曾紀澤的黑旗軍和蘭芳國結盟以後，沒了後顧之憂，他便開始和劉永福、劉阿兵等人商議驅逐婆羅洲的荷蘭人。因爲曾紀澤知道，很多事情要趁早，不然，以後要是大英帝國緩過氣來干預就不好辦了。
在1857年到1859年，英國海外的主要軍事力量被調往鎮壓印度民族大起義，無暇顧及南洋地區。而這時荷蘭的國內也相當混亂，而在1848年歐洲發生大動盪，1849年成爲荷蘭國王的威廉三世不情願地選擇托爾貝克作爲新政府頭腦，後者引入了數個自由主義措施，尤其是選舉權的擴大。然而托爾貝克的政府不久垮臺，當時新教徒爲對抗梵蒂岡恢復自從16世紀就中止的天主教主教區而暴亂。而且荷蘭自從十八世紀中期的“七年戰爭”後，就沒有打一次重大的戰役，它的武裝力量逐漸縮小，荷蘭把它的多數努力奉獻在印尼的海外殖民地上，因爲這裡不需要一個龐大、強大的軍隊來鎮壓落後的土著人口。
但是曾紀澤率領黑旗軍的到來，使得婆羅洲的幾十萬華人空前團結，這讓曾紀澤感受到，中國人只要有偉大英明的領袖，爆發出的戰鬥力還是驚人的。曾紀澤還利用蘭芳國的兵工廠，仿製了一大批當時先進的德萊賽後膛槍，裝備新入伍的黑旗軍。
另外，曾紀澤還以“龍騰”號爲主艦，組建了黑旗軍的第一支艦隊，把五艘百噸重的商船改成了軍艦，在甲板上安裝上了重炮。
彈藥補充充足之後，曾紀澤開始布兵，找藉口和荷蘭人開戰。當時他能直接指揮的武裝，達到了五千人左右。劉阿兵能調動的蘭芳國軍隊，也有四五千人。
當時，在婆羅洲，荷蘭的軍隊也就兩千人左右。整個廣闊的印尼羣島，荷蘭的武裝也不超過兩萬。而且當時荷蘭的主要軍事力量和控制區在雅加達一帶，曾紀澤決定先從泗水和蘇門答臘等外圍驅趕荷蘭人！
當時，剛好發生了一件讓所有華人感到很憤怒的事，泗水有一個白人警察在街頭打死了一個十七歲的華人小販，然後逃跑了。當地警察也坐視不理。
曾紀澤當即乘坐“龍騰”號，帶上艦隊和三千兵開進泗水港口，要求進城捉拿兇手。荷蘭王國東爪哇省總督杜克別當然不同意，這嚴重侵犯了荷蘭對印尼的統治權！
“開炮！”曾紀澤果斷下令，在距離荷蘭的主力軍艦“戈爾德蘭”軍艦三四海里時，他迅速揮下開炮信號旗，告知炮手升起重炮，到時候先發制人。
“轟隆！”
“轟隆！”
“轟隆！”
當荷蘭戰艦還在觀望時，“龍騰”號戰列艦上的數十門十二英鎊的火炮果斷開火，一發發炮彈從黑乎乎的炮口呈拋物線飛向荷蘭的主力軍艦。後面的中國軍艦也同時開炮，荷蘭的整個艦隊沒料到中國人敢先開火，頓時陷入一片火海，濃煙滾滾。
荷蘭的海軍上校馬克·呂布羅指揮“戈爾德蘭”號全速前進，靠近了華人的軍艦再開炮還擊。
但是“龍騰”號的速度達到20節，速度遠遠大於“戈爾德蘭”，曾紀澤指揮開炮，擊中了“戈爾德蘭”號的轉向舵和前炮臺，船體被炸裂成了兩段，緩緩沉入了大海。船上的荷蘭海軍掙扎着下沉，片刻就被血紅色的海水淹沒！
荷蘭的另一艘六百噸“哈艾”號軍艦也被重創，其他小型船隻根本不堪一擊，荷蘭艦隊大敗，狼狽退回泗水港。
泗水港的要塞堡壘被“龍騰”號軍艦上的重炮轟炸，足足兩個小時，快到重炮高強度炮擊的極限了，炮身都火熱的。荷蘭要塞被傾瀉如雨的炸彈猶如開山剝石壁似的摧毀，一個殘破損毀嚴重的掩體和炮臺成了廢墟。擺放在斜面掩體後、上方沒有任何遮蔽的荷蘭大炮立即都被炸燬，根本沒有機會和黑旗軍的炮兵對轟。
曾紀澤果斷下令黑旗軍登陸作戰，他新訓練的工兵營這時也發揮了重大作用。只見二三十個工兵在地上時而匍匐，時而躍起，幾臥幾起，便接近荷蘭的工事，在工事薄弱處或射擊口附近放置一個或大或小的爆破筒，拉動引信後迅速奔離，“轟隆”驚天巨響，火光硝煙閃動，碎木爛肉四下飛散，荷蘭的軍事工事土崩瓦解。
駐守泗水的荷蘭軍總共才五百人，被炸死炸傷大半，逃亡一批，黑旗軍只用了六個小時左右的時間，就佔領了全城，控制了當地的鐵路交通線，把荷蘭的三色旗幟扯下燒燬，升上黑旗軍的旗幟，宣佈正式收復了泗水城，將其中的荷蘭人全部趕走，沒收了他們掠奪來的全部家產！
曾紀澤和劉永福商議的作戰計劃是:黑旗軍從東、西、北三面推進到爪哇島近接近地，控制婆羅洲，西里伯斯、蘇門答臘等島嶼，從海上封鎖爪哇島接近地域，然後從東西兩岸同時上陸，佔領雅加達，並完成對整個荷屬印度各島的佔領。
這個計劃可行性很大，但不是一朝一夕的事性，需要黑旗軍步步爲營，畢竟荷蘭人對這塊殖民地的經營也不是一天兩天了。
在泗水稍作休整之後，曾紀澤下令黑旗軍進攻蘇門答臘島。因爲蘇門答臘島自古以來山區出產黃金，16世紀時，因“金洲”之名，曾吸引不少各國探險家遠赴蘇門答臘尋金。一旦拿下蘇門答臘，黑旗軍的戰爭經費將大大緩解。
蘇門答臘是印度尼西亞第二大島嶼，東臨南海和爪哇島，東南與爪哇島遙接，在印尼的經濟地位僅次於爪哇島。更重要的是，此時荷蘭還未完全佔領蘇門答臘。
佔領蘇門答臘島，主要也是海戰。當時荷蘭有一支艦隊在巨港，但是都是一些上百噸的風帆船。曾紀澤決定先幹掉這批荷蘭戰艦。
那天下午，巨港港口一切正常，像多雨週末的下午一樣平靜，中國的艦隊偷襲了巨港。大部分的時間，烏雲籠罩着港口的天空，給中國去偷襲巨港的艦隊提供了一道天然盾牌。荷蘭人更沒有想到，中國的艦隊偷襲竟然不是發生在晚上，而是下午，曾紀澤頗懂孫子兵法：“出其不意，攻其不備”。
“怎麼回事，中國人來偷襲，他們竟然不過春節？怎麼我們一點消息都沒收到？”站在“威廉”號旗艦的甲板上，荷蘭艦隊的指揮官卡德魯很驚訝，他身高5英尺4英寸，脖子很粗短，遠看好像腦袋下面沒有過渡就直接連接了身體，他發現一艘中國的大軍艦駛進港口時，已經太晚了，半個小時之內，停放在巨港西南邊的何蘭戰艦，遭受了重擊，港口上空升起了巨大的黑煙。
“龍騰”號的一枚“撐杆雷”擊中“威廉”號軍艦的彈藥庫，隨後產生的爆炸碎片四處飛濺。這種撐杆雷是用一根長杆固定在小艇艇艏，海戰時小艇衝向敵艦，用撐杆雷撞擊爆炸敵艦。當第一顆炸彈爆炸的時候，荷蘭“阿姆斯特丹”號炮艦船長加特西和他的夥伴們，身穿他們硬挺的白色軍裝，衣服上佩戴着金色的編織物，一臉茫然，在他的周圍，到處都在爆炸。
曾紀澤很興奮，在“龍騰”號戰艦的甲板上，揮舞着手臂，指揮炮手：“給我狠狠地轟死那些荷蘭人！”
荷蘭“桑那亞利”號也立即被點燃了，變成了一個大火塔，高達500英尺。接着又有3顆炮彈命中此軍艦，船身發生大爆炸，迅速地開始下沉，這次大爆炸幾乎震動了整個海港，在它周圍幾百碼之外都可以感受到這股衝擊波，熾熱的碎片飛向船身四周。
還沒等整個船體傾覆，100多名荷蘭官兵就伴隨着軍艦葬身大海，還有一些渾身沾滿污穢、疲憊不堪的荷蘭海軍緊貼着海面破碎的殘留懸浮木塊，或者在滿是浮油的海面上絕望地漂浮下沉。
濃煙籠罩了整個巨港，空氣裡充斥着燃燒的橡膠氣味和死亡的氣息。鋪天蓋地的炮彈一起向蘇門答臘上的荷蘭軍隊襲來，在猛烈炮火的掩護下，第一批黑旗軍兩千人登陸，在西南海岸線進攻，佔領了蘇門答臘的巨港！
接着，黑旗軍攻進了蘇門答臘島的南部地區，荷蘭潰不成軍。曾紀澤的黑旗軍取得了一系列戰事的勝利，打跑荷蘭人，一時間在南洋聲威大震！