由於日本民衆心向西鄉隆盛，加之薩摩軍都是武士，訓練有素，又有林逸青、桐野利秋、筱原國幹、村田新八、野村忍介等一大批猛將指揮，戰鬥力極強，是以在薩摩軍的進攻下，日本政府軍節節敗退，最後竟然到了“三都俱陷”的地步，以至於不得不借兵俄國，才最終將薩摩軍擊敗。↖↖，
由於接連戰敗，政府軍官兵往往會將怒火發泄到戰區的民衆身上，而前來幫助日本政府平叛的俄軍比政府軍更加殘暴，俄軍的軍紀本就在世界各**隊當中存有惡名，而這一次派來日本助戰的俄軍大多是由西伯利亞的流放人員改編而來，當中還有大量的哥薩克和俄屬波蘭人，軍紀敗壞，戰鬥力低下，遇敵畏葸不前，見民則如狼似虎，好多地區的日本民衆聽聞俄軍到來，基本都是連夜逃散一空。不光交戰地區的人民受害，在後方，俄軍也是暴行累累，搶劫財物和強暴婦女事件層出不窮，在東京甚至發生了俄軍暴徒姦殺外出的日本貴族女子的惡**件，引發日本民衆的大規模騷亂，以至於俄軍司令部不得不槍斃了一大批罪犯，方纔稍稍平息了日本民衆的怒火。而在此這後俄軍雖有所收斂，但在交戰區，殘害民衆的事仍是經常發生。以至於大量的民衆要麼出海逃亡外國。要麼躲進了深山之中。在西南戰爭結束後。仍有爲數很多的民衆躲在山林中不敢回家，以至於日本政府不得不專門派人進山搜索，勸導民衆返鄉。
西南戰爭後，爲了徹底清算鹿兒島爲首的**士族，日本政府在九州設置了臨時裁判所。據統計，被判刑者62764人，其中斬首7022人，十年徒刑6131人。七年徒刑5411人，五年徒刑4126人，三年徒刑6380人，兩年徒刑11183人，一年徒刑5013人，拘禁百日12130人，七十日拘禁21459人，三十日拘禁6018人，剝奪士族身份45242人，棒鎖632人。交保贖罪12420人。而宣佈無罪者爲32449人，免罪40349人。宣判前死亡2047人。由於日本政府嚴厲對待九州地區曾經參加和同情西鄉隆盛叛軍的人，至使九州地區的民衆長時間對政府充滿怨恨，哪怕是在西南戰爭結束後，爲了撫平戰爭的創傷，由明治天皇的皇后一條美子發起成立的“戰爭遺族撫慰會”對九州地區的民衆進行撫慰，也不能抹平九州民衆的內心創傷，而這種情況，一直持續到了乾日丁酉戰爭的爆發，並且對這場關乎日本國運的戰爭產生了極爲不利的影響。
此外西南戰爭對日本的經濟也造成了極大的打擊，根據明治十七年民部省和陸軍省、海軍省的聯合調查結果，在戰爭中，日本陸軍共計消耗槍彈134893500餘發，炮彈173700餘發。海軍消耗炮彈27139發，子彈2147824發。俄軍消耗槍彈165423600餘發，炮彈214700餘發，日本海陸軍在初期和中期戰鬥連連失利，陸軍損失了大量的槍炮，海軍則損失了3艘鐵甲艦（“扶桑”號被擊沉，“比睿”號和“金剛”被薩摩軍劫奪），7艘炮艦，12艘輔助艦艇和30餘艘商船，各類相關費用總計達到了241967726日元。
由於戰爭消耗巨大，高額的戰費使日本政府難以承受，除了向民間極力搜刮之外，日本政府不得不向外國銀行借款，最終是英國著名的羅特希爾德家族給予了日本政府大量的貸款，幫助日本政府渡過了戰爭危機，但日本政府爲此不得不出賣了大量的權益給羅特希爾德家族，到西南戰爭結束時，羅特希爾德家族已經完全掌握了日本的金融命脈。此外，爲了換取俄國出兵協助平叛，日本政府暗中和俄國政府訂立了密約，許諾將北海道作爲給俄國人的報酬，“日俄密約”後來的曝光極大的傷害了日本人民的感情，也大大損害了日本政府的聲望，因爲幾千年來，日本雖然經受了各種外部侵略，卻從來沒有過對外割讓土地的事，日本明治政府在日本人民看來，已經是不折不扣的賣國政府了，巖倉具視等政府重臣都被日本民衆視爲“賣國賊”，而在西南戰爭中最終敗於日俄聯軍之手，堅持不屈蹈海自盡的西鄉隆盛則成了日本民衆心目中的民族英雄（西鄉隆盛夫婦的屍體衝上海灘後被當地民衆冒死收殮並秘密安葬）。
在西南戰爭結束後，流亡海外的薩摩士族推舉西鄉隆盛的兒子西鄉菊次郎爲領袖，成立流亡政府，不承認日本明治政府的地位，號召國內民衆起來反抗“賣國賊政府”，解救被奸臣賣國賊挾持的明治天皇，這些薩摩士族對外自稱薩摩人，不稱日本人，日本民族因此分裂，而這種分裂狀態一直持續到乾日丁酉戰爭的爆發，在這場乾國和日本爭霸東亞的戰爭中，薩摩人毫不猶豫的站在了乾國一邊。
西南戰爭還促進了日本自由民權運動的發展。明治維新後，日本出現了一些自由民權主義者，他們的初期主張無法得到當時明治政府的認同，於是他們積極鼓動士族階層發動騷亂，妄圖顛覆政府來實現自由民權的政治主張。西南戰爭的失敗使自由民權主義者們清醒的認識到武裝推翻明治政府沒有希望，他們開始利用輿論同明治政府鬥爭。而西南戰爭失敗後九州剩餘的士族也開始走上了自由民權之路，共同要求參與政權，同明治政府的當權者對抗。西南戰爭之後日本自由民權運動興起。對日本政治也產生了巨大的影響。加劇了日本民族的割裂。
此外。西南戰爭對於世界軍事的發展，也產生了重要的影響。
首先，這場戰爭是國民軍隊的勝利，它檢驗了日本明治維新軍事改革的成果，雖然結果很不理想，但也一定程度上證明了建設“四民皆兵”的國民軍隊的正確性和意義。對此，日本著名歷史學家阪本太郎評論道：“這次事變說明，就是以維新功臣西鄉隆盛爲首。具有素稱精強的舊薩摩藩士爲骨幹的社會、軍事勢力，已不是他們所蔑視的百姓兵武裝起來的政府軍的對手，使全國所有的人都能徹底瞭解到士族兵已不再能有所作爲了。”這個評論有一定的道理，但顯然誇大了政府軍的戰鬥力，實際上，薩摩軍無論是高層還是基層，由於接受過正規嚴格的近代西方式的軍事訓練，加之的確富有勇氣，是相當善戰的。薩摩軍之所以失敗，並非是因爲戰鬥力不強的關係。而是因爲由武士組成的薩摩軍的“精兵”政策——由大量精銳武士組成的薩摩軍在數量上要遠遠的少於平民組成的日本政府軍和俄軍，一旦這些精銳武士在戰鬥中大量的消耗。無法得到補充，便會造成部隊戰鬥力的急劇下降，薩摩軍在戰爭後期的迅速失敗，原因正在這裡。
其次，這場戰爭對新式武器和軍事藝術的發展也有重大意義。在這場戰爭中，薩摩軍創造性的發揚了“穴地攻城”的戰術，給政府軍和俄軍以極大的殺傷，薩摩戰鬥工兵的戰績在很長一段時間裡都沒有哪個國家能夠打破，由於薩摩軍地下爆破戰術的不斷採用在戰爭中引起了俄國方面的重視，俄軍也曾組織發動了一次差不多的作戰，雖然因爲種種原因而失敗了，但在戰爭結束後，俄國方面便着重研究起相關的戰術來，並組建了自己的工兵部隊，世界各國也紛紛效法，戰鬥工兵這一兵種得到了很大的發展，在後來的第一次世界大戰當中再次大放異彩。
在西南戰爭中，交戰雙方都大量使用了各種口徑的野戰炮、山炮和臼炮，在攻擊時都相當注重炮兵的運用，以及海陸軍的協同作戰。雙方都進行過多次的海上機動、迂迴敵後等行動，都體現出較高的戰役指揮能力。在單兵能力和小分隊戰術上，薩摩軍則顯得較高一籌，其勇猛善戰，敢於以小股兵力實行果斷的行動，給政府軍和俄軍上了很好的軍事課，戰爭後期，政府軍和俄軍也熟悉了這樣的作戰，並採取同樣的手段進行回擊。小分隊戰術雖然引起了世界各國的重視，但各國看法不一，象師從德國陸軍的日本政府軍很多人視小分隊戰術爲“偷雞摸狗式的戰術”，對小分隊戰術很是輕視（日軍中的有識之士也想要引入這種戰術，卻因爲村田經芳等有相關戰鬥經驗的軍官被林逸青殺戮殆盡，以至於無從學起），俄軍傾向於大兵團運動作戰，也並未重視給他們帶來嚴重傷害的小分隊戰術，但英國和法國卻從西南戰爭當中看到了小分隊戰術的價值，根據薩摩軍的經驗，在本國陸軍當中進行了有益的實踐和訓練，在日後的英布戰爭和法越戰爭中，小分隊戰術都起到了至關重要的作用。
在這場戰爭中，交戰雙方都使用了相當數量的加特林機槍，機槍這種武器在防禦作戰中的價值凸顯出來，在戰爭結束後，世界各國陸軍都不約而同的開始大量裝備加特林機槍，並對陸軍速射武器的研製加大了投入。
儘管薩摩軍拔刀隊在此戰中給予政府軍很大殺傷和心理壓力，但是應該看到這是薩摩軍在缺乏彈藥的情況下的無奈舉動，而戰爭已經進化到依靠火力和鋼鐵的時代了，白刃戰越來越成爲戰爭中的配角，所以並不能援引此特例作爲建軍的基本。然而，戰後日軍卻對此進行了不切實際的誇張，將這一點歪曲、放大至極點，在作戰和訓練中片面強調不畏敵人火力、近身作戰，就成爲所謂“肉彈攻擊”的濫觴。所以後來在乾日丁酉戰爭中，面臨乾國新式陸軍的堅固陣地，竟然仍有大批日軍軍官鼓勵用白刃解決。結果造成了嚴重傷亡。而乾日戰爭後。日方也沒有充分吸取教訓。反而繼續大肆鼓吹所謂“壯絕的肉彈攻擊”，到第一次世界大戰期間，日軍步兵訓令仍然堅持“刺刀進攻乃是皇國陸軍的精髓所在”，結果在乾軍的鋼鐵火力下碰得頭破血流。
西南戰爭中，交戰雙方進行的一系列海戰也對世界海軍技術的發展產生了重要的影響。自意奧利薩海戰後，橫隊戰術成爲了主流，而乾日琅嶠海戰後，縱隊戰術有所迴歸。西南戰爭中，薩摩海軍二艦一組的小隊戰術被證明可以將橫隊戰術和縱隊戰術任意發揮，因而二艦小隊戰術得到了世界海軍的重視，戰術專家們將艦型相同或相近的兩艘軍艦編爲基本作戰單位，在此基礎之上，由多個二艦小隊組成一個大的橫隊或是縱隊進行作戰。另外，薩摩海軍和日本海軍都大量使用了雷擊艦作戰並取得了成功，雷擊艦這一艦種受到了各國海軍的重視，在西南戰爭結束後，加上魚雷兵器的發展。多數世界海軍強國都建立了自己的雷擊艦隊，其中法國“新學派”受影響最大。法國海軍建立了世界上規模最大的雷擊艦隊。此外，薩摩海軍成功使用潛艇作戰也給了世界海軍以新的啓發，自美國南北戰爭結束後，這是世界海軍史上最爲成功的水下進攻作戰，爲日後潛艇的發展起到了重要的作用。
西南戰爭中雙方主力艦對決的“大阪灣海戰”對日後世界海軍艦載火炮技術也有着重要的影響。本世紀中葉，一般火炮的炮身系通過耳軸與炮架相連接，即所謂剛性炮架。剛性炮架火炮發射時炮架受力大，炮管連同炮架整體後坐。因此，不得不把火炮設計得很笨重，造成在戰場上的機動困難。又因發射時整個火炮產生較大位移，重新復位和瞄準都很浪費時間，使發射速度受到很大影響，在火炮射擊時，火炮炮架和炮身一同整體後坐復進，由於火炮炮架和炮身重量大，十分笨重，因此後坐耗時費力，平均發射間隔時間在90秒以上，這樣的情況一直持續到80年代。而在彈藥方面，這一時期炮彈也從早期的前裝炮圓形實心彈變爲後裝線膛炮使用的開花彈，炮彈形制已經基本具備了現代炮彈的雛形。開花彈是火炮技術專家在意識到實心彈威力有限之後，發明出的一種彈體內部爲空心，裝填有碎片，依靠火藥爆炸後彈丸炸開的鐵殼破片和內部預裝的碎片殺傷的炮彈。它與實心彈最大的區別就是有了引信，通過引信來引爆炮彈內的黑火藥。
由於黑火藥炸力不足，對於鋼鐵戰艦的毀傷效果有限，加之架退炮的固有缺陷，射速緩慢，不易瞄準，無法對目標形成足夠的火力覆蓋，哪怕是大口徑的火炮，發射出的開花彈和實心彈都難以擊沉敵艦，所以火炮和魚雷配合古老的衝撞戰術並用的亂戰戰術得以大行其道，在大阪灣海戰中，薩摩海軍“比睿”號、“金剛”號兩艘鐵甲艦傾盡全力開火，以二艦對一艦，也只做到將政府軍的主力鐵甲艦“扶桑”號擊傷，無法取得決定性勝利，最後是依靠佈下魚網纏住“扶桑”號的螺旋槳使其不能行動，而後用人力潛艇“蒼龍丸”號使用撐杆水雷發動水下撞擊，才最終將其擊沉。受這次海戰的影響，戰後世界各國加大了對新式艦載火炮的研製，海軍艦載火炮技術與陸軍火炮技術一樣，開始醞釀着一場革命。首先，由於後裝線膛炮及其新型炮門和反後坐裝置技術的發明，且採用了無煙火藥和高能**，艦炮的射程明顯增大，射擊的準確性和攻擊威力也大大增強。就射程而言，到本世紀80年代中期，克虜伯艦炮最大已達到5000多米，到90年代末阿姆斯特朗重炮在強裝藥的情況下可超過10000米，其末端速度仍有360米／秒。在攻擊威力方面，世紀末的海軍大炮的炮彈在有效射距內大約可以穿透與大炮口徑同樣厚的最堅固的裝甲。以305毫米40倍口徑後裝阿姆斯特朗炮爲例，在強裝藥的情況下，炮彈在炮口可穿透鍛鐵板深達97.6釐米，在1000米距離上可穿透87釐米，在2000米距離上可穿透77.6釐米，3000米時可穿透69.5釐米，4000米時可穿透63釐米。再以1899年305毫米40倍口徑克虜伯艦炮爲例，炮彈在炮口可穿透鍛鐵板117.3釐米，可穿透鋼鐵複合甲板91.2釐米，毀傷能力大大提高。