兩伊戰爭的起因錯綜複雜，既有長期的領土爭端，宗教派系對立，又有民族糾紛和領導者個人恩怨摻雜其中。
領土問題是導致兩伊戰爭的主要原因，這一問題包括兩個方面：
一是阿拉伯河的邊界劃分問題。
二是波斯灣入口處3個小島的主權歸屬問題。
長約100公里的阿拉伯河是伊朗和伊拉克南部的自然邊界，這段邊界原以該河伊朗一側的淺水線爲界，河流主權歸屬伊拉克，根據1914年雙方劃界委員會會談紀要和1937年簽訂的邊界條約，雙方同意霍拉姆沙赫爾和阿巴丹兩段共約11公里以該河深水線爲界。
此後，伊朗一再要求以河流主航道中心線爲邊界線，並對阿拉伯河實行雙方共管，伊拉克則堅決反對。
1975年3月，兩國領導人就邊界問題舉行會談並簽署了《阿爾及爾協議》，當時處境困難的伊拉克同重按阿拉伯河主航道中心線劃定兩國河界。
伊朗也答應歸還扎因高斯等4個地區約300平方公里的原屬伊拉克的領土，並承諾不再支持伊拉克庫爾德族的反政府武裝鬥爭。
事後，伊朗遲遲不交割土地，伊拉克認爲《阿爾及爾協議》是奇恥大辱，多次要求重劃邊界，均遭伊朗拒絕。
另一問題是1971年伊朗佔領了波斯灣入口處的阿布穆沙、大通布和小通布3個小島，並使之成爲可以控制波斯灣出入航道的軍事基地，伊朗的行動遭到海灣阿拉伯國家特別是伊拉克的激烈反對。
宗教矛盾是導致兩伊戰爭的另一重要原因，伊朗和伊拉克同是伊斯蘭教國家，兩國的穆斯林多數屬於激進的什葉派，但兩國什葉派穆斯林在國家政治生活中的地位迥然不同。
1979年初，伊朗什葉派宗教領袖霍梅尼建立了以什葉派高級教士集團爲核心的、政教合一的伊斯蘭共和國，而伊拉克復興黨政府在政治生活中卻努力使政教分離，削弱宗教勢力，將宗教活動納入政府控制的軌道，伊拉克的什葉派穆斯林雖然佔國內人口的多數，但長期以來，卻處於被統治地位，激進的什葉派對此十分不滿，長期與政府進行對抗。
伊拉克和伊朗兩國都有一個少數民族——庫爾德族，伊朗支持伊拉克境內200萬庫爾德人的自治要求，伊拉克也支持伊朗境內的庫爾德人進行反對伊朗政府的鬥爭。
此外，從1964年到1978年，霍梅尼受伊朗國王迫害一直在伊拉克的納賈夫附近流亡傳教，1978年初，薩達姆以煽動伊拉克境內什葉派叛亂的罪名將霍梅尼驅逐出境，迫使他輾轉法國，霍梅尼對此一直懷恨在心，併發誓要復仇。
戰爭的第一時期，戰爭在伊朗境內進行。
1980年9月22日晨，伊拉克調集大量飛機對伊朗首都德黑蘭等15座城市和空軍基地進行空襲。
23日凌晨2時，出動地面部隊5個師又2個旅，1200餘輛坦克，分北、中、南三路向伊朗發起進攻。
到10月底，伊朗擋住了伊拉克軍隊的全面進攻。
從1982年3月起，伊朗軍隊轉入反攻。
1982年6月29日，伊拉克宣佈已將其軍隊撤出所佔伊朗領土，兩國邊界又恢復戰前狀態。
面對伊拉克的強大攻勢，伊朗軍隊倉促應戰，其空軍襲擊了伊拉克境內的16個目標，地面部隊調整部署，向邊境機動，在前線集結了7個師又2個旅的兵力，此外還有大批的革命衛隊，伊朗設防的重點在北線，以扼守主要通道，遲滯伊拉克軍隊的進攻。
伊朗阻滯了伊拉克的進攻勢頭後，漸漸奪取並把握了戰爭的主動權，1981年9月，伊朗開始大舉反攻。
9月底，伊朗集中10餘萬兵力，發動大規模的阿巴丹反擊戰，解除了伊拉克對阿巴丹的包圍。
1982年3月下旬，經過周密部署，伊朗又發動了勝利行動攻勢，全殲伊拉克2個旅，重創2個師，共斃傷伊拉克士兵2.5萬人，俘虜1.5萬人，擊毀坦克360輛，擊落飛機20餘架，繳獲了上百輛坦克和裝甲車。
4月20日，伊朗又集中近3個師的兵力和大批革命衛隊約10萬餘人，發起以收復霍拉姆沙赫爾市爲目標的耶路撒冷聖城行動攻勢，經過25天激戰，終於收復了南部重要港口城市霍拉姆沙赫爾。
6月10日，伊拉克提出全線停火建議，並單方面實施停火，宣佈承認兩國於1975年簽訂的《阿爾及爾協議》繼續有效，並準備在伊拉克根本權利得以承認的基礎上同伊朗談判。
6月20日，又宣佈10天內從伊朗境內撤回全部軍隊。
6月29日，其軍隊已基本撤出伊朗。
此時的南華聯邦，由段曉宇總理主持的內閣會議變成了兩伊戰爭的基調會議。
“具體來說，由各國派遣副外長級代表參加，聯合國特使應被邀請參加會議，並擔當提供協調與專家意見的角色，只要這個國際會議還在進行當中，世界各大國就難以對伊朗或者伊拉克進行大規模軍事援助，而這個國際會議的舉行也同樣會對兩方的極端強硬派有所抑制，從而爲下一步做好輿論準備。
當戰爭問題的解決有了一定的進展之後，我們就可以名正言順的恢復向伊朗和伊拉克出售常規武器，理由是伊朗和伊拉克合理的安全需要應該得到尊重，那總得允許伊朗和伊拉克進口常規軍備吧？
向這兩個國家出售裝備的也不是我們一家，美國已經打頭陣了嘛，說我們不遵守協議？你們出售武器呢，你們不是連潛艇都賣了嗎？你們賣潛艇我們就賣導彈…其實現在就可以開始，伊朗陳舊的美製c-130運輸機連連失事，我們完全可以提供載貨量相當的c-100飛機給伊朗，替換所有的c-130。”段曉宇總理定下了基調，頓了頓他接着說道，“最後，在我國石油企業成功西進西亞的基礎上，步步爲營的從西亞向波斯灣推進，加強與伊朗在油氣領域的合作，最終接通西亞整個的能源通道。
這條縱貫西亞主要產油國，直抵中東北部的能源大動脈將爲我國的能源安全提供強有力的保障，併成爲我國聯合伊朗對抗土耳其，扶植庫爾德獨立建國的重大戰略支撐。
我國西進波斯灣的大好時機已經悄然來臨，做爲中東的最後一個油庫，伊朗最終的去向確實關係到我國，美國，蘇聯，歐洲各國等各方的利益。
單純從武力的角度來看，伊朗和伊拉克對抗，即使背靠世界上的大國，軍事上的對抗結果，只能使中東地區陷入更大的戰亂中去，但這對於世界的和平與發展，對於能源的安全都是百無益處的。”