《阿凡達》的故事，發生在2154年。男主角叫傑克·薩利，但卻是一個雙腿癱瘓的前海軍陸戰隊員。
傑克·薩利雙腿癱瘓，整個人都非常頹廢。他活的就像行屍走肉，生命好像失去了活着的意義。
這時有人突然來找他，告知自己雙胞胎哥哥的死訊。而他爲了完成哥哥的未盡事業，接受了被派遣去潘多拉星球採礦公司工作的安排。
潘多拉星球上有一種別的地方都沒有的礦物元素Unobtanium（難得素），能夠吸引人類不遠萬里來到這裡拓荒的原因就是Unobtanium將徹底改變人類的能源產業。區區一公斤的難得素，就可以賣到兩千萬美金。
但是問題是，資源豐富的潘多拉星球並不適合人類生活。潘多拉的空氣對人類很致命，它充滿氨氣、甲烷、氯氣。如果不依賴別的設備，人類在這裡根本無法生存。而且本土的動植物都是兇猛的掠食者，極度危險。
然而就是這樣的環境卻孕育出了一羣獨特的生物，納美人。
納美族不滿人類拓荒者的到來，也不喜歡人類的機器在這個星球的土地上因爲到處挖礦而留下的斑斑傷痕。
雖然潘多拉星球環境嚴酷，但人類只要帶上空氣過濾面罩，甚至可以裸露皮膚在潘多拉星球上作業。但是由於人類即使學會納威語也無法和納美人直接交流。
於是科學家們轉向了克隆技術，提出了阿凡達計劃。
人類以自身與納美人的DNA混血，通過基因工程培養出身高近三米的阿凡達，並以人類的思維控制。這個克隆納美人可以讓人類的意識進駐其中，成爲人類在這個星球上自由活動的化身。
人類憑藉阿凡達可以不知不覺中潛入潘多拉，並伺機採尋礦產或者與納美人進行和談。然而並不是任何人都可以操縱這個克隆納美人，只有DNA與他身上人類DNA配型相符的人才有這樣的能力。
幾年後，傑克·薩利到了潘多拉星球，傑克·薩利繼承了他哥哥遺留下來的阿凡達。實驗開始後，他憑藉操控克隆納美人又能走路了。
傑克·薩利發現這裡的美景簡直無法用語言來形容，高達900英尺的參天巨樹、星羅棋佈飄浮在空中的羣山、色彩斑斕充滿奇特植物的茂密雨林、晚上各種動植物還會發出光，就如同夢中的奇幻花園。
不過很快他就體驗到了這裡的危險，一頭死神獸與他狹路相逢，在逃命過程中傑克與隊友失去了聯繫。
在晚上的時候又被一羣土狼襲擊，傑克奮起戰鬥，在整個戰鬥的過程中傑克寡不敵衆危在旦夕，危急關頭中一支箭射死了土狼，傑克得救了。救他的是納美族的公主，傑克從她口中瞭解到了更多潘多拉星球的知識。
納美族人一直以來都與潘多拉星球的其他物種和諧相處，過着一種簡樸天然的生活，傑克在和這個納美人女孩的相處過程中逐漸轉變了對人類來這裡採礦的看法，他意識到已經找到值得爲之戰鬥的東西了。
不過傑克·薩利如果要加入納美族對抗人類入侵者的戰爭，要付出很大的代價。
他不能永遠呆在化身中，當化身——克隆納美人睡覺時。他就會回到自己半身不遂的人類身體中，只有通過專門的連接設備才能重新回到化身中。一旦與自己的同胞爲敵，他就失去了與化身結合的可能。
只能困在殘疾的身體裡，並失去那個他越來越喜歡的納美人女孩。
最後，人類在利益的驅動下，派遣了戰機去摧毀納美族人所生存的家園樹。儘管傑克等人一再爭取希望可以不要那麼做，但是採礦公司還是決意要去摧毀。
傑克與他們協商，自己去和納美族交涉，讓他們離開那顆大樹，然而當他說明了一切之後，納美族人都很憤怒，特別是傑克喜歡的那個納美族女孩也是很憤怒，納美族人就把傑克捆在了刑架上了。
採礦公司派遣的戰機發現他們協商失敗了。於是就下令開火，摧毀了他們前進的障礙——納美人族人賴以生存的那棵巨樹，納美族人的老領袖也被炮火炸死。
沒有了生存之地的納美族人被迫暫居神樹之下。而傑克等人的正義行爲，因爲和採礦公司的利益相沖而被關押。後來，傑克等人在退役軍官的幫助下逃跑了。
傑克隨後設法馴服了納美人的神獸魅影，併到達了納美族人暫居的神樹下。呼籲納美族人作出反抗，他終於又得到納美族人的信任。
在他的呼籲下，他們聯絡了潘多拉星球上了其他民族的人，而且一起組建了一支幾千人的反抗軍，形成了陸空兩路的防線。
採礦公司的軍隊也發現了納美族人的反抗跡象，他們迅速派遣大量飛機和機甲，準備提前消滅納美族人。於是，納美族人的反抗聯盟和採礦公司的軍隊展開了血戰。
結果，納美族反抗軍最終打敗了人類，而人類的軍隊指揮也被殺死。戰後，納美族的新領袖重傷，遂把族人交給傑克帶領，傑克含淚接下重任並按領袖的要求殺死了他。
納美族人在傑克的幫助下，將遣送採礦公司全部離開潘多拉星球。
在納美人的精神領袖的帶領下，納美族人用自己的感受器與神樹相連，藉助神樹的力量，將傑克·薩利的精神轉移到他的阿凡達身上，傑克最終成爲了這個星上納美人的領袖。
周軒回顧完這些劇情後，摸了摸身後的神經突觸的髮梢。
“打敗人類嗎？這還真是一件難度非常高的事情啊。”
以他目前的實力來看，暫時還無法做到忽略熱武器的程度。所以，這次的事情，對他來說也是一個比較堅決的挑戰。畢竟他可不是男主，也不是伊娃的“親兒子”，更不是納美人領袖。
以納美人現在的情況，面對人類的重火力。要是不好好計劃一下，那還真是很傷腦筋的事情。