聶人鳳在講談仁皓與廖鴻鵬兩人擬定的海軍裝備發展報告遞交給薛希嶽首相的同時，還交上了一份海軍改組計劃書。這份計劃書是由聶人鳳親手製訂的，而計劃的核心內容就是全面改組帝國海軍的編制！
從薩季亭元帥開始，帝國海軍改組的消息就傳了出來。不過，薩季亭還沒有來得及實施海軍改組計劃就黯然離開了。姜邦國在任期間，重點全放在了反擊作戰上，根本就沒有過問海軍改組的事情。現在，聶人鳳上任，而他首先搞的就是海軍的全面改組，將反擊計劃放到了一邊去。顯然，聶人鳳元帥的態度更穩重，而且更重視基礎性的工作，這纔是帝國海軍的希望所在。
聶人鳳提出的海軍改組計劃非常全面，大到海軍司令部的編制，小到普通官兵的安排，各方面幾乎都照顧到了。也許，只有聶人鳳才能夠提出這樣的改組計劃來，因爲他比任何一個人都瞭解帝國海軍，瞭解海軍中存在的問題，以及知道該用什麼辦法來解決這個問題。當然，這還得算上聶人鳳在海軍中的地位與人氣，沒有他的影響力，那麼他提出的海軍改組計劃也就沒有任何成功的可能。
下放作戰大權是改組計劃的核心內容。在帝國海軍現行的體制中，艦隊，以及各地方基地的控制大權實際上是掌握在海軍司令部手裡的。這是帝國海軍從一戰中沿用下來的一套制度，而當初制定這一套制度的目的是要集中海軍的所有力量來反擊敵人。這套制度讓帝國在一戰後期獲得了數次有決定性意義的海戰勝利，從而讓帝國避免了戰敗的結局。不過，現在，這套制度顯然不太適合快節奏的戰爭方式了。
在聶人鳳提出的計劃中，將帝國海軍所活動的海域劃分成了四個片區，分別是西太平洋戰區，太平洋戰區，印度洋戰區，以及南大西洋戰區。而且，今後還可以根據海軍活動範圍的擴大，適當的增加新的戰區。
在各個戰區中，將設置一名戰區司令官，而戰區司令官將負責該戰區內所有海軍艦隊，海軍陸戰隊，以及海軍基地的活動與作戰行動，具有決定戰區內作戰行動的大權，並且只需要向海軍司令部彙報作戰計劃，而不需要由海軍司令部來下達作戰計劃。這實際上就是把原本屬於海軍司令部的部分大權直接下放到了戰區司令官的手裡，戰區司令官可以根據所在戰區的實際情況來調動戰區內的艦隊，基地部隊等等作戰力量，遂行作戰行動，並且完成作戰計劃。
在各個戰區中，都編制了一支主力艦隊，以及數支巡防艦隊。而艦隊名稱則與戰區名稱相同。比如西太平洋戰區所屬的艦隊就爲西太平洋艦隊。各艦隊設置艦隊司令官一名（在戰爭初期，艦隊司令官與戰區司令官基本上是由同一人擔任），具體負責艦隊作戰行動，具有實際的艦隊指揮大權。而艦隊司令官將直接向海軍參謀部直接負責。
另外，各戰區下設各基地司令部，基地司令部設基地司令一名，這些基地司令直接向戰區司令負責，而不需要向海軍司令部負責。戰區司令可以在戰區權限範圍之內安排基地司令官，也就是說，戰區司令官具備了部分人事大權。
同時，聶人鳳還對海軍司令部的結構做了調整。海軍參謀部得以保留，不過其主要任務是協調各戰區的作戰行動，以及配合行動，另外負責協調各艦隊的行動。因爲各戰區的艦隊並不固定，比如某艦隊在西太平洋戰區執行作戰任務，即爲西太平洋艦隊，如果後來前往印度洋執行任務，則爲印度洋艦隊（這是在戰爭中期單獨設置戰區司令的一個重要原因）。因此，海軍參謀部的主要職責，就是協調各艦隊的行動。
海軍司令部還另外設置戰略處。戰略處的主要工作就是制訂海軍的戰略計劃，以讓各戰區司令部，艦隊配合完成戰略計劃。設置情報處，主要負責處理情報，並且直接向各戰區司令部，艦隊提供情報支援。後勤部降級爲後勤處，負責爲海軍籌備戰爭物資，並且爲各戰區，艦隊調配戰爭物資。人事部降級爲人事處，主要負責新兵，新軍官的安置與分配工作。裝備發展處，主要負責監督海軍艦艇戰機以及彈藥等等裝備的製造與研製工作。
可以說，聶人鳳完全是按照戰時體制對海軍進行了一次全面改組。新的海軍體系的任務就是將海軍的戰鬥力都發揮出來，戰勝敵人，並且取得最後的勝利。而這其中，最大的亮點還是新的艦隊編制體系。
新的艦隊編制中，已經直接取消了以戰列艦等主力戰艦爲核心的體制，艦隊的基本組成是各類型的編隊，比如航母編隊，戰列艦編隊，巡洋艦編隊，驅逐艦編隊等。而艦隊司令官可以根據實際的情況，從這些編隊中挑選某些編隊，或者是某些戰艦，組成特混艦隊，然後以特混艦隊的方式執行作戰行動。比如，西太平洋艦隊可以編制第一特混艦隊，而在第一特混艦隊中可以出現航母編隊，戰列艦編隊，巡洋艦編隊，驅逐艦編隊等。而特混艦隊的指揮大權直接由艦隊司令官掌握，或者是由艦隊司令官任命其他人員爲特混艦隊司令官，由其指揮特混艦隊執行作戰任務。
在這個新的艦隊指揮體系中，艦隊司令官的權限在某些方面得到了加強，不過在某些方面也被削弱了。而爲了平衡權力，艦隊司令官仍然是中將，特混艦隊司令官是少將，或者准將，而各編隊司令官爲準將。新的艦隊編制體系的一個重要特點就是，各艦隊可以根據實際的情況來靈活配置艦隊的戰鬥力，以期用最小的代價獲得最大的勝利。這要比之前的舊式艦隊體系先進得多。