戰鬥結束後不久，自來也碰見了長門、小南和彌彥。面對彌彥渴望學忍術的請求，自來也不顧綱手的反對，決定教給三個孩子忍術，他覺得這是命運的趨勢。
之後自來也就留下來照顧三個孩子，他在雨隱附近找了個木屋，與三個孩子一起住了進去。第一次吃晚飯，自來也抓來了一條大魚，用火遁之術燒魚吃。彌彥說，“老師，我記住釣魚的要訣了！”長門哭了，彌彥問他怎麼了，長門說突然想起了家人。
彌彥拍了桌子，“不許哭，你是男人！就因爲這樣，雨隱的男人才會被人認爲是膽小鬼！”自來也道，“包圍雨隱村的三大國，現如今一直沒有安定下來，這場戰爭不會持續太久了。等你們長大後，各國也會互相理解，這裡也會和平……”
彌彥生氣，“這些都是你的一廂情願！我們大家的家人都被殺死了，如果要互相理解的話，讓他們也嚐嚐相同的痛苦再說，這也算分擔痛苦嘛！”彌彥的反應讓自來也很吃驚，其實自來也也知道，和平在忍界本就是一種奢望。
彌彥道，“但是，我也明白這些是不可能的，所以戰爭無法消失。我討厭下雨，這個國家一直在哭泣，是膽小鬼，我要改變這個國家，要保護大家！所以自來也老師，請你讓我們接受忍術的修行。”
回到房間後，自來也想要寫那本小說，但卻想不出小說的主題。想起彌彥的話，自來也忽然有了靈感，“雖然主人公爲了消除仇恨，希望能夠爲大家創造和平。但是該怎麼做呢？”小南突然開門進來，“不好了，自來也老師，長門和彌彥……”
自來也急忙帶着小南趕出來，來到外面不遠處，看見一個巖忍倒在地上，長門和彌彥躺在兩側。自來也扶起彌彥，問起情況。原來，長門和彌彥出門時，遭遇了這個巖忍，巖忍讓二人交出食物和錢財，彌彥不肯，然後長門突然失控了。
自來也認出那個死去的男子是巖隱村的中忍，“到底是如何被殺……”自來也看向長門，長門的輪迴眼打開了。看到這雙眼睛，自來也震驚萬分，“這孩子，難道是……那個形狀，波紋的模樣，難以置信！那雙眼睛是三大瞳術中最崇高的眼睛，輪迴眼。”忍者的祖師是六道仙人，據說現存的所有忍術，都是這擁有輪迴眼的仙人所創造出來的。
自來也認爲長門就是亂世中上天派來的救世主，同時也被稱爲將一切歸零的破壞神。自來也一直以爲輪迴眼是神話傳說，沒想到這個世上真會有輪迴眼的人存在。想起大蛤蟆仙人的預言，自來也道，“難道說長門就是那個變革者……這也許就是命運的邂逅啊！”
在教給三個孩子學習忍術的過程中，自來也發現長門居然具有輪迴眼，他想起了那條寓言，他的弟子將爲忍者世界帶來重大的變革。
之後，自來也決定傳授忍術給那三個孩子，讓他們能夠在遭遇危險時自保。彌彥興高采烈，向長門謝過上次的救命之恩，“我說你是膽小鬼，真是抱歉了。如果以後發生什麼事情，下次就是我來救長門你了。”長門道，“謝謝你，彌彥。”小南笑道，“是嗎？可是長門比彌彥厲害哦！”彌彥不滿，“可是通過接下來的修行，我就能變強了。小南，你的話太多了！”
自來也宣佈修行開始，首先教授三人查克拉的凝聚方法。當天晚上，自來也發現長門獨自在門外哭泣，就過去詢問。長門說的是殺死巖忍的事情，當時彌彥被打傷，長門很憤怒，腦子變得一片空白，處於忘我的狀態，等長門回過神來，巖忍已經死在地上了。之後長門很害怕，“懷着仇恨，失去自我的我，把對方給……這種做法是不對的。其實還有更好的方法……”
自來也道，“長門，我也不知道你的做法是否正確，但多虧了你，彌彥才活了下來。你保護了朋友，所以你的做法應該沒有錯，大家都不會怪你的。一旦被傷害就會記住仇恨，傷人同樣也會遭人怨恨，同時也受到良心的譴責。但正是因爲這種痛苦，今後才能以寬大的胸懷待人。這就是人類啊！”長門問道，“這是什麼意思？”自來也大笑，“這就是成長啊！”長門再問，“成長是什麼？”自來也道，“就是自己去思考該怎麼做。”
長門說起自身的遭遇，他和小南在餓得無路可走時，彌彥救了他們兩個，爲此他不惜去偷別人的食物。長門道，“我只想保護他們兩人，無論承受何種痛苦。”自來也很滿意，“這樣啊！”
受到彌彥和長門的感染，自來也在教授三人忍術的時候，終於開始了小說的創作，那本小說是自來也的第一本小說，題目就叫做《堅強毅力忍傳》，也就是根性忍傳。三個弟子各有特色，彌彥精通水遁忍術，把水遁用的出神入化。小南使用紙遁（秘術，非血繼限界），變化成各種兵刃和暗器，威力強大。長門出乎意料地精通五遁忍術，這跟猿飛日斬是同樣的奇蹟，自來也對長門最爲上心。
3年後，爲了測試三個弟子的修行成果，自來也與三人對戰。在大雨波濤中，彌彥發動忍術，“水遁，水亂波！”小南射出了紙手裡劍，長門結印，“風遁，烈風掌！”三人配合出擊，擊潰了自來也的影分身。看到昔日的三個孩子已經變成了少男少女，而且已經出師，自來也道，“這樣我就能放心回村子去了。從今往後，一切要靠你們自己了。這3年來，你們都很努力呢！”
自來也不是沒想過帶三個弟子回村子，但是長門的輪迴眼太過駭人，一旦被他人知曉，不知道會引起怎樣的軒然大波。要知道這個時候，白眼、寫輪眼都在木葉，如果再加上輪迴眼，肯定會引起更大的波瀾。而且團藏等人在後面興風作浪，長門一旦到了木葉，會遭遇什麼，自來也都不敢保證。所以自來也不惜花費了三年時間留在這裡，傳授忍術給三人，讓三人足以自保。預言裡說的很清楚，自來也只是引導者，而變革者的路要靠自己來完成，雨之國無疑是個很好的實驗之地。
聽到要與老師分別，三個弟子都哭了，自來也道，“好啦，別哭了，彌彥。會讓人以爲你是膽小鬼的！小南你會成爲大美人的。等你們長大了，我們還會再見的。這個國家還很貧窮，今後你們要悲傷的事情，還多着呢！不過，下次要用你們的力量去改變這個國家。”自來也轉身向前走，忽然停下來，“長門，你們都成長了，對嗎？”長門淚流滿面，“謝謝你，老師！”自來也自認爲完成了引導者的責任，放下一直壓在心中的石頭，帶着離別的傷感，返回了木葉。
自來也回到村子後，第二次忍界大戰還在持續，戰鬥進一步升級。（第二次忍界大戰到底打了多久，除了ab先生外，恐怕沒人知道。）木葉三忍在戰鬥中屢立戰功，三人的通靈獸，萬蛇、蛤蟆文太、蛞蝓，也跟着名揚天下，一起變成了傳說中的名號。一場大戰結束後，敵人潰敗了。綱手嘆氣，“這場戰爭要持續到什麼時候啊！要怎樣才能結束呢？”大蛇丸哼了一聲，“不會有這種方法的！因恨生恨就是這個道理。”綱手不滿，“你怎麼這麼說？”自來也道，“方法我不知道，但我一定要抓住和平！只要有這樣堅信的人，我認爲就有希望。”
這時，妙木山的傳信蛙送來了卷軸，自來也看完後悲痛欲絕，綱手問起原委。自來也道，“那些孩子們死了。我怒力想做出正確的選擇，我以爲那是給予我的命運。並且相信自己做出了正確的選擇，可是，也許我錯了。”綱手安慰他，“你一定會找到的，只要有信念。”
自來也道，“是啊，我的道路還長着呢！”大蛇丸冷笑不止，覺得綱手和自來也很天真，忍者本來就是爲戰爭而存在的，沒有了戰爭，就不需要忍者了。在這之後不久，第二次忍界大戰就以木葉的勝利而結束了，戰爭來得快，結束的也突然，其實是各國的財力、物力、人力都支撐不住，戰爭打不下去了。
似乎和平的曙光降臨了，自來也在木葉村收了另外一個平民出身的普通的弟子，這個人就是波風水門，一個充滿微笑，陽光一樣的溫柔男孩。水門擁有的天賦之高，超乎了想象，這讓自來也非常滿意，並把水門視爲預言之子。
正如一位賢者所說，各個忍村都只有兩件事在做，一個是發動戰爭，另外一個是準備戰爭，這就是所謂的戰爭與和平。隨着三代風影的突然失蹤，忍界的平衡再次被打亂，第三次忍界大戰就此爆發了。這場戰爭同樣非常慘烈，五大國均被捲入其中。
將持續長久的第三次忍界大戰引向木葉勝利的，是自來也的弟子波風水門，這就是在三戰中名震忍界的金色閃光。神無昆橋之戰奠定了木葉的勝局，最後，木葉的金水組合擊退雲隱的ab組合，爲第三次忍界大戰畫上了完美的句號。這場勝利同樣來之不易，有無數的忍者倒在了戰場上。
戰爭結束了，木葉三忍前往墓區祭奠亡者，那裡到處都是犧牲的木葉忍者的墓碑。慰靈碑前，放滿了白花。三忍心情沉痛，綱手難過，“好久，實在太久了！今後要做什麼呢？”自來也道，“是啊，繼續去旅行吧！也許在某地能夠邂逅能夠改變世界的弟子呢！”綱手道，“這就是你自來也的命運嗎？”自來也道，“嗯，可以這麼說吧！”大蛇丸道，“哼，你還真是多事。”自來也道，“你就不想將自己的忍道，讓別人繼承下去嗎？”
大蛇丸道，“蒐集研究這世界上的一切忍術，我的願望，僅此而已。”綱手道，“就算你能精進忍術，可人的生命是有限的。”自來也道，“就是啊，你看猿飛老師，被譽爲五影最強，精通木葉所有的忍術，可現在也逐漸老邁，不復昔日忍雄的風采。”大蛇丸道，“我可未必。”說完，大蛇丸就獨自離去了。綱手選擇了靜音作爲弟子，帶着靜音踏上了以賭博爲生的旅程。自來也想在臨走前，看看弟子水門。就連猿飛都說，一向不着調的自來也，收了個好徒弟。
某日，當上四代火影的波風水門一臉微笑，他正在翻看自來也的第一部小說，《堅強毅力忍傳》。在這部小說中，自來也把之前遇到的砂隱傀儡師、草忍、瀧忍、風魔忍、宗教領袖他們的言行都記錄在裡面，並跟主人公發生戰鬥和交流。
主人公說了這樣的話，“那就讓我來解開這個世界的詛咒！若世界上存在和平，我就一定要去抓住它！我絕不會放棄！”水門正看得入神，自來也闖進來，推了他一把，“哦，在讀我寫的《根性忍傳》啊！不過這是我的**作，文筆還有些稚嫩。寫的不是很好啦！”
水門合上書，“不，沒這回事。這故事寫的非常出色。每個故事都穿插進老師你的傳說，感覺有點像自傳小說。”自來也坐下來，老臉發紅，“沒有啦，那個……完全賣不出去呢！下回的作品，我打算加入一些我最擅長的h要素。”
水門道，“這本書的主人公，直到最後都不放棄的形象真的好帥啊！這主人公感覺和老師很像。”自來也謙虛，“是，是嗎？”水門忽然道，“那個我想好了，等我的孩子出世，如果他能成爲主人公一樣的忍者就好了。所以我想借用一下這本小說裡面的主人公的名字，可以嗎？”
自來也吃驚，“喂喂，這樣好嗎？我可是邊吃拉麪邊隨便寫了個名字。”漩渦玖辛奈走出來，“鳴人，很不錯的名字呢！總比金宇那傢伙的名字好多了。”想起金宇那古怪的名字，水門也大笑起來，“說起來，他和正美的孩子的名字，好像也起好了。金宇希望孩子能夠平安長大，不一定要當忍者，過得普通卻能很幸福就好。”
玖辛奈輕輕撫摸肚子，“嗯，聽正美說是團藏長老冥思苦想了幾天幾夜，纔想出來的，好像是叫做晶臧，漢字的寫法很麻煩的。團藏長老對那個孩子可是給予了厚望，這跟金宇的想法完全不同呢。”
自來也看到玖辛奈的動作，笑道，“真是的，這麼說來的話，我就是給孩子起名字的人啦！這名字由我來取真的沒問題嗎？”玖辛奈溫柔地走到水門身邊，夫婦二人如同一對璧人。水門笑道，“正因爲是老師你啊，要說擁有真正忍者才能的優秀忍者，已經非您莫屬了。”自來也大爲感動，還是第一次有人說他擁有忍者的才能。就這樣，鳴人的名字是由水門的老師自來也所取，晶臧的名字同樣由金宇的老師團藏所給。
那以後，自來也爲了尋求自己的命運，躊躇滿志，繼續旅行。而自來也在木葉村遇到鳴人，是那之後很久的故事了。