在整個中山艦事件過程中，起着關鍵性作用的也可以說是事件的總策劃者是西山會議派以及孫文主義學會分子。事後他們表現得幸災樂禍，坐收漁利。
從中山艦調動過程來看，右派分子所做的手腳有：歐陽鍾、黃埔軍校、管理科學通股股長率隨員二人到李之龍家中，聲稱“奉蔣校長命令，有緊急之事，飭派能戰鬥兩艦開赴黃埔，聽候蔣校長調遣”。而此前他接到的信息是因一艘商輪遭劫，奉教育長之渝，調巡洋艦一兩艘，以備巡查之用。很顯然，由巡洋艦變成了戰艦，由教育長變成了校長（事實上，最初只是辦公廳主任孔慶浚下的第一道命令，後來傳達中出現了誤傳，但爲了突出右派分子的行爲目的，僅以最近的口令傳達爲始）。
歐陽鍾明明去了李之龍家裡，卻在事後隱匿有關情節，他在海軍局和李之龍夫人面前聲稱：“奉蔣校長命令”調艦，而在給作爲校長辦公廳秘書的季方的電話裡，卻如實陳述：在給海軍局的公函裡，他清楚地寫着要求“迅速派兵艦兩艘！”而在事後所寫的報告和供詞中，謊稱只是請其速派巡洋艦一、二艘，有意含糊其辭，偷樑換柱。歐陽鍾何許人也？他是孫文主義學會骨幹、海軍軍官當標、副標長歐陽格的侄子。
這裡面又牽涉了歐陽格，他是蔣介石發動中山艦兵變的主要策劃者之一。歐陽格爲奪得中山艦艦長這一肥差，撈取油水，造成私家勢力，不惜採取任何手段對艦長歐陽琳（格之堂兄）打擊、造謠、排斥、恐嚇，最後將其堂兄逼至香港。爲抓捕李之龍，歐陽格充分準備，玩弄手腕，假借蘇聯顧問之名，將李之龍誆至學校，再假借有事拖延李之龍提早返回。後又假借搭車回家探得李之龍住所，實爲卑鄙小人。
中山艦開火試驗汽笛，以確保出行安全，被歐陽格歪曲爲未令開火，蓄意兵變，並轉知於蔣介石。中山艦駛至黃埔時，右派分子又製造謠言，說是要劫蔣介石到中山艦上，強迫蔣去海參崴，等到中山艦返回省河，晚上開燈裝載煤油以備遠行時，又胡編亂造說中山艦要陰謀暴動，圖謀不軌，趁李之龍半夜熟睡之際，派人破門而入，五花大綁押至審問處。
在整個案件中，右派勢力都是以製造兵變爲口誅兵伐的理由，似乎那是不易懷疑的。因爲這些人蓄謀已久，處心積慮，精心製作，所以整個事件設計得非常巧妙，漏洞不多，以至於真相置於煙霧繚繞之中，撲朔迷離，蹤跡難辨。社會羣衆各持懷疑，說法不一，連——事情的受害者也被矇蔽，以爲李之龍在中山艦事件發生後已叛黨逆道，將其開除出黨，導致了李之龍對黨的誤解，使得損失了一些骨幹力量。
2．中山艦事件處理結果
事件發生後，引起了國內各派勢力的震驚和關注。面對着各方面的指責、退讓、妥協和恭維，蔣介石也因人而異地採取各種各樣的應對措施。
國民黨內部，汪精衛對整個事件的發生從始至終都被矇在鼓裡，作爲國民黨黨、政、軍最高領導人，發生這麼重大的事件，竟然對此一無所知，備感氣憤。更糟糕的是，緊接着蔣介石派軍包圍了汪精衛住宅，弄得汪丈二和尚摸不着頭，隨後大發雷霆。譚延闓、朱培德也被弄得莫名其妙。周恩來也回憶說：“這時，譚延闓、程潛、李濟深都對蔣不滿”，“各軍都想同蔣介石幹一下”。
3月20日當天，廣東區委負責人陳延年以及、周恩來等人也曾到蘇聯顧問住地，提議對蔣介石採取強硬態度。提出，動員所有在廣東的國民黨中央執監委員，秘密到肇慶集中，依靠駐防當地的葉挺獨立團的力量，爭取第二、第三、第四、第五、第六各軍的力量，通電討蔣，指責他違反黨紀國法，必須嚴辦，削其兵權，開除黨籍。至此，汪精衛企圖組織的“反蔣聯盟”輪廓基本形成。“反蔣聯盟”是蔣介石已經動作的情況下，爲“應付局勢”，企圖聯絡第二、第三、第四等軍的力量進行反擊的一個組織。
然而，“反蔣聯盟”很快就胎死腹中。譚延闓儘管專車已經備就，卻突然中止了韶關之行。到了23日，汪精衛就變成了泄了氣的皮球，“遷地就醫”，不知所去。這些情況之所以發生，就在於蘇方認爲汪精衛的“反蔣聯盟”及其措施“不適當”，主張實行妥協、退讓。儘管季山嘉支持汪精衛，但是，他對於用兵和與蔣介石破裂都還有顧慮，而且，當時還有比季山嘉地位更高的聯共中央委員、紅軍政治部主任、蘇聯考察團團長布勃諾夫在廣州。
3月24日，在布勃諾夫主持召開的蘇聯顧問團會議上，做出了對蔣介石實行全面妥協的決定。第一，“讓季山嘉、羅加覺夫、拉茲貢等顧問離任，讓布留赫爾留任。”其原因是這些重要的軍事顧問在國民革命軍中擁有很大的權力，他們時常自居於首要地位，直接管理事務，特別在北伐問題上，他們極力反對蔣介石，招致了蔣介石等人的強烈不滿。第二，放棄緩期北伐的主張。“會議認爲，無論時問早晚，北伐總不可避免。”第三，限制蘇聯顧問的權力。布勃諾夫認爲，中山艦事件是由於蘇聯顧問在軍事工作和總的政治領導方面的錯誤引起的。
至於“處處迎合其意”，協助蔣取得“更爲偉大之權力與實力”等做法，乃是一種愚蠢的權術。4月16日，在國民黨中央黨部和國民政府聯席會上，蔣介石被選爲軍事委員會主席，隨即採取行動反對右派：17日，與孫文主義學會幹部談話，要求取消學會。23日，與張靜江、譚延間、李濟深、宋子文及斯切潘諾夫等密議，決定免去吳鐵城的廣州公安局局長職務。次日，命左派李章達帶兵就任公安局長。蔣介石的這些做法使蘇聯顧問們感到，他們“利用蔣介石”的策略是正確的。
在上海，以陳獨秀爲代表的中央在中山艦事件發生後，不敢妄下論斷和輕舉妄動，他們在靜候着來自蘇聯方面的指示。但是，莫斯科方面遲遲沒有消息。3月末，布勃諾夫等歸國途經上海，中央才從布勃諾夫處得知詳細情況。
4月3日，陳獨秀謹遵“聖命”發表文章，認爲由於帝國主義和軍閥的強大，中國的革命勢力必須統一起來，文章宣稱：“蔣介石是中國民族運動中的一塊柱石”，人決不**謀去推翻他。這篇文章是中山艦事件後一個有權威性的表態，它實際上給應該做出的反應定了格。隨後，中央隨即決定，“維持汪蔣合作的局面，繼續對蔣採取友好的態度，並糾正廣州同志們的一些拖延未解決的左傾錯誤”。同時，決定派張國燾趕赴廣州，查明事實真相，執行這一妥協政策。
張國燾到廣州後，立即召開廣東區委緊急會議，傳達中央的妥協政策，要求一致遵行，他完全同意蘇聯顧問對蔣介石思想性格的分析以及“利用蔣介石”的策略。然而，在張國燾離開上海之後，中央於4月中旬收到陳延年的報告，決定改變妥協、退讓政策，採取一項新的政策，其要點爲：
盡力團結國民黨左派，以便對抗並孤立蔣介石；在物質上和人力上加強國民革命軍二、六兩軍及其他左派隊伍，以便於必要時打擊蔣介石；儘可能擴充葉挺的部隊、省港罷工委員會指揮下的糾察隊和各地的農民武裝，使其成爲革命的基本隊伍，並決定在廣州成立特別委員會，彭述之爲書記。4月末，彭述之受命前往廣州，和鮑羅廷面商上述計劃。彭述之到達廣州後，即成立特委機關，召開會議，傳達中央的新政策，結果，遭到剛剛回到廣州的鮑羅廷的強烈反對。當時中國完全作爲共產國際的一個支部存在和活動的，幾乎沒有決策自由。無奈之下，只得按旨辦事。
陳、彭二人由於意見被否定，便轉而主張退出國民黨，改取黨外合作。可以看出，中山艦事件之後，在制訂和執行對蔣妥協、退讓政策的過程中，起重大作用的是共產國際和蘇聯方面，以陳獨秀爲代表的中央不應該是主要的責任者。
3．蔣介石一箭三雕
通過中山艦事件，蔣介石一箭三雕，玩了個“帽子戲法”。既打擊了，抑制了蘇聯顧問，又逼走了汪精衛，但令人奇怪的是，蔣介石在得手之後，卻偃旗息鼓，究其原因，應該包括以下幾個因素：
一是廣州中國人的“強硬”立場和堅決鬥爭。事件發生後，3月20日早晨，廣東區委負責人陳延年以及張太雷、、周恩來等人就到蘇聯顧問住地，提議對蔣介石採取強硬態度和立場。同日，陳延年、張太雷、惲代英等人還立即召集了黨員積極分子會議，在會上說明事件的真相，揭露蔣介石，破壞國共合作的陰謀，號召大家提高警惕，加強工農武裝隊伍的建設，迎接新的鬥爭。
二是國民黨左派人士的強烈譴責和反對。面對着蔣介石新右派對中國和國民黨左派的瘋狂進攻，一些著名的國民黨左派人士不畏強暴，紛紛挺身而出，強烈譴責蔣介石的反革命的行徑。這些對蔣介石也產生了一定的壓力，使蔣不得不掂量下一次的冒險舉動。
三是蔣介石考慮到他的力量尚不夠強大，且懼於各軍的不滿。當時就廣東、廣西整個局面而言，蔣的兵力居劣勢，在國民革命的6個軍中，他只掌握第一軍，第一軍中的廣大士兵和中下級軍官都是要革命的，而且蔣的行爲引起各軍的不滿，這使蔣介石不能不有所顧忌。
四是蔣介石爲攫取全國政權還需要利用和工農羣衆的力量，還需要蘇聯財力和物力的幫助。這種“利用”心理，也使他不願馬上與蘇聯和中國造成矛盾激化，從而在事變後不久就偃旗息鼓、改弦更張了。
同時，蔣介石採取“以退爲進”的策略，施展兩面派手腕，掩蓋事實真相，洗清自身罪名。
其一，自請處分。蔣介石發動中山艦事件時，逮捕李之龍等人，包圍蘇聯顧問住宅和省港罷工委員會等，不僅引起了廣大員、國民黨左派和工農羣衆的強烈憤慨，也引起國民革命軍其他各軍的普遍不滿。爲尋找退路，3月23日，蔣介石上書國民黨中央軍事委員會，一方面竭力爲自己辯護，另一方面則虛假地承認“專擅之罪誠不敢辭”，並要求“應自請從嚴處分，以示懲戒，而肅紀律”，這些舉動緩解了當時的緊張氣氛。
其二，縮小事態。中山艦事件後，蔣介石即儘量縮小打擊面。在許多場合中聲稱中山艦異動“現在尚未審問明白，即使他（李之龍）如果有罪，也只是他一個人的問題，不能牽涉到團體身上。”宣佈“三月二十日的事件，完全與團體沒有關係的”，主要責任只在李之龍，即使對李之龍亦不想深究，因他畢竟是自己的學生；即使也只在黃埔軍校的第一軍內，目的在於“免除本軍內部之糾紛”，與其他各軍無涉，懇求汪精衛和其他各軍的諒解與支持；對於蘇聯顧問則謊稱“對人不對俄”，僅僅要求撤換季山嘉等3人，而歡迎鮑羅延、加倫速回廣州，繼續合作。一場反對孫中山三大政策的反革命武裝暴亂，就這樣被蔣介石用花言巧語“大事化小”、“小事化了”了。
其三，爲掩飾自己的陰謀和使自己免於陷入被動，蔣介石又演出了一幕周瑜打黃蓋的醜劇。宣佈事件本身是個“誤會”，並把“誤會”的一切罪責推到“帝國主義走狗及奸人身上”，處分了製造事件的孫文主義學會分子：免去王柏齡二十師師長、陳肇英虎門要塞司令的職務，責令他們離開廣州；免去吳鐵城新編十七師師長兼廣州市公安局長職務，送虎門要塞監禁；其他如歐陽格、陳策、徐桴等也都受了處分。這樣，蔣介石就以領導者的超然身份，“公正”地處理了中山艦事件的肇事者，取得了主動權。
其四，打擊右派。蔣介石通電全國，嚴詞斥責西山會議派及其他右派分子等爲“帝國主義之工具，希圖顛覆政府，摧殘本黨，竟敢不法通電，視中正爲傀儡，殊堪痛心”。宣佈西山會議派的二大會議爲“非法行爲”，“我們爲黨國計，大家都要羣起而攻之，剷除障礙”，“要當他們是在黨的罪人，是我們全體黨員的仇敵。” ωwш▲TTkan▲co
蔣介石在中山艦事件中，可謂一箭三雕，即打擊了政敵，爭取了個人權力，又仍以公正面目出現，得到各方面的諒解和支持。
三、整理黨務案