然軒轅畢竟是天定人皇，做事很是果斷，就《內經》當可流傳於世，而《外經》不能通行於世，自能隱傳，所以當下撒下《外經》一部，隱於暗中，只取《內經》流傳於世。
軒轅的招賢榜也有不少五湖四海的散仙前來相助，如此軒轅帳下人才濟濟，對付那九黎部落的大將也有了，只是等待時機，如今軒轅還爲到山窮水盡之步，雖有人才卻實力不濟，對付蚩尤還是差了些。
軒轅再次召集兵馬準備與蚩尤一戰。這時的燃燈道人正好到達，與廣成子等會合了。
燃燈道人也從廣成子等口中知道這些年的事，心中卻暗暗怪天庭多事，不過臉面上卻沒有顯露分毫，這時更是聽道軒轅再次要與蚩尤開戰，也只能前去相幫。
廣成子帶着燃燈道人等來到軒轅面前，將他們簡紹給軒轅後，雙方見過禮後，就開始這次大戰了，而軒轅也將玄女安排在參謀的位子上，畢竟玄女可是排兵佈陣的大才呀。
不久軒轅就率領人族軍隊出現逐鹿之野，同時蚩尤也率領着九黎族人擺開大陣。
隨後雙方很有默契的各自揮了揮，雙方軍隊就馬上衝向對方。
這時的燃燈道人也知道了軒轅人族還是很有實力的，各個勇猛作戰，雖然還是比不上九黎族人的個體實力，但是在大戰中也不是比個人實力的，而是比集體力量的，而且這次更是有九天玄女排兵佈陣，更是將九黎族人擋住了。
蚩尤見軒轅人族也出現能人了，他也不能後退，就讓族人也開始佈陣，也就是九九寂滅大陣的簡化版，就是這樣也有將軒轅部隊有打的敗退的跡象了，可見具有巫族血統的九黎族人的戰鬥力有多強呀。這時其他的修士也不再等了，各自衝向九黎族陣中，打算破壞此陣，這樣才能保證軒轅部隊的安穩。
不過蚩尤可不會讓他們如願，他和八十一長老及其刑天等大巫馬上就衝出去與那些修士站在一起。雖然軒轅這邊的數量比較多，但是戰鬥力卻不能和巫族相比，更何況還有他們的九九寂滅大陣的作用下發揮出的力量就更大了。
好在修士還有法寶的幫助，不過都用處不大，畢竟巫族的身體可是出了名的強悍。而大巫更是非先天靈寶或特殊靈寶不可破，而現在只有闡教的修士有這些寶貝，而其他的修士畢竟是散修，先天靈寶等都不用想了，而且就算有也保不住的。
巫族人多，而先天靈寶或特殊靈寶都少，只不過廣成子的翻天印是攻擊力著名，更是在原始天尊的幫助下完全煉化此寶，這樣才能不用消耗太多法力的情況下發揮出最大的威力，所以才能抵擋住了巫族大部分攻擊。
而燃燈的乾坤尺和他的伴生靈寶先天靈寶靈柩燈，再加上他準聖初級的修爲，也當下了刑天的攻擊，畢竟刑天可是號稱戰之祖巫，更讓燃燈不得不全力施展下還有不敵的跡象。
那蚩尤佈下九九寂滅大陣，此時更是發揮出驚人的優勢，那些修士都隱隱動搖了，而天庭的昊天和瑤池見人族有潰敗的跡象，馬上派出十萬天兵天將來助，刑天等巫族急了，畢竟大多數九黎族人也都是凡人而已，可擋不住天兵天將的攻擊，只能捨棄各自的對手奔向那些天兵天將，而修士們則盡力阻止着。
九黎族也因爲失去了刑天等幾個大巫的頂級戰力又與人族打的堪堪平手，不過蚩尤的九九寂滅大陣太過厲害，闡教修士也不能破之。
在崑崙山上的原始道尊也知道只憑他們識破不了這大戰的，所以很是無奈的嘆了口氣，一揮手將他的證道之寶意如玉傳道廣成子身邊，而廣成子也發現了這意如玉，也知道是師尊之意，隨手接過後，瞬間擊出，擊中大陣主陣蚩尤，將他打出陣中。
這九九寂滅大陣不攻自破了，而那些散修看見這大陣已破，頓時一擁而上。
九黎族的八十一位長老也是巫族人，也因爲陣法的反噬，大都重傷，能戰的沒幾個了，而現在又被這些散修不停大都，死傷大增。
而闡教的修士都十分羨慕又嫉妒的看着廣成子已收回到手中的意如玉了，他們也知道這可是師尊的證道之寶呀。
燃燈道人更是嫉妒非常，要知道他也是紫霄宮中客，不惜委身於闡教中就是希望有個好的地方容身，可是他只能看着原始道尊的徒弟得到靈寶，更是大多是先天靈寶，而他只有得到一件後天的靈寶，這讓他心中很是不平。
更何況他坐着闡教副教主之位而原始讓其弟子稱呼他爲老師，更是將勀勀業業的爲闡教奔波，到頭來卻不能等到原始道尊的賞識，更讓他氣憤的是，原始道尊平時只講一些粗顯的道法，從不在燃燈面前將更深奧的道法，而這些也只有他弟子時纔講，可見這燃燈在闡教尷尬的局面。
蚩尤也知道在大陣被迫，刑天等大巫被引開後，被打敗也是在所難免的了，所以只能儘量保存實力，意圖戰後聚集大巫們再來過。
不過軒轅大軍沒了那大陣阻礙立即殺向蚩尤大軍，兩軍混戰，那蚩尤的兄弟由於被破了大陣，受傷不淺卻是沒了戰力，那些大巫被十二金仙拖住，所以蚩尤更是敗的迅速。
最後蚩尤只能將大軍藏在了大霧中，軒轅率軍前往追擊，不想落進大霧中人族士兵看不見對方，這仗也沒法打下去，軒轅大軍被困在那大霧之中尋不到方向。
那軒轅更是焦急，只能看着那些族人被大霧困死的族人。軒轅部落衆人卻是在陣中被困了七天了，許多都飢餓難耐了，活活餓死，可見戰爭之殘酷。
這時有一招賢而來的人族之人，他造出一輛始終指向南方的車，而軒轅見到此車就如路甘露一樣甜美，馬上就帶上剩餘的人馬，依着被軒轅命名的指南車的戰車，衝進了大霧之中。隨後救下很多人族戰士，軒轅馬上命一部分將士照看好這些戰士，其他的依然靠着指南車衝出大霧，繼續追擊着蚩尤部隊。
不過蚩尤部隊雖然強悍，但是經過幾天幾夜的奔波也是累的筋疲力盡了，只能停下來休息了，不想這時的軒轅部隊已經衝出大霧向他們而來了。
軒轅大軍有了指南車指明方向，這大霧被破，軒轅大軍也找到了蚩尤的殘餘勢力。
本來這蚩尤想將這軒轅大軍困死在那大霧陣中，不想這軒轅竟然破了大陣找到了出路。蚩尤見得軒轅破陣仰天怒吼道：“天不助我。九黎兒郎隨我殺。”
“殺”殺聲震天，九黎族最後的軍力全部在這裡了，蚩尤只能與軒轅一決雌雄，雖然明知失敗，卻也不願退縮。
人皇軒轅帶領人族大軍與蚩尤決戰逐鹿，兩軍大戰三日，最後蚩尤力衰被抓。
那蚩尤也是一霸，憑一己之力殺了人族數十萬人，最後力衰被抓，心中卻是不甘。
軒轅抓回蚩尤準備將其斬殺，可惜那蚩尤身爲大巫之身，一身銅頭鐵骨，尋常刀劍卻是傷不得他半分，那軒轅也殺他不得，那蚩尤見衆人殺不死自己，便在那裡大罵軒轅。
這時老子的徒弟玄都大法師前來，廣成子等自然見禮後，玄都大法師將一把劍教與軒轅後，就道：“人皇可用此劍將此大巫誅殺。”
軒轅接過那劍，劍身一面刻日月星辰，一面刻山川草木；劍柄一面書農耕畜養之術，一面書四海一統之策。此劍就是妖族煉製的屠巫劍，威力無窮，比起那先天靈寶也不遑多讓，只是最後落於老子之手，後又因爲人族之事，將此劍重新在煉製一番後，就變成了這幅摸樣。
軒轅得到此劍走到蚩尤面前，那蚩尤笑道：“軒轅小兒，憑你手中這破銅爛鐵也想斬殺我。”
軒轅也不回答，走上前去揮劍砍向蚩尤，那劍劃過蚩尤項間，一道血光閃過，那蚩尤一身精血被那劍吸收乾淨，而蚩尤的頭顱也落在地上。
後又聽到玄都大法師說出此劍的來歷後，軒轅沉默一下，畢竟這可是先輩人族的精血煉製而成的，隨後就說道：“天地若有靈，神劍若有識，請聽軒轅之言：軒轅掌此劍，當內修文德，外練武功。對內廣佈仁德，使人族安居樂業，無有憂患；對外多施威懾，使化外之地尊吾民，敬吾國。若軒轅不肖，人族七祖可憑此劍斬之；若子孫不肖，人族七祖可憑此劍斬之。”
天地感於軒轅誓言，卻降下無邊玄黃之氣，直落入‘軒轅’劍中，使此劍成爲人教聖器，更可斬人間不肖帝王，而不沾因果。
軒轅成爲人皇后便按照自己所發誓言而爲，人族的軒轅的誓言而得繁榮興盛，而其南部九黎族也被軒轅安撫襲來，沒有趕盡殺絕，九黎族人也知道軒轅之意，也不再再起戰事。
自此三皇時代完畢，而軒轅也自稱黃帝，史稱軒轅黃帝。
在大戰不久後軒轅也舉行了人婚，自此天地人三婚圓滿，女媧的紅繡球也解禁完畢，完全煉化。