就在華東政府和清廷討價還價的時候，日本己經在2月1 5日向華東政府提出交付第一批物資的要求，並且指明送到朝鮮半島，在南浦港進入大同江，一直送到平壤。
原來日本佔領漢城之後，俄軍全部撤離朝鮮半島，雙方僅僅在朝鮮半島和遼東半島邊境地區進行了幾場小規模的戰鬥，日本基本控制了朝鮮半島，並且向朝鮮半島增派軍隊，準備從朝鮮半島爲跳板，進攻遼東。而軍隊進駐，自然需要大量的物資，因此將從華東政府定購的第一批物資的交付地點定在朝鮮半島。
平壤是朝鮮半島最大的城市，而且位於半島的西北部，距離鴨綠江只有1 8 0公里，是從漢城到鴨綠江要近一半，因此自然是最適合做爲日軍大本營的地點。
華中政府立刻組織船隻，在2月1 6日，18日兩天分別各組織了一支船隊，於19日將所有物資都送到平壤。從煙臺出發，直達平壤約4 0 0公里，只需要一天時間即可到達，而從日本的佐世保或吳港出發，距離超過1000裡，需二天多的時間，因此從華東政府採購物資，確實是大大提高了運需的效率。
日本政府、日本軍令部都在20日向華東政府至函表示了感謝，而在22日，又通知華東政府，聯合艦隊預計在2月24日會再度出擊，進攻旅順港。
偷襲旅順之後，日軍在2月13日、20日兩次派遣小股軍隊試探俄國艦隊的動向，而俄軍既2月9日的仁川海戰損失了瓦良格號和高麗人號之後，艾妮塞號*敷設艦和包亞林號巡洋艦被自己的*炸沉，西維奇號炮艦在營口因觸冰沉沒，再加上在旅順之戰中受傷的軍艦，俄軍一下子損失了8艘軍艦，對艦隊士氣是一個沉重打擊，
阿列克謝耶夫總督曾想出動軍艦主動進攻仁川，進行一場示威作戰，以提升艦隊的士氣，但海軍的軍官們己經失去了冒險出擊的勇氣，因此只好作罷。而阿列克謝耶夫深感現在遠東艦隊的軍官們難當重任，另外日軍己在韓國登陸，阿列克謝耶夫準備將司令部遷往奉天，指揮整個東北地區的全局戰爭。這就需要在旅順口設置有獨立權限的遠東海軍司令部，而艦隊司令則需要獨當一面，現任司令斯塔爾克顯然是難以擔當這個重任的，於是向國內提出，請馬卡洛夫中將到遠東出任新的遠東艦隊司令。
斯捷潘?奧西波維?馬卡洛夫（stepan osipovich makarov）中將是這個時代俄國最好的海軍將領，海軍戰術戰略專家和海洋科學家。他出生在海軍軍官家庭，畢業尼古拉耶夫斯克海軍學校。
1876年馬卡洛夫在太平洋分艦隊和波羅的海艦隊中任職，着手研究艦船不沉性問題，建議將艦艇隔成若干個水密艙，安裝帶有大功率的排水泵和排水管道，配備特種堵漏墊以堵塞破損，被俄羅斯海軍界譽爲“船泊不沉性理論的奠基人”；1877年俄土戰爭中，馬卡洛夫以*艇母艦艦長的身份參戰，對土耳其艦隊和商船實施出其不意的攻擊，擊沉、擊傷土艦多艘；1881年，他在俄羅斯海軍中使用瓦伊特赫德自動*，擊沉土耳其軍艦因奇巴赫號，創造了歷史上*擊沉軍艦的首次戰例；
1881年，馬卡洛夫考察了博斯普魯斯海峽，第1次在該海峽發現了深水海流，獲得俄羅斯科學院獎金；1886年，馬卡羅夫指揮勇士號巡洋艦進行了長達3年的環球航行，系統地考察了大西洋和太平洋的廣大區域，贏得了世界海洋學家的聲譽；並於1899和 1901年乘破冰船葉爾馬克號，連續進行了兩次大規模的極地考察，很快他又成了一名極地考察家。
1890年，馬卡洛夫晉升爲海軍少將。此後，他先後擔任俄羅斯波羅的海艦隊副司令、俄海軍炮兵總監。任職期間，發明了被帽*，可以大大增強了炮彈的穿透力，但因爲俄國的官僚主義阻礙，沒有被列裝；1895年馬卡洛夫晉升海軍中將。1897年，發表鉅著《論海軍戰術問題》，全面論述了裝甲艦隊艦艇作戰的基本原理，在世界海軍界產生了巨大的影響。
日本設在聖彼得堡的情報人員立刻將這一消息傳回國內，日本軍令部、海軍部都認爲，如果這樣一位功績綽著，又有實戰經驗的海軍專家來到旅順接管太平洋艦隊，對日本來說，當然不是一個好消息。不過馬卡洛夫是在2月17日從彼得堡出發，到達旅順大約需要18-20天的時間，而日本應該在這段時間內解決旅順港內的太平洋艦隊，讓陸軍登陸遼東半島。
但現在俄國艦隊縮在港口裡就是不出來，而強攻港口又會遭到炮臺和港內軍艦的聯合打擊，顯示是不可取的，因此先任參謀秋山真之中佐提出了阻塞作戰計劃。
其實阻塞作戰計劃的首暢者並非秋山真之，而是另一位參謀有馬良橘中佐，在開戰之前，時任常磐號大副有馬良橘中佐，就向軍令部次長伊集院五郎遞交了一份計劃書，鑑於旅順內外港之間航道最窄處僅寬273米、大型軍艦隻能在航道中央91米範圍內通行，提議在戰爭爆發之後，可以使用兩艘內部填裝石塊水泥的老舊船隻，趁夜突入旅順港，在內外港之間航道上自行炸沉，從而塞阻航道，讓俄艦隊的大型軍艦無法進出，既使不殲滅俄國艦隊，也能俄艦隊的戰鬥力清零，是性價比最高的作戰方式，畢竟俄國艦隊中有7艘戰列艦，1艘裝甲巡洋艦，實力並不弱，如果硬拼，既使日本能殲滅俄國艦隊，自身也肯定會有相當的傷損。
伊集院五郎對這個計劃到是不屑一顧，但卻引起了秋山真之的極大興趣，因爲秋山真之曾於1898年留學美國，導師是著名的海權論發明人阿爾弗雷德?賽耶?馬漢，並以觀察員的身份參觀了美國海軍封鎖古巴哈瓦那港的作戰，有馬良橘的阻塞作戰計劃和這一戰頗有異曲同工之妙，於是在秋山真之的推薦之下，有馬良橘升任參謀。
秋山真之現在雖然只是一箇中佐，但卻被譽爲海軍作戰天才，當然馬漢的學生這個身份也給他加了不少分，因此東鄉平八郎擔任聯合艦隊司令之後，任命秋山真之爲聯合艦隊先任參謀（即首席參謀），負責具體的戰術制定和實施，而且東鄉平八郎對他的評價是智如泉涌。
現在海戰打不開局面，於是秋山真之就想到了有馬良橘提出的阻塞作戰計劃，而這一計劃立刻被東鄉平八郎採納，呈送海軍軍令部後，也很快得到批准。而秋山真之委任有馬良橘負責制定具體的作戰計劃。
而有馬良橘也對自已的計劃作了一定的調整，將兩艘船增加到五艘艘，並且以白紅雙色燈示意沉沒位置正確與否，還制定了船員的撤離計劃，畢竟日本在這個時候還沒有變態到玩神風的地步，就是在船上設置了救生艇，引爆*之後，船員乘救生艇撤出，由跟在後面的驅逐艦收容。
計劃每艘船有軍官兩人，擔任船長和輪機長，船員12-15人，軍官和船員均在海軍各艦招募志願者，結杲各艦水兵踊躍報名，志願者多達2000人，甚至有人寫下了血書，最終選定了7 7人。
五艘船隻確定爲天津丸、仁川丸、武揚丸、武州丸、報國丸，各船指揮官分別爲有馬良橘本人，廣瀨武夫少佐、齋藤七五郎大尉、正木義太大尉、鳥崎保三中尉。本來淺間號艦長八代六郎大佐也想參加招募的，但被東鄉平八郎司令否決了。畢竟儘管做了撤離計劃，但阻塞作戰的危險極大，淺間號是“六六艦隊”的主力軍艦之一，如果艦長有個不測，對士氣的打擊是相當大的。
原計劃阻塞作戰從2月20日開始，但由於受暴風雨天氣的影響，因此22日聯合艦隊才從仁川港出發，而華東政府仍然派出了青州號參觀。
雙方於2月23日下午2點，在旅順外海相遇，艦長夏銳辰也應邀登上了聯合艦隊的旗艦三笠號，和東鄉平八郎、秋山真之會面。因爲現在華東政府和日本正處於合作良好期，第一批物資的極時到位，也讓日本軍人對華東政府有了一些好感，因此見面的氣氛也比較融洽。秋山真之代表聯合艦隊，向夏銳辰詳細介紹了日本的阻塞計劃。
會談進行了大約一個多小時，夏銳辰才告別離開了三笠號，返回青州號，而且還是和聯合艦隊保持3000千的距離。
2月23日下午四點，聯合艦隊抵達円島東南約20海里處，五艘閉塞船出發朝旅順口駛去，由第5驅逐艦隊則抵近港口試探敵情，第1驅逐艦隊擔任閉塞船隊的護衛隊，第14*艇隊和第9*艇隊負責閉塞船員的撤離接應任務。