解放戰爭時期，陳雲被派赴東北工作，授予他中將軍銜；陳雲在東北工作期間，成績斐然，屢獲的肯定和讚揚，尤其在接管城市的工作中，取得了許多成功經驗，批示全黨，要求借鑑
抗日戰爭勝利後，爲貫徹中央力爭東北、建立鞏固的革命根據地的戰略決策，陳雲受黨中央的派遣，奔赴東北地區，就任中央東北局副書記、東北民主聯軍副政委。爲方便與蘇軍交往和聯繫，1945年9月，中央決定以軍委主席的名義授予陳雲、彭真、葉季壯三人中將軍銜，授予伍修權少將軍銜，授予段子俊、莫春和上校軍銜，任命書用中蘇兩種文字寫成。出發前葉劍英宣佈了中央的上述決定。
9月16日上午，陳雲和彭真、伍修權、葉季壯、段子俊、莫春和等人從延安東郊機場乘坐一架蘇聯的軍用飛機，在蘇軍大校貝魯索夫、翻譯謝德明及東北民主聯軍負責人曾克林的陪同下，飛赴瀋陽。但因天氣問題，這架道格拉斯式的雙引擎飛機在飛到山海關時被迫降落下來。由於連年戰爭，山海關機場周圍一片荒蕪，草長得有一尺多高，駕駛員看不清跑道，匆忙間從跑道中段降落，因剩下的跑道較短，飛機衝出跑道，**到一條小溝裡，幸虧駕駛員技術熟練，及時關閉油門，才避免了一場不幸。機上成員大都受了傷，其中葉季壯傷勢較重，腿被翻倒的油桶和無線電器材壓住了。彭真的腦部被碰撞。伍修權、段子俊、莫春和的傷勢較輕，只有陳雲很幸運，飛機的艙門被撞開時，把他摔出了機外，由於地上草叢厚密，沒有受傷。
在東北工作期間，陳雲不僅對東北全境的解放作出了重要的貢獻，而且在接管城市等方面的工作中取得了極爲成功的經驗，多次獲得的讚揚並批示全黨，要求借鑑。
針對國民黨對大城市勢在必得的架勢、善於在農村發動羣衆、搞武裝鬥爭的特長以及戰爭初期敵強我弱的現實情況，陳雲始終強調要把黨的工作重點放在農村地區，建立鞏固的革命根據地。1945年11月底，陳雲等人在哈爾濱南崗區一幢秘密小樓裡召開會議，討論擬向東北局並轉中央提出的戰略性建議。經過慎重研究，分析了國民黨軍隊攻佔了山海關後的國內外形勢和特點特別是東北與北滿的實際情況，提出了關於黨在東北工作戰略方針的建議，即《對滿洲工作的幾點意見》。《意見》分析了蘇聯在東北所採取的基本政策，總結了及其領導的軍隊進入東北後的鬥爭經驗，闡明瞭代表敵我友的實際情況，實事求是地提出了在東北應採取的切實可行的戰略方針，還提出了對建立北滿根據地的工作部署。
《意見》明確寫道：“根據3個月的經驗，我們已可看出，蘇聯對滿洲的政策基本上包括兩方面：一方面，把瀋陽、長春、哈爾濱3大城市及長春鐵路幹線交給國民黨；另一方面，援助我黨在滿洲力量的發展。保持遠東和平和世界和平，是蘇聯這一政策的基本目的。”“我們必須承認，首先獨佔3大城市及長春鐵路幹線以獨佔滿洲，這種可能性現在是沒有的。因此，當前在滿洲工作的基本方針，應該不是把我們的全部注意力集中於這3大城市，而是集中必要的武裝力量，在錦州、瀋陽前線給國民黨部隊以可能的打擊，爭取時間。同時，將其他武裝力量及幹部，有計劃地主動地和迅速地分散到北滿、東滿、西滿，包括廣大鄉村、中小城市及鐵路支線的戰略地區，以掃蕩反動武裝和土匪，肅清漢奸力量，放手發動羣衆，擴大部隊，改造政權，以建立3大城市外圍及長春鐵路幹線兩旁的廣大的鞏固根據地。”爲了實現黨在東北工作的戰略方針和北滿的工作部署，《意見》還提出在思想上應注意的問題：“必須防止幹部中以爲不經過嚴重鬥爭而可以取得全滿洲的想法，竭力避免把一切希望寄託在蘇聯的援助上，以蘇聯對我們援助一時增減而發生盲目的樂觀或悲觀失望的情緒。必須嚴重注意幹部中由於進入城市而生長起來的享受腐化傾向。同時，應該預先防止國民黨進入中心城市後向我們壓迫時，在幹部中可能發生的精神上、思想上和行動上的混亂。”
《意見》明確地指出，獨佔東北的可能性是沒有的，這一判斷是符合當時實際的。《意見》於11月29日、30日分兩次用密碼電報發往延安。中央在收到第一天的電報後，就立即覆電說，看了你們未完的電報，中央完全同意。在收到電報全文後，再次來電錶示完全同意。
東北全境解放後，在一次重要的中央會議上對有關東北問題有過一次談話。大意是：東北局領導下的工作很有成績。吃了苦，走了路，全部東北到手，很慶幸。七大以後，大量幹部和軍隊，用腳走到東北。大約半年到7個月時間，有偏差。我們開頭也不瞭解，山海關、錦州守了兩個星期，消滅敵人在瀋陽錦州間，也是這麼希望的。後來說不行，無槍、無糧、無政權、無經費、無鞋、老百姓正統觀念。於是讓開大路，佔領兩廂。這是陳雲等人的主張。中央接受了，指示他們執行了，集中起來，勝利了。
12月28日，根據電報的精神，爲中央起草了《建立鞏固的東北根據地》的指示，明確指出：我黨在東北的主要任務是建立鞏固的革命根據地，但建立這種根據地的地區，現在應當確定不是在國民黨已佔或將佔的大城市和交通幹線，這是在現時條件下做不到的。也不是在國民黨佔領的大城市和交通幹線的附近地區內，而是在距離國民黨佔領中心較遠的城市和廣大農村。《指示》還指出：我黨在東北的工作重心是羣衆工作，“我黨人員必須人人下決心，從事最艱苦的工作，迅速發動羣衆，建立根據地”。“幹部中一切不經過自己艱苦奮鬥，流血流汗，而依靠意外便利、僥倖取勝的心理，必須掃除乾淨。”
爲了使中央的指示落到實處，中央東北局根據內戰全面爆發後的東北形勢，於1946年7月3~11日在哈爾濱召開擴大會議，討論通過了東北局委託陳雲起草的《關於東北形勢和任務的決議》草案，《決議》指出：東北當前的主要任務是克服和戰問題上的混亂思想，準備以長期艱苦鬥爭取得和平。“全黨必須下最大的決心，努力準備一切條件，粉碎蔣軍的進攻，以戰爭的勝利去取得和平。一切遊移不定及僥倖取得和平的想法，都應掃除乾淨。”必須規定，無論目前或今後一個時期內，創造根據地是我們工作的第一位。必須認識，創造根據地的主要內容是發動農民羣衆。《決議》強調：要“造成幹部下鄉的熱潮，克服許多幹部中的錯誤思想。許多到達東北的幹部，對於長期戰爭和艱苦工作沒有認識，沒有精神準備，不少人迷戀城市生活，缺乏下鄉的決心，缺乏羣衆觀點，幹部中享樂腐化厭戰的情緒在增長着，這是黨內最危險的現象”。必須“強調員爲人民服務的責任，號召他們走出城市，丟掉汽車，脫下皮鞋，換上農民衣服，不分文武，不分男女，不分資格，一切可能下鄉的幹部要統統到農村中去，並確定能否深入農民羣衆爲考察員品格的尺度”。這個《決議》很快得到了中央的贊同和批准。
要貫徹這一《決議》，在農村建立鞏固的革命根據地，就必須廣泛地發動農民羣衆。因此，在東北局擴大會議後，陳雲隨即前往齊齊哈爾，在西滿分局主持召開的省委書記會議上，作了《發動農民是建立東北根據地的關鍵》的主題報告，傳達了《決議》的基本精神和指導思想。他指出：目前我黨在東北的力量還處於劣勢，還沒有建立起鞏固的革命根據地，因而也就無法談到打人民戰爭。要改變這一不利情況，需要大力發動羣衆。“有了羣衆，一切好辦，可以有軍隊，清除土匪，經費供給也有來源。沒有羣衆，一定失敗，死無葬身之地”。
要發動羣衆，必須解決一些具體問題，如武裝羣衆的問題，解決幹部的思想混亂、樹立長期作戰的觀念問題，提高農民覺悟、培養本地幹部問題，開展土地改革、滿足農民土地要求問題，克服幹部中的貪圖享樂、爭地位、鬧名譽、不願做艱苦工作等思想問題，要實行遊擊戰和運動戰相結合的作戰方針，糾正工作中的盲目自流現象等等。
1946年11月，蔣介石發動山海關大戰後不久，在東北地區制定了“南攻北守、先南後北”的戰略方針，企圖先吃掉南滿根據地，解除後顧之憂，然後揮軍北上，全力進攻北滿，實現其獨霸東北的野心。國民黨調了10萬大軍對南滿根據地進行圍攻。於是南滿成了東北的主戰場，而此時南滿我軍總共只有不足4萬人，形勢非常嚴峻，南滿根據地進入解放戰爭以來最艱苦的歲月。爲了加強對南滿根據地的領導，使那裡的鬥爭能堅持下來，配合整個東北的戰爭局勢的發展，東北局決定、並經中央批准成立了南滿分局（亦稱遼東分局），陳雲自告奮勇到南滿去開展工作，任南滿分局書記兼遼東軍區政治委員，蕭勁光任副書記兼軍區司令員。1946年10月27日，陳雲和蕭勁光等從哈爾濱乘火車前往臨江。行前，陳雲對秘書王玉清說：“我是自告奮勇到南滿去的，你怎麼樣？是去南滿，還是留在北滿？”王表示願意一同前往。陳雲之所以主動請纓前往南滿，是因爲在他看來，南滿的戰略地位非常重要，而那裡的敵我力量又非常懸殊。正如他在行前所寫的一封信中所說的那樣：“南滿現在只剩下臨江等4個完整小縣和少數正規部隊！國民黨的中央軍像一匹野牛正衝向北滿。我自問不懂軍事，但爲了創建鞏固的東北根據地，我一定要去南滿牽住這頭野牛的尾巴不可！”但在途徑牡丹江市南面寧安縣境內的鬥溝子車站時，遇到險情。鬥溝子車站前方是一個陡坡，車站位於陡坡的下方。陳雲等乘坐的列車夜晚停在車站，有一輛貨車在爬坡時，由於缺乏燃料，動力不足，從坡上滑下來，眼看就要與陳雲等乘坐的列車相撞。在關鍵時刻，有一位鐵路扳道工奮力扳開道岔，使那輛貨車翻在離陳雲等乘坐的火車僅兩米遠的地方。
到臨江後，陳雲等很快發現一些幹部有畏難情緒，主張將主力撤出南滿，另一些人則主張堅守城市，反對將主力撤到農村去建立根據地。針對這兩種看法，陳雲於1946年12月13日晚冒着大風雪趕到七道江，並於第2天在遼東軍區召開的師以上的幹部會議上作了長篇講話。他首先指出了在南滿堅持鬥爭的重要意義：堅持南滿鬥爭，可與北滿成犄角之勢，這對整個東北戰局是非常有利的。如果放棄南滿，不僅失去了這個有利的戰略態勢，而且損失的人馬最終不一定比留在南滿堅持鬥爭損失得少。如要向北滿撤，部隊過長白山時，將要損失幾千人，撤到北滿後，敵人不僅會追來，而且由於沒有了南滿的牽制，一定會全力壓過來。在那種情況下打仗，又要損失幾千人，北滿很可能也保不住。我們總有一天要打回南滿來，那時又要損失幾千人。還有那些留下來的地方武裝，損失會更大。前後加起來要有萬把人。兩相比較，還是留在南滿堅持鬥爭得大於失。
他打了一個形象的比喻：東北的敵人好比是一頭野牛，牛頭、牛身子是朝着北滿衝去的，牛尾巴在南滿被我們拖住，如果我們鬆開這條牛尾巴，那就不得了，這頭牛就會橫衝直撞，禍害人民，南滿保不住，北滿也危險；如果我們抓住了牛尾巴，那就了不得，敵人就進退兩難，因此，抓住牛尾巴是個關鍵。這樣才能給北滿贏得時間，發動羣衆，建立根據地，我們就可以立於不敗之地。況且敵人在南滿的兵力也不夠，我們堅持南滿的鬥爭是完全可能的。最後，他強調說：我是來拍板的，拍板堅持南滿鬥爭。我們在背靠沙發（指後面有蘇聯和朝鮮的支持）的形勢下向前進，雖然是艱苦奮鬥的前進，還是比退到北滿最後被敵人打出國境線再打回來要合算。
陳雲講話後，遼東省委書記肖華首先發言，表示贊成堅持南滿鬥爭的決策，其他許多同志也相繼發言表示贊成。儘管還有部分同志的思想不太通，但表示要服從大局，在南滿堅持鬥爭，使會議能夠在堅持南滿鬥爭這一基本方針的指導下轉入具體作戰和作戰部署的討論。會議最後通過了“鞏固長白山，堅持敵後三大塊（即遼南一分區、遼寧二分區、安東三分區）”的總的戰略指導思想，以及正面與敵後兩大戰場密切結合、內線作戰與外線作戰相結合、運動戰與游擊戰相結合的軍事作戰指導方針。會議對軍事部署作出如下決定：4縱出敵不意挺進敵後，牽制敵人，消滅敵人的地方武裝及分散的敵軍，破壞交通線，打亂敵人的部署；3縱擔任內線作戰，集中優勢兵力，頂住敵人，打掉敵人幾張王牌，挫其鋒芒。共同爲鞏固現有南滿根據地，爲改變局面打下基礎。
會議做出的決定上報中央及東北局後，得到批准，隨後即得到全面貫徹，從而爲在南滿堅持鬥爭提供了正確的戰略指導思想和作戰方針。而南滿根據地的堅持和不斷髮展壯大，不僅極大地牽制了國民黨軍隊對北滿的進攻，而且爲日後的戰略反攻創造了有利條件。
會後不久，國民黨軍隊從1946年12月17日到1947年4月3日連續4次發動了對南滿根據地的大規模進攻。南滿根據地在陳雲、蕭勁光、肖華等的領導下，與北滿軍隊一道發動了“四保臨江、三下江南”戰役，粉碎了敵人的軍事進攻，殲敵3萬多人，收復城市11座。
在第四次保衛臨江的戰鬥中，由於北滿軍隊因松花江解凍撤回江北，國民黨軍隊10萬人在東北保安副司令鄭洞國的指揮下，對南滿根據地發動了進攻，而南滿根據地只有4個主力師，2萬多人，而且經過連續作戰後未得到休整與補充。在這種情況下，究竟怎麼打，部隊中的思想很不一致。陳雲等在臨江主持召開遼東分局與遼東軍區直屬機關部隊幹部會議，一方面重申了在南滿堅持鬥爭的方針，另一方面針對當時的緊急形勢，陳雲等強調要以打大仗、打硬仗、打惡仗和不惜付出損失我軍2/3甚至3/4的代價，決心打勝這一仗，把敵人牽制在南滿。陳雲指出：準備打大仗、惡仗、硬仗，只要有利於全局，南滿的犧牲是值得的。會議經過討論，一致認爲，無論戰爭多麼殘酷，也要打下去，而且只能打勝，不能失敗。在逐個徵求意見後，陳雲問如果付出的代價大，要準備承擔責任，後不後悔？大家一致回答“不後悔”。於是，他高興地一拍桌子，詼諧地說：“我們學上海交易所的規矩（拍板）成交了。”經過充分動員和周密準備，南滿軍隊以高昂的鬥志、英勇頑強的戰鬥作風，在紅石子地區全殲敵第89師全部及54師162團，俘敵7000多人。這一路是敵人進攻的主攻部隊，在其被殲後，其餘各路紛紛回竄，從而順利地粉碎了敵人第四次對臨江的大規模進攻。此後，南滿根據地日趨鞏固和擴大，陳雲的工作重點也就逐漸轉到他一向很擅長的經濟工作上來了。
首先，陳雲領導了東北地區的土改工作。早在1946年5月，中央就發出了“五四指示”，決定把抗日戰爭時期實行的減租減息政策改爲沒收地主的土地分配給農民的政策。據此，1946年7月，東北局擴大會議通過了《東北形勢和任務的決議》，指出：只有解決農民的土地問題，他們纔會堅定地跟着幹革命，農村根據地才能建立、鞏固和發展，革命戰爭才能獲得雄厚的物質基礎和人力資源。相反，如果沒有農民的支持，我們肯定會失敗，談不上在東北建立根據地。在國民黨大規模的軍事進攻之前，東北各解放區普遍進行了土改。到1946年9月底，據安東、遼寧（現遼寧中北部地區）兩省不完全統計，共分配土地370萬畝，平川一般每人4畝，山區一般每人1至3畝。國民黨軍隊大規模進攻後，東北各地的土改工作暫時停了下來。四保臨江戰役勝利後，東北局於1947年6月3日發出了《關於新收復區工作的指示》，強調必須放手發動羣衆，堅定不移地在政治上經濟上清算漢奸惡霸地主的罪惡，在轟轟烈烈的羣衆運動中，迅速解決土地問題，使千百萬農民從漢奸惡霸地主手中拿到土地，徹底摧毀封建勢力。隨後，遼東分局就新收復區土改問題給各省委、各工作團寫了一封信，在總結1946年土改工作的經驗教訓的基礎上，明確指出：漢奸、惡霸、大地主是鬥爭的主要對象，對中小地主也必須經過農民的清算鬥爭，達到土地歸還農民的目的。在土改工作中，陳雲要求各工作團必須相信廣大貧僱農，大膽工作，必須樹立貧僱農的絕對優勢。同時，在發動羣衆的過程中，也要團結中農。
1947年10月，中央發佈了《中國土地法大綱》，遼東各地開始着手劃分階級、進行平分土地的工作。到1948年1月，遼東大部分地區基本完成了土改工作，廢除了封建的生產關係，大大地激發了農民的生產熱情。1948年本是自然災害比較嚴重的一年，但廣大農民的生產積極性空前高漲，不僅度過了饑荒，還大力地支援了前線。僅安東省除將原有耕地全部播種外，還開墾荒地40多萬畝，糧食總產量達到80萬噸，上交徵購糧13萬多噸。當然，在土改工作中，由於缺乏經驗、環境緊張等主客觀原因，也是存在程度不同的失誤的，如沒有把地主和富農嚴格地區分開來，也沒有很好地保護工商業，在有些地方打風過甚，死人過多等等。對此，陳雲還專門向中央和中央東北局作過總結並主動承擔了責任。
其次，陳雲用了很大的精力着手整頓東北的財經工作。1946年2月，由陳雲任書記的中央北滿分局向所屬的5個省委和哈爾濱市委發出了《關於目前解決財政問題的幾點意見》，提出了3條措施，即徵收救國公糧，妥爲保管，以便解決軍需民用與將來進行對外貿易，解決財政困難；清算和蒐集敵僞資產；恢復和發展工礦企業，徵收必要的稅收；暫時不宜大量發行紙幣，以免通貨膨脹。
同年3月，陳雲在松江省通河縣召開的幹部座談會上着重指出：“財政經濟即收與支的問題，亦即生財之道與理財之道。”在生財之道方面，他提出了6個收入來源：沒收敵產，搞好稅收，發行公債，徵收公糧，發行鈔票，開展貿易。在這6項收入中，有鑑於國民黨統治時期濫發紙幣，導致通貨膨脹、物價飛漲，老百姓損失慘重、怨聲載道的沉重教訓，陳雲對發鈔票一項持謹慎態度。他指出：“紙幣發行要加以控制，不能無限制地發下去，否則必然導致惡性的通貨膨脹”。在理財之道方面，陳雲提出了緊縮開支，提倡節約，發展生產，防止浪費等措施。
爲加強對財經工作的領導，隨着戰局的發展，東北局決定建立健全相應的財政管理機構。8月1日，成立了東北財政經濟委員會，陳雲任主任，它是黨政軍統一的財經行政機構，對外稱東北財經辦事處，全面負責東北的財政經濟工作。6日，又成立了全東北的最高行政機關“東北各省市行政聯合辦事處”，後正式定名爲“東北行政委員會”，其性質是東北人民實行地方自治的政權，是工人階級領導的人民民主專政，是爲人民服務的新民主主義政權。陳雲任該委員會的黨委書記。
1946年10月，陳雲就任遼東分局書記後，兼任遼東財經委員會主任。一次，他聽說軍區後勤部門採取套裁的辦法，用一匹布可以製成11套軍服，很高興，因爲這樣可以節約很多布匹，而布匹當時是緊缺物資，所以特意要求下面把新的套裁樣子送給他看。他常對遼東財委的負責人說，在遼東對經濟工作他只管大政方針和重大事情，比如鈔票印多少要經過他，至於方針確定後的具體工作，放手讓財委和有關部門大膽去做。他十分重視發展生產與物資交流，強調在與兄弟解放區之間開展經濟協作時要講信譽，做到“先小人後君子”。就是說，在洽談協作時，交換什麼，何時交換，交換多少，要一一記入合同嚴格履行，怎樣說就怎樣做，不能違約；最後，如有可能，要儘量照顧兄弟地區，甚至可以是無償支持，不要開始是客客氣氣，最後吵得不可開交。
在此前後，東北地區相繼成立了銀行、鐵路管理總局、軍區軍工部、貿易總公司等機構。鑑於東北鐵路多而且重要，1946年7月，成立了東北鐵路總局，陳雲任總局黨委書記、局長。由於東北地區冬季漫長且十分寒冷，如何解決軍糧和軍用服裝的供應問題一直是陳雲非常關心的工作，對棉軍服需做多厚、軍鞋怎樣達到保暖要求等問題，他都親自過問。
這一時期，對蘇聯的貿易問題是東北地區經濟工作中的一項重要內容。東北財經委員會成立不久，即於1946年8月與10月兩次和蘇聯遠東公司駐哈爾濱代表處商談，希望開展中蘇貿易。11月，復派劉亞樓赴蘇聯商談。當時蘇聯正因春旱秋澇穀物歉收，需要進口糧食，蘇方提出，要從東北進口糧食100萬噸，後又要求每月30萬噸，經多次商談，最後達成每年出口100萬噸的合同。我方從蘇聯進口的主要是布匹、食鹽、火柴、石油、藥品、機器零件等軍用民需物資。這在建國之前無疑是一筆鉅額貿易。這一貿易活動的開展，不僅使軍需供應有了改善，而且普遍受到農民羣衆的歡迎，他們拍手叫好，說這是“經濟上的又一次解放”。因東北地區在日本投降後，內外貿易的正常渠道被堵塞，內部工業生產也因戰爭破壞而無法正常進行，一時民用工業品不僅價格昂貴，而且極其缺乏。有些地方一度出現一麻袋大米只能換到一盒火柴的情況，不少人用大豆或豆餅切塊做燃料烤火取暖，用“更生布”做的軍服用力一碰就破，軍鞋用手一掰就裂開。這些現象在中蘇貿易開展後，逐漸被克服了。同時也積累了從事國際貿易的有益經驗。陳雲非常關心對蘇貿易工作，在他準備赴南滿的前一天，親筆寫信給繼任的東北財經委員會主任王首道和副主任葉季壯等，對於用小麥5000噸及2000噸肉類向蘇聯紅軍管理的大連、旅順換取食鹽、布匹、火車零件等問題，作了詳細而又明確的指示。
由於東北地區的戰略反攻開始得早，相應地對原國民黨的官僚資本企業的接收工作也開始得較早，但在接收過程中，對如何正確處理新接收企業中的職員問題以及在很多規模很大的、技術比較先進的工業交通企業中如何進行民主改革等問題，各地均缺乏經驗，也發生了一些混亂。1947年底，陳雲從遼東經朝鮮回到哈爾濱，重新主持東北的財政經濟工作。1948年8月，《東北日報》發表了陳雲爲中央東北局起草並報經中央同意的《關於公營企業中職員問題的決定》。
《決定》首先對1945年秋以來東北解放區所接收的工礦企業中的職員狀況作了分析，然後指出：兩年來，在處理工人與職員關係問題上，個別企業曾犯過右的和“左”的錯誤。右的錯誤表現在過分依賴舊職員，而重視工人不夠。因此，既不能啓發工人的積極性，也難教育改造舊職員，使生產力的提高和企業的改造受到了阻礙。“左”的錯誤表現在只重視工人，輕視職員，對職員缺乏分析，不加區別地亂打擊，形成工人與職員對立，這樣就破壞了員工團結，其最後結果也必然是妨礙生產，危害企業。依據現有經驗，處理與職員之間的矛盾，必須根據兩點：第一，工人是企業中基本的生產力量，但職員也是企業中必不可少的一部分。爲了提高生產，改造企業，必須使體力勞動的工人與腦力勞動的職員合作，併發揚兩者的勞動熱情與工作積極性。第二，必須根據日寇、國民黨統治時期企業內各種職員與工人之間關係的不同，恰如其分地解決存在的矛盾，既提高工人覺悟和勞動熱忱，又團結改造職員，達到員工團結、員工互助的目的。
《決定》提出了處理職員問題應遵循的具體原則：（1）職員中70%至90%是下級職員。他們之中有很大一部分，雖然具有一般舊知識分子的意識，看不起工人，但他們的勞動條件和生活狀況是接近工人的。因此對於下級職員應該團結，大體上應該和工人一樣待遇，同時應用教育的方法改變其輕視工人的錯誤認識。
（2）技術員、技師、工程師、專門家，是管理龐大複雜的近代企業中必不可少的重要人員。我們對於一切技術人員，包括思想上還不同意的在內，只要忠於職務，不作破壞活動，都應給以工作，並在生活上給以必要和可能的優待，使他們發揚專長，爲人民服務。對於能與工人合作，打破保守觀念，克服困難，努力創造的技術人員，應予鼓勵。
（3）日寇、國民黨政府企業中專門壓迫工人的特務，礦山中專以額外剝削工人爲職業的把頭（不是一般工廠中的工頭），與一般職員不同，他們與工人的矛盾最深，在人民企業中，決不允許特務分子和把頭制度存在，決不能讓把頭擔任生產領導工作。其罪大惡極而工人要求法辦者，應允許工人要求送交法庭懲辦及追償損失。
（4）總務、庶務各部門的主持人員，他們之中有不少曾經仗勢欺人，剋扣工人、職員的配給、薪資並且假公濟私、貪污自肥。他們佔有日寇、國民黨政府企業中“肥缺”的原因，常常不是由於業務技能，而是依靠特殊勢力。洗刷撤換這些爲非作惡的人，不僅是工人的要求，也合乎多數職員的願望。對於剋扣、貪污爲數巨大者，應由企業和職工依法追償。但洗刷撤換這些爲非作惡的主持人員時，必須把這些部門中未曾作惡的主持人員及非主持人員、下級職員加以區別，不應一律對待，以免擴大打擊面。
（5）生產及業務的負責管理人員，如鐵路的站長、段長，工廠的廠長、處長、科長，礦山的礦長、坑長等等，這些職員佔企業內，高級職員的最大部分。一方面他們有專門知識或業務技能，有組織生產、組織業務的經驗，在生產中有重要作用；另一方面，由於他們中的多數是日寇、國民黨統治時期企業中或大或小兼管人事的生產和業務管理人員，他們管理的性質及方式雖然不同於把頭、特務，但與工人之間存在着或多或少的矛盾。因此，對於這些人員的使用及他們與工人之間矛盾的處理，必須謹慎而恰當。對於日寇、國民黨統治時期所產生的工人對管理人員的不滿，解決的辦法應該是開展工人羣衆的批評和管理人員的自我批評，得罪過工人的，要賠禮道歉，以便達到團結的目的。
這些管理人員，一般雖有思想上和作風上的毛病，但他們的專門技能或業務管理知識，無論目前或將來，對經濟建設和人民企業都是需要的，我們許多員還必須用心向他們學習這些知識和技能。
《決定》還指出：一般職員，即下級職員、技術人員、生產業務管理人員，尤其是高級和中級職員，他們的勞動態度、對工人的態度和管理方法必須改變。對於職員的改造，是一種思想和作風的改造，是細緻而長期的教育工作，不能急性粗暴地處理，需要自上而下的教育，也需要工人與職員的相互批評和自我批評。爲了這個目的，可以採取討論會、座談會、研究班、訓練班等方式。
這個決定得到和中央的高度重視，1948年8月7日，《決定》全文就被《人民日報》轉載，對各解放區恢復和發展工業生產起到了很大的積極作用。
但在接管之初，還是有不少地方出現了一些問題。如鶴崗煤礦在發動工人的羣衆運動中，產生過不適當地打擊職員的錯誤。同時，在不少地方出現了物價暴漲、工人實際工資降低，導致工人不安，公營企業商品售價太低、出現蝕本等不正常情況。爲了尋求應對之策，陳雲主持東北財經委員會在1948年6、7兩個月集中進行了討論。會後，陳雲給中央寫了一份報告，反映東北解放區經濟的最新情況和所採取的對策。
陳雲指出：東北在公營企業中犯過的主要錯誤，不在過高的工人待遇，相反，注意工人必要的待遇還不夠，而在對職員政策上的右的或“左”的錯誤，其中尤以“左”的錯誤爲重。主要原因是對職員特別是對行政管理人員的作用估計不足。這是一切新接收企業中帶普遍性的問題。解決的辦法已有中央批准的關於職員問題的決定。他認爲，物價上漲的原因是：（甲）大量增發了紙幣；（乙）1947年糧食歉收，糧價上漲了10倍。1947年底共收公糧134萬噸，貿易局購入糧食40萬噸，除供給必需外，無調劑市場的餘力。
陳雲又說：物價飛漲的結果，公營企業中工人實際工資大降。此時企業機關對於工人生活注意不足，3月公佈的東北公營企業工薪標準又太低，因此4、5月間工人大躁不安。5月以後逐步提高工資，並擬訂新的工薪標準，其主要內容是提高工薪的實物計算，並大部分支付實物（約佔70%）。由於糧價飛漲，而公營企業的牌價，基本未動。因此造成一系列不合理現象。例如，300公里的火車票價只等於10支紙菸價，一盞20支光電燈每月收費只等於1支紙菸價等等。在糧價飛漲的情況下，公家即令按照市價統購，農民也囤糧不賣。
爲了解決這些問題，陳雲提出，應鼓勵農民出賣糧食，在禁止私商囤積的同時，允許糧食自由流通。結果缺糧區糧價下跌或趨向平穩，餘糧區上漲，從而形成適當的市場價格。在糧價上漲時，煤、鹽、布、金及公用事業價格必須主動上漲，但要力求平漲，而非暴漲。在工業生產方面，必須加強計劃性，必須制定1949年工業生產計劃，如有可能則進一步擬訂1949及1950兩年的生產計劃。除國營、公營企業外，還必須調查合營和私營工廠的情況，以便給以生產方向上的指導，在可能的條件下實行訂貨加工。
陳雲指出：東北財經工作中還存在濃厚的盲目狀態。就其原因來說，一是財經工作的範圍日益擴大，而且複雜，我們無經驗；二是兩年來我們集中力量於戰爭和土改，未深摸細摸財經問題。他提出：要把財經工作放在不次於軍事或僅次於軍事的重要位置上來。
陳雲之所以能寫出這份報告，不僅表明隨着革命形勢的發展，他對財政經濟工作重要性的認識更加深刻和全面了，而且反映出他對財經工作本身的客觀規律的認識也更深入了。因此，他的這份報告，也就不僅引起了等中央領導人的高度重視，而且也進一步奠定了他作爲財經工作專家型領導人的地位。所以，當新中國建國前夕周恩來建議調陳雲到中央負責全國的財經工作時，得到了中央領導人的一致同意。而陳雲剛一走馬上任，即取得了統一全國財經工作、穩定物價、合理調整工商業、儘快恢復國民經濟等重大成就。
遼瀋戰役打響後，東北全境的解放已是指日可待，如何接收並管理好即將解放的大城市，對於長期在農村從事武裝鬥爭的中國來說並無成功的經驗。爲了做好這一極富挑戰性的工作，1948年10月，東北局決定抽調4000名新老幹部，由陳雲率領從哈爾濱出發，一路上開了幾次會議，對可能遇到的問題作了準備，並對有關政策問題作了規定。11月2日，戰鬥結束，軍管會人員隨即進入瀋陽城內，正式開始了接收工作。在接收瀋陽的工作中，取得的主要經驗有：
首先，確定了“各按系統，自上而下，原封不動，先接後分”的接收方法。其具體含義是指：各按系統。軍管會除市委外，下轄經濟、財政、後勤、鐵道、政務等五個處，以及市政府、公安局、辦公室、衛戍司令部等單位（缺外交、軍事、社會、文化），進行接收。自上而下。入城後即佈告通知原有機關主管人負責辦理移交手續；如第一級負責人不在，即由第二或第三級辦理。同時，從原有內線和下面羣衆中瞭解情況。原封不動。舊職員均按原職上班，工廠企業等只派去軍事代表，政權部門只撤換頭子。對職員、工人一律發生活維持費10萬元，等於20公斤糧，有些高級職員則不發。這只是臨時過渡辦法，主要目的在避免混亂和大的波動。接收步驟，第一步是資產檔案，第二步才能整理人員。先接後分。各部門只有接收權，無佔有權、支配權，資產檔案一律不準搬走。各部門不對原來上級負責，只對軍管會負責。權力集中在軍管會，無條件服從，待全部接收完畢後，再統一分配工廠、房子等。接收證件統一由軍管會發，由專人負責審查蓋章，無證件即不準接收。此外，在入城之前，應連續廣播我之政策、辦法（此條很重要）。要預備佈告、信封、圖章、通行證、警察袖章等，並預做招牌，以便在進城後幾小時即能擺開辦事。軍管會機關應放在食宿交通方便之適當地點，充分利用電話與各方聯絡。後來的事實證明，這些規定既防止了混亂，又能保證快。如果不按系統，不分上下，亂接一通，必然損失很大，影響很壞。
其次，入城接收時，要做到比較穩當而無大波動，有五個關鍵問題要解決。（一）首先要恢復電力供應。沒有電，電燈不亮，電話不通，自來水沒有，電車和火車也無法開動，變成一座死城，秩序就無法控制。瀋陽靠外面送電，撫順解放後即送電來，羣衆稱道。但要把這項工作做好，有一個先決條件，即必須有相當數量的技工。這次哈爾濱各系統共帶來新的技術幹部數百名，他們忠勇而熟練，一個晚上在萬難的情況下，即開出疏散彈藥的火車，使本地人員驚異，無“土包子不懂技術”之感。（二）要迅速解決金融物價問題。爲避免外地商人來搶購，本地商人將物資收藏，以及物價先落速漲現象，先介紹瞭解放區近來各地的物價表，使商人有底，敢於開市。爲吸引糧食入城，定價高於外地，因而物價無大的波動。（三）敵警察必須收繳槍支，讓其徒手服務。交通警察儘快站崗，消防隊各守原位，戶籍警察大部可留。其他刑事警察和武裝警察隊等帶特務性者，20天后集中受訓，也不宜過早遣散。（四）穩定人心，傳佈政策，主要靠報紙。城市的人有看報習慣，不可一日無報。對我宣傳品，各階層都是字字細讀。除安民佈告等預先準備好外，可先準備幾期報紙稿件，一進城就立即出報。內容首先只能是刊登一些基本政策文件，各種佈告和解放區一般新聞，不能一下子苛求內容生動，適合新區羣衆口味，但轉載舊的文件，要有選擇。一切佈告，必須字斟句酌。要審閱大樣，對廣告都要過細審查。報社與對外報道委員會應各派一人，在頭半個月經常住在軍管會參加會議，密切聯繫，分期出報。排字校對，都用原人，我只派五六個幹部，故第三日即出報。（五）工資問題需要妥善解決，如不注意工資問題，則人心不定。瀋陽系圍城，解放前基本上根據國民黨的底薪等級，工人、職員、技師從每月40公斤到200公斤，因比圍城時提高很多，故一般已滿意。高級技術人員距離應遠一些。對國民黨的欠薪，則置之不理。特殊情況者，可作必要的救濟。在衛戍工作上，除一般衛戍部隊外，衛戍司令部尚需有一個半團機動兵力，隨時派出保護接收了的工廠、機關。衛戍部隊應是單一建制，讓有訓練有紀律教育的部隊擔任。
第三，要迅速處理俘虜和疏散彈藥。這兩項工作處理不好，將嚴重影響治安秩序。對散俘首先是收容好，有飯吃，有房住。次一步是如何往外分散處理。對彈藥要及時地進行疏散，入城時需有充分的鐵路人員和保護車站的武裝，以保證交通和疏散。
第四，軍管會內部做到減少扯後腿、抵消精力之事。軍管會各負責人，要堅持接管原則，秉公辦事，全力制止爭房子、爭汽車、爭工廠等糾紛。
第五，關於重大事件、容易出亂子的問題，必須預先有充分精神準備。軍管會的首腦要有足夠時間來研究重大問題。此次外交、糧食、金融、捕殺等重大問題，軍管會多少都有精神準備，但外交仍出亂子。
第六，要保證接收得好，最重要的還必須入城部隊有良好的紀律教育。此次入沈部隊很多，都懂得保護工廠、保護城市。今年以來，城市政策教育收到了很大效果，犯紀律者是個別分子。對苦戰之師，應在吃住方面主動照顧。
第七，此次接收瀋陽，使我們有一感觸，即接收一個大城市，除方法對頭外，需要有充分準備和各方面能稱職的幹部。依目前形勢看，中央和各戰略區野戰軍，均需準備有專門接收大城市的班子，待工作告一段落，即可移交給固定的市委等機關。這樣的接收班子，可以積累經驗，其中骨幹可以暫成專職，依次接收各大城市。
陳雲對接管瀋陽經驗的總結，引起了的高度重視。在接管北平、天津前，曾對薄一波說：城市接收工作主要是接收官僚資本；對民族工商業要好好保護，對接收工作要“原封原樣，原封不動”，讓他們開工、恢復生產，以後再慢慢來。的這一思想，顯然是吸收了陳雲在接管瀋陽後所總結出來的有關經驗。此外，陳雲在報告中提出的要組織專門班子從事接收工作的建議，也得到中央的重視。中央要求東北局將接管瀋陽、長春兩個城市的人員組成兩個班子，爲南下接管大城市之用；同時從瀋陽接管人員中抽調二三十個得力骨幹前往天津參加接管工作。
遼瀋戰役後，陳雲對鐵路在作戰和民用方面的重要作用有了更爲深刻的認識。東北野戰軍入關後不久，陳雲即親自起草電報發往中央，建議中央設立鐵道部，籌劃與管理全國鐵路事宜。中央採納了這一建議，很快在中央軍委內設立了鐵道部。這是後來政務院各部中最早成立的一個部。