阿羅拉地區，是一處距離卡洛斯地區近乎半個星球的一片羣島。
這裡氣候宜人，風光無限，是全球有名的度假場所。
如今此刻，在阿羅拉四座主島之中的波尼島上，在那古代遺留下來的遺蹟日輪祭壇的後山，一朵巨大的“永恆之花”正在旋轉...
同時在日輪祭壇之上，一道身影站在祭壇平臺，看着祭壇上方巨大的日輪標誌陷入沉思。
此人正是遠道而來的輝夜，時至今日，輝夜已經在阿羅拉地區呆了快半年了。
......
......
從弗拉達利的巨石滅世事件之後，已經過了將近大半年的時間。
在看到Z神基格爾德解決掉了巨石還有弗拉達利，輝夜就操控着“永恆之花”離開了那處戰場。
輝夜沒有和小智他們說多餘的話，只是揮了揮手道別。
卡洛斯最大的危機解決，那輝夜也就可以放心去做自己的事情了。
本來輝夜就是迫不及待的，想要早點前往阿羅拉地區，只是，在離開之前，輝夜還有一些人要道別。
......
“真的，要去那麼遠的地方？什麼時候回來？”
“......不清楚，不過，事情一處理完，我就會盡快回來的。”
“嗯，我知道了，不需要我幫忙嗎？”
“不用，我自己可以搞定。”
“那好，我會在這裡等你回來的。”
“好。”
簡潔的對話，輝夜和米雷婭在見了一面後就啓程前往阿羅拉地區。
離開的時候輝夜用國際刑警的通訊器給珈百璃，黑子她們發了致歉的信息，雖然沒有說明自己的情況，但也是表達了一些歉意。
做完這一些後，輝夜就操控着“永恆之花”朝阿羅拉地區飛去...
然後這一飛就是飛了近一個月...
在到達阿羅拉後，輝夜選擇將“永恆之花”停靠在波尼島，停在波尼大峽谷這一段人跡罕至的山脈當中。
波尼島是輝夜的姐姐，二之宮幽香最後出現的地方，也將是輝夜的重點調查地段。
輝夜很快就離開了“永恆之花”，開始了阿羅拉地區的調查。
......
輝夜的記憶當中，並沒有關於阿羅拉這一段的記憶，所以最開始對阿羅拉的風土人情，地質地貌並不瞭解的很多。
但是輝夜擁有的那本，記載着阿羅拉古代歷史的古書，卻是給了輝夜許多的幫助。
上面記載了不少阿羅拉古代的事蹟，各個島嶼之間發生的奇妙之事。
像是什麼島嶼守護神，島嶼試煉，霸主寶可夢守護的屬性Z石，維拉火山的恩賜等一系列的事情。
阿羅拉是一個神奇的地方，在這裡調查了四五個月的輝夜，此刻正深刻感受到這股神奇...
......
......
輝夜在阿羅拉調查了這段時間，雖然沒有查到什麼有用的線索，但也有不少的事情發生，各種各樣的事件也是層出不窮。
而觸發這些事件的人，也正是輝夜的一個熟人，沒錯，就是小智...
在輝夜來到阿羅拉地區不到半個月的時間後，輝夜就發現，小智也來了！
emmm，準確的說是小智和她的媽媽花子一起來的。
他們似乎是來這裡進行度假，輝夜發現他們的時候，小智正玩得非常開心。
然後在感受到阿羅拉的魅力後，小智竟然選擇留在了這裡上學！然後就認識了一羣同年齡的小夥伴....
從此，在小智的帶領下，這一羣學生就開始了天天的翹課之旅...
作爲整個世界的命運之子，小智的出現同時也代表着各種事件的出現。
這幾乎已成定理，小智剛剛來到阿羅拉，就遇見了別人有可能一輩子都見不到的島嶼守護神，卡璞·鳴鳴。
卡璞·鳴鳴，是美樂美樂島的守護神，是一隻電＋妖精屬性的傳說中寶可夢，據傳說從阿羅拉存在的時候，就已經在守護着美樂美樂島了。
卡璞·鳴鳴的外形樣貌是一個瘦弱的人形，身體以黃色和橙色爲主，沒有腳，身下只是橙色的羽毛，頭上已經是高高的雞冠頭模樣，左右手上戴着圖騰一般的面罩。
在見到小智沒多久，這個位阿羅拉的守護神之一就送給小智一塊電Z...
電Z石是一種能夠釋放出被稱爲Z招式的能量石，需要和一種叫做Z手環的道具相配合，訓練家和寶可夢集中所有的力量釋放出超強的一擊，這就是Z招式。
看上去挺複雜的，但其實是一種十分珍貴的東西，還是那句話，普通人可能一輩子都得不到一塊，小智一上來就有傳說中的寶可夢相贈，雖然是一次性的一塊，但也已經是非常非常好運氣。
然而小智的好運氣並不只是如此。
在入學之後，小智接連闖過了數個霸主寶可夢的試煉洞窟，拿到了一般Z，格鬥Z，電Z，甚至前段時間，小智還得到了被稱爲索爾伽雷歐Z的強大道具...
被小智照顧了一段時間的一隻沒見過的寶可夢，最後竟然在這日輪祭壇進化成了阿羅拉地區的日月雙神中的日神，索爾伽雷歐。
當時躲在不遠處觀看的輝夜可是十分驚訝的。
然後當輝夜看見小智和他的夥伴們坐在索爾伽雷歐的身上衝進了一處異度空間，並且過了許久再次返回之後，輝夜明白，自己的調查方向有眉目了。
經過一段時間的調查，輝夜知道了當時被打開的異度空間通道，是被叫做究極之洞的一種空間通道。
究極之洞連接着神秘的究極空間，裡面擁有着無盡的未知數。
在究極之洞被索爾伽雷歐打開過後，這段時間，究極之洞也在阿羅拉地區的各地方接連打開過，然後跑出來一些異世界的寶可夢。
這些異世界的寶可夢被稱爲究極異獸，或多或少都對島嶼造成危害，於是，爲了制止這些究極異獸毀壞島嶼，並將它們送回究極空間之中。
以小智爲首的究極中二....啊不對，是究極防衛隊就這麼建成了。
當究極異獸降臨在島嶼上面並開始破壞的時候，小智等人就會騎乘着各種寶可夢出發，通過使用一種名爲究極球的特殊寶貝球將其收復，最後送回究極之洞當中。
這種事情小智他們已經做過許多次了，但是隨着時間的推移，出現在島嶼之上的究極異獸不見減少，反而像是越來越多一樣。
這一段時間以來，小智等人都是東奔西走到處補漏，可以說是辛苦的很。