此時杭州也已經得到了安慶軍往浙江而來的消息，巡撫張曾敭並沒有料到對方來的這麼快，加上幕僚判斷對方一路虛張聲勢並不敢來攻杭州這樣的大城，所以並未嚴加防範，只是嚴令紹興清軍防備安慶軍來襲。
到了杭州城外，熊成基提出讓一部份人先潛入城內，等到半夜攻取城門，放大隊人馬入城。
李秉衡提議混入城的任務由南洋來的兄弟完成。大家都對他們放心，並無異議，只等半夜信號一起便裡應外合奪城。
但李秉衡志不在此，他的目的是浙江巡撫張曾敭，只是怕衆人不敢讓他冒險纔沒有提出。對於已經訓練多月的溫生纔等人，初步達到了他的要求。攻佔巡撫府看似駭人聽聞，但的確沒有什麼難度。
半夜兩點，所有人都陷入熟睡。大街上只由巡夜之人出來轉上一轉，連個鬼影子都看不到。白天潛入後躲藏在城門附近的李秉衡等人開始行動，分出三十人由李燮和帶着等巡撫府火起便迅速搶佔城門。李秉衡一行迅速往巡撫府而去，一路上之聽得沙沙的腳步聲，連聲咳嗽都沒人發出。陳伯平對杭州比較熟悉，對巡撫府建築佈置也有了解，所以這次由他充當嚮導。
只半個小時衆人就到了巡撫府後門，用抓牆鉤上了圍牆後放下繩索，一個接一個的爬上牆又一個個的縋入院中。雖然有些人由於緊張動作不協調發出了聲音，但總體沒有出紕漏。門房睡得死豬般猶在夢中，被溫生才無聲的解決了。留下兩人看守後門，其他人在陳伯平的帶領下往後院而去。後門的院子往裡兩重就是張曾敭與家屬所在的住處，兩進院子都有一隊清兵看守，中間有一隊巡邏兵會在後院的巡邏。趁着巡邏兵到前面去的時候，李秉衡抓住機會帶着一部份人上前準備打對方一個措手不及，另一部份人則爬上牆搶佔制高點。悄悄到近前，對方還未發覺。李秉衡拿着衝鋒槍，手一揮衝了過去，一時槍聲大作，門口那隊守衛沒有來得及回擊就被全殲。裡面的那隊守衛聽得槍聲起，趕緊過來增援，被搶佔有利位置的同志打的趴在地上不敢起身。李秉衡乘勢帶了人衝了進去，將殘敵解決。這時早已有同志控制住了各個要道，三三兩兩的清兵衣冠不整地從廂房中衝出來，全被打死在門口。巡邏的那隊清兵趕了回來，與李秉衡等人憑着建築掩護對射。李秉衡手一指，溫生才帶了幾個人從側面繞過去賞了幾個手雷，炸的對方哭爹喊娘。衆人從了上去三下五除二解決了對方。沿着遊廊長驅直入，一路只由零散的抵抗。溫生才帶着一部份同志迅速攻到前院與後院的連廊，搶佔防守點，將從前院趕來增援的清兵擋住。蜂擁而來的清兵知道大事不妙，拼命進攻，但在自動火器的集中掃射下，只不過是徒勞的送命而已。清兵不要命的進攻，不多時已積屍數重，胡亂的放着槍。但這些同志都是在南洋跟着李秉衡練得賊精的角色，搶佔的射擊點對於對方來說都是射擊死角。這時李秉衡與陳伯平已經輕鬆解決了戰鬥，將張曾敭等人一網成擒。分出部分人從側面的花園進去，從旁邊殺出，打的對方如落花流水。隨着前院的陷落，局勢基本已經穩定。
此時李燮和早已搶佔城門將熊成基等人放了進來，大隊人馬分成數股，往各個重要府衙而去。城內聽見槍聲，都道是革命黨人打了進來。各處的官員惶惶不可終日，逃得逃躲的躲。有部分清兵妄圖組織起來鎮壓革命黨，被一陣亂槍打的再不敢露臉。在聽說張曾敭被擒獲後，再也沒有人妄圖抵抗。熊成基等人迅速的掌控了各個城門以及重要府衙，並派出馬營四處維持秩序，防止擾民事件發生。
城內軍學界的同志紛紛揚眉吐氣，前幾日與秋瑾等裡應外合奪取杭州時功虧一簣，如今總算不用如過街老鼠般躲躲藏藏。聽得攻佔杭州的是安徽來的同志時，紛紛歡呼雀躍，組織起來幫助熊成基等人控制全城。
馬宗漢提議將張曾敭等部分鎮壓革命的頑固分子就地正法，人頭掛在城牆上以震懾蠢蠢欲動者。雖然有些殘忍，但也是這個時代的慣例，李秉衡也就由他。只是將其他官員與家屬以及恩銘等安慶捕獲的官員一併關入了大牢，不再去管他們。
熊成基將各個存糧的府庫打開，將糧食分給城內百姓。又出具安民告示，告以革命軍來歷及宗旨，以拉攏人心。
將所有收集到的白銀等財產分給士兵們部分以犒勞此次大功，餘下的仍有不少，都被熊成基拿去招募兵丁與交給城內軍學界同志所用。
城內士紳以及富戶等見革命軍並不擾民，也不上門來催要勞軍費。心下有些揣揣，部分人借勞軍的名義過來送錢送物，李秉衡都命人退回去。
將杭州庫存的軍火補充部分，其餘的儘量武裝城內的同志以及聽說杭州光復後來投奔的同志。
招募兵丁後，隊伍擴充到了四千多人，一時革命聲勢大振。本來熊成基想多招兩營兵，但李秉衡極力勸說，此時新兵太多指揮困難，也來不及訓練，只能暫時幫着運送輜重，只宜精，不宜多，因此才作罷。
用城內的電臺向紹興通報形勢，商量解決圍紹興清軍的協同作戰事宜。
清廷聽到杭州陷落張曾敭身死的消息後恐懼不安，對眼下的革命形勢的憂慮遠勝安慶陷落之時。一時天下震動，各地暗流涌動。同盟會得知消息後，孫先生立即下令西南幾省的同志加緊準備，又派人來江蘇浙江動員新軍。
列強也紛紛派出軍艦沿江逡巡，揚言要攻擊革命軍。
全天下的視線都投向了杭州。
杭州光復的消息傳到河內後，正在此地忙着建立越南分部的孫先生等人激動萬分，加緊籌備西南幾省聯絡同志動員新軍的工作。同時也開會討論如何面對眼前的革命形勢，但席間始終無法形成統一看法。
“總理，此次光復會兩省起義沒有提前通報就發動，實在是與脫離同盟會一般無二，陶成章更是無視我同盟會將士在安慶起義中起到的作用，更何況秋瑾女士也是總理親自委任的浙江同盟會會首，他有什麼理由借光復會副會長的名頭去搶班奪權？”從南洋運送物資過來的胡漢民義憤填膺的說道。
“不錯，秋瑾女士最是剛烈，又顧全大局，只怕爲大義所繫受陶成章的蠱惑。如光華的轉戰入川的策略不被採納，那麼光華與味根等我同盟會同志又該如何自處？”朱執信也是憂慮道。
居正與馮自由等也是強烈要求延遲在廣西、雲南等地的起義，本來孫先生見到安徽與浙江並起，想提前發動起義以呼應，但眼下的確於已不利。
孫先生也知道目前的形勢並不容樂觀，但是如果眼下同盟會沒有任何動作，難免受到其他反對黨派的攻訐，就是同盟會內部也是矛盾重重，到時候現在的不作爲一定會成爲這些人的藉口。想到革命還遠遠沒有顯露成功的曙光，革命陣容中已有這麼多的分歧、鬥爭，不禁一陣的黯然神傷。
過了半晌，孫先生才緩緩說道：“原則上我同意西南諸省的同志暫時不暴露，但集中力量暗中給與味根等同志入川幫助，造造聲勢也好。另外電告英士（陳其美字）立即趕赴上海，準備接應光華等同志回南洋，這些有功的同志務必予以保全，不能有任何損失。”
但胡漢民等人不同意浙江的同志撤離，認爲應該以浙江爲根據地繼續發展。胡漢民慷慨陳詞道：“眼下杭州平定，整個浙江光復在望。我以爲味根等同志留在浙江有大有爲之可能，應當電告秋瑾女士，任命她爲浙江都督，她同時也是我同盟會同志，以她爲首主持浙江想必光復會中人也是無法。由味根等主持浙江軍務，整編軍隊，以圖再進。若浙江形勢大好，那麼我們在西南並舉也是恰當的了。”
朱執信心急如焚，暗道這個時候胡漢民等人還在想着與光復會在浙江爭奪領導權，絲毫沒把同志的安危放在心上，實在是書生誤國。連忙說道：“當時安慶與浙江兩路奇兵攻南京的確實上策，但極難成事，果然形勢不利，故伯蓀與味根等聽從光華建議前往浙江壯大力量。如今兩方能通力合作，尚能立足浙江與清廷一戰，但只怕未必。”
衆人都默然，以前每次起義失敗的教訓歷歷在目，沒有把握就讓數千同志置於險地的確太過草率。
居正是個有軍事素養的，這時也贊同道：“浙江不足爲根據地，於革命大勢並無根本意義。以此看來，李光華此人執意來電請求入川實在是有眼光的。四川歷來是戰略要地，一旦經營得當，以西南爲後方，的確可以爲革命之前沿陣地。即便西南暫時不得下，從緬甸仰光運送物資等入川也是可行的。如果我同盟會在四川扎牢了根，到時候可出湖北，直下武昌，則革命形勢大振，半壁江山當爲我有。即便不成，進取湖南，以爲連通南北之要道。我等於兩廣練兵可從湖南北伐，進可攻，退可守。因此，先入四川，經營西南以窺兩湖，此爲我革命戰略，若步步成功，則覆滅滿清指日可待。”
孫先生鼓掌道：“不錯，李光華此策略甚得我心，又有南洋爲後盾，將來的變化想必不出數年就能看到。所以，入川一事是勢在必行的。眼下的問題，是如何與光復會同志協商撤離浙江。”
衆人本來舒展的眉頭又緊鎖起來。