組織賽斯坦人跨星系遠征在當時幾乎不可能實現，危險性極高，回報率卻很低。但沒關係，科技時代，一切都可以用技術解決不是嗎？
人無法承受跨越星系開發的壓力，但是機械可以。賽斯坦高度發達的人工智能技術足可以製作出可以勝任星際開發任務的AI機器人。
這種高度發達的人工智能機器人能夠適應極端惡劣的環境。有他們的存在，賽斯坦人幾乎不用考慮星際遠征的勞動力補充問題。
考慮到自主性極高的人工智能的危險性，賽斯坦人在第一批AI生產出來之後，爲他們植入程序，確保他們對於製造者的忠誠。
但意外還是無可避免的發生了，高度智能化的AI在遠征途中發生了進化，產生了自主意識，他們開始清除製造者植入的程序，帶着大量物資和飛船偏離原本預定的航道，消失在茫茫宇宙中。
人工智能軍團突然失聯，讓賽斯坦政府着實慌了一陣子，但星際遠征有損失不可避免，第一次遠征失敗也並不能代表什麼，賽斯坦政府很快就重起爐竈，另外組織遠征。
政府中有人反對繼續使用AI進行開發，認爲AI軍團靠不住。因此另一個方案被提出——克隆人軍團。
克隆人軍團的優勢和劣勢都很明顯。他們的優勢是，製造成本遠低於高度智能化的AI機器人，經過洗腦和芯片植入，服從程度也相當高。
但克隆人軍團畢竟是人，與AI機器人相比，他們的學習能力、傷害承受力和惡劣環境的適應能力顯然稍遜一籌。但克隆人軍團畢竟造價便宜，就算是不足部分用精良的裝備補足，也還是合算。
政府委派了萊恩將軍作爲克隆人軍團的項目主持人，然而沒想到，萊恩將軍早已在密謀分裂政府，他在克隆人軍團的製造過程中做了手腳，讓整個軍團的效忠對象變成了他本人。
資源匱乏、內部分裂以及殖民地革命讓賽斯坦人的統治搖搖欲墜，而穿越星際返回復仇者AI軍團則成爲了壓垮賽斯坦統治的最後一根稻草。賽斯坦人奮力一搏，卻依舊未能挽回頹勢，賽斯坦最優秀的戰士統治時代正式結束，混亂的後殖民時代開始。
此時的星際分爲幾方勢力，萊恩將軍建立的克隆人帝國、進化出複製能力的人工智能建立的智慧體聯盟，以及賽斯坦統治崩潰後，那些掌握着部分資源的商人和科學家聯合建立的星際議會。
萊恩將軍佔據了絕大部分賽斯坦統治時代的資源和殖民地，掌握着最先進的科技，漸漸地成爲了割據時代最強勢的一方，他對於殖民地的統治更加苛刻，對於另兩方勢力也是不遺餘力的打擊。
終於，殖民地革命軍和星際議會聯合起來了，希望反抗萊恩將軍的克隆人軍團，新的英雄從這場曠日持久的戰爭中誕生。
萊恩將軍從來都不知道，賽斯坦的科技發展曾經達到過怎樣的高度，但星際議會中那些出身於賽斯坦的科學家卻清楚，若不是當時AI軍團來的太快，賽斯坦未見的會失敗。
當時的賽斯坦，已經研究出了強大的機甲，機甲軍團需要由指揮戰甲來領導，只是指揮戰甲的能力太過強大，暫時還沒有找到可以操控適合戰甲的人。
沒錯，操控指揮戰甲需要有一定的能力要求，但當時的賽斯坦人並不清楚，什麼樣的人才能勝任這項任務。無數優秀的戰士都失敗受到能量反噬，被反噬的人通常活不久。
爲了對抗萊恩將軍的克隆人軍團，星際議會的科學家無月決定重啓指揮戰甲。但選誰去操作戰甲成爲了眼下最大的難題。
無月其實有三個合適的實驗對象，一位克隆人戰士，一位人工智能人類，另外還有一名是以前賽斯坦的年輕指揮官。
在賽斯坦覆滅之戰時，曾經突然爆發恆星風暴，當時對戰的三方軍團被捲入其中，當時大家都以爲他們死定了，讓人沒想到的是，有三人卻奇蹟般地活了下來，不僅僅活着，他們的身體還因爲受到了大量致命伽馬射線的輻射，而產生了變異，蘊含巨大的能量。
這三個在恆星風暴中意外倖存的人，被匆匆送到了賽斯坦的軍事實驗中心，但當時處於戰爭階段，實驗中心的大量設備受到了破壞，科學家們沒辦法穩定三人體內的能量暴動，只能將他們暫時低溫冷凍起來。
兩百多年過去，人們幾乎已經忘了這三具被冷凍的軀體，直到後殖民時期，戰爭再一次爆發，無月決定再一次重啓指揮戰甲，這時人們纔想起來那三個被冷凍的人。
他們被匆匆運回星際議會所在的星球，進行解凍喚醒。兩百年過去，技術進一步發展，想要穩定這三人體內巨大的能量並不是問題，因此他們被喚醒後，洗去記憶，成爲了指揮戰甲的操控者，大家叫他們指揮官。
眼下唯一的問題是，指揮戰甲一共有四個，而指揮官只有三人，剩下的戰甲怎麼辦？沒有指揮官操控指揮戰甲，那跟隨他的機甲軍團也無法操控。
在這種情況下，深受壓迫的殖民地反抗組織選出了自己最好的戰士，申請進入星際議會的軍事研究所，他們希望這些戰士中，有能夠操控指揮機甲的人。
三十名最優秀的戰士被送入軍事研究所，他們在這裡接受了基因升級以及極其痛苦的身體改造，但依舊沒法操控指揮戰甲。最後，有一名戰士自願接受致命劑量的伽馬射線輻射，他希望自己也能創造奇蹟。
幸運的是，他活下來了，成爲了第四位戰甲指揮官。
四位指揮官帶着自己的機甲軍團加入了戰爭，但萊恩將軍的克隆人軍團顯然不好對付，戰爭曠日持久，幾乎將整個本源星系破壞殆盡。
勝利的曙光最終還是到來了，星際議會和殖民地革命軍通過談判得到了智慧者聯盟的支持，AI大軍加入了戰爭，最終三方勢力合力將克隆人軍團剿滅，將獨裁者趕下臺，殖民時代結束，新的紀元開始。