下一個被審判的是禮部尚書啓秀，關於啓秀就很好審判了，啓秀一直以來就是堅定的後黨，主張懲戒西方的大臣之一，且他的罪責還有支持慈禧廢除光緒皇帝立大阿哥溥儁爲新皇帝，因此啓秀必死無疑。儘管啓秀也作了申訴，但他的申訴基本上沒什麼用，給他打官司的訴師倒是賺了不少銀子，啓秀還是被判了一個絞刑，家人九族一百一十二人被髮配新疆戍邊。
啓秀死後受審的大臣則是兵部尚書剛毅，這廝是一個非常排斥漢民的滿洲大臣，庚子五大臣也是受他的攻擊被殺，尤其是兵部漢尚書徐用儀，一直以來與兵部滿尚書剛毅不對付，兩人水火不容，因此剛毅也趁機害死了徐用儀。剛毅最終也判了絞刑賜死，這位引發了庚子禍亂的魁首之一，受到了應有的懲罰，家人九族一百四十三人被髮配新疆戍邊。
接下來審判的是大學士崇琦，崇琦是滿清皇朝260年間唯一一位滿人狀元，當年他考中狀元的時候，名動天下，因爲滿人做官容易，很少有人認真苦讀，更別說和一羣江南才子們競爭考中狀元了。而崇琦作爲滿人的驕傲，此後官運亨通，一直做到內閣大學士，與大學士徐桐一併成爲大阿哥溥儁的師傅，教導溥儁學習帝王之學。
不過這位帝師人品可不咋地，當年他的女兒因端莊賢惠相貌可人被選爲皇后，但同治生性風流，又因慈禧不準同治處理朝政，所以同治無事可做便出宮風流，最終染病而死。至於死因，清史之中記載爲天花，民間傳聞太醫院消息同治死於梅毒。不管同治如何死法，崇琦之女才十七歲便成爲了皇太后。而正牌皇太后慈禧成了太皇太后，便不能再垂簾聽政了。慈禧於是在同治皇帝同輩之中選了一個年齡最小的堂弟載湉爲帝，即光緒皇帝，而此時的重崇琦之女就有一些礙眼了。爲了能繼續垂簾聽政，慈禧暗示崇琦，其女不可活。崇琦爲了保住自己的官位拍慈禧馬屁，找到女兒勸他爲同治殉節。女兒知道父親的心思，再加上與他恩愛的同治皇帝已死，悲慟之下絕世而死。
這種逼死親生閨女的舉動雖然給崇琦這位260年唯一一位滿人狀元帶來了政治上的榮耀，被慈禧賜官賜爵，但是卻遭到了滿朝滿漢官員的排斥，而崇琦自己大概也知道自己名聲不好，想要繼續做官就只能緊抱着慈禧大腿，從此之後成爲後黨最堅定的支持者。
不過就這次庚子禍亂而言，崇琦並不是罪魁禍首，他之所以也要被賜死的原因在於他是強烈主張大阿哥溥儁爲帝取代光緒的幕後推手之一，妄圖謀朝篡位的罪名足以讓他誅滅九族了。最終唐致堯判處崇琦絞刑，沒收全部財產，家人九族一共五百三十九人全部發配寧新疆戍邊。
輔國公載濂，被判處絞刑，家人奴才一共一百七十七人被髮配新疆戍邊。
直隸總督裕祿，被判處絞刑，家人九族三百七十四人被髮配黑龍江戍邊。
而最後這兩位就是瑞敏郡王載漪和他的兒子大阿哥溥儁了，關於他們的判罰，纔是最引人注目的，畢竟一個可能做皇帝，一個可能做太上皇，且載漪纔是引起庚子禍亂的最大魁首之一，對他的判罰如果太輕的話，不但洋人不滿，百姓不滿，連皇上也會不滿。光緒能夠赦免慈禧的死罪，卻無法赦免他們父子二人的死罪，這二人必死無疑。
朝廷從上到下，記者從國內到國外，無一例外都盼着這兩人死呢，當然也有一些人不同意他們被處死，畢竟一個是曾經的皇太子殿下。
圍繞着他們是否被判處死刑人們爭論起來，在報紙上吵得不可開交，其實就大阿哥溥儁來說，他受到牽連的更多一些，也罪不至死。但他又應該是最該死的一個，因爲他曾威脅到光緒的皇位，有他活着一天，光緒不開心一天。
光緒不開心了，曹躍也不開心，這小皇帝要是不開心就要關心國事，就要索要權力，曹躍豈能開心的起來，所以曹躍也盼着溥儁之死。
當趙舒翹在獄中自殺之後，載漪和溥儁大概也感覺到自己生命所剩無幾了，爲了避免家族受到牽連，在判決前，兩人在監獄之中上吊自殺。
根據獄卒交代，這兩人自殺之前並沒有任何徵兆，連遺書都沒有寫，但仵作說這兩人其實先前打算撞牆自殺，可能是撞牆之後非常疼有沒有死，只能上吊自殺。
雖然他們自殺身亡，但是他們還是被宣判了，兩人均被判處絞刑。行刑官將他們的屍體掛在絞刑架上，打開地下的擋板，兩人的屍體被吊在菜市場三天三夜。而至於他們的家人，也許是因爲他們自殺承擔罪責的原因，只是在削爲平民並沒收了全部財產後，自行生存。但他們兩人畢竟是皇族，他們的家人也沾親帶故的，其他幾位王爺貝勒賞賜一些，這些人還能生活的很好。
接下來，在曹躍的指示下，刑部尚書金篤男開始對庚子之禍的其他人進行處罰，但是他的目標就是這些八旗子弟和曾經支持義和團的地主士紳們。這種貌似“正義的審判”也並不那麼正義，因爲在庚子之亂的時候，五十萬義和團進京，不管是八旗子弟還是士紳地主，如果不支持義和團就要被義和團的暴徒們殺害，他們只能委屈生活，因此這次秋後算賬才顯得有一些不近人情。
但曹躍這麼做也是有他的道理的，最主要的原因就是——朝廷沒銀子了。
新政改革是需要銀子的，軍隊改革也是需要銀子的，慈禧的銀子和罰大臣們的銀子以及官銀皇宮的私銀，都在支撐着曹躍和張之洞的軍政改革，而大清帝國銀行紙幣發行也是需要銀子做保障的。
現在，銀子不夠了。
對參與庚子之亂的八旗子弟們，曹躍對他們的懲罰並不嚴重，無非就是從此自後斷了他們的旗餉，開除旗籍，而對參議的士紳地主們，曹躍的懲罰也不嚴重，交銀子交糧食保命。要是沒有銀子也沒有糧食，沒辦法，沒收房產和土地，趕到街上要飯去吧。
通過種種懲罰，金篤男再一次給曹躍賺了兩千萬兩銀子，放在大清帝國銀行之中，結了曹躍的燃眉之急。