亞齊是印尼天然資源蘊藏量最豐富的省份之一，盛產石油、天然氣、橡膠、金礦、銀礦和木材。
亞齊是伊斯蘭教輸入印尼時最早到達的地區，也是印尼最篤信伊斯蘭教的地區。
16世紀初，亞齊建立了伊斯蘭教政權，並在17世紀初發展成爲印尼羣島西部地區最強大的、最富饒的和文化最發達的蘇丹王國。
在殖民主義者入侵以前，亞齊王國已經進入封建社會，形成了以烏略巴朗爲代表的世俗力量和以烏里瑪爲代表的伊斯蘭教勢力共同管理亞齊事務的局面。
西方殖民者入侵印尼後，一直未能征服亞齊地區。
1871年荷蘭與英國簽訂《蘇門答臘條約》，荷蘭加緊向蘇門答臘擴張，開始向亞齊發動殖民戰爭。
從1873年到1903年，荷蘭殖民者經過3次亞齊戰爭後，纔在該地區建立了殖民統治。
在戰爭中，烏里瑪領導穆斯林進行反對異教徒的聖戰，使荷蘭殖民者耗資巨大，統治艱難。
因此，荷蘭在亞齊力圖通過扶持烏略巴朗的傳統世俗權力和推行世俗教育，以削弱伊斯蘭教的影響。這激化了烏略巴朗和烏里瑪之間的矛盾，也直接影響到戰後亞齊社會結構的變化。
二戰期間，隨着荷蘭殖民者撤離亞齊，烏略巴朗的統治地位受到了削弱。
在40年代烏略巴朗與烏里瑪發生了尖銳的衝突，最終烏里瑪取得了勝利，在亞齊樹立了牢固的統治，伊斯蘭教成爲該地區單一的思想意識。
從亞齊與印尼其他地區的關係來看，在20世紀上半期的印尼民族解放運動中，亞齊積極參與並做出了重要的貢獻。
但自從印尼共和國建立以來，亞齊地區與中央的關係長期處於不穩定狀態。
50年代初期，亞齊參加了伊斯蘭教國運動，是當時地方叛亂活動較爲嚴重的地區之一。
進入蘇哈托統治時期，亞齊地區的分離運動時斷時續，並在以後進一步擴大化，成爲影響印尼國內政治穩定和東南亞地區安全的重要問題之一，日益引起國際社會的關注。
蘇卡諾總統從上臺後，以軍人力量爲基礎，實行中央集權統治，對外島各地區的政治和經濟採取嚴密的控制，實行一種傾斜性的經濟政策，注重對中部和西部部分地區的發展，造成亞齊、廖內、伊裡安查亞等外島地區經濟發展緩慢，長期停滯不前。
在這種背景下，哈桑－迪羅從美國返回亞齊，發表獨立宣言，成立自由亞齊運動組織，宣佈爲捍衛亞齊的獨立和自由而奮鬥。
1956年，由於行動計劃被泄露，自由亞齊運動被迫轉入叢林，開始武裝鬥爭。
這次分離運動只有不到200人直接參與，主要的活動形式是散發傳單，並有零星的暴力活動，以致於當地人民把他們等同於有武裝的土匪。
儘管如此，印尼政府還是迅速採取軍事行動，開始鎮壓了自由亞齊運動，而哈桑－迪羅則流亡到瑞典。
雖然自由亞齊運動暫時被鎮壓下去，但是促使亞齊分離運動出現的社會、政治和經濟條件並沒有消失，隨着印尼的經濟建設，地區發展的差距不斷擴大，亞齊與中央的矛盾日益尖銳。
經歷了第一次失敗後，自由亞齊運動的一些成員留在亞齊的叢林中活動，另一部分成員則在利比亞等國接受軍事訓練。
1957年的前半期，自由亞齊運動重新興起，遍及大亞齊、中亞齊、北亞齊、東亞齊和比地亞，在後三個縣城中尤其活躍。
據印尼軍方稱，自由亞齊運動的游擊隊成員的數目很難確定，似乎遍及亞齊的每個角落。
通過分析可以看到，自由亞齊運動主要以軍事鬥爭爲主，其組織力量相對薄弱，直接參加武裝鬥爭的人數較少，鬥爭規模較小。
雖然一些成員在國外接受了軍事訓練，武裝力量有所增強，並佔據了亞齊地區的一些邊遠村莊。但總體上看，自由亞齊運動與印尼政府的軍事力量對比懸殊。
其次，自由亞齊運動在亞齊社會產生了一定的影響，但總的來看，社會支持不足。
哈桑－迪羅試圖得到國外援助，忽視當地的社會力量。
據說，哈桑－迪羅在回到印尼之初，會見了包括50年代亞齊地方叛亂首領達烏德－貝魯在內的一些當地的烏里瑪，試圖獲得他們的支持。
但是由於他把希望更多得寄託於西方國家的援助，擔心明確表示建立伊斯蘭教政權會引起西方的偏見，所以沒有接受達烏德－貝魯建立伊斯蘭教政權的建議，致使後者拒絕動員廣大羣衆參加自由亞齊運動。
隨後，自由亞齊運動規模和影響日益發展，得到了社會各階層不同程度的支持，如知識分子、失業工人和貧苦的農民。
這是一方面是由於其明確主張建立一個伊斯蘭教政權，符合亞齊當地烏里瑪的願望，對民衆有更大號召力。
另一方面，由於當地的經濟、文化等方面落後，使亞齊社會對中央十分不滿，爲了本地區的發展，分離思想已經開始出現在當地官僚、公衆領袖和民衆中，因此自由亞齊運動的主張有一定的號召力。
儘管如此，這一時期獨立主張並不符合亞齊社會各階層的意願，當地羣衆並沒有統一的獨立意願，而是處於模棱兩可的狀態，他們既同情自由亞齊運動，但又不認爲獨立是解決問題的最終途徑。
他們對中央政府抱有希望，試圖通過鬥爭獲得地方自主權。所以，在這個階段，自由亞齊運動的力量得到了一定的發展，但其獨立主張並沒有被多數亞齊人認同，在當地的影響也是有限的。
而蘇哈托政權對亞齊採取的政策始終是以政治和經濟上的嚴密控制、軍事上的鎮壓爲主。
具體表現爲：
一、對亞齊採取嚴密的控制措施。雖然蘇加諾政府給予亞齊特別行政區地位，規定亞齊在政治、經濟、文化宗教等事務上擁有相對自主的管理權，但到蘇哈托政府時期這些規定卻形同虛設。
蘇哈托總統上臺後，強調穩定與發展，在政治上，穩定表現爲通過建立完全的軍人統治，依靠武裝部隊控制國家，實行總統——執政的專業集團——軍人三位一體式的統治體制。
在地方行政機構中，任命大批軍官擔任從省長、縣長直到鄉長的各級行政首長，剝奪地方的自主權。
在經濟上，發展表現爲，將大批的在職和退休的軍官安插在重要的經濟部門，控制地區的經濟生產。
同時地方收入絕大部分上繳中央，中央在分配過程中對少數地區實行嚴重的政策傾斜。
後來，北亞齊地區發現大量的天然氣，並於轉年開始生產，然而這並沒有給亞齊當地的經濟與社會發展帶來任何益處。
天然氣的收益直接歸爲中央，而亞齊當地人民本來期望隨着工業的發展會出現更多的就業機會，但這些職位大多被從爪哇的移民所佔有。
繁榮的工業區與亞齊其他落後的農業地帶、爪哇人的高收入與亞齊本地人民的貧困生活形成了鮮明的對比，地區對中央、民族間的不滿情緒日益增加，社會各階層提出不同的建議以促使當地的經濟與社會發展。
而自由亞齊運動爲代表的獨立主張就是這種不滿情緒的極端表現。
印尼中央政權對亞齊自由運動採取堅決的軍事鎮壓，對於亞齊地區的分離主義運動，以軍人爲基礎的蘇哈托政權採取兩手政策。
一方面在亞齊修建公路，從政治上撫慰多數亞齊人，但並沒有從採取真正有效的措施發展亞齊當地的經濟。
另一方面對自由亞齊運動採取堅決的軍事鎮壓。
在政治和經濟方面的政策失誤是亞齊分離運動產生的根源，而軍事方面的高壓政策並沒有消除亞齊地區的分離傾向，反而使該問題積重難返。
尤其是印尼軍人在亞齊建立軍事佔領區，準備對亞齊進行長時間的軍事統治。
據報道，這期間，軍隊濫用職權，從恐嚇到綁架、從強姦到屠殺，嚴重踐踏了人權，大約有2000多平民因爲被懷疑與自由亞齊運動有聯繫而被殺，許多人被逮捕、審訊。
軍事行動沒有把自由亞齊運動徹底消滅，反而殃及無辜平民，使整個亞齊處於深重的民族災難和仇恨中，中央與地方矛盾、尤其是民族矛盾被大大激化。
這對亞齊當地的分離傾向產生的推動力遠遠大於自由亞齊運動的號召力和影響力，可以說這是分離運動全民化的重要轉折點。
在這種情況下，亞齊當地的媒體上陸續出現了揭露軍人暴行的報道，而且一石激起千層浪，亞齊當地社會要求撤軍、對軍人暴行進行審判和對受害者的補償的呼聲日益高漲。
由於正值印尼處於南華聯邦共和國的進攻時期，印尼中央政府無法迅速地做出迴應，致使亞齊局勢日益動盪。