藥師兜的記憶出乎意料的多，裡面還參雜着一些其他人的記憶山中遠費了很大的功夫才找到了和黑袍人相關的東西。
從藥師兜的記憶中山中遠得知了黑袍人叫大筒木柳式，來忍界的目的和原著中出現的那兩個大筒木族人一樣，是神樹果實。
不同的是，大筒木柳式因爲不想引起六道仙人兄弟的注意沒有選擇對尾獸下手，而是把目標放在了輝夜姬空間裡培養白絕的神樹樹枝上。
而兩人結盟的原因則是因爲藥師兜穢土轉生出了二代火影，在二代火影的幫助下，能找到輝夜姬留下的空間。
而且在結盟期間大筒木柳式已經在藥師兜的幫助下，將一個空間裡的神樹樹枝提煉成了一顆果實。
得到了大筒木柳式的情報以後，山中遠繼續探尋爲什麼藥師兜會離開木葉。
經過多番尋找山中遠在藥師兜的腦海深處找到一份被他下意識封存的記憶。
山中遠打開這份記憶知道了藥師野乃宇死亡的真相。
藥師野乃宇原本是根部的一名忍者，擅長情報蒐集和醫療忍術，在山中遠將團藏殺死以後，藥師野乃宇也恢復了自由。
對此藥師野乃宇十分高興，在藥師兜的記憶中就能看出那段時間的藥師野乃宇臉上一直掛着笑容。
可惜好景不長，團藏雖然死了，但繼承了團藏偏激思想的根部成員還在。
當初山中遠因爲這些人中很大一部分都是各大家族的成員，所以沒有斬草除根，而是讓他們回到了自己的家族。
正是這些人中的一部分，聚集起來，利用他們的家族給孤兒院施壓，想要繼續控制藥師野乃宇爲他們蒐集情報。
藥師野乃宇爲了孤兒院選擇了妥協，此後她一直往返於木葉和各個大國之間，直到中忍考試的時候。
中忍考試巖忍村引爆了隱藏在木葉的起爆符，炸燬了木葉大量的建築，其中就包括根部殘黨存放收集情報的地方。
根部殘黨在很長一段時間都陷入了瘋狂，大約一年以後，藥師野乃宇歸來帶回了新的情報。
在看到情報的以後，根部殘黨又回想起了自己的心血被毀，於是他們把所有的怒氣都發泄在藥師野乃宇身上。
一夥人對藥師野乃宇惡言相向，可他們並不知道這一切都被藥師兜看在了眼裡。
在藥師兜眼中，藥師野乃宇就像他的母親一樣，從小照顧他長大，教他醫療忍術。
看到藥師野乃宇被人如此辱罵，藥師兜徹底爆發了，他悄悄從暗中走出來，凝聚出查克拉手術，想殺掉這些人。
藥師兜出手突然，根部的殘黨來不及躲閃，只能提起藥師野乃宇擋在自己前面。
就這樣，藥師兜的查克拉手術刀刺中了藥師野乃宇，藥師兜的情緒瞬間崩潰，開始不顧一切的衝向這些根部殘黨。
可惜的是根部忍者都是精英，藥師兜根本不是他們的對手，不過藥師野乃宇已經“死了”根部殘黨也不敢在木葉惹出太大的麻煩，因此他們沒有多和藥師兜糾纏很快就離開了。
臨離開前，根部殘黨清理了當晚他們行動的痕跡，這也是爲什麼後來綱手調查藥師野乃宇死亡的時候找不到一點線索的原因。
絕望的藥師兜本想帶藥師野乃宇的“屍體”回到孤兒院，可讓他沒想到的是，藥師野乃宇當時還有一息尚存。
等根部殘黨走後，藥師野乃宇提着最後一口氣交給了藥師兜兩個卷軸，並告誡藥師兜不要管她馬上離開木葉。
藥師兜不明白爲什麼藥師野乃宇要讓他離開木葉，但這是野乃宇的遺命，藥師兜選擇了乖乖聽話，趁着夜色離開木葉。
從木葉出來以後，藥師兜打開這兩個卷軸，一個是穢土轉生，一個是一封寫給大蛇丸的信。
看到大蛇丸的名字以後，藥師兜當即決定前往音忍村，經過幾天的跋涉後，藥師兜在山中遠剛開始融合輝夜姬查克拉的時候到達了音忍村，把信交給了大蛇丸。
大蛇丸老過信後嘆了口氣，給了藥師兜龍地洞的通靈契約，並提出讓藥師兜就在音忍村。
藥師兜毫不猶豫的拒絕了，他想給藥師野乃宇報仇，不可能留在音忍村。
大蛇丸也沒有多說什麼，只是告訴藥師兜，他手中的另一份卷軸可能能幫他達成心願。
之後藥師兜就開始研究穢土轉生，四處尋找強者們的屍體。有一次在尋找屍體的時候，藥師兜遇到了危險，情急之下他通靈出了龍地洞的蛇幫忙。
正是這次通靈，讓白蛇仙人注意到了藥師兜，他用逆向通靈之術把藥師兜召喚到了龍地洞，傳授藥師兜仙術。
而藥師兜也沒有辜負白蛇仙人的期望，很快掌握的仙人模式。
學會仙人模式以後，藥師兜潛入木葉，調查那些利用暫時藥師野乃宇的人，最終藥師兜得知這些人都是曾經根部的成員。
有關根的事情當年在木葉鬧的沸沸揚揚，藥師兜自然也是知道的，他知道是山中遠剷除了根部。
所以藥師兜恨山中遠，恨他爲什麼沒有把這些人全殺掉，因此藥師兜纔會出現在第四次忍界大戰的戰場上，並站在山中遠的對立面。
看完這些記憶以後，山中遠沉默了，就像藥師兜所認爲的那樣，當初確實是他放過了根部的那些各個家族成員，藥師野乃宇的死亡他也有一部分責任。
想到這着山中遠嘆了口氣，封印了藥師兜的查克拉，讓人把他帶下去了。
佐助見狀眉頭一皺：“遠大人，不殺了他嗎？他可是穢土轉生的施術者，這次忍界大戰有不少忍者是死在了他召喚出來的傀儡手上。”
山中遠擺擺手說到：“這件事等戰爭結束以後我會和你們解釋的，現在先把目光放到最後的決戰上吧！”
“最後的決戰？”
“嗯，按各個戰場的情況，局部戰爭馬上就要結束了，如果我猜的不錯，敵人的高端戰力應該要行動了。”山中遠面色凝重說到。