鄧艾在即得不到廬江陸康的軍事支持，又得不到魯肅、蔣欽水軍的支援，在巨大的傷亡面前，強攻水城半月後，不得不暫時退兵，打算先堅守住居巢，等魯肅那邊能騰出兵力、戰船時在再行攻奪水城。
但此時孫策卻不依不饒，乘勝出兵攻打居巢。張紘也在得知曹操出兵徐州的事情，丹陽暫時無援兵可調後，同意趁此機會奪取居巢，一統巢湖。但鄧艾也不是軟柿子，能隨意讓孫策拿捏。在他有效的組織和鼓舞下，利用手上不佔優的兵力，鏘鏘擋住了孫策的反擊。並從宛陵調來了幾枚“飛矛腿”擱置在居巢的陸地上，對孫策的登陸部隊和湖中戰船，進行了一番撼動心肺的打擊。
孫策極其部屬均未見過如此威力巨大的武器，這一威懾力對孫策的士兵打擊很大，又加上攻打半月有餘，均無法破城，宛陵又在此時從其他各縣抽調了一部分兵力，派出楊車率領對居巢進行了支援。孫策、張紘均感這樣下去對他們很是不利，於是就退了兵。
而宛陵此時也因爲廣陵等出產火藥原料的各地都出現了戰事，製作火藥的原料一下子陷入了短缺的尷尬境地。禰衡不得不縮緊炸藥在戰事中的消耗，自孫策退兵居巢時，宛陵庫房內已無存制的火藥，小型炸藥也在前次的曲阿戰役中耗盡。當然這事只有他一人和遠在鄴城的曹智知道，這項秘密武器的家底本就屬於高度機密。目前宛陵庫房中只剩下了十多枚";飛矛腿";。
但威力巨大的";飛矛腿";在居巢的實際運用中，也碰到了問題。";飛矛腿";是曹智根據現代導彈的模式，設計出來的。但現代導彈是通過多少科學家的精心研究，運用了多少高科技手段在裡面的東西，豈是曹智這個小警察所能模仿來的。
曹智的仿製產品也就是枚威力巨大的大鞭炮，而這種大型“飛矛腿”大炮仗，因爲過於巨大，需填充的火藥不是個小數目，而很少進行試發，真正用於實戰，也就是曹智圍攻壽春那會兒，胡亂打了兩枚，倒是很成功。
但在此次居巢的實戰運用中，出現好幾次意外。第一是它的方向性實在難以把握，他在發射升空後，經常曾無規則、無軌跡飛行，飛行距離也很難控制，只能由他飛到那，炸到那，對目標的把握實在難以控制。甚至有兩次還發生了倒飛，對本部人馬造成了一些傷害。
另一個不利於巢湖水戰的重要原因是：這種“飛矛腿”引線時間過長，在對水面戰艦的攻擊中，起不到很好的效果。鄧艾共對雲集居巢湖面的孫策敵船發射了三枚“飛矛腿”兩枚在引線未燃盡就一頭扎進了湖水中，導致火藥受潮，沒有炸響，只有一枚運氣比較好直接砸中一艘孫軍的船隻，把那艘船炸了個灰飛煙滅。也因爲那一炸，嚇壞了孫軍士兵。他們沒見過把人炸的連塊整肉都沒有的，這種能絕對滅殺人類肉體的超常規武器，對孫軍士氣產生了很大的打擊，也是最終促使孫策撤兵的主要原因。
但心知肚明這種武器的諸多缺點的鄧艾，其實這時已經不再敢用它對敵了。但幸運的事，孫策此時因爲缺乏破敵之術，張紘等謀士、將領也想不出卓有成效的辦法攻破居巢，只能撤兵了，從此也使孫、曹兩軍就居巢爲分界線展開了長達半年之久的對持，爲曹智的率部迴歸贏得了時間。
其實縱觀整個巢湖戰事，鬧到最後最得益的要屬陳瑀了。眼看就要被袁術抽筋扒皮的陳瑀，隨着孫策的介入巢湖，峰迴路轉，孫策竟未乘勢一舉殲滅他和他的部屬，讓他有個月餘的喘息良機。
陳瑀在從壽春敗逃合肥時，只剩下二千軍士，合肥也算屯有三千軍甲，但兩軍合併，也就五千人馬。而且此時陳瑀的軍心渙散，士氣低落，對能不能守住合肥都信心不足。
而對於丹陽能和他守望相助的期望，也在巢湖受到攻擊及很快的淪陷後，他就破滅了這一希望。其實陳瑀在發現喬玄一家失蹤後，就知道可能是曹智乾的，那是他唯一牽制曹智的砝碼。但當時他實在無力追查此事了，因爲眼看着壽春就要被攻破，他只能趕緊先逃命。
果不其然，在他奔逃合肥的路上就向丹陽，向曹智求救。丹陽也給了他迴應，說是曹智不在家，遠征去了，沒空救他。之後又發生了曹智自己的地盤都被人佔了，哪就更沒功夫管他了。
陳瑀在得知巢湖被侵佔時，心情很複雜；有幾分幸災樂禍，還怒罵曹智沒信用，想看着他滅亡，結果自己被人捅了一刀。同時又有幾分絕望，巢湖這塊地方對馳援他陳瑀來說是唯一又快又近的最好途徑，現在被孫策斷了，曹智有心也不能派兵來援。
但老天是垂青他陳瑀的，孫策竟放着彈指可破的合肥不攻，先是撤兵去了濡須塢，還在那屯兵良久，一副對廬江虎視眈眈的樣子，後又跟曹軍在居巢開戰，打了個不分勝負，訕訕而退。
這段時間給陳瑀以喘息的機會，雖說合肥依然被圍，但幾乎在接下來的一個月中雙方就這麼對持着，沒發生過沖突。陳瑀利用這段時間，搶修工事，加固了合肥的防禦。
合肥城是在鄧艾的主持下新建的一座城池，曹智對這座處在交通樞紐上的重城投入的不少，雖說在鄧艾他們離開時，只修建了一半，但工程質量應該說是和壽春一個檔次的。
陳瑀接受合肥後，又接着修完了另一半，在通過這一段時間的加固，任何一支軍隊想輕易攻破合肥，是不容易的。
正當陳瑀沒事偷着樂的時候，孫策結束了居巢戰事，又把目光轉回了合肥。這讓陳瑀再次陷入緊張中，但幸運之神再次光顧他，孫策的大軍並沒有馬上出現在他合肥城下，而是來了孫策此時的帳下第一謀士張紘。
張紘帶着孫策的親筆信函是來與陳瑀和談的，張紘告訴陳瑀他家主公孫策願意與陳瑀和談，雙方沒必要再打打殺殺，孫策已和袁術談妥，只要陳瑀願意投降，可放他一條生路，並繼續重用與他。
陳瑀起初不同意投降，他又不傻子，袁術是什麼人，他陳瑀最清楚不過，出爾反爾是他袁術貼在腦門上的標誌。
張紘不能幫孫策想辦法攻破居巢，但勸服個陳瑀還是不在話下的。張紘先從陳瑀與孫策、袁術實力不相當入手，告訴只要孫策率軍而來，攻破合肥只是時間問題。而且陳瑀不但只有五千軍馬，還軍心不穩，真是不易在和任何人開戰。城破之時，陳瑀只有做刀下亡魂，不像現在還有討價還價的機會。第二，陳瑀也看到了孫策故意撤兵合肥，給陳瑀喘息的機會，其實就是欽佩陳將軍的老當益壯和雄才偉略，希望能有朝一日能和陳將軍共同征戰沙場。
這兩點，對陳瑀產生了些許影響和誘惑，張紘在話語中也明白無誤的暗示了陳瑀什麼。
陳瑀自是聽明白了張紘的明示、暗示，當然陳瑀並沒有馬上答應張紘，而是留他住下，聊了三天。
三天後，陳瑀和張紘達成一份秘密協議，陳瑀不像袁術投降，而是向孫策投降。但在協議中孫策保證不將他交給袁術制裁，也要隱瞞和保密他的存在，並在協議上聲明將來一定要反叛袁術，進行自立。而孫策必須答應陳瑀能繼續屯留合肥，合肥繼續歸他治理。這與其說是陳瑀投降孫策，還不如說兩人來了個內幕交易，各取所需的得到了自己想要的結果，而且在一式兩份的協議中又都有轄制對方的條款，想來是份皆大歡喜的協議。
在陳瑀看來這件事也應該無懈可擊，但在他和孫策達成協議兩個月後，他就莫名其妙的中毒暴斃於家中。不光是他，他的家人也在這場劫難中無一倖免，通通暴死家中，府內上上下下也被翻查了個遍，不知害死陳瑀一家的人找到他想要的東西沒有......
在巢湖的這場風波趨於平緩時，身處鄴城的曹智又遭遇了種種計謀。
相對於曹操的不屑一顧，陸康的龜縮不出，曹智在接到第一份關於孫策到達巢湖的情報時，就預感到了不妙。他那時像立刻抽身返回，但因爲由高覽帶路，也因爲曹智心急，他率領的大軍走得太快了些，送信的士兵在他後面緊趕慢趕，吃了一路的灰，還是晚了。曹智接到這份晚來的情報時，人已到鄴城不到十里的地方。
曹智這時還未等到後面水城失陷和李虎戰死的消息，但已預感到孫策這頭猛虎已覺醒。他一直知道孫策會有所作爲，在別人不看好他時，他已預知了歷史，但曹智一直認爲他要過江南下發展，應該在短期內不會和他有利益衝突。因爲他一直只是盤踞着江南的丹陽一域，他擴展巢湖、歷陽等地，也是往北發展的方向，應該和江東猛虎孫策的地域是背道而馳的。再說他自認爲一直和孫策處的不錯，他們算是朋友。孫策在歷史上被說得如何如何英雄了得，重義氣云云，在曹智想來孫策不會拿他這個朋友的地盤開刀。