其實沙勿略也是有苦難言，他雖然是耶穌會創始人之一，但已經離開歐洲太久了。他最好的兩個朋友……第一任會首羅耀拉已經去世十年，第二任會首萊內斯也於去年迴歸了天主的懷抱。現在掌權的第三任會首博瓦迪利亞，雖然同樣對開拓東方領地野心勃勃，但更希望由自己的人來完成。好藉此功勞，實現自己的教皇夢。
所以去年一上臺，他便派了自己組織的傳教團，前來代替沙勿略的工作。只是由於這些人到中國後，發現對這個龐大世界一無所知，暫時還離不開沙勿略的指引，所以纔沒有馬上宣佈會首的命令，而是向沙勿略套取相關的情報。
然後，他們通過沙勿略的幾封書信，和對中國南方的一些認知，便自以爲了解了大明的政治人情，認爲取而代之的時機已經成熟。當他們藉由沙勿略的努力，以進貢使團的身份進京後，就當仁不讓的接過了主事權，命令沙勿略走皇帝路線，不要被沈默牽着鼻子走。
身爲最自律的清教徒，沙勿略無法抗拒會首的命令，只能按照他們說的去做，結果捅了馬蜂窩，險些把多年的努力付諸流水。在面臨失敗的巨大壓力下，那些新來的神父不敢再狂妄專行，只得請沙勿略重新做主。
沙勿略重新掌權後，只做了一件事，就是不管付出多大代價，都要取得沈大人的諒解……沈默其實並不怪罪沙勿略，傳教士不是白求恩，不可能毫不爲己、專門利人，他們來大明的一切行爲背後，根本目地就是傳教。但沈默爲他們大開方便之門，卻不是爲了讓天主的光輝照耀中國，而是要借這些精通科學和哲學的外國人，來爲大明的士大夫開啓一扇認識世界的窗戶。
所以他必須打消他們想走捷徑的念頭，把他們牢牢地固定在自己劃定的軌跡上。在這片東方大地上，雙方實力過於懸殊，沈默甚至不需要親自出手，就能達到自己的目地。對於這位年輕大人的想法，飽覽世情的沙勿略自然不會不知，起先他並不甘心被利用，但通過同伴進行試探，已經遭到了毫不留情的打擊。
瞭解到對方的態度後，沙勿略明白了，要想在這裡傳教，就只能被對方利用，而且還得把差事做好。只有在這個前提下，才能獲得傳教的自由。但光自己明白沒有用，還得讓同伴也明白才行。好在沒用多久，他的同伴們就發現，僅取得皇帝的信任是沒用的，這位年輕的皇帝，並不像與他同齡的腓力二世，或者伊麗莎白女王那樣強勢。相反，他只在乎自己過得好不好，而把一切政務都交給他的大臣們。所以取得這些大臣的認可，纔是最重要的。
讓他們沮喪的是，那些京城的官員們雖然彬彬有禮，紛紛邀請他們去做客，但也只是對新奇事物的好奇，更多的是問海外的風土人情，打聽自鳴鐘、西洋琴的來歷，以及能否代購之類。通過交談，他們發現京城高官對世界的瞭解，遠不如上海那些年輕而富有朝氣的官員，其對整個西方世界的認知，都透着妄自尊大，顯得支離破碎且不着邊際……而這正是傳教團遭遇困境的根源，因爲《大明會典》裡只記載有西洋瑣裡國，並無大西洋國，所以京城官員普遍認爲他們‘其人可疑，其國也真僞不可知’也。
富有學問的明朝知識分子尚且如此，更不消提普通的民衆了，在老百姓心裡，這些西洋人形容醜陋、體毛濃密、且帶着濃重的味道。只肯遠遠圍觀，絕不肯靠得太近，更不會接受他們的禮物，完全一副拒人千里之外的樣子。
這種觀念層次上的錯位，使他們終於明白，自己的傳教事業將會異常艱辛。便想拿出殺手鐗，通過提供免費早餐、向貧民派發衣食，來吸引下層百姓入會，卻遭到了沙勿略的嚴厲禁止，因爲這是本土邪教的慣用手段，只能讓天主教蒙上邪教的標籤，害得大家都被抓起來砍頭。
終於體會到當初沙勿略感覺，神父們徹底沒了初來時的傲氣，誠心誠意的請他教導如何去做。雖然生他們的氣，但沙勿略以大局爲重，還是把自己的心得和盤托出。他對其他人講道：“首先，爲了減少傳教阻力，在傳教初期，要堅持奉行上層路線。皈依普通民衆自然容易，但我們不能像在印度那樣，一上來就打他們的主意。因爲這個國家的官員，像監視私產一樣，緊盯着他們的百姓，我們得到太多百姓的信仰，會被視爲引起社會不穩的邪教，而遭到嚴厲的打擊。”
見衆人一臉失望，他話鋒一轉道：“但這並不代表宗教不能流傳，事實上，這個國家的人們，自由信仰着佛教、道教、儒教、伊斯蘭教等數種信仰，關鍵是要得到上層社會的認可。假如有一批知識分子，如進士、舉人、秀才以及官吏等皈依天主，自然可以剷除誤會，得到認可，其他人也就更容易皈依了。”
“所以我認爲，一位知識分子的皈依，較一般教友更有價值，影響力也大。所以至少在很長一段時間內，我們的努力對象，不是大批民衆，而是大明的知識分子。”沙勿略心中暗歎一聲，最終還是上了沈大人的賊船。
爲了更方便與中國的官員士大夫的交往，贏得他們的信任，沙勿略讓其他人像自己一樣，先從穿衣打扮做起。首先學着梳理鬚髮、頭戴儒巾。不再披散着頭髮，更不能不戴帽子，因爲在中國人看來，這是蠻夷的典型特點！並開始改穿儒服，放棄部分西式的生活方式，轉而學習中國禮節、中式生活方式，以求融入大明社會。
此外，應多多利用西方的科技知識、人文思想，引起大明知識分子對於天主教的尊敬。沙勿略告訴他們：‘你們很快就會發現，中國人對‘實學’，比對天主教更有興趣。爲了引起更多中國人對我教的注意，我們最好以‘西儒’，也就是西方知識分子的身份出現，這就是我爲何，讓你們帶三棱鏡、自鳴鐘、地球儀、世界地圖、以及各種科學書籍來北京，就是要利用一切機會，向中國人介紹天文、地理、數學、物理等方面的知識……在這方面，中國人是很薄弱的，但他們熱衷討論研究，只要我們能引起爭論，並贏得爭論，自然可以聲名鵲起，贏得他們的尊重。”頓一頓道：“中國人並不是一味的妄自尊大，只要能證明他們是錯的，咱們是對的，他們自然會傾慕西方科學，虛心向咱們學習，而後便有機會，把他們皈依我教。”
見他終於指出一條明路，衆神父不禁鬆口氣，卻聽沙勿略加重語氣道：“但我要提醒各位，這個國家雖然流行着各種宗教，但真正佔統治地位的還是儒教。哪怕佛教、道教這樣的本土宗教，也必須將與儒家牴觸的學說去除，才能相安無事。我們新來乍到，更加不能與儒家文化的衝突，而是應該以一種‘補儒’、‘合儒’的配合姿態出現，這樣才能使對方接受我們……”
“前途是光明的，道路是曲折的……”沙勿略盜用了沈默的一句名言道：“爲此，需要諸位努力精通中文，刻苦鑽研儒學。你們會認識到，我教和儒學存在諸多相通之處。比如兩者都相信一神論，都主張‘仁愛’，都重視精神道德修養問題，而這正是雙方彼此交流和理解的基礎。但兩教在信仰觀、人性論以及生活方式等方面都存在很大差異。當雙方不可避免地出現衝突時，不要針鋒相對、恪守成規，而要暫時把我們的教義稍做些調整和變通，最大限度地把我教和儒家文化會通糅合，使之成爲適合在中國生存的宗教。大家不要認爲，這是對自己信仰的不堅定，相信我，待到將來，天主的光輝照耀這片大地時，就是我教實現‘超儒’的那一天！”
沙勿略的這些說法，不僅得到了其他神父的一致擁護，甚至還被總結爲‘東方四條準則’，命所有進入大明的傳教士和教徒遵守，爲天主教在中國迅速站住腳，並興旺起來，奠定了堅實的基礎，當然這是後話……沈默對這些西方傳教士，確實是寄予厚望的，在南京、在上海、在蘇州、在杭州，其實已經有教堂出現，這都多虧了他網開一面。而沈默之所以肯幫助他們，是因爲他需要這種的交流對話。
他認爲，思想的變革是任何變革的前奏，思想不變，任何改革都是徒勞。中國的傳統文化，固然歷史輝煌，但亦因爲歷史太久，已經死水微瀾，不再流動。這樣的結果是，精華沉積在底，難見天日，糟粕漂浮在上，臭不可聞。只有讓這湖死水流動起來，才能沖掉糟粕，讓精華重見天日，實現華夏民族的思想復興。
中國無法也不能重複西方文藝復興的老路，但他山之石可以攻玉，他希望能借那一縷西風，吹皺這一池渾水。利用不同文化間乃至不同文明間的交流與對話，使大明的知識分子開闊眼界，認識到自身在科學、哲學等各方面的不足，繼而補我所短，對傳統儒家思想進行反思，希望最終能再現百花齊放的春秋勝景。
而西洋傳教士，就是他放進魚池的那條鮎魚，至於效果如何，只能留待時間檢驗了。
有些事情可以留待將來，但也有些事情必須現在就處理，呂宋使者已經到了北京，向皇帝求援的國書，就擺在沈默禮部簽押房的案頭。但沈默的目光，卻落在另一份東西上。
那是王直送來的南洋最新情報，自從得到沈默的允諾後，老船主便密切關注那裡的風吹草動，並通過‘毛海峰——沈京’這條線，隨時向沈默傳遞消息，以幫助他實現目標……通過各種情報分析，沈默已經可以對南洋發生的事情，有一個比較深刻的認識了……十年前，腓力二世成爲西班牙國王，這個好大喜功的皇帝，想把殖民地從美洲擴展到亞洲，把‘南海’變成‘西班牙的內湖’。八年前，他寫信給墨西哥總督，反覆強調拓殖菲律賓羣島的重要性。他指令總督負責組織對菲律賓進行新的遠征，四年前，經過細緻的準備，遠征軍於墨西哥出發，由富於冒險精神的海軍將領黎牙實比擔任總指揮；另一個重要人物是神父烏達內塔，他具有豐富的航海和殖民經驗，對太平洋航道十分熟悉，並擅長對土著居民進行拉攏分化。
此外，還有一批在征服南美過程中，積攢了豐富作戰經驗的軍官，率領着先遣部隊，先在呂宋羣島外圍的薩馬島落腳，然後用十個月的時間，軟硬兼施奪取了位於呂宋羣島中部的宿務島，這裡北上可抵呂宋、南下可達棉蘭老島，島上有良好的港灣、充足的糧食、物產，是一個進可攻退可守的好地方。
建立中心殖民地的同時，西班牙人也找到了返回墨西哥的航線，並迫不及待展開對華貿易，這當然引起了葡萄牙人的強烈不滿，他們認爲這是對《薩拉戈薩新約》的公然挑釁，並以此爲由，把西班牙人封鎖在宿務島上。
雖然難以和葡萄牙在此的勢力抗衡，但在獲得來自墨西哥源源不斷的支援後，黎牙實比打破了葡萄牙人對宿務島的封鎖，並保證不會南下染指香料羣島，以此換得了雙方關係的緩和。消除了大敵隱患後，西班牙人爆發出巨大的能量，不斷在呂宋羣島擴大地盤，並最終逼近了呂宋王國首都馬尼拉。也就是這時，呂宋國王拉賈蘇萊曼，派人向宗主國大明求援。
後面的事情，恐怕連呂宋使者也不知道，但沈默覺着，他們不知道也好，否則只能徒增慌亂和恐懼……原來強敵壓境之下，內部未戰先亂，而導致敵人趁虛的橋段，又一次真實上演了。在戰前，馬尼拉統治者內部分爲兩派，主戰派的拉賈蘇萊曼主張避敵鋒芒，退往北方，積聚力量準備再戰。而主和派的拉賈馬坦達，則認爲抵抗只會增加傷亡，不如就此投降。雙方爭執之下、胡不想然，最後各走各的路，蘇萊曼帶部隊離開了馬尼拉，而馬坦達真的撤除防禦工事，讓西班牙人毫髮無損地進入馬尼拉。
今年五月十九日，黎牙實比宣佈佔領馬尼拉，開始西班牙的殖民統治。六月三日，蘇萊曼聯合其他十幾個部落，向西班牙人發動了反攻，可惜失敗了。蘇萊曼繼續堅持作戰數月，結果被趕出陸地，最終再一次海戰中，船毀人亡，以身殉國。
當然呂宋人民不會接受這個殘酷的現實，他們仍以蘇萊曼的名義，繼續進行着反抗殖民者的戰鬥。更讓沈默揪心的是，反抗主體已經從當地的部落，漸漸轉移爲在呂宋的華人。與逆來順受、鼠目寸光的當地土著相比，華人們更能看清自己的命運——一旦西班牙人站穩腳跟，等待自己的，要麼是屠殺、要麼是奴役。所以他們義務反覆的肩負起了抗擊侵略者的重任，並向來往密切的海商們求援，希望能得到他們的幫助。
說實話，海商們是很願意幫這個忙的，他們已經在多年的海上貿易中，明白了控制航線的重要性……每年經過呂宋島運往墨西哥的商船隊，都要被西班牙人白白抽去超過千萬兩的重稅，還有高昂的補給費用，簡直就是攔路搶劫。如果能把西班牙人趕出呂宋，或者至少不敢再胡亂收稅，對海商們來說，簡直就是天大的喜訊。
但南洋是五峰船主的勢力範圍，沒有他發話，誰也不敢貿然相助，只能偷偷的賣給他們些武器藥品……當然，這也跟西班牙人武器精良、戰力強悍有關，大家都指望着，老船主能領個頭，一起跟洋毛子決個高下。
可王直遲遲沒有表態，因爲他在等沈默的態度。他時常回想那次短暫的會面，那個當時還很年輕的大人，竟將幾年後發生的事情，準確無誤的預言出來——包括新興的貿易航線，讓王直賺得盆滿鉢滿，再不用羨慕徐海那邊。
如果換成是徐海，肯定早就招呼小弟去削西班牙人的腦殼了，但王直年紀大了，凡事求穩，他知道西班牙人有多強大，他們的艦隊無敵於世界，他們的陸戰隊，也是無比的厲害。是不是要招惹這個強大的敵人，王直吃不準，他要先聽聽沈默的意思，還要看看朝廷如何反應，再決定如何行動……