軍事準備乃是核心，對內部的掌控與清理也進行得如火如荼。
與荊州軍內部的軍政處相對應，林純鴻在中書府成立了政宣司，在荊州、夷陵、夔州和枝江四部分別成立政宣處。政宣司、處成立之後的第一件事就是派出宣講隊，到處走村串戶，宣傳邦泰的各項政策和荊州軍戰績，增強老百姓對邦泰的認同感。
同時，林純鴻令安防司加強了對屬地內官僚及士紳的監控，嚴防這些人在屬地內興風作浪，維護四地的穩定。並令安防司增強對奸細的抓獲力度，短短一個月內，抓捕各類奸細百餘人，這些人來路五花八門，甚至還有左良玉及鄭芝龍的人馬。
而且，林純鴻將各地的關卡盡數拆除，並嚴厲打擊各種敲詐勒索、損害工商的行爲，此舉得到開明士紳的一致擁護。
林純鴻相信，政治上說得再花團錦簇，也及不上錢糧的作用，因此，他制定了詳細的賑濟計劃，對無勞動能力的困難百姓實施補助；同時，投入巨資，對境內道路進行整治、開鑿入川纖道、建設遍及全境的灌溉、排水設施，實施以工代賑。
此外，林純鴻還對一些關鍵性行業實施退稅政策，刺激這些行業的發展。
以上均是對內，林純鴻這段時間左右開弓，使得邦泰在荊州、夷陵和夔州的根基日益深厚，建立起穩固的統治。
對外，林純鴻令軍情司加強了對各路兵馬、東林黨、復社及朝廷的監控，對各方的態度洞若觀火。上奏給朱由檢的奏章，在三天之內，就被傳回荊州，以便林純鴻迅速採取對策。
當林純鴻得知朱由檢令內閣商議章程之後，與曹化淳一樣，林純鴻鬆了一口氣。剛愎、性急的朱由檢最終沒有派兵攻伐，最大的危機業已消失。
按照大明朝堂的一般慣例，無論何類大事，只要交付朝議，必定在各路政治勢力互相鬥爭、妥協後，方纔出臺處理措施，這一過程曠日持久，估計到時候連娃都生了好幾個了。
不過，針對鋪天蓋地的指責謾罵，林純鴻不能沉默，沉默就等於默認，將助長上奏之人的囂張氣焰。
而且，林純鴻知道，朝廷舉步維艱，根本無力討伐荊州，自己得給朱由檢和朝廷一個臺階下。因此，林純鴻精心炮製了一份自辯奏章，往京師送去。
在奏章中，林純鴻首先回顧了北上剿匪的輝煌經歷，大肆誇耀戰功，並極言荊州、夷陵爲了供給前線將士作戰，生活每況愈下，慘不忍睹，同時向朱由檢大表忠心，聲稱自己爲了剿匪，食不安寢、睡不安眠，如此這般，方纔連戰連勝。
緊接着，林純鴻竭力否認擅自開府建衙一事，聲稱自己爲了供應前線將士，不得已組織商號博取利潤，一切都是爲了剿匪。商號也需要管理、安防及監督，之所以有中書府、都督府及監察府之傳聞，乃夥計妄稱之罪。林純鴻保證，將剋期整頓，若夥計有逾越之罪，定懲不饒！
至於江匪劫掠一事，林純鴻聲稱，並非受他指使，乃屬下爲財利所惑，臨時起意，方纔出現此類事。林純鴻表示，將嚴厲處罰屬下，給受損的商旅一個交待。
林純鴻還辯稱，以荊州左衛、大田千戶所爲名製造武器，乃迫不得已。衛所制度崩壞已久，所造武器甲裝根本不堪用，荊州軍將士極度缺乏武器甲裝，不得已，方纔另起爐竈，爲荊州軍自配武器甲裝。
對於逼迫監視地方官僚一事，林純鴻聲稱，地方官僚專注貪*腐、唯務黨爭，致使前線將士供應不及，導致許多絕佳戰機白白錯過。爲了提高地方官僚的效率，不得已派出弓兵在荊州、夷陵徵集人力和糧食，“越廚代庖，實非臣願，乃爲地方官吏推諉所逼”。
林純鴻還聲稱，爲朝廷計、爲生民計，在荊州、夷陵、荊門實施了土地贖買之策，降低租稅，鼓勵種植，“臣觀荊州、荊門、夷陵三地，無一寇入境，無一民投匪，皆此策之功也”。
總之，林純鴻一條條辯解，一條條駁斥，一條條否認，字字泣血，聲聲是淚，大打心理派、感情牌，試圖抓住朱由檢的心。
除此之外，林純鴻花大量篇幅介紹了自己鑄造銀幣和銅幣一事，併爲此而感到自豪，聲稱自己通過鑄幣而供養荊州軍，還詳細介紹了鑄幣的技術細節和管理環節。最後還聲稱，如果朝廷能鑄幣，定然達到民不加稅、軍餉自足的局面，極力蠱惑朱由檢和朝廷諸臣鑄幣。
除了上奏章自辯以外，林純鴻還準備玩一個大的，徹底堵上官僚士紳的嘴巴：按時按量儘快繳納田賦秋稅。
在未進行土地贖買之前，荊州、荊門和夷陵等地繳納田賦的土地不過二百多萬畝，一年正稅不超過二十萬兩白銀。而林純鴻身無功名、爵位，無免稅之特權，現在歸於其名下的一千多萬畝土地就必須繳納正稅，僅僅繳納秋稅就超過五十萬兩。
隨着林純鴻一聲令下，二百餘名精銳甲士護送着五十多萬兩白銀，乘坐船隻，浩浩蕩蕩往京師而去。
林純鴻完全可以想象這五十多萬兩銀子抵達戶部時，那些攻擊正凶猛的官僚士紳是什麼表情！
當林純鴻的自辯奏章抵達京師時，各路人馬吵鬧正凶，除了刻意保持沉默的溫體仁一黨、東林黨外，朝臣們赤膊上陣，叫囂着要立即派兵剿滅林純鴻，還大明一個蕩蕩乾坤！還大肆製造輿論：大明之所以賊寇難出，責任就在林純鴻這樣居心叵測的武將身上，搞得前線武將人人自危，紛紛痛罵林純鴻不已。
奏章剛抵達通政司，就被朱由檢公開，有些朝臣連奏章都未讀完，就把奏章扔到地上，輕蔑地下了判語：“狡辯！”然後繼續開罵，大有不除林純鴻大明將完蛋的氣勢。
等這些朝臣罵了幾天，方纔發現，朱由檢已經好幾天沒有再提林純鴻，而且朝堂的中堅力量溫體仁一黨、東林一黨始終保持沉默。愈戰愈勇的朝臣氣憤不已，更加瘋狂地上奏章，而且隱隱將矛頭指向了溫體仁，聲稱溫體仁縱容林純鴻，方纔造成如此彌天大禍。
對這些蚊子嗡嗡聲，溫體仁一概不理，既不反擊，也不辯解。他知道，他的權力基礎就是朱由檢的信任，朱由檢開始沉默，他就更加沉默。他還在等一個機會，再拋出自己的殺手鐗。
朱由檢之所以在此事上沉默，主要是因爲林純鴻的自辯奏章給他的衝擊太大！
朱由檢在林純鴻一事上，不可能不憤怒，就如當初聽聞鄧玘劫掠斯民一樣，怒不可遏。但是，他必須忍！作爲世界上最大帝國的最高統治者，朱由檢雖然能力不足，但起碼知道，很多事情並不能恣意妄爲！
朱由檢的心一直在滴血：私鑄兵器，可以忍！指使屬下劫掠，可以忍！擅自興兵攻打土司，可以忍！土地贖買，可以忍！欺壓地方官僚，可以忍！
然而，開府建衙、私鑄錢幣，決不可忍！這是朱由檢的底線。
朱由檢非常希望上奏之人全是誇大其辭，林純鴻依然是忠心耿耿、能力出衆的將領，依然在他的英明指揮下，征戰四方。當林純鴻的自辯狀抵達朱由檢手中後，剛開始，朱由檢不停地冷笑，幾乎直接下了“狡辯”的判語。但是，越往下讀，越是愛不釋手，當看到“越廚代庖，實非臣願，乃爲地方官吏推諉所逼”，朱由檢心裡居然有強烈的共鳴，朝堂之臣，無不尸位素餐，朱由檢早就不滿了。
當讀到“臣觀荊州、荊門、夷陵三地，無一寇入境，無一民投匪，皆此策之功也”時，朱由檢幾乎有了“姑且一試”的衝動。當讀到“民不加稅、軍餉自足”時，朱由檢拍案叫絕，忍不住大呼道：“朝臣昏庸，如此良策居然熟視無睹！”
朱由檢內心激盪不已，久久不能平靜，他內心擔憂不已，深恐操之過切，逼反了林純鴻，那就萬事休矣。
正當天下官僚士紳甚囂塵上時，自荊州而來的五十多萬兩白銀運抵戶部。這五十多萬兩白銀乃荊州、夷陵、荊門三地的秋稅，如果天下州府均治理如三地，大明一年收入該是多麼龐大的數字？繼續攻擊林純鴻，該如何面對這五十萬兩真金白銀？如果就此偃旗息鼓，萬一朱由檢令天下行林純鴻之策，那豈不是大家一起完蛋？
五十萬兩白銀如同響亮的嘴巴一般，直接扇在衆官臉上，整個大明上下一下子失聲，朝堂立即安靜，這段時間上躥下跳的朝臣也緊閉了嘴巴，不知如何是好。
相比較極盡謾罵之能事的衆官，溫體仁和東林黨人不由得冷笑連聲：“幸好沒踏進這趟渾水，這林純鴻夠狠，直接將謾罵的衆官推到了崇禎帝對立面！”
這裡面，最爲驚喜的莫過於朱由檢，林純鴻爽快地繳納秋稅，說明林純鴻並無謀反之心，還算有點忠義之心。更何況，這五十萬兩銀子可謂解了朝廷的燃眉之急，年關將近，朝廷正等着米下鍋呢。
至於如何處置林純鴻，朱由檢陷入了兩難的境地，遲遲拿不定主意。朱由檢猶豫了好幾天，最終決定，把這個難題扔給內閣，於是，朱由檢命令溫體仁儘快票擬，儘快解決林純鴻一事。
溫體仁接到朱由檢的口諭後，雖然暗度朱由檢可能容忍林純鴻，但無法把握處理的尺度，於是拿出了嚴厲的方案，試探朱由檢的真實心事。
溫體仁建議，調四方之兵分佈荊州周圍，逼迫林純鴻率兵北上剿匪，趁其離開老巢，斷其糧道，迫其放棄兵權，將之下獄。
朱由檢一看到這個方案，從心裡無法接受。以朱由檢之能，也能看出此方案漏洞百出，絕不可行。於是，朱由檢下旨令內閣重新票擬。
溫體仁通過此舉，知道了朱由檢的態度，方纔把他深思已久的方案拿出臺，擺在了朱由檢的面前。