提到揚州之事，此次史可法奉旨出面調停高傑，爲朱由崧武力削藩贏得了時機，也算功不可沒，朱由崧宣佈從當日恢復其官俸，撤銷原來罰俸兩年的決定，但仍爲兵部侍郎，兵部尚書一職仍由內閣首輔高弘圖兼任。
史可法覺得皇真是一位功必賞，過必懲的明君，屈膝拜伏，感激謝恩。
然後朱由崧又重點提拔了幾個地方武官，第一個是揚州的兵備道劉肇基，破格擢升其御營統領，這次親征，他深感御營力量的薄弱，偌大的帝王聖駕，火器營的缺失像笑話一般，很多時候還是依靠錦衣衛護駕，在京師皇的安全當然由錦衣衛負責，但御駕親征離開京師時，得指望御營了。
因此回京後他對御營進行了擴充精編，調離羸弱，新增了火器營，配備銃炮等輕重火器。然後傳旨從京營兵、黃得功部層層選拔精壯將士充入御營，擴充後的御營將達到五千人的規模，現在御營缺一個總兵官。
朱由崧當庭宣佈這一職務由劉肇基擔任，這次高傑泛兵揚州，功勞最大的當然是劉肇基，能以幾千城管之兵對抗高傑的五萬雄師，使高傑強行進駐揚州的陰謀化爲泡影，保護揚州數萬民衆免受軍閥的掠擾，很好的配合了朱由崧的儀真伏擊戰，這功勞應該名垂史冊。
朱由崧還查了劉肇基的閱歷，發現此人也是歷史名將，祖籍遼東，出身將門，祖輩世襲指揮僉事。在抗壓民變的過程升任遼東副總兵、總兵官。曾是薊遼總督洪承疇的部下，負責訓練寧遠諸營士兵。清韃子進犯錦州，劉肇基奉命抗清，歷史，弘光政權建立後，劉肇基出任左軍都督，史可法督師揚州，劉隨軍出征，清軍破揚州，劉肇基力戰殉國。
可見這是一員治軍幹練的忠貞之將，將御營交由此人訓練統管正合適。
然後朱由崧又破格提拔了江陰的三位典史，唯任閻應元爲京營提督，陳明遇爲京營兵僉事，馮厚敦爲京營兵主薄。
此語既出，百官大譁，因這三人與劉肇基不同，人家劉肇基出身將門，閱歷與戰績俱在，被朱由崧提升爲御營統領百官服氣，但這三位皆爲縣城小吏，相當於現代的公安局科級或副科級，一下子提居京營兵的要職，認出朱由崧做得有些出格了。
頓時內閣首輔高弘圖，戶部尚書呂大器，太師姜日廣，太子太師黃道周，太子太傅劉宗周，左都御使左懋第，右都御使黃端伯，戶部右侍郎瞿式耜，禮部左侍郎吳偉業，等等紛紛站出來反對。這些大臣爲國賢、爲人正、什麼不向惡勢力低頭、敢對不公正說不、敢於犯顏直諫等本性此時表現出來了。
當然反對最激烈的當屬禮部尚書錢謙益，這位東林魁首出班跪奏，說這三人位卑人輕，又沒什麼功名，如此擢升既難以服衆，也不合法度，有損國本，望陛下收回成命，云云。
朱由崧對面那幾位尚能容忍，因爲他當初借內閣諸臣集體請辭之際，等於把六部高官重新洗牌，唯以重任的這幾個人，從三公三孤，到內閣首輔，再到六部高官，無論人品和資歷大都是後世評價較高的，不是儒學大師是史學大家，要麼是詩人、賢相或廉官等等，因此朱由崧在一定程度允許他們觸龍鱗，因爲朱由崧知道這些人起碼都是忠於大明的。
獨一人例外，那是東林魁首錢謙益，論學識之淵博，錢公無疑是位學冠古今的飽學之士，大詩人，要不然人人競逐正值妙齡的大才女柳如是也不會甘願嫁給一個年近花甲的老糟頭子。當時的錢謙益賦閒在家，無職無權，柳如是看的正是錢公的才學，後來錢謙益官至禮部尚書。
朱由崧也是愛才之人，對這位壇領袖也很敬重，但敬重的只是他的才學而已，對他的人品嗤之以鼻，朱由崧用人的標準首推德，其次纔是才，錢謙益要是疏請辭，朱由崧無疑會欣然接受的，但是這位錢公沒有這樣的魄朱力，他與吳偉業等人不同，錢謙益太在乎功名了，對頭的烏紗看得甚至重於自己的生命，以至於後來成了人所不恥的貳臣，正因爲這些朱由崧纔有點瞧不起他。錢謙益當然不知道根源，他還想進步，無法實現願望時怨聲載道，殊不知朱由崧不貶了他已經不錯了。
現在他也想逆龍鱗，朱由崧心裡當然不痛快了，暗道連朕的面子也不給，那朕身爲堂堂的一國之君，何須給你留面子？朕連破格提拔幾個人都不行了，竟然拿法度和國本來壓朕，難道非要讓朕說出江陰三公幾個月後的壯舉嗎？朕不好開口，即便說出去，爾等也不會信，這些勳臣閣僚言官御使，有時也挺討厭，大都與東林黨有瓜葛，難道老毛病又犯了？既然如此，朕不妨借訓教錢謙益之機拍你們幾句。
想到這裡，朱由崧當廷訓斥起錢謙益來，“牧齋言之差矣，照你這麼說，人非功名不能唯任，非資歷不能負重，非親戚和裙帶不能入仕了？江陰三公，雖然官小職微，但朕考察過，三公個個胸懷錦繡，腹有良謀，更重要的是三公對我大明忠心耿耿，夙夜在公，平盜抓賊，打擊私鹽，政績斐然，正是因爲有了他們，江陰民衆才得安居樂業，朕重用這樣德才兼備之人有何不可？朕之用人唯纔是舉，然德居其首，然後乃推才，那些朝秦暮楚、尸位素餐之輩，那些欺世盜名、自我爲重之徒，縱有經地緯地之才，在朕看來亦不過糞土爾，因爲這些人在國難當頭時，在威逼利誘面前，有可能會成爲可恥漢奸、叛徒、賣國賊，如高傑、李成棟、高進庫、吳三桂之流，皆是如此！”
朱由崧這番含沙射影，令這位以江南第一大才子自居的錢謙益面紅耳赤，再無了下。但是他心裡做勁兒，昏君獨權專斷，很快有你的好看！