因爲調整作戰部署需要時間，所以從八月十八日開始，美臺聯軍主要集中利用空中優勢與火力優勢，重點清除南京市區裡的軍事目標與高價值戰略目標，主要就是東南軍構築的防禦工事。
這明顯是一個艱鉅任務。
按照美軍掌握的戰術情報，在過去的一年多裡，東南軍在南京市區內至少修建了十五萬個防禦設施。雖然其中半數以上是假目標，但是美軍的偵察手段還無法分辨真假，也就只能將其全部當成真目標。
毫無疑問，在部署防禦的時候，東南軍從東北軍那裡學到了很多經驗。
比如美軍的偵察機與無人機都裝備了紅外成像照相機，其中比較先進的幾種，還能通過地下設施排氣口的溫度，來確定地下設施裡是否有人。當然，那些只出現在電影中的，能夠穿過牆體與天花板發現屋內人員的紅外設備在現實中是絕對不存在的。針對這一情況，東南軍仿照東北軍在戰場上採用的辦法，在每一個地下設施裡都安放了一臺加熱氣。如果有較爲完善的排氣設施，放一火爐也能管用。
紅外偵察設備不管用之後，美軍開發出了一種機載合成孔徑雷達，能夠發現地表以下三到五米的防禦工事。在北方戰場上，東北軍很快就搞清楚了這種雷達的特性，即雷達探測的是地下空穴，而不是地下工事，並且在遇到金屬體的時候會出現誤差。東南軍很快就收到了消息，因此專門挖掘了很多地下空穴，並且在一些建築物的地下室內鋪設金屬網，讓美軍無法準確找到地下工事。
可以說，美軍的先進探測手段，在中國戰場上受到了最爲嚴峻的考驗。
受此影響，在北方戰場上，美軍的基本戰術就是對發現的所有目標全部摧毀，不去甄別真假。
到了南方戰場上，美軍也繼續奉行這一戰術。
這下，問題出來了。
南京市區有十多萬個目標，全部摧毀的話，那得使用多少彈藥？
要知道，打擊防禦工事，主要得用制導武器，而且最好是在制導炸彈與空射導彈，只有在美軍攻入城區之後，直射火力纔派得上用場。在這個戰場上，要想讓炮兵發揮威力，也得使用制導炮彈，而且炮彈的威力過下，對付深埋在地下的防禦工事很吃力，遠遠無法取代炸彈與導彈。
即便使用制導炸彈，美軍也會背上極爲沉重的包袱。
比如，用F-35A來執行轟炸任務，並且不考慮隱身需求，讓戰鬥機在五千五百米，也就是小口徑高射炮與便攜式防空導彈的最大射高以上投彈，因此可以使用外部掛架，一架戰鬥機也只能攜帶十二枚能夠鑽地八米以上，也就是能夠對東南軍地下工事構成威脅的五百磅級激光制導炸彈。即便按照百分之百的命中率計算，也需要出動近一萬架次的戰鬥機，才能摧毀全部目標。部署在東南戰場上的F-35A的數量不到五百架，按照每天出動兩次，也需要十天才能完成轟炸任務。
事實上，這只是理論計算，實戰情況肯定糟糕得多。
因爲中**隊在市區內部署了不少野戰防空系統，所以F-35A執行轟炸任務的時候主要還是使用彈艙，不敢使用外部掛架，因此每次最多隻能攜帶四枚五百磅級的制導炸彈。如果爲了提高F-35A的生存率，即在防空導彈的射程外投彈，再用無人機提供引導，就得使用配備了滑翔彈翼的制導炸彈，而F-35A最多隻能在內部彈艙裡攜帶兩枚這樣的炸彈。考慮到戰鬥機的正常維護，還有作戰損失。如果由五百架F-35A來打擊南京市區內的地下防禦工事，至少需要三個月才能完成全部轟炸任務。
當然，美軍能夠出動的，顯然不止是F-35A，但是能到南京市區執行轟炸任務的，除了F-35A之外，就只有F-第三代戰鬥機，別說去南京市區上空，甚至不敢靠近南京市區。
更重要的是，到這個時候，美軍已經沒有真正意義上的絕對制空權了。
在東南軍發起戰略反擊的時候，中國空軍就調整了作戰部署，增強了在南方戰場上的兵力投入。正是如此，南方戰場上的中**隊纔敢大舉出擊，在蕪湖與銅陵方向上取得重大勝利。同樣的，在美臺聯軍發起進攻之後，如果沒有足夠的空中掩護，陳必時也不敢讓繞道撤回市區的主力部隊馳援句容市。
雖然在絕大部分時候，美軍的空中優勢仍然非常明顯，但是在某些時候，中國空軍造成的不僅僅是麻煩。
在八月十八日，也就是帕特里奇做出攻打南京的戰略決策的當天，中國空軍就在上海方向上發起了一次大規模進攻行動，首先出動大批第三代戰鬥機，將美軍的防空戰鬥機吸引到了太湖方向上，隨後由J-20機羣突擊了上海港，轟炸了停泊在黃浦江上的美軍船隻，取得了炸沉十一艘、炸燬八艘的重大戰果，並且讓美軍損失了數十萬噸作戰物資。
撤出戰鬥的時候，J-20機羣還利用美軍防空指揮混亂的機會，偷襲了在杭州灣巡邏的美軍預警機。
雖然偷襲行動並不順利，當時美軍已經吸取了北方戰場上的經驗教訓，將預警機的護航力量增強了一倍，並且讓掩護預警機的戰鬥機啓動火控雷達，監視周圍空域。結果就是，J-20在偷襲預警機的時候，首先與F-22A遭遇，空戰中，至少有六架J-20被擊落，F-22A則只被擊落了兩架，而美軍預警機趁此機會逃出了戰場。但是這場戰鬥，也讓美軍驚出了一身冷汗，因爲當時載着臺軍最高指揮官的專員運輸機正在飛往杭州的途中，離空戰地點不到兩百公里，美軍又沒能及時聯繫上專機駕駛員。如果中國戰鬥機的目標不是美軍預警機，而是那架專機的話，後果將不堪設想。
中國空軍的挑戰，讓美軍在作戰的時候，不得不留上一手。
比如從八月十九日開始，美軍就將制空戰鬥機的數量增加一倍，達到三百二十架，幾乎佔到了美臺聯軍部署在南方戰場上的戰術戰鬥機的四分之一。
要知道，就在兩個月前，美軍部署在南方戰場上的制空戰鬥機數量還不到一百架，即便在過去一年中，也從沒有超過一百二十架。即便考慮到美軍已經轉移重點，中國空軍也增強了投入，從比例上計算，美軍用在制空上的力量仍然大大超過了以往。在正常情況下，美軍的制空戰鬥機數量僅佔戰術戰鬥機總量的百分之十。
增大制空投入，必然影響到對地打擊。
事實上，從八月十八日開始，美臺聯軍的空中打擊就很不順利。除了在當天遭到中國空軍的全面反擊之外，在接下來的一週之內，美臺聯軍每天損失的戰鬥機都在兩位數，最多的一天損失了六十四架。與巨大的損失相對的，則是美臺聯軍在轟炸中的成功率。在第一週的轟炸中，還不到百分之五十，比平常降低了將近二十個百分點。
毫無疑問，美臺聯軍沒有能夠完成作戰任務。
按照美軍公佈的作戰數據，到八月二十五日，美臺聯軍摧毀的目標還不到五千個，僅爲全部目標的百分之四。毫無疑問，這還有誇大成分在裡面，實際摧毀的目標，恐怕連四千個都不到。
受此影響，八月二十六日，帕特里奇不得不延遲美臺聯軍發起地面進攻的時間。
當然，這只是託詞，因爲這個時候，美臺聯軍還在進行部署調整。樂觀估計，最快也要到九月五日，美臺聯軍才能完成地面進攻的準備工作。
地面進攻打不成，美臺聯軍就只能繼續進行空中打擊。
在投入更多的空中力量之後，帕特里奇開始動用遠程炮兵。雖然炮兵一直不是美軍的強項，臺軍也沒有多少性能先進的火炮，但是在這場戰爭中，美軍吸取了很多教訓，其中就包括重視炮兵。
得益於此，美軍在這場戰爭中的炮戰能力遠遠超過過去。
問題是，在打擊堅固目標的時候，炮兵的效率並不是很高。更重要的是，美軍仍然不太重視發展超大口徑火炮與火箭炮，因此美軍炮兵的戰鬥力很成問題。
動用炮兵的最大好處，恐怕就是讓南京的軍民無法迅速修復被毀的防禦工事吧。
當然，這個影響並不大。
本來被美軍摧毀的防禦工事就不多，佔的比例微乎其微，加上南京被困之後，美軍動用了很大的力量封鎖長江，使得長江南岸的軍民難以及時獲得工程物資，也就無法對被毀的防禦工事進行修補。
爲了避免出現沒必要的傷亡，陳必時甚至一再命令軍民不要靠近美軍的轟炸區。
至於那些被毀的防禦工事，只要不能從地面上抹掉，擺在那裡，也有幫助，至少能夠在美臺聯軍攻過來之後，爲守軍提供掩護。
對美臺聯軍來說，唯一不需要擔心的，恐怕就是彈藥物資了。
因爲擁有強大的後勤保障能力，所以美臺聯軍在作戰的時候幾乎不考慮彈藥消耗，往往過分使用火力。
對南京守軍來說，這顯然不是什麼好事。