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鄧浩楠啓用錢謙益，用東林黨來彈壓滿朝文武百官，成績斐然，很快就穩定了朝局。
控制了中央朝廷之後，鄧浩楠開始整頓京畿軍務。
京畿軍務基本上直隸總督府已經做了部署，唯獨就是楊嗣昌手中的十萬禁軍問題。
對待楊嗣昌，鄧浩楠以前不敢動手，現在他當上了監國攝政王后，收拾楊嗣昌已經是名正言順了。
楊嗣昌被調任兵部侍郎，實際上是明升暗降，奪了他的兵權。
對此，楊嗣昌啞巴吃黃連有苦說不出。除非他立刻造反，否則就只能乖乖的就範。
顯然，鄧浩楠沒有給他留下任何的造反藉口，因此楊嗣昌沒借口也沒膽子造反。
十萬禁軍開赴通州大營就地整編，鄧浩楠調五萬軍隊接管京城防務，從而徹底掌控中央，挾天子以令諸侯。
地方官員哪個心中不明白鄧浩楠在幹什麼？但問題是鄧浩楠做的實在太高明瞭，沒有任何把柄留下。更因爲免除全國賦稅三年而獲得了極高的民望，萬衆歸心，這個時候誰站出來說鄧浩楠的壞話，肯定會被老百姓的唾沫星子淹死的。
利用輿論，收買人心，這招鄧浩楠使得絕，無人能出其右。
中央朝廷是最大的國家機器，內閣六部鄧浩楠放手給錢謙益了。所謂用人不疑疑人不用，鄧浩楠掌控着軍隊，不怕錢謙益玩貓膩。
由於鄧浩楠推行休養生息政策，錢謙益身爲內閣首輔大臣，自然要想辦法給鄧浩楠省錢。
鄧浩楠改編全**隊，行精兵之路，預計大明帝國保持五十萬常備軍，主力爲鄧浩楠的嫡系部隊，缺口從全國各地選拔精壯士兵補充。
軍隊一直是拖累明朝發展的關鍵因素，鄧浩楠裁減一百三十萬現役軍戶人口，並廢除軍戶、匠戶制度，准許他們脫籍爲農民或者商人。軍戶都有土地，鄧浩楠允許軍戶復員成農民後繼續耕種生活。這樣一來，軍戶變成農民，不但補充了民間勞動力。同時，休養生息的政策令軍隊將兵復員後有了生活出路，不至於佔山爲王禍害民間。
錢謙益看到了鄧浩楠的裁軍目的，所謂精兵簡政，鄧浩楠精兵，那他就要簡政了。
爲此，錢謙益裁汰中央官員冗員，將一些尸位素餐的官員罷免。由於採取休養生息政策，可以預見民間將會出現太平繁榮的景象。百姓將會擁護政府，因此錢謙益不怕裁汰冗員會被某些官員使壞報復。
吏部有尚書一人，左右侍郎各一人，下設四個清吏司（文選、驗封、稽勳、考功），每司各有郎中一人，員外郎一人，主事一人等官。吏部職權特重，爲六部之首。戶部有尚書一人，左右侍郎各一人，下設十三清吏司（浙江、江西、湖廣、陝西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、雲南），各司有郎中、員外郎、主事等官。戶部另有一些直轄機構，如寶鈔提舉司、印鈔局、廣盈庫、軍儲倉等。禮部有尚書一人，左右侍郎各一人，下設四個清吏司（儀制、祀祭、主客、精膳），各司有郎中、員外郎、主事等官。另轄鑄印局等。兵部有尚書一人，左右侍郎各一人，下設四個清吏司（武選、職方、車駕、武庫），各司有郎中、員外郎、主事等官。另轄會文館等機構。刑部有尚書一人，左右侍郎各一人，下設十三清吏司（分司同戶部）。各司有郎中、員外郎、主事等官。工部有尚書一人，左右侍郎各一人，下設四個清吏司（營繕、虞衡、都水、屯田），各司有郎中、員外郎、主事等官。另轄寶源局、軍器局等機構。
舊都南京也設六部，稱南六部，另有一套職官，但又不全置，其職權遠不如北京六部，一般是安置地位崇高之退閒大臣之所。
鄧浩楠允許南直隸的存在，但不放心那些退休、貶庶的官員，因此南直隸兵部和守備全部由鄧浩楠的嫡系人馬掌控，槍桿子鄧浩楠永遠不會放鬆，否則就會出問題。
錢謙益改革六部，鄧浩楠也沒閒着，強化了督察院、大理寺職能。
原本都察院有左右御史、左右副都御使、左右僉都御使等官。又設十三道監察御史（一百一十人），遍佈全國。
但鄧浩楠的治下多了遼東府、朝鮮都護府、臺灣府、琉球都護府，甚至前段時間又多了夏威夷都護府。
這些地方實行的是檢察院、警察廳、法院，以及立法、刑法、司法等現代化制度，需要跟中央完成融合。