對於大本營和內閣政府之間的分歧，裕仁天皇也是頗爲無奈。一邊是要打，另一邊卻說沒錢打，無奈之下只得召開御前會議。
儘管有分歧，但是很快就解決了，大本營和內閣政府各有各的考慮和道理。但是他們都知道一個道理，對於日本方面來說，攻打武漢不僅僅是一個軍事問題，而是一個關係到能否全面解決中國事變的關鍵性的政治問題了。
用現任日軍陸軍大臣的板垣徵四郎的話說：“對於日本政府來說，武漢攻略戰顯得尤爲重要。因爲如果支那政府打輸了，他們就要在失去了華北、華東和上海、南京之後，又要失去了中原諸省及武漢三鎮、長江中、下游地域。這樣，國民政府就要被迫遷移到四川的崇山峻嶺之中而真正淪爲一個地方性政府了。”
“而在這種情況下，大日本帝國完全可以在自那國內尋找某個派系或是軍閥人物建立全國性的政府，以取代西南之隅的國民政府，諸如山西的閻錫山或者是一向親日的汪精衛等人，他們肯定很樂意和帝國合作的。這樣的話，和平還是不和平，支那蔣政府的日子就會不好過了。”
“另外從軍事上將，一旦武漢被攻克，支那政府不單單要面臨政治上的危機，還要應對軍事方面的困境。畢竟華北、華東、華南、中原都丟失了，蔣政府只剩下窮困的西北和閉塞的西南了，這個持久戰該如何繼續打呀？因此投降是遲早的事情，也是必然的！”
除了這些，板垣徵四郎又從雙方實力對比以及戰場局勢分析了此戰的勝負概率，得出日軍必勝的結論。
日軍高層有這樣的想法也是正常的，畢竟對此他們是有經驗的。自十九世紀末葉以來，包括日本在內的各國列強在屢次侵略中國境內時，開始，中國的清政府還進行一定的抵抗，可是隨着列強的大軍逼近中國的繁華的城市和首都之時，清政府就會停止抵抗，屢屢要求戰敗議和，進而割地賠款，結束戰爭。
因此，日軍大本營就想當然地推斷出只要日本軍隊一舉攻佔中國的幾個大城市和戰略要地，基礎本來就不穩固的*政權也要效仿清政府停止抵抗，提出議和，從而使日本政府在得到一定實惠的前提下體面地結束這場本不願擴大的戰爭。
不得不說，板垣徵四郎雖說是一個軍人，但是這口才確實令不少政客都感到汗顏。在他三寸不爛之舌的鼓動和勸說下，包括近衛文麿等人在內的政府高層終於動搖了。很快，在裕仁天皇的拍板下，日軍大本營決定進行第二次武漢攻略戰。
關於進攻武漢的作戰計劃早就做出來了，幾乎是第一次武漢會戰的翻版。日軍擬定以華中派遣軍應以主力沿長江地區攻佔漢口，儘量消滅敵軍。而華北方面軍以一部在華中派遣軍攻勢開始前，攻佔晉南豫北一帶以牽制支那第一戰區和第二戰區。
根據上述決斷，日軍參謀總長於6月7日下達了第179號命令：“華中派遣軍應利用南昌作戰之戰果，協同海軍伺機佔領彭澤、、湖口、九江一線。華北方面軍佔據地區內確保安定之要領，在於儘量使殘敵歸順，無可能時則掃蕩敵之主力，尤其是支那中條山之敵。並就策應華中派遣軍向漢口作戰，研究並準備以一部兵力向鄭州方面前進牽制敵軍的作戰。”
命令很快就下達到了中國戰場，接到命令之後，早有準備的日軍華中派遣軍司令官畑俊六大將積極調兵遣將，隨即發動了第二次武漢攻略戰。
爲了打贏這一仗，華中派遣軍共調動了14個師團和一個航空兵團，另外調集了一支實力相當可觀的海軍參戰。畑俊六大將先是命令東六邇宮中將的第二軍主力四個師團爲基幹逐次向皖南、豫南附近集結；而岡村寧次中將的第11軍以五個師團的基幹部隊向彭澤、湖口附近集結兵力。
並將德川好敏中將航空兵團的第一、第三、第四飛行團爲基幹，對武漢極其長江航道上的中國海軍艦隊進行大規模的轟炸。餘下的五個師團擔任上海、南京、安慶等佔領的警備任務。
這樣，日軍用於直接進攻武漢的兵力（海陸空）達到了35餘萬人，再加上數量相當的僞軍，其兵力達到了歷次大會戰之首。
除了兵力龐大之外，此次日軍顯然是下了血本，其海軍聯合艦隊第三艦隊主力全部186艘大小艦艇，除了不能進入長江航道的幾艘大型艦艇之外，其餘的全部進入長江航道，配合陸軍作戰，單單海軍陸戰隊就足足有九千餘人，規模相當的龐大.
另外，爲了不再失手，日軍大本營刻意加強了武漢戰場上的武器裝備，單單增加的各式大炮就有數百門之多，坦克裝甲輛更是達到了空前的960輛，作戰飛機數百架。
而日軍的行動自然瞞不過國民政府的監視，要知道日軍雖然在正面戰場確實取得了不小的戰績，也打得國民政府丟盔棄甲，但是就諜報層面卻遠遠比不上國民政府無孔不入的軍統局。
在得知日軍積極調兵遣將，企圖攻打武漢之後。國民政府統帥部當機立斷，立即調兵遣將，相對列陣。
爲了阻擊日軍奪取大武漢，國民政府統帥部擬定先調集8個集團軍、十個軍團及若干戰區直屬部隊，共57個師以及海、空軍一部參戰，總兵力約60餘萬人。另外還擬定調集8個集團軍的預備部隊在武漢後方的長沙集結，作爲武漢會戰的二線部隊。
如此算來，國民政府決定在這場大會戰中投入16個集團軍120萬大軍，這完全是不過了的架勢，要和日軍在武漢地區決一死戰。
但不管是老蔣還是國內的其他派系都明白，國民政府雖說在兵力方面頗具優勢，但是由於在武器裝備方面處於劣勢，僅擁有少量的大炮、飛機、軍艦和裝甲車，這一仗想要打贏極爲困難。
6月11日，日本大本營在接到華中派遣軍的彙報之後，終於下達了攻佔漢口的第250號命令。
當日夜，華中派遣軍第二軍主力一部由六安開始，向固始、潢川、羅山、信陽方向攻擊前進。其主力第13師團則是向葉家集、新店、宋埠、孝感方向攻擊前進。
而第11軍的第6師團主力則是於6月12日開始由黃梅向廣濟、高山鋪、浠水、巴河、黃陂、漢口方向攻擊前進。此外隸屬於第11軍的第15師團、第九師團、第24師團則是兵分三路沿長江西進，企圖奪取彭澤、湖口、九江等地，轟轟烈烈的第二次武漢會戰終於在馬錚的期待下拉開了帷幕。
與此同時，華北方面軍各部隊也調動頻繁，不但駐山東的第12軍主力一部悄然南下皖南，而且一向沒有什麼大動作的駐山西第一軍也罕見的行動起來，在很短的時間內就在晉南地區完成了集結，看樣子要有大動作。
消息傳到集寧，馬錚當即命令各部隊做好準備，隨時聽候出擊命令。
其實對於馬錚來說，現在出不出手其實沒有關係，最好是趁着日軍這次無暇他顧的時候積蓄力量，等日軍和國民政府拼的差不多了再行動，坐收漁翁之利。
但是實際問題時馬錚並不敢這麼做，主要是他對國民政府的應對方案實在是沒有信心。看完國民政府調動的情報之後，馬錚唯一的感覺就是國民政府第九戰區根本就沒有吸取上一次的教訓，如果照着他們的戰略部署的話，戰敗的可能性高達80%以上，因此他必須早點出手，給日軍制造壓力。(。)