祖海最初也是遼東祖家軍的成員之一，跟祖寬、祖克勇等人一樣曾是祖大壽的部下，關寧鐵騎的骨幹將領之一，最初他們都離屬於袁崇煥。
袁崇煥被凌遲處死之後，祖海投靠了權傾朝野的馬士英父子，成爲錦衣衛都指揮使馬鑾的死黨，馬士英在朝內有錦衣衛給他撐腰，在朝外江北四鎮總兵均受他節制，因此馬家父子成爲當時最有實權的黨派之一，又拉攏阮大鋮，連東林黨也惹不起他，嚴重威脅到朱由崧的皇權，加又以擁立之功自居的馬士英常常以兵威殿面君。咄咄逼人的態勢令那個朱由崧得看着馬家父子的臉色說話。
正這個時候，朱由崧穿越過來了。
朱由崧剛剛穿越過來的時候，首先的目標是清洗廠衛，首先收拾的是位高威脅到皇權的馬士英和馬鑾父子。
朱由崧急詔鄭鴻逵，並讓他在錦衣衛任要職，僅次於錦衣衛都指揮使馬鑾，祖海先是鄭鴻逵的部下，卻仗着馬鑾的勢力處處壓制鄭鴻逵，直到鄭鴻逵忍無可忍，因爲一個大禮寺卿李沾，兩個人大打出手。
朱由崧深夜及時趕到，以初步的武力制住了祖海，祖海認爲這次必然大禍臨頭，不說禍滅九族，至少腦袋保不住了，但是沒想到朱由崧赦免了他，仍然委以重任。
祖海感念皇恩，從那以後，祖海死心塌地的保了朱由崧，幫助朱由崧設計除掉了馬鑾和馬士英，立下了汗馬功勞。
朱由崧牢牢地把錦衣衛抓在手，這支槍桿子成爲他穿越過來的第一桶金。
也是因爲有了這一支槍桿子，才使他穩定京師，剿滅奸黨，外出收拾四鎮軍閥成爲可能。
朱由崧恩威並用，也沒虧待這位時任錦衣衛都指儉事的祖海，擢升鄭鴻逵爲錦衣衛的都指揮使，升祖海爲錦衣衛的都指揮同知，鄭鴻逵不在錦衣衛任職之後，朱由崧又擢升祖海爲錦衣衛的一把手——錦衣衛都指揮使，掌管着整個錦衣衛，連位高權重的李全也屈居在他之下。
祖海更加感念龍恩浩蕩，對朱由崧忠心耿耿，特別是朱由崧御駕親征這一年多的時間裡，他在京師一天也沒有懈怠，指揮着錦衣衛對武百官時刻監視，使得朱由崧長期不在京師，但京師秩序仍然井然，下至黎民百姓，至武百官，沒有一個敢妄議朝政，對朱由崧不利的。
朱由崧收拾完了四鎮軍閥，又將滿清韃子驅趕到了關外，又把京師從南京遷到了北京，重新登基坐殿，北京的局勢剛剛穩定，祖海作爲朱由崧的第一禁軍的一把手，對朱由崧更加赤膽忠心，他和李全配合默契，武百官，黎民百姓，三教九流，五行八作，無不在廠衛的監視之下。
鄭芝龍造反的消息傳到北京，祖海首先替他的陛下想到了鄭家在京城的勢力，不只是鄭鴻逵，鄭成功和鄭彩，還有這個自己的得力助手、錦衣衛的二把手、東廠的掌刑千戶李全。
祖海懷疑李全沒有半點私人恩怨，主要是李全曾是鄭鴻逵的心腹愛將，鄭鴻逵奉旨鎮守鎮江的時候，李全是他的親兵衛隊長，如果再往前追溯，李全的老家在福建，也是鄭家軍的將領之一，跟鄭芝龍鄭鴻逵等人一道出身海盜。
現在鄭芝龍造反了，對朝廷威脅最大的顯然不是鄭芝龍和唐王朱聿鍵在福建和廣東的勢力，而是京師以鄭鴻逵爲首的幾個姓鄭的，當然包括這個李全，鄭鴻逵，鄭成功，鄭彩，李全，這四人組合實力太大了，手握重兵，權傾朝野，一旦他們四個策動手下發動譁變，京師必然有一場血戰，後果不堪設想。
祖海曾被這李全暗向朱由崧建議，先奪了這四個人的兵權，把他們控制起來，但朱由崧同樣是付之一笑，不置可否。
沒有皇爺的指令，祖海當然不敢擅自行動，但是在錦衣衛幹了這麼長時間的祖海，當然有經驗，那是派出心腹的錦衣衛時刻監視這四個人的一舉一動。
鄭彩進了鄭鴻逵和鄭成功的府宅，祖海立即得到了報告，後來鄭彩出了鄭鴻逵的府，鄭鴻逵和鄭成功又帶着幾千兵馬出動了，這一切都沒逃過祖海的眼睛。
祖海認爲鄭鴻逵、鄭成功和鄭彩蓄謀好了，開始行動了。他做好一切準備的情況下必須得第一時間奏報朱由崧，得到旨意之後，該抓的抓，該殺的殺。
李全此時要走，祖海認爲是李全的脫身之計，因此這才命令手下對李全出手。
很快李全兒被自己的手下綁了。
“大人，你竟然懷疑屬下對陛下不忠？”李全顯然沒有想到。
“知人知面不知心，畫龍畫虎難畫骨，閣下曾經是鄭芝龍和鄭鴻逵的心腹愛將，現在他們鄭家扯旗造反了，幹我們這一行的，你應該知道，本指揮使懷疑你絕非多餘。”
“但是大人，屬下冤枉。”李全點頭，認爲祖海說的有理，但是仍然喊冤。
李全不但自己喊冤，他還替它的舊主人鄭鴻逵喊冤，鄭成功和鄭彩他不敢保證，但是他說鄭鴻逵絕對不會背叛陛下，他願意拿他的項人頭擔保。
祖海勃然大怒，“你們冤不冤將來對陛下說去，本指揮使只對陛下負責，帶下去嚴加看管，沒有本指揮使的命令，任何人不得靠近，否則格殺勿論！”
手下人答應一聲，把李全兒關進了一間屋子，祖海的心腹愛將帶着一支錦衣衛晝夜守候。
然後祖海急匆匆來見朱由崧，奏報了軟禁李全之事，並要求陛下立即降旨封鎖京師，捉拿鄭鴻、鄭成功和鄭彩。
提督東廠的大太監盧九德，御馬監掌印太監李國輔，兵部尚書劉肇基以及張環、馬萬年、李柱石，趙甫，方東旭等御營的幾個指揮使都在，他們跟錦衣衛幾乎是同時得到了消息，跟祖海一樣，也是來要求朱由崧下旨拿人的。
此時的朱由崧正在皇宮裡，像沒事人一樣，欣賞着邢畹芳唱歌跳舞，如癡如醉，面對一桌豐盛的御宴瓊漿，更有金皇后，馬金花，賀宣嬌，嬋兒和小柳是都在陪着他。
看着這幾張爲國事急得汗都下來的朝堂大員的臉，朱由崧一揮手，命令歌舞停下，認真的聽完祖海的奏報，朱由崧淡然一笑，對祖海道:“好你個祖海，膽子不小，竟敢沒有朕的旨意擅自把李全給軟禁起來了，你可知罪？”
祖海嚇的撲通一聲跪下了，不知道自己哪兒錯了，兩個大太監和其餘的衆將皆一臉的愕然之色。