卻說神農在接任伏羲成爲人皇之後，便開始在整個人族推廣耕作之術，神農氏教民種五穀後，並不單單靠天而收，還教民打井汲水，對農作物進行灌溉。同時，他還發明瞭陶器，解決了人類的生活用具——器皿和陶盆、陶罐等。
農業的出現，人類的勞動果實已有剩餘，這時，神農氏設立集市，讓大家把吃不完，用不了的食物和東西，每天中午拿到集市上去交換，從而出現了原始的商品交易。還治麻爲布，使民着衣裳。更削木爲弓，以威天下。
神農管理部落，治理天下很有方法。他不望其報，不貪天下之財，而天下共富之。智貴於人，天下共尊之。他以德以義，不賞而民勤，不罰而邪正，不忿爭而財足，無制令而民從，威厲而不殺，法省而不煩，人民無不敬戴。
此時人們不知山林中的植物並不是所有的都能吃，而有些是有毒的，人民常有被毒死的，神農不忍便聊走遍天下，嚐遍百草」人們知道什麼能吃，什麼不能吃，那些吃了有害，而那些吃了有益，神農熄決心後便離開部落在洪荒各地遊蕩，以圖嚐遍百草。
如此數年時間神農找出了許多可以食用的植物，也多次中毒，最多的時候曾一日中了七十次毒，雖然每次都靠着自己強健的身體和豐富的藥草知識挺了過去，但是毒物已然將他的身體弄跨，而且毒素也潛伏在了他的身體裡面，已經無法在經受毒藥的侵襲。
神農知道這樣下去不行，倒不是他怕死，而是他的事情沒完成，於是神農想來想去恐怕只有伏羲口中說的那個神通廣大的人祖道玄才能幫自己，想到道玄後神農決定前往了蓬萊島。
卻說神農到了蓬萊島之後道玄問：“人皇來我這島上所謂何事啊？”
神農道：“山林中的植物並不是所有的都能吃，而有些是有毒的，不少百姓常吃到有毒食物被毒死，我不忍便看此慘樞次發生，因此聊走遍天下，嚐遍百草」人們知道什麼能吃，什麼不能吃，那些吃了有害，而那些吃了有益，可是我才走了數年就帶了一身毒素，命不久矣，我倒是不怕死，可惜我的事情還沒完成，還望老祖慈悲，就弟子一命，好讓弟子完成未完之事。”
道玄道：“我這倒是有些丹藥，也能解你的毒，可是你這樣不斷的適藥，不斷的中毒，總有一日會碰上解救不及的毒啊！我能救你一次卻不能永遠都救得了你，可是你有如此大志我卻不能阻你，卻是有些難辦。”
正在這時一個聲音道：“這個好辦，交給我吧！”然後從後面走出一人，卻是雲中子。
雲中子正好在道玄這裡做客，主要是他感覺最近煉製法寶缺乏靈感，於是來拜訪道玄，希望道玄的奇思妙想能對自己有所幫助。道玄也不愧雲中子看重的人，構思時一個接一個，雲中子這些日子卻是在道玄的島上煉法寶忙得不可開交，今日又煉成一寶，拿來給道玄看，剛好聽到道玄跟神農的談話，於是忍不住跳了出來。
道玄知道雲中子的腦袋有些古怪，而且研究出了不少秘法，或許真有辦法也說不定於是就問：“你有什麼辦法？”
雲中子道：“前些日子我得了些先天水晶之精，這水晶卻是最能隔離毒素，我只要用這水晶將他的肚子給改造了，他以後卻是不畏懼任何毒素了，而且還能辨別毒素的強弱，我還能將他的肚子分兩半，讓他一半放無毒的，一半放有毒的，以後回去也方面交受他人認識這些植物。”
道玄看雲中子不狼改造狂人，後世改造了雷震子這麼個怪物出來，仙子卻是一開口就是要將神農給改造了，覺得這樣改造了神農卻是不好，正要阻止，神農卻道：“好辦法，有勞仙長了。”
雲中子看到有人送上門來讓自己試驗，二話不說就免費並倒貼先天水晶之精華幫神農改造身體了。不一會神農就挺着個水晶肚出來。然後兩人拿毒物來適應，發現毒物果然不能侵，正高興，道玄卻道：“你有這麼個肚子，雖然能辨別毒素的強弱，可是有些毒物有沒有毒卻也分不出來了。”
神農和雲中子才發覺這個問題，可雲中子這時候卻反應特快，拿出一根木頭道：“罷了，這乙木之英我一直捨不得用，今日跟這人皇有緣，就用他來煉製一神鞭助人皇吧。”說完就開始煉製。
四十九日後，雲中子將練好之神鞭交給神農道：“此乃我用乙木之英所煉成的寶物，可辨識萬千草木，只要用此鞭打過便可知這種植物有毒無毒，卻是方便你辨別百草，但是此物只可辨別草木有毒無毒，卻無法辨別出毒性之強烈，你要想知道毒性還得自己試驗，你有我給你安的肚子卻是不怕，兩樣相合你之志必成。
神農道：“我若能做成這件事，天下百姓不受病痛之苦，全是仙長功勞。”雲中子卻豪不在意，他不知道，卻因爲這番作爲他分了神農的部分功德，氣雲高漲，成了一福德之仙，後來封神闡教十二金仙之中就他一人無損。
神農離開蓬萊島，到了洪荒大陸後就向大山深處行去，一路之上但凡見到以前未曾見過的草木便用廣成子所煉製的神鞭赭鞭打一下，看其有毒無毒，並將他們記錄下來，等到晚上的時候便將那些毒草服下，檢驗其毒性的強烈，慢慢的神農發現各種毒藥都有都有五行屬性，有些厲害的毒藥更是混含了數種五行之力，所以才毒性劇烈，神農察其寒、溫、平、熱之性，辨其君、臣、佐」之義，慢慢的便可以用之解毒，還可以治病。一天神農在石縫中找到一支開小黃花的藤狀植物，神農用赭鞭打一下發現其中蘊含劇毒，便把花和莖吃到肚子裡以後，沒有多久，就感到肚子鑽心地痛，好像腸子斷裂了一樣，連忙用功將毒性化解，一會神農起身擦了一下頭上的汗說道：“幸好有那仙長爲我改造過肚子，雖然痛苦依舊存在，但是卻是能以免族民誤食而喪命。這種草吃下去肚子鑽心地痛，好像腸子斷裂了一樣，就叫”斷腸草“吧。經過數十年的辯嘗發現甘草可以治療咳嗽，大黃可以治療便秘，黃蓮可以消腫等等。經過數十年的辯嘗，神農終於幾乎將所有的草木都嚐遍了，還寫下了一本書《神農本草經》，《神農本草經》闡述了藥物的三品分類及其性能意義，藥物的君臣佐使及在方劑配伍中的地位和作用，藥物的陰陽配合、七情合和、四氣（寒熱溫涼）五味（辛甘酸苦鹹）、有毒無毒，藥物的採造，藥物的煎煮法，藥物與病證的關係等等。當這本書寫完的時候天上降下功德落於神農身上，同時也有一團功德降下落於雲中子身上。