開國大典過後，盟軍便開始對日本本土實施登陸作戰，不過一份來自美國聯合參謀部的報告讓美國新任總統杜魯門猶豫了。
這份報告是聯合參謀部根據之前的硫磺島戰役和琉球羣島戰役做出的戰術評估，根據之前的戰損，聯合參謀部認爲盟軍如果選擇登陸日本本土作戰的話，傷亡將會達到一個驚人的數字。至少會有160萬盟軍傷亡，其中死亡或失蹤將超過40萬。
對於聯合參謀部的這份報告，美軍在太平洋上的主要將領尼米茲和麥克阿瑟都表示贊同，雖然與她們的傷亡估計有一些差距，但是差距並不是很大，這份報告基本上是準確的。
隨後，美國戰爭部部長史汀生也上呈了一份報告，其評估征服日本將造成170萬到400萬的美軍傷亡，其中死亡40萬到80萬人，而日本方面僅死亡就可達500萬到1000萬人。
如此巨大的傷亡估計，讓美國政府不得不暫停對日登陸行動，並且緊急與中國和蘇聯方面取得聯繫，商討此事。
馬崢自然知道美國人的擔心，因爲根據歷史記載，現在美國的原子彈還沒有研製成功，也就是說美國並沒有對付日本人的終極武器。
根據歷史記載，美國是在1941年底才正式批准了原子武器的研製計劃，並取名爲“曼哈頓工程”，由美國陸軍工程兵團建築部副主任格羅夫斯將軍任計劃總負責人。四年後，世界上第一顆原子彈在美國新墨西哥州的沙漠地區爆炸成功，這種威力巨大的武器橫空出世。
不過在此之前美國人並沒有迫使日本投降的資本，所以馬崢建議中央堅定登陸日本本土的意見，這樣一來便可趁機在參與到這個龐大的計劃中來，即便是美國人研製成了原子彈也不能吃獨食。
對於馬崢的建議中央很重視，隨後外交部向杜魯門轉達了中國的意思，要麼就進行登陸作戰，要麼就想方設法迫使日本政府投降，除此之外別無他法。
爲了顯示中國政府的決心，在上海和天津、青島等沿海地區，隸屬於馬崢所部的200萬大軍已經整裝待發，做好了戰鬥準備，隨時準備登陸日本列島。
而斯大林也覺得對於日本這個彈丸小國沒必要容忍太多，現在歐洲戰場的戰事已經結束，蘇聯可以在短期內抽調超過150萬的部隊參加登陸日本的作戰，如果美國沒有更好的辦法的話，那麼只能繼續執行登陸作戰了。
事實上杜魯門現在也很糾結，一方面他擔心登陸作戰將會給美軍造成巨大的兵員傷亡，一方面卻又沒有好的辦法迫使日本人無條件投降。
而作爲美國盟友的中國和蘇聯卻都堅持攻佔日本列島，徹底掃清太平洋地區的這顆水雷，他確實難以抉擇。
然而，天無絕人之路，就在羅斯福糾結的時候，負責曼哈頓工程的理論物理學家jr奧本海默親自向羅斯福彙報，說一顆實驗性原子彈已經完成了最後裝配，請求進行爆炸試驗。奧本海默的彙報讓杜魯門想到了解決眼下難題的辦法，隨即同意進行試驗。
事情的一切都回到了原點，1945年7月16日清晨5時30分，世界上第一顆原子彈在墨西哥的沙漠地區試爆成功。
緊接着，安裝在代號“小男孩”的原子彈的鈾-235彈體，由美國重型巡洋艦“印第安納波利斯”號在大批飛機和潛艇的護送下運抵西太平洋馬里亞納羣島的提尼安島。隨後，其它放射件也由美國空軍運輸部3架c-54運輸機運抵提尼安。
8月6日凌晨，在無數照相機和攝影機的強光下，負責投擲原子彈的“埃諾拉蓋伊”號b-29轟炸機機組成員由迪貝茨上校率領，魚貫進入機艙。
凌晨2時45分，攜帶原子彈“小男孩”的“埃諾拉蓋伊”號起飛離開提尼安，飛向日本。
8時15分，原子彈降臨廣島，一朵高達萬米的蘑菇雲將廣島市中心3公里範圍內籠罩在黑灰色的雲霧之中。
8月9日11時2分，美軍又在長崎投下第二顆原子彈“胖子”。在原子彈襲擊中的死者和失蹤者，廣島約有15萬，長崎約8萬。
8月15日，日本天皇發佈投降詔書，宣佈無條件投降。
日本終於投降了，這個給亞洲人民以及美國造成巨大的災難的國家終於屈服了，全世界深受戰爭創傷的人們在廣播中聽到日本天皇宣讀的投降詔書時，所有人都哭了。
9月2日，在歷史的見證下，日本政府在停泊在東京灣的美國戰列艦“密蘇里號”上與盟軍簽訂了投降協議，日本正式投降。
日本投降之後，中美英蘇四國分別對日本列島進行了分區佔領，中國的軍隊奉命佔領九州以及日本西北部地區，美軍則是進駐日本中部以及東北地區，英軍則是佔領四國，蘇聯則是佔領北海道，而馬崢作爲中國對外佔領軍的總指揮於8月20日登陸日本本土。
戰爭雖然結束了，但是關於戰爭後續問題卻急需解決，首先是怎樣處理日本，是分區佔領，直接肢解日本，還是重建日本政府，這是擺在盟國面前很大的一個問題。
蘇聯認爲日本國民深受武士道精神以及軍國主義的毒害，如果不肢解日本的話，那麼再過十年二十年日本還將會成爲盟國的心頭大患，因此蘇聯認爲應該肢解日本，中美英蘇四國根據所佔的佔領區實行永久性佔領。
但是美英兩國卻不同意，首先是因爲有德國這個例子在前，正是因爲一戰後對德國處理不當，所以才引起了第二次世界大戰。
經歷過兩次世界大戰，不管是美英還是其他國家都怕了，也倦了，因此在處理戰敗國問題上美英等國都不像一戰時那樣只懂得狼吞虎嚥。
美英兩國認爲，對於日本這個曾經獨立的國家，而且還是一個獨立的強國，盟軍應該給予極大的尊重，無論如何不能對日本實施永久性佔領，因爲這將會成爲引發第三次世界大戰的導火索。
美英兩國認爲對於日本應給實施政治扶持，也就是在盟軍的支持下組建新的民主政府，並且就日本給各國造成的損失進行賠償，對於那些在戰爭中犯有戰爭罪行的高層進行審判。
而中國政府的意見是，首先是日本必須解除自己的軍隊，除了擁有維持治安的警察外，永遠不能擁有任何武裝力量。其次是解散政府，所有戰犯必須接受國際審判，任何人都不能以任何理由逃脫審判。第三歸還在戰爭中掠奪的中國財產和文物，並且賠償戰爭損失。第四是歸還琉球羣島給中國。
這些要求很合理，因此盟軍方面並沒有推諉，很爽快的就答應了。
在中國的要求下，中美蘇英等國組成聯合法庭，對包括日本天皇在內的所有戰犯進行審判，受審戰犯共18226人，其中1931名戰犯被處以死刑，其他多數被判處5至20年不等的有期徒刑，使得這羣發動戰爭的劊子手得到了應有的懲罰。