算了。看來滿清是要先解決咱們了，他們明白，不動山東只動廣東不行了。樹鵬，部隊的武器彈藥情況如何？”龍謙手裡有裝備處詳細的報表，但他還是問了連樹鵬一句。
“山東最近連續送來兩批槍械彈藥，計有步槍四千支，輕重機關槍七十三挺，迫擊炮二十四門。部隊槍械火炮都沒有問題，但如果大規模擴編就不夠了。子彈炮彈及手榴彈都是按計劃運送的，夠七個基數。”
七個基數就是七天的消耗。但消耗的標準定的比較高，是按照與德軍交戰的消耗確定的，如果是與北洋軍打，省一些用，或者還有繳獲，至少可以堅持半月或者更多。
“立即通知山東開足馬力生產，僱傭德國人或美國人的輪船再送廣州幾批。並儘量從禮和洋行手裡購買彈藥，特別是炮彈。”
“是。”
“我倒是覺得，應當着手擴編部隊了。”封國柱說道。
“大規模擴編？民心未附哪。尤其是出了惠州事件之後……”龍謙苦笑。
“司令，是我做的不好……”一手導演了惠州血案的王明遠難過地說。
“哪裡，這是肯定會發生的。必須打碎了重來，我們可沒有時間慢慢改造他們。下一步還要繼續搞下去，不打掉巡防營，我們就不能沒有後顧之憂地北伐。我倒是覺得，跟朝廷不會這麼快就攤牌的……”
“司令的意思是？”司徒均問。他覺得龍謙身上有很矛盾的東西，大部分時候是無神論者，但有時候硬是相信毫無事實依據的直覺。
“是的。你想的沒錯。我覺得這次危機有可能和平度過。我們需要時間，至少一年的時間。但是必須立即制訂北伐的計劃了，總的思路是山東主守，我們主攻。”
“十八鎮呢？”
“由山東給他們去電，但部隊暫時不要集結。山東也先不集結，但要方、陳、寧、葉四人做好萬全準備！另外，樹鵬，你的擔子很重，除掉槍炮彈藥，糧食、藥品、被服、運輸車輛及民夫的徵用都要做一個計劃出來。”
“是！”
“是不是發一個預備命令？隨營軍校裡還有一大批下級軍官，部隊沒有他們不行。”司徒均問。這顯然是針對第五鎮的，現在部隊分散四處，十分不利。
“先等一等。”龍謙想了想，“朝廷沒那麼快。今天的會議不要外傳，明白嗎？”他揮揮手，“我要一個人想一想。”
於是散會了。
但是王之峰留了下來，“司令，有一個情況，完全可以利用。”
“什麼情況？”
“我們在同盟會那邊有人。最近他們準備在廣西鎮南關策劃起義了，我們的人已經來了廣州，取得了聯繫。”
“回廣州做什麼？”
“狗日的，竟然準備對您下手了！”
“哦？”龍謙來了興趣。