何五通的平安歸來讓大部分漕幫幫衆都喜出望外，李彥直在漕民間的公信力因此又增強了兩分。
回到高郵後，何五通召集幫中所有堂主，香主，衆頭目問此行如何，何五通嘆道：“李都督確實是一個仁義的人，但他說：‘自古造反，沒有能善終的，我就算要替你們開脫，對朝廷對皇上也得有個交代！你們就算要來投降，也只能饒了從犯，所有涉事的頭目都得死！香主以上滅九族，副堂主以上滅三族，只有普通幫衆，纔可繞了。’他又取出一張名單來，卻是我漕幫所有堂主、香主的姓名。也不知他哪裡得來。”
衆堂主、香主聽了臉色都是一變，紛紛叫道：“有奸細，有奸細！”
“未必是奸細。”周得業說：“咱們漕幫又不是白蓮教，堂主、香主分處各處碼頭，在地方上都是有頭有臉的人，都督府的人只要派人到各處一打聽就知道了，未必需要奸細。”
衆堂主、香主都覺有理，但聽說要滅族殺頭，還是不免戰慄恐懼，歐陽信怒道：“他們既然要殺盡我們，那咱們就死戰到底！難道還真的任人宰割不成？”
“死戰，死戰……戰是一定要死！”何五通嘆息說：“我這回到他寨中，他讓我瞧了許多佛郎機大炮和大員鳥銃，那真是無與倫比的利器！咱們雖然佔了地利之便，但真鬥起來，必敗無疑，拖的日子越久了，也不過是平添傷亡罷了。”
李彥直驅逐蒙古、平滅海盜，戰功赫赫，漕民們也都怕他，聽了幫主的話後都沉默了。
歐陽信叫道：“那難道就這麼等他們來殺不成？”
“那倒也不然。”何五通說：“其實他還給了我另外一條路，只是不知大夥兒願意不願意。”
衆堂主、香主慌忙問是什麼路，何五通也不說流放，卻說：“遷幫。”
“遷幫？怎麼遷？遷去哪裡？”
“遷去南洋。”何五通說道：“聽說這位李都督在南洋開了幾十個港口，幾百個碼頭，生意倒都挺好，就是缺人，他們也僱一些南洋土番，可那些番人好吃懶做，生性又愚蠢，都不濟事！所以問我肯不肯遷徙過去，每個堂口，各往一個海港去，做的仍然是以前的營生，只是由河港碼頭，變成海港碼頭罷了。我覺得這倒也是條活路，只是此事幹系重大，一時未敢答應。但他只給我三天時間，三天之內若無消息，他便要動兵。我連夜趕回高郵，又召集大夥兒，如今已過去兩天了。”
幾十個頭領面面相覷，一時都做不得聲，歐陽信大不願意，怕被騙了，周得業道：“我看他不像騙人，他若要殺盡我們時，拿大炮鳥銃轟過來就是，何必這麼麻煩？”
一時議論未決，次日便有消息傳來，說官軍已經進駐揚州府，並大炫佛郎機炮，排排鳥銃在城頭、岸邊巡來巡去。原駐紮於江都一帶的漕幫堂主三個裡投降了兩個，歐陽信憤恨無比，但不久就聽李彥直對他們頗爲善待，幫衆聽說便都心嚮往之。
與此同時，王牧民部早已在海州登陸，截擊宿遷一帶的亂賊，這次造反的三股漕民中，聚集在淮安一帶的人數最多，但組織散漫，不過是烏合之衆，高郵黨有漕幫做底，組織力、戰鬥力都最強，聚到宿遷一帶的卻多地痞流氓，其起事不過是因時因事，並非如另外兩撥人馬一般基於義憤，而且所到之處姦淫擄掠，破壞甚大。
王牧民登陸海州之後派出五隊鳥銃手，五隊倭刀手，在當地保甲的支持下西進圍剿，北面山東的衛所兵將又壓下，兩相夾擊之下，宿遷盜衆很快便潰不成軍。王牧民本人殺氣甚重，連帶着下屬也兇狠起來，這一仗殺戮頗酷烈，消息傳到高郵、淮安，那些作亂的都怕了。這時又傳戚繼光將進兵，漕幫衆堂主大恐，紛紛支持何五通投降。
戚繼光領兵進入高郵，卸了他們的武器，仍有一些剽悍之輩對頗爲敵視，但兵器既已繳上，心裡便有憤怒也再無能爲了。
宿遷的亂黨一殺，高郵的漕幫一平，聚集在淮安的作亂漕民便如鳥獸散，李彥直命殷正茂進入淮安善後，處理漕運總督衙門遺留下來的事宜。
而對於那些已經投降了的漕民，李彥直倒也沒有失信，他下屬文官清點口數，分作十五批，讓他們前往南洋，第一批卻是何五通的家眷，除了留下三個有辦事能耐的兒子之外，其餘都被率先發配往新加坡。船隻和路上的口糧，都由海軍都督府承辦。
何五通見李彥直如此安排，卻也無奈，只好選擇相信他，帶着幾個兒子認真幫他辦事，希望這位都督看在自己勤謹的份上不要爲難自己的家人。
這次是大明成祖朝以後，由政府主持的最大規模的主動移民了。移民的行動一開始只是限定在作亂的漕幫幫衆及其家眷總共六萬五千餘人，其中有兩成人在事前或者途中逃跑，但仍有約五萬人通過海船前往南洋。
在此之前，李彥直已派胡宗憲南下，帶領江浙福建的衛所官兵進駐南洋二十餘個港口，其名義是“搜捕王直”，但王直這時已經被送到麻逸以南，在南海搜來搜去，自然搜尋不到，所以那約四萬人的衛所官兵也就滯留於彼。不久後李彥直又出臺了“探親政策”，許衛所官兵在大陸的親人前去探訪，併爲之安排船隻，只是去南洋的船隻多，且由官方公費，又有海軍保護。從南洋回來就少了，且需自費，因此漸漸的就有了衛所官兵在南洋安家的事情。
南洋的自然環境本來不錯，若是粗經開發的港口，生活條件也不算差，且這裡商業繁榮，物產豐富，奸猾的中國人到了這裡真是如魚得水，所以很多人便都不願意回來了。
而這次爲了維持沿途的治安，江北、山東一帶又有約兩萬會所官兵被徵調去“押送”漕幫，但這兩萬人去了南洋之後也不回來了，其處理手段與江浙衛所官兵略同。
這三大撥的人口遷移，大部分集中於呂宋、巴拉望、飛龍寨、新加坡，遷移的人口總數高達二十萬人，而且人口的流入是集聚的，呂宋、新加坡等地方很快就形成了以華人爲主體的社會，並開始同化本地人。
這真是一項極其浩大的運輸工程，爲此海軍都督府耗費了將近一百萬兩白銀，把去年的盈餘都耗光了，甚至部分透支來年的預算。但有了這幫先行者以後，就像一個被堵住的大湖破開了一個缺口，第一波的潮水衝開以後，跟着來的移民就源源不絕，卻不是由官方督促，而是民間慕利前往。在接下來的幾年裡，大陸本土前往南洋的移民每年都數以萬計，新興的港口、碼頭如筍如林，多不可數。
隨着海外領地的大增，東南的士林的領土觀念也大起變化，先前還被視爲邊荒之地的大員，這時早被視爲近土，就是呂宋也被福建士人視爲“鄰省”——海軍都督府的呂宋草圖出版後，許多人都已知道呂宋幅員之廣大，作爲一個縣實在是太委屈了，因此不等李彥直開口，閩籍御史便已在建議升級呂宋爲府，甚至有人認爲應該升之爲布政使。
而新加坡、巴拉望也都開始設立市舶司徵收關稅，飛龍寨也升爲飛龍縣，其所開發出來的土地位於湄公河三角洲，盛產稻穀，如果說前往新加坡、巴拉望的多是商賈、挑夫、販子，那麼來到飛龍的便多是在大陸失去土地的農民，他們到了這裡之後努力播種耕田，漸漸稻香遍野，看來假以時日，必能與呂宋、大員並列爲三大新糧倉。
當然，隱憂也是有的，比如飛龍寨西臨暹羅，北接安南，幾個東南半島國家都對之虎視眈眈，只是震懾於大明的威勢一時不敢動而已。主持此處軍務的張璉又是一個極有魄力的人，他背靠大海無後顧之憂，便四處出擊，除了向原始森林要土地之外，更漸漸將勢力延伸到占城境內，占城國王溫和軟弱，又慕大明國威，因此對他倍加容忍，在聽說呂宋酋長內附後成爲大明貴族後，也有了舉國內附之意。
李彥直看着不斷從上海海關走出去的移民，對陳羽霆道：“這扇大門總算是真正打開了，以後我再不用擔心它會關上了，就是關上，也不是在泉州、上海關上，而是在新加坡、巴拉望關上了。南海成爲我中華內海已成必然，安南再次迴歸也是遲早的事了，莫氏擋不住我的。”
“那麼，是否該把王直抓回來了呢？”商行建問。
“抓他回來幹什麼？”李彥直笑道：“從巴拉望往南是麻逸，麻逸往南還有一個很大的大陸，那片大陸養羊養馬似乎不錯。我想是不是能把那裡也收了，那樣我們以後要打蒙古時也就不缺馬了。”
就在這時，新加坡方面傳來了緊急軍情——葡萄牙宣佈新加坡附屬於馬六甲，要驅逐華人了。