4月25日爆發的阿帕裡地區的土着暴亂，直到三天後，當懸掛着南華的商船將不到300的倖存西班牙人送到最近的克魯斯港後，消息才被迅速送到正在馬尼拉召集大軍準備展開反擊的菲律賓總督莫林斯手上。
面對着菲律賓版圖上已經出現的、多達7支大規模的反抗力量和不下數十支的各種游擊隊，這讓莫林斯總督也是徹底的抓狂了，整個呂宋大島是馬尼拉爲界截斷爲南北兩部分，北方地區的大片平原兩翼都連綿數百公里的山區，這裡是反抗力量理想的聚集地。
而南方，從八打雁港到索索貢港，都是狹長的地形，而且這裡佈置有西班牙遠東第二艦隊，與當地駐軍形成了絕對壓制性打擊力量，所以呂宋大島南方地方，活動的多爲小股的土着游擊隊，並沒有太強實力。
而整個菲律賓殖民地西班牙軍隊實力還是非常強大的，超過21萬的西班牙軍隊和5萬人的土着僕從軍是維繫西班牙王國統治權的根基，唯一麻煩的是，目前北方地區反抗軍的規模忽然間就變得十分驚人，據說卡帕斯地區、羅薩里奧、圖瑪維妮、阿帕裡地區的反抗軍規模都已經達到上萬人，所以，徹底的剿滅反抗軍已經成爲了莫林斯總督第一等的要務。
最終，在駐菲律賓陸軍司令哈皮中將的建議下，莫斯林總督授權成立北呂宋軍團、由哈皮中將親自指揮，由西班牙遠東第一艦隊羅本中將配合，攻擊北方反抗軍主力，而米哈林中將指揮南方軍團，掃蕩菲律賓南方各島嶼游擊隊和反抗軍。
而就在西班牙人準備大舉反攻之時，一則密報忽然由奧隆阿波總督佩德羅處送到馬尼拉。根據從阿帕里港逃回倖存者提供的消息，阿帕裡地區發生的暴亂可能有日本人的介入，而一名跳海逃生的炮臺軍官也確認，當時搶奪炮臺的敵人擁有極其優良的軍事訓練，其中有人使用日式的長劍！
這一系列的證據，讓西班牙人大爲震怒，莫林斯總督立刻下令嚴格排查島內各港口日本人的情況，若非擔心驅逐日本人可能會引發外交事件，這位擔任十七年西班牙總督的老官僚絕對會立刻下令把各港口的日本人都扔下大海。
不過。莫斯林這條看似平常的命令，在執行中卻出現了極大的偏差，西班牙人在菲律賓300年的統治，白人從未把當地人、甚至於他們曾經倚重過的華人放在眼裡，跟別提剛剛冒出來、個子矮小的倭鬼。
4月底。聖克魯斯港、阿拉米諾斯港、奧隆阿波港、卡西古蘭港紛紛爆發針對日本人的騷擾，當地白人憤怒的搗毀那些日本商人風格鮮明的店鋪，不少日本人被綁起來扔進了大海，而當地土着在這一事件中完全是一個跟風者，紛紛參與其中。
而騷亂的爆發，顯然帶來了更大的影響，4月28日。在聖克魯斯港發生針對日本人的打砸時，中國駐馬尼拉領事柯宇珩、南華駐馬尼拉領事陳瑜平就分別拜會了菲律賓總督莫林斯，要求菲律賓方面確保華人在菲律賓的安全。
傲慢的西班牙老頭莫林斯事實上根本看不起南方佔據那片貧瘠婆羅洲的南華國，至於北方那個龐大的東方古國。老傢伙的概念還停留在辮子時代，他原本打算傲慢的拒絕，不過，在助手善意提醒、傳聞出現在阿帕裡的強力艦隊後。他不置可否的答應發佈保護華人的通告。
不過，在最後。他也十分傲慢的表示，“……擁有高貴禮儀的西班牙人肯定會遵從總督府的命令，但是，卑劣的土着，很多時候都是自行其是的，根本不受控制，對付這些低等人，爲一點辦法就是鞭子和步槍！”
柯宇珩、陳瑜平在華人互濟會悄悄會面後，立刻召集互濟會的高層，向菲律賓各省的分會發布命令，同時將到手的菲律賓總督府命令複製下發，最大限度確保華裔的安全，同時，在柯宇珩的授意下，互濟會授意各省華人互濟會開始頒發早已準備多年的“中華僑民證”、“華僑之家”等證書、掛牌，同時，各地互濟會都開放安全據點接納需要保護的華人。
最早得到消息的是停泊在巴拉望島公主港、剛剛重新組建的南華第一艦隊，由於早兩年南華艦隊幾乎都被抽調參與中俄大海戰，南華海軍只保留了3艘訓練艦和一些武裝商船，雖然足以保證婆羅洲和周邊的安全，但出擊菲律賓顯然毫無能力。
所以，隨着南江、北江和大批陸軍南下，軍隊都集結在出入方便，而且經營許久的巴拉望島公主港，在短短一個月內，已經從南華民主共和國抽調在當地訓練的12000越南僕從軍、4000婆羅洲土着僕從軍，加上南下的黃祖蓮所轄17步兵師11000人，這座狹長的島嶼上已經成了名符其實的大兵營，而事實上，這裡也是歐陽慶目前蹲點的指揮部。
得到消息後，歐陽慶立刻向北京拍發了下一步的計劃，其中提到的幾個關鍵詞，百年後引發了歷史學家的極大爭議，歐陽在電報中含糊的指出，菲律賓的內部動亂，可能危及當地華人，而他作出的決斷是……軍方將靜觀其變！
5月1日，日本陸軍大臣大山岩正召集參謀仔細研究頭山滿從阿帕里港送回來的戰報，這一次，陸軍部放棄成見特別邀請了新任日本常備艦隊司令官伊東佑亨、海軍少將尾本知道和數名海軍參謀出席。
對於頭山滿、近藤喜平太以及派駐當地陸軍軍官團送回來的報告，已經引起了日本軍方的足夠重視，不過，由於阿帕里港的炮擊太出乎意料，從現在獲悉的情況報告也是充滿了各種陳述上的矛盾，甚至都難以描述出出現戰艦的模樣，唯一的表述只是“漆黑的戰艦！”
不過。開拓社稍晚時候從其他途徑獲悉了一點點消息，還是從一箇中國商人那裡聽說的，因爲這個人恰巧路過聖克魯斯港，遠遠看到有大批船隊出港，隨後聽說，似乎是在婆羅洲的南華國艦隊運送來一批逃難的西班牙人。
而南華國……這個名字對於日本軍界其實頗爲陌生，倒是稍晚時分，之前不久從中國奉調回國的明石元二郎參謀提供了他在中國期間掌握的一些消息，這才讓在座的這些日本軍方瞭解了南華的一些基本情況。這個小小的南洋婆羅洲國家，據說與中國關係密切，早年曾經因荷蘭人入侵婆羅洲而發生過沖突，最終，武備老掉牙的荷蘭人被南華的艦隊擊敗。從而奠定了這個南洋華人國家的地位。
而根據明石元二郎在中國進行的調查，他認爲，南華國在與荷蘭人的衝突中，獲得了來自中國的武備支持……唯一的問題是，這些判斷從當時清政府的公文中找不到任何的字言片語，當時中國國內倒是多有支持南華的言亂，但僅限於輿論。而明石元二郎在陸軍部這次會議上，作出了他認爲最大可能的判斷——當時支援南華的應該就是中國現政府的秦鎧、張佩綸等南方大員。
這個消息的出現，讓日本陸軍部大爲吃驚，如果確認中國人已經介入菲律賓的內部動亂。那日本軍方策劃許久的開拓社秘密計劃將遭遇極大困難，不過，這一消息，除了明石元二郎的判讀外。並沒有其他任何有力的證據，對於南華。日本瞭解的太少太少！
不過，開拓社送回來的另外一份消息，倒是讓日本軍方開始興奮起來，幾個月來對西班牙遠東艦隊的調查，雖然這個曾經的海上帝國仍舊維持的龐大的海軍武備，不過，駐紮在蘇比克灣的第一艦隊和馬尼拉港的第二艦隊雖然擁有超過50艘的水上艦艇，但是，其中僅有2艘裝甲巡洋艦是分別與1883年、1886年向英國、法國訂購的“赫倫斯號”、“巴倫西亞號”，此外，還有一艘70年帶的船旁炮鐵甲艦“帕爾馬號”，其他構成威脅的是11艘1500噸以上的無防護驅逐艦，18艘魚雷艇，但都是6年前的產品，其餘的船隻更是不值一提。
海軍司令伊東佑亨雖然臉上露出一絲輕鬆的表情，不過一想到另外那個可怕的敵人，他又皺起來眉頭……
就在陸軍部會議進行中的時候，外務大臣大隈重信匆匆幹來拜會大山岩，他帶來了更讓日本吃驚的消息，西班牙控制下的菲律賓多出發生針對日本人的騷擾，而這一次損失最嚴重的，則是剛剛打開局面的開拓社，多個港口的開拓社成員受到襲擊，當地的據點被焚燬。
這消息傳來，大山岩神色頗有些無奈，但是陸軍部的年輕軍官們早已羣情激奮……其實更多的是興奮。
稍晚時候，三條實美召開的內閣會議上，儘管樞密院議長伊藤博文、海軍大臣西鄉從道不同意作出對菲律賓的軍事準備案，但是，在明治天皇的過問下，該項議案迅速被制定出來，5月3日，日本電告駐馬尼拉的領事小牧昌平，必須以最嚴厲的態度對西班牙人進行警告。
4日一早，小牧昌平領事就拜會了馬尼拉總督府，提出徹查菲律賓排日事件的元兇、頒佈對日本僑民保護案、對受害者和日本政府進行道歉、賠償等6大點的《日西交涉案》，當然，這一要求立刻被西班牙人扔進了垃圾桶。
而小牧昌平刻意表現出來的傲慢，立刻引發了連鎖的反應，菲律賓總督莫林斯立刻宣佈對日本在菲律賓的商人進行調查，驅逐那些涉嫌諜報的人員……這一方案一出，整個日本政壇都被震動了，雖然一直來菲律賓並非日本的重要貿易伙伴，這其中最重要的一個原因，自然是西班牙人設置的高關稅政策。
但是，公然以莫須有的理由來驅逐日本人，這已經將矛盾激化上升到國家層面，日本多名議員公開表示要對西班牙人進行嚴厲的報復，包括廢止西班牙與其他列強共享的低關稅等舊條約利益，這一呼聲立刻得到了國內右翼組織和軍方組織的呼應。
反觀日本國會中，也有深感形勢險惡的議員，東京都議員山本業在《朝日新聞》上刊發了對日本軍費開支巨大的擔憂，其實提到，如今的日本，首要是發展經濟，一次戰爭的軍費開支就能讓日本經濟倒退10餘年……
這一論調很快就爲他招來了殺生之禍，5月10日，讓日本國內震驚的“山本議員遇刺案”爆發，一名自稱“愛國忠君社”的右翼分子藉口拜訪進入了山本業議員的家中，交談之後，這個身材不算魁梧的刺客拔出短刀刺中山本的脖子，造成重傷，隨後，山本業與刺客在家中發生了激烈的搏鬥，兩人都從樓梯上滾落，最終，這名嶄露頭角的議員重傷失血過多而死。
而刺客高舉着匕首向日本警察廳自首，這反倒引發了一場聲勢浩大的右翼團隊和不明情況國民的遊行，這些人高呼“懲戒賣國賊”、“尊皇強國”等口號，要求特赦刺客……
11日，原本就是暫領內閣首相的三條實美，面對國內、國外的危機局面，在與內閣閣僚以及各派系大佬溝通無果的情況，當天晚些時候嚮明治天皇提出辭去內閣總理之職，申請重新組閣……一時間日本政壇風雲變幻。
這一突發情況，讓日本軍界也是大爲驚訝，內閣顯然是無法調和各派系在對外戰爭上的要求，而局勢的變化，顯然需求一個更爲強勢的日本新內閣……當天，日本政壇各派系已經展開了激烈的斡旋，但是，這一突發情況顯然打亂了原本一觸即發的日本和西班牙之間的外交衝突，讓局勢看起來更加的撲朔迷離。
而消息傳到北京時，軍政部總長周瑞東顯然也有些意外，這小日本的政府還真是脆弱，一點點壓力就垮臺了……他立刻帶着厚厚的計劃書來見秦鎧。