曾紀澤得知石達開已經死後，西南已經無後患，便開始了自己的大布局。曾紀澤的打算，是要在剿滅太平天國之前，湘軍和淮軍控制東南半壁江山，包括江蘇（上海）、廣東、廣西、安徽、湖北、湖南、浙江等地，然後趕李秀成北上，隨之挺進中原。
本來九洑洲的陷落，就已經意味太平軍從江北揚州一帶運糧往天京的通道被徹底阻斷，天京本來就很嚴重的糧食問題變得越發嚴重了，城裡十幾萬人每天餓死不少。
本來掐斷太平軍北路運糧通道後，曾國藩讓曾紀澤和彭玉麟着手切斷南路，也就是溧水、高淳一線的太平軍糧道。
但就在這時候，淮北一帶又陷入了混戰之中。之前謀害陳玉成，投降清廷的苗沛霖，再次舉起反清大旗，在淮北一帶到處攻城略地。苗沛霖之所以多次反叛仍能逃過覆滅的命運，最根本的原因就是因爲勝保、僧格林沁這些滿蒙將領對他採取縱容的態度。對於勝保、僧格林沁來說，苗沛霖集團是阻擋湘軍勢力北進中原的重要力量。所以，他們一直不希望苗沛霖被湘軍消滅。
“父親，現在圍攻金陵，有九叔的吉字營就足夠了。安徽是淮軍的大本營，我可帶淮軍去消滅苗沛霖，穩定安徽的局勢。“曾紀澤向曾國藩主動請纓，北上消滅苗沛霖，掃除湘軍日後進軍中原的障礙。
曾國藩說：“苗沛霖這逆賊不可靠，我以前一直主張要剿滅，爲此還參倒了安徽巡撫翁同書，可惜朝廷一直被勝保等人矇蔽。”
曾紀澤說：”我聽說勝保平生最仰慕的一個人，就是爲雍正所殺的年羹堯。他被朝廷誅殺也是遲早的事。苗沛霖不會再有靠山了。“
曾國藩不知曾紀澤還有自己的計劃，便同意了曾紀澤的提議，讓他帶淮軍去平叛。
果然不出曾紀澤所料，勝保很快就被慈禧誅殺。
苗沛霖與勝保有交結，看看洪軍自安慶一破，大勢不妙，把窮無所歸的陳玉成做人情，縛送勝保大營。勝保喜不可言，一面接收了陳玉成的有國色之稱的妻子，一面在奏摺中大事鋪張，以爲陳玉成是洪軍的第一勇將，既已被擒，洪軍從此不足憂，意思中要親送陳玉成入京，舉行“獻俘大典”。結果弄了個很大的沒趣，朝廷批答，申斥他胡鬧，同時命令，即在軍前正法。好大喜功的勝保，大失所望，從此對朝中柄政的大臣，越發不滿。
1863年，勝保受命爲欽差大臣，督軍入陝，飛揚跋扈。在西安的時候，有個副都統叫高福，不知怎麼，出言頂撞了他。勝保大怒，命令材官打高福的軍棍，高福大爲駭異，說是同爲二品官職，你如何能打我？勝保冷笑答道：“我是欽差大臣，以軍法殺你都可以，何況是打軍棍？”
勝保這個欽差大臣，行軍彷彿御駕親征。每天吃飯，仿傳膳的辦法，每樣菜都是一式兩碗，那樣菜好，便傳諭，拿這樣菜賞給某文案，居然上方玉食的賜膳之例。入陝之初，爲了區區一味韭黃，曾殺過一個廚子。
更讓慈禧不能忍受的是，勝保的奏摺，常常自己起稿，有幾句常用的話：“古語有云：‘閫以外將軍治之’，非朝廷所能遙制。”還有一句話是：“漢周亞夫壁細柳時，軍中但聞將軍令，不聞天子詔。”那是漢文帝時的故事。勝保常在奏摺中提到這話，等於說軍令高於詔令，已犯大忌，而且也有藐視太后婦人，皇帝童稚的意。因此，湖北巡撫嚴樹森參他“觀其平日奏章，不臣之心，已可概見”，從而以爲“回捻癬疥之疾，粵寇亦不過支體之患，惟勝保爲腹心大患”。
曾國藩也開始彈劾勝保，當時京內京外，很多人彈劾勝保“冒功侵餉，漁色害民”。勝保的好色是出名的，隨軍的侍妾有三十多個，最得寵的，竟然是“英王”陳玉成的漂亮妻子，陳玉成死後，勝保見她姿色不錯，強佔了她。
勝保的侵餉也是有名的。那時的軍餉，多靠比較平靖的各省支援，稱爲“協餉”，某省解某省若干，朝廷規定了數目，但各自爲政，實際上協餉的多寡遲速，要看封疆大吏與欽差大臣間的私人交情。勝保驕恣狂妄，與各省督撫，多不和睦，所以協餉常不能按時收到，偶然有一筆款子到了，他百事不問，信手揮霍個夠，剩下的才撥歸軍用。一次官軍在同州遇伏大敗，死傷枕藉，一個姓雷的帶兵官，跪在他面前，痛哭流涕，要他發錢撫卹，但實在沒有錢，以致他的受傷的部下，睡在轅門外，呻吟徹夜。
慈禧本來顧念勝保在辛酉政變誅肅順時立過大功，準備就陝甘總督或者陝西巡撫這兩個缺，挑一個給他。但勝保有一天醉酒，竟然誇耀說當年辛酉政變在熱河自己摸過慈禧的小手，在她的身上戰鬥過，並且放言，”唯紀辛酉間事，非保請太后垂簾並簡近支親王輔政，則諸公何以有今日？“
慈禧聞訊大怒，但怕勝保造反，於是決定先解除了他的兵權，把他騙到京師然後治罪。但當時陝西還很亂，河南的大股捻匪，也正在往西竄擾，關係到陝西、山西、河南三省的安危。於是慈禧命令在豫西浙川的多隆阿，兼程北上，援救潼關，另外頒了一道密旨，封交多隆阿親自開拆，遵旨行事。
勝保感覺不對勁，他沒有自己的嫡系部隊，事急無奈，派了個提督，拿了用督辦陝西軍務欽差大臣關防所發的護照，調苗沛霖所部到陝西助剿。
消息一傳，安徽、江蘇、山東、河南各地負有治安責任的地方官和帶兵官，無不大起恐慌，飛章告警。因爲苗沛霖正苦監視太嚴，動彈不得，經勝保檄調到陝，恰好給了他一個竄擾的機會。於是軍機處搞得手忙腳亂，用六百里加緊的廷寄，“嚴飭勝保速行阻止”，同時分別命令僧格林沁及有關各省的大員，阻攔苗沛霖，“妥爲開導，剛柔互用。如不聽阻止，即着分撥兵勇，併力兜剿，毋許一人一騎，鬧入境內。”
曾國藩除了派曾紀澤去攔截苗沛霖，還將李續宜部調歸他指揮。曾紀澤比較滿意，李續宜一向在皖北打仗，地形極熟，苗沛霖對他相當忌憚。後來調到湖北，當胡林翼病重時，曾國藩專折保薦他接任，不久，由湖北調爲安徽巡撫，用意就在責成他專門對付苗沛霖。到任不久，丁憂奏請開缺，尚未期滿。現在因爲勝保的荒唐，怕苗沛霖蠢動，所以曾國藩請特旨催促：“剋日啓程赴皖任事，斷不可拘泥假期未滿，稍涉遲延，致皖省大局，或有變遷貽誤。”
爲了勝保的輕舉妄動，惹起了極大的麻煩，朝中大臣，各省大吏，無不對他深恨痛絕，皆曰可殺！於是各處彈劾密告勝保的章奏文書，又如雪片飛到。恭親王派了專人處理，把那些文件分別處理，雖有少數誇大其詞，意在報復的，但大致都可信其實在，因爲一項劣跡，常有幾個人指出，經過仔細比對，逐條開列，總計有十來款之多。
軍機大臣會商的結果，採納了文祥的主意，向僧格林沁查問，奏準兩宮太后，隨即下了一道密諭：
“前有人奏：勝保去春督師京東，以至入皖，入陝，所過州縣，非索饋千金或數千金，不能出境，稍有羈留，官民尤困。隨營之妓甚多，供億之資不少。又有人奏：勝保上年督兵直隸，路過衡水，悅民間女子，招至營中閱看。又縱容委員，濫賣‘功牌’，至今直省拿獲馬賊，多帶有勝保營中藍翎或花翎，以及頂戴執照。又有人奏：勝保以一寒士，自帶兵以來，家資驟富，姬妾衆多，揆厥由來，總由濫保人員，以取賄賂；虛報名額，以冒口糧；勒派捐稅，以充私囊。本年督兵赴皖，挈帶眷屬，熄赫道路；其拔營赴陝，同行女眷大轎有數十乘，聞“四眼狗”陳玉成家眷，亦爲勝保所有，隨從車輛，不知多少？各州縣不勝苦累等語。以上勝保貪漁欺罔各劣款，系近日節次有人蔘奏，情節大同小異，似非虛罔。僧格林沁久駐河南、安徽交界處，見聞自必較確，着即按照所參各款，據實復奏。”
以外還有陝西紳士的“公稟”，是由多隆阿抄呈的。這些公稟是要求多隆阿回陝西去平回亂，當然也就提到了勝保，除去貪污、好色的劣跡以外，還指出“諱敗爲勝”，說渭河北岸，“匪巢林立”，西路鳳翔，東路同州，而勝保安坐省城，捏造獲勝的戰報。
恭親王原來還把勝保當成自己制衡慈禧的籌碼，想袒護他，這才明白，中原的局勢，比想象中要嚴重得多。於是，軍機處按照太后懿旨，佈置是以僧格林沁爲第一線，這一線在河南如果擋不住苗沛霖，那就要靠多隆阿扼守潼關。此地自古就是一夫當關，萬人莫敵的重險，多隆阿如果不能及時趕到，後患不堪設想。而多隆阿的全部兵力不到七千人，從紫荊關北上，且戰且走，星夜疾馳，趕往潼關。
這時的勝保，到同州、朝邑一帶視察了一番，已經回到西安，還在要兵要餉。親自動手的奏摺，已不是“非朝廷所能遙制”的話了，改了一個說法：“先皇帝曾獎臣以‘忠勇性成，赤心報國’，”這是指英法聯軍內犯時，勝保曾在通州“與洋人接仗”而言。接下來便鋪敘他這次同州之行的戰功，說是一個名叫王閣村的地方，爲回匪老巢，進剿大勝，得意洋洋地寫道：“臣抵同未及三日，獲此全捷，差可壯我軍威。”然後就提到軍餉了，除了照例指責各省協餉，未能如數撥解，兵勇口糧，積欠累累以外，因爲關中已是“西風吹渭水，落葉滿長安”的季節，特意加了一筆：“現在天氣日寒，兵丁時虞飢潰。”另外加了三個“附片”，一個是參奏署理陝西藩司劉齊銜籌餉不力，辦事玩忽；一個是奏請開復三名革職人員的處分，隨營效力；再一個是請催新任西安將軍穆騰阿迅即赴任，並幫辦陝西軍務。
等這個奏摺到京，僧格林沁奉旨查明勝保劣跡的復奏也到了，不但上諭中所指出的幾條，都是事實，另外還查出了許多秘密。最駭人聽聞的是，陳玉成的兩個弟弟被捕送到勝保軍營，獻上金銀數千兩之多。勝保得了這麼一筆豐厚的賄賂，全力庇護，饒了那兩個“要犯”的命，並還派在營裡當差。
這個秘密的揭露，不下於勝保擅調苗沛霖入陝。當即以緊急驛遞，分飭僧格林沁和多隆阿遣派專人訪查詳情，同時再一次催促多隆阿星夜兼程，說他早一日到潼關，便可早一日“抒朝廷西顧之憂”。
多隆阿派人安撫各營，申明朝廷只抓勝保一個，有些平日倚仗勝保的勢力，爲非作歹，自知遲早難逃逮問的命運，依舊不敢出面。
多隆阿傳旨宣佈勝保罪狀，褫職逮京，交刑部治罪，抄了他的家。慈禧力主殺掉勝保，那天對恭親王說：“封疆大吏，守土有責，不能與城共存亡，說是爲了整飭紀綱，辦他的死罪，話是不錯，可是人家何桂清到底不過一個文弱唸書人，聽見長毛來了，嚇得發抖，也不算是件怪事。倒是勝保——如今什麼年頭兒？他還在學年羹堯，把朝廷當作什麼看了，這不是怪事嗎？”
“是！”恭親王已經會意，知道慈禧要殺勝保，於是說：“臣等敬聆懿旨。”
慈禧咳嗽了一聲，道：“你們商量着辦吧！”
慈禧這一態度，讓恭親王覺得，勝保不能就這麼死了，太便宜他了，要讓勝保在刑部火房中住些日子再說。
退朝後，恭親王和軍機大臣文祥一路走，一路談，不勝感慨：“勝保事事要學年大將軍，沒想到下場也跟年羹堯一樣啊，自作孽，不可活。”
慈禧殺了勝保，曾紀澤便再無顧忌，下令對苗沛霖的部下展開圍剿，將他趕往了蒙城。(。)